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<title>NGS分析</title>

<center><h1>NGS分析</h1></center>

<p class="version">该实验指导（word）依旧延续第一版风格——以The Pennsylvania State University 所开设的<a href="http://www.personal.psu.edu/iua1/courses/2012-BMMB-597D.html">《Analyzing High Throughput Sequencing Data》</a>为主线，讲解了NGS分析的入门知识。与第一版相比，第二版更加详细的介绍了生物信息学分析中常用的格式，同时增加了更过网络文本、视频资料，以便更好的掌握知识。</p>

<p>实验指导（word）在此处下载：<a href="./doDownload.php?tag=00:NGS分析篇.pdf">PDF版</a>&nbsp&nbsp<a href="./doDownload.php?tag=00:NGS分析篇.docx">WORD版</a></p>

<td class="title">实验7 Linux系统中进行GFF文件处理入门</td>

<td class="context">

<ul>

<li>从<a href="http://www.yeastgenome.org/">酵母菌基因组数据库（SGD）</a>下载酵母菌基因组注释信息<a href="./doDownload.php?tag=sc.gff">sc.gff</a></li>

<li>掌握<a href="https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md">GFF3格式</a></li>

<li>使用Linux常用的文本处理命令：<code>wc</code> <code>grep</code> <code>cut</code> <code>head</code>等处理GFF文件</li>

<li>相关下载：

<a href="./doDownload.php?tag=01:实验7_Linux系统中进行GFF文件处理入门.docx">实验指导(实验7/word)</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=01:putty.exe">putty.exe</a>

</li>

</ul>

</td>

<td class="title">实验8 NGS数据初步分析</td>

<td class="context">

<ul>

<li><a href="http://blog.csdn.net/dyllove98/article/details/9736441">三代测序的原理</a></li>

<li><a href="http://v.youku.com/v_show/id_XNzk3NTI0Mjc2.html">Illumina测序化学原理</a></li>

<li>介绍测序数据的质量控制过程</li>

<li>相关下载：

<a href="./doDownload.php?tag=01:实验8_NGS数据初步分析.docx">实验指导(实验8/word)</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=02:sample1.fq">样本数据sample1.fq</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=02:WinSCP-5.9.3-Setup.exe">WinSCP</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=02:fastqc_v0.11.5.zip">fastqc</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=02:fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2">fastx_toolkit</a>

</li>

</ul>

</td>

<td class="title">实验9 短序列比对</td>

<td class="context">

<ul>

<li>介绍短序列比对的方法</li>

<li>SAM格式</li>

<li>相关下载：

<a href="./doDownload.php?tag=03:实验9_短序列组装.docx">实验指导(实验9/word)</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=03:test.fq">测试数据test.fq</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=03:SAM详解.pdf">SAM格式说明</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=03:bwa-0.7.15.tar.bz2">bwa</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=03:samtools-1.3.1.tar.bz2">samtools</a>

</li>

</ul>

</td>

<td class="title">实验10 基因组的可视化</td>

<td class="context">

<ul>

<li>IGV的使用</li>

<li>相关下载：

<a href="./doDownload.php?tag=04:实验10_基因组的可视化.docx">实验指导(实验10/word)</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=04:IGV_2.3.90.rar">IGV</a>

</li>

</ul>

</td>

<td class="title">实验11 NGS数据初步分析</td>

<td class="context">

<ul>

<li>测序数据的模拟方法</li>

<li>SNP calling的方法</li>

<li>VCF格式</li>

<li>相关下载：

<a href="./doDownload.php?tag=05:实验11_识别SNP.docx">实验指导(实验11/word)</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=05:VCFv4.2.pdf">VCF格式说明</a>&nbsp;&nbsp;

<a href="./doDownload.php?tag=05:bcftools-1.3.1.tar.bz2">bcftools</a>

</li>

</ul>

</td>

<td class="title">优秀的博客资源</td>

<td class="context">

<ul>

<li><a href="http://www.biotrainee.com/index.php">生物技能树</a></li>

<li><a href="http://biobits.org/samtools_primer.html">SAMtools Tutorial</a>（与实验指导相互参照学习，可促进你更好的理解）</li>

<li><a href="http://blog.qiubio.com:8080/rbioconductor-2">糗世界</a>（R/Bioconductor学习可以参考）</li>

</ul>

</td>