Indonesiaren Ekialdeko Timorren inbasioa 1975eko abenduaren 7an hasi zen. Antikolonialismoaren aitzakiarekin Indonesiak Ekialdeko Timor militarki inbaditu zuen. Portugalen kolonizazioaren ostean FRETILINek gidatutako gobernua egon zen, eta hau modu bortitzean kaleratu zuten. Kalkuluek diote 100.000 soldadu eta zibiletik gora hil zirela, heriotza bortitzen ondorioz edo goseteen ondorioz.
Gerraren osteko lehenengo urteetan Indonesiako militarrek erresistentzia handia izan zuten mendietatik, baina 1977-1978tik aurrera Ameriketako Estatu Batuek eta Australiak emandako armak erabilita FRETILINen egitura suntsitu zituzten. Hala ere bi hamarkadetan zehar borrokak izan ziren Indonesiaren eta Ekialdeko Timorren aldeko taldeen artean. 1999an NBEk gidatutako erreferenduma egin zen eta independentziaren alde bozkatu zuten.