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Baez studierte an der [[Princeton University]] mit dem Bachelor Abschluss in Mathematik 1982 und wurde 1986 bei [[Irving Segal]] am [[Massachusetts Institute of Technology]] promoviert (''Conformally invariant quantum fields'').<ref>[http://www.genealogy.math.ndsu.nodak.edu/id.php?id=25152 Mathematics Genealogy Project]</ref> Als [[Post-Doktorand]] war er an der [[Yale University]] und seit 1989 lehrt er an der University of California in Riverside in der Fakultät für Mathematik.
 
John Baez arbeitet unter anderem auf den Gebieten der [[Loop-Quantengravitation]] (Spin-Schaum, Spin-Netzwerke) und [[Kategorientheorie]] und allgemein der Anwendung algebraischer Strukturen in der [[Physik]]. Von ihm und [[James Dolan]] stammt die [[Kobordismus-Vermutung]].
 
Bekannt ist John Baez vor allem durch seine Präsenz im [[Internet]], insbesondere durch seine in unregelmäßigen Abständen seit 1993 erscheinende Kolumne ''This Week's Finds in Mathematical Physics'', in der er über verschiedenste Themen der [[Physik]] und [[Mathematik]] schreibt, und welche er in mehreren [[Usenet]] [[Newsgroup]]s und auf seiner Homepage veröffentlicht. Er ist auch einer der Gründer des Gruppen-Blogs n-Theory-Café über höhere Kategorientheorie.
 
2010 beschloss er, beunruhigt durch globale Veränderungen wie den [[Globale Erwärmung|Klimawandel]], sich stärker Anwendungen zuzuwenden und ist gleichzeitig am Centre for Quantum Technologies der [[National University of Singapore]]. Er startete zum Thema globaler Klimawandel das wissenschaftliche Diskussionsforum ''Azimuth Project''.<ref>[http://www.azimuthproject.org/azimuth/show/HomePage Azimuth Project]</ref>