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Algunos son como el nuestro... excepto por uno o dos eventos importantes, exactamente iguales".|Lex Luthor|col2=}}
En un universo alternativo, el [[Joker (personaje)|Guasón]] destruye Metrópolis con una [[bomba atómica]] asesinando a miles de personas, luego detras engañar a [[Superman]], al guiarloaguiándolo a un submarino donde tenía a su esposa, [[Lois Lane]] secuestrada. Al entrar es atacado con el gas del miedo creado por [[El Espantapájaros]] mezclado con microparticulas de Kryptonita; el gas le hace creer a Superman que estaba ante [[Doomsday]], y tras llevarlo al espacio exterior, se da cuenta de que no era Doomsday, sino su esposa. Tras matar a su esposa y a su hijo no nato (ya que Lois Lane estaba embarazada), el Hombre de Acero, habiendo sido engañado por el GuasónJoker y consumido por un profundo dolor, lo asesina.
En el universo original varios héroes intentan detener a Lex Luthor y una serie de villanos. Cuando son derrotados, Lex le revela a Batman que le dio al GuasónJoker una bomba atómica y junto a sus compañeros van a detenerlo. Sin embargo, [[Hal Jordan|Linterna Verde]], [[Green Arrow]], [[Wonder Woman]], [[Aquaman]] y accidentalmente Batman y el mismo GuasónJoker son enviados a la dimensión alterna, donde descubren que la atrocidad de Superman llevó a una serie de acontecimientos que le convirtieron en un malvado dictador y líder de una organización llamada ''El Régimen'', donde los héroes y algunos villanos como [[Sinestro]] se unieron a él, excepto [[Batman]] y el [[Green Arrow]] de esa realidad, este último es asesinado por Superman por haberlo desafiado (en los cómics se explica también que el [[Capitán Átomo]], [[Canario Negro]], entre otros, trataron de combatir al Régimen del Superman alterno pero fueron asesinados o se rindieron). El Batman de la dimensión alterna se topa con Aquaman, Green Arrow, Wonder Woman y Linterna Verde, revelándoles que él, al ser el único héroe existente, los trajo a su dimensión para que lo ayudaran, aunque el Batman de la dimensión original es secuestrado por el Régimen tras una pelea con el Guasón. Este último se topa con una [[Harley Quinn]] que lo ayuda, pero tras un ataque a su guarida, Harley revela que se unió a Batman junto a [[Lex Luthor]] y [[Deathstroke]] para detener a Superman.
Batman le dice que el GuasónJoker no es confiablefiable, por lo que lo envía a una prisión. Mientras tanto, el Superman original, [[Barry Allen|Flash]] y [[Cyborg (personaje)|Cyborg]] de esa realidad tratan de dar con los héroes desaparecidos. Tras encontrarlos, intentan llegar adonde están con una máquina de transportación, aunque Cyborg es el único que es enviado a la otra dimensión. Mientras tanto, Batman busca un láser de [[kryptonita]] que se encuentra en la [[Batcueva]] y junto a sus compañeros va a buscarla.
Posteriormente, los héroes van a la Isla Stryker a salvar al Batman original. Tras lograr su cometido, Lex Luthor se dispone a asesinar a Superman aunque el [[Shazam (DC Comics)|Shazam]] alternativo lo evita y provoca que el Hombre de Acero lo asesine delante de Shazam, que no sale de su asombro al ver lo que este Superman alterno había hecho. Sin embargo, el hecho es comentado por todo el mundo lo cual Superman escucha con su super oído lo cual lo enfurece.
Finalmente, el Superman original junto a varios héroes libera a la humanidad del Régimen, aunque es atacado por Doomsday, que está siendo controlado por su yo alterno. Decide que no sería adecuado pelear contra él en Metrópolis, por lo que lo lleva hasta la [[Fortaleza de la Soledad]]. El Superman original es capaz de derrotarlo y lo manda a la zona fantasma. Su yo alterno llega al lugar, comienzan a discutir y finalmente le desafía a una pelea. Tras ser derrotado el Régimen, es encarcelado y todos vuelven a su universo original. Batman le revela a Superman que su copia fue encerrada en una prisión que emitía pequeñas radiaciones de [[Gigante Roja|Soles rojos]]. Superman entonces admite que si él hubiera corrido el mismo destino que su copia, éste probablemente habría reaccionado igual, pues nunca sabemos de qué somos capaces, tras lo cual Batman le dice que si alguna vez ocurre, irá a por él. La historia termina con su copia en dicha prisión en la que se puede apreciar cómo sigue siendo capaz de usar de manera limitada, la visión de calor.
== Modo de juego ==
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