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    Introduccion Genomica Funcional

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    jubatus.libro
    Este documento presenta una introducción a la genómica funcional, que busca entender la relación entre el genotipo y el fenotipo estudiando los genes, ARN y proteínas a diferentes niveles. Se describen técnicas como microarrays de ADN y ARN, chips de SNPs, secuenciación de nueva generación y bases de datos para almacenar y analizar la gran cantidad de datos generados. El objetivo final es realizar la anotación estructural y funcional del genoma para comprender mejor su funcionamiento.

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    Introduccion Genomica Funcional

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    Este documento presenta una introducción a la genómica funcional, que busca entender la relación entre el genotipo y el fenotipo estudiando los genes, ARN y proteínas a diferentes niveles. Se describen técnicas como microarrays de ADN y ARN, chips de SNPs, secuenciación de nueva generación y bases de datos para almacenar y analizar la gran cantidad de datos generados. El objetivo final es realizar la anotación estructural y funcional del genoma para comprender mejor su funcionamiento.

    Descripción original:

    RNA-seq

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    Este documento presenta una introducción a la genómica funcional, que busca entender la relación entre el genotipo y el fenotipo estudiando los genes, ARN y proteínas a diferentes niveles. Se describen técnicas como microarrays de ADN y ARN, chips de SNPs, secuenciación de nueva generación y bases de datos para almacenar y analizar la gran cantidad de datos generados. El objetivo final es realizar la anotación estructural y funcional del genoma para comprender mejor su funcionamiento.

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    Este documento presenta una introducción a la genómica funcional, que busca entender la relación entre el genotipo y el fenotipo estudiando los genes, ARN y proteínas a diferentes niveles. Se describen técnicas como microarrays de ADN y ARN, chips de SNPs, secuenciación de nueva generación y bases de datos para almacenar y analizar la gran cantidad de datos generados. El objetivo final es realizar la anotación estructural y funcional del genoma para comprender mejor su funcionamiento.

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    Genmica funcional

    Introduccin
    Valencia, Septiembre 2011
    CEFIRE
    Jorge Jimnez
    jjimeneza@cipf.es
    http://www.bioinformatico.es
    Bioinformatics and Genomics Department
    Centro de Investigacion Principe Felipe (CIPF)
    (Valencia, Spain)

    Definicin y objetivos

    Entender la relacin entre el genotipo y el fenotipo

    Entender la funcin de los genes y la de los dems


    componentes del genoma

    Estudio a nivel de ADN, ARN y protena

    Utiliza datos generados por mquinas de alto


    rendimiento

    Estructura de un gen

    Exones, intrones, zonas UTR


    5'-UTR 3'-UTR Zona codificante
    ADN
    ARNm
    Protena
    Zona codificante
    Transcripcin
    Traduccin
    Plegamiento

    Niveles

    ADN: SNPs, CNVs, etc.

    ARN: expresin, microARN, etc.

    Protenas: interacciones protena-protena

    Anotacin genmica

    Anotacin funcional
    BIOINFORMTICA!!
    Arrays
    NGS

    ADN
    SNP
    Consecuencias

    SNP
    Tcnicas de deteccin:
    - Secuenciacin: Sanger
    - Espectrofotometra de masas
    - single-strand conformation polymorphism (SSCP)
    - Anlisis electroqumico
    - HPLC y electroforesis en gel
    - restriction fragment length polymorphism
    - Anlisis por hibridacin
    Tcnicas de alto rendimiento
    - Chips de SNPs
    - NGS: anlisis de exoma, secuenciacin genoma completo,
    resecuenciacin dirigida

    ADN - CNVs
    CNVs (12%)
    Deteccin:
    - CGH array: comparacin
    entre dos muestras.
    - Arrays de SNPs
    - NGS

    Secuenciacin de rimera
    generacin

    C!is de ADN

    Primer mtodo de alto rendimiento

    Capaces de determinar genes, SNP, mRNA,


    CNVs,...

    Medida en diferentes condiciones

    Anlisis a escala genmica



    "icroarrays de ADN

    #abelling t!e Samle
    Fluorescent
    Dye

    $ibridacin

    A%N
    Queremos saber qu genes
    estn expresados en
    condiciones celulares muy
    concretas
    Somos capaces
    de extraer todas las
    molculas de mARN
    presentes en las clulas
    y conocer el nivel de expresin
    como el indicador de la
    concentracin en la muestra
    biolgica

    E&ression "easurement
    Detectaremos
    aquellos genes
    que se estn
    expresando
    cuando se unan a
    las sondas
    marcadas
    Cunto mayor sea
    la florescencia,
    mayor ser la
    concentracin del
    transcrito

    Esc'ner del microarray
    Somos capaces de
    cuantificar cada punto
    del microarray y
    asociarlo a su transcrito

    #os datos
    Para cada muestra
    biolgica
    La medida de
    intensidad es un
    indicador de la
    expresin gnica
    2460.6 200024_at
    1202.8 200023_s_at
    1254.8 200022_at
    1018.1 200021_at
    212.1 200020_at
    1069.9 200019_s_at
    3964.2 200018_at
    889.4 200017_at
    1058.7 200016_x_at
    124.1 200015_s_at
    138.7 200014_s_at
    1572.9 200013_at
    2606.3 200012_x_at
    132.5 200011_s_at
    1228.6 200010_at
    395.6 200009_at
    421.9 200008_s_at
    606.5 200007_at
    1712.6 200006_at
    312.8 200005_at
    1071.6 200004_at
    1232.7 200003_s_at
    1868.4 200002_at
    586.5 200001_at
    134.4 200000_s_at
    Obtenemos la
    intensidad de
    fluorescencia de miles
    de transcritos

    Varios "icroarrays

    C!is de SNPs

    Anlisis de miles de SNPs a la vez

    Aplicaciones

    Gentica de poblaciones

    GWAS

    Anlisis de enfermedades

    Anlisis del nmero de copias del SNP



    NGS

    Caractersticas ms importantes:

    Paralelizacin del proceso

    Generacin de millones de secuencias por


    experimento

    Ventajas

    Barato

    Gran versatilidad de anlisis



    NGS

    Se utitilizan para secuenciacin de novo,


    resecuenciacin dirigida de ADN (ej: exoma) y
    estudio de expresin (RNA-Seq)

    Secuenciadores de segunda generacin

    Plataformas ms importantes:

    454 pirosecuenciacin

    Illumina

    SOLiD

    etc.

    NGS

    %evolucin tecnolgica

    Comarativa de lataformas

    NGS
    Ensamblaje
    A
    G
    454-Pirosecuenciacin
    Lecturas largas
    Secuenciacin de genomas
    SOLiD - Illumina
    Lecturas cortas
    Resecuenciacin ADN
    Alineamiento

    E&oma
    Librera
    Captura
    Secuenciacin
    Alinemamiento
    Obtencin de variantes
    Bioinformtica

    %NA-Se(

    %NA-Se(

    %NA-Se(
    Microarrays de ARN
    - restringido a las sondas en el
    diseo
    - necesita conocer el genoma
    - no es especfico de cadena
    - difcil trabajar con exones
    - no aporta informacin sobre la
    secuencia de los transcritos
    - difcil de detectar transcritos
    poco raros
    - tcnica y anlisis muy
    optimizado
    RNA-Seq
    - deteccin de transcrito no dirigida
    - no necesita genoma de referencia
    - especfico de cadena
    - descubrimiento de splicing
    - detecta variaciones en el ADN
    - detecta transcritos raros

    micro%NAs
    Mecanismos de actuacin:
    - degradacin de la protena durante la
    traduccin
    - inhibicin de la elongacin de la
    traduccin
    - terminacin prematura de la traduccin
    (disgregacin de los ribosomas)
    - inhibicin de la iniciacin de la
    traduccin
    Tcnicas de deteccin:
    - RT-PCR + qRT-PCR
    - Microarrays de expresin
    - NGS

    )nteracciones rote*na-rote*na

    Tcnicas de deteccin moleculares

    Doble hbrido

    Espectrofotometra de masas

    Tcnicas de alto rendimiento

    Microarrays de expresin

    )nteracciones rote*na-rote*na

    Anotacin genmica

    Identificacin de elementos del genoma

    Anotacin estructural: bsqueda de genes y otros


    elementos en el genoma

    Bsqueda de secuencias de traduccin

    Bsqueda de dominios

    Comparacin con bases de datos: BLAST



    Anotacin genmica

    Una vez se han encontrado los posibles elementos,


    se procede a la anotacin funcional:

    Definir posibles funciones

    Comparar con bases de datos

    Anotar con bases de datos (Gene Ontology)

    Ejemplo de grandes proyectos:

    ENCODE (http://www.genome.gov/10005107)

    ENSEMBL (http://www.ensembl.org)

    +ases de datos

    Toda esta informacin se recopila en bases de datos:

    GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)

    dbSNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)

    Reactome (http://www.reactome.org)

    PDB (http://www.rcsb.org)

    Uniprot (http://www.uniprot.org)

    Etc.

    %esumen
    ADN ARN Protena
    Anotacin estructural y funcional
    Bases de datos

    Gracias por vuestra atencin!!
    Preguntas?

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