Proyecto G2 Final U Agosto 6

DISEO DE UNA APLICACIN INTEGRAL PARA EL CLCULO DE
ENERGAS DE SISTEMAS MOLECULARES A TRAVS DE HERRAMIENTAS

LIBRES
JUAN CAMILO GONZLEZ ARIZA
UNIVERSIDAD ANTONIO NARIO

FACULTAD INGENIERA DE SISTEMAS
BOGOT D.C
2015
DISEO DE UNA APLICACIN INTEGRAL PARA EL CLCULO DE

ENERGAS DE SISTEMAS MOLECULARES A TRAVS DE HERRAMIENTAS
LIBRES
JUAN CAMILO GONZLEZ ARIZA
Tesis de Grado como requisito para optar al ttulo de Ingeniero de Sistemas

y Computacin
Directores de Proyecto
JORGE CAMARGO, Ph.D. Ing. Sistemas y Computacin
CRISTIAN BUENDIA ATENCIO, Ph.D. en Ciencias Qumicas
Asesor Metodolgico
ROSALBA CRUZ CEPEDA
Licenciada en Educacin
UNIVERSIDAD ANTONIO NARIO

FACULTAD INGENIERA DE SISTEMAS
BOGOT D.C
2015
Nota de la aceptacin:
_____________________________
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____________________________
Firma del Presidente del Jurado
_____________________________
Firma del Jurado
_____________________________
Firma del Jurado
TABLA DE CONTENIDO
Pg.
1.
PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA........................................................................ 1

1.1.
DESCRIPCIN DEL PROBLEMA ...................................................................... 1
1.2 FORMULACIN DEL PROBLEMA ......................................................................... 3

1.2.1. Problema General ........................................................................................... 3
1.3. JUSTIFICACIN ..................................................................................................... 3
1.4. OBJETIVOS............................................................................................................ 4
1.4.1. Objetivo general .............................................................................................. 4
1.4.2. Objetivos Especficos ..................................................................................... 4
1.5. ALCANCES Y LIMITACIONES DEL PROYECTO .................................................. 4
1.5.1. Alcance ............................................................................................................ 5
1.5.2. Limitaciones .................................................................................................... 5
2.
METODOLOGA ........................................................................................................ 7
2.1. MUESTRA POBLACIONAL.................................................................................... 8
2.2. INSTRUMENTOS.................................................................................................... 8
2.2.1. Aplicativo para Termoqumica ....................................................................... 8
2.2.2. Manual tcnico ................................................................................................ 8
3.
MARCO DE REFERENCIA ...................................................................................... 10

3.1. MARCO TERICO ............................................................................................... 10
3.1.1. Ingeniera de Software .................................................................................. 13
3.1.2. Metodologa de desarrollo ........................................................................... 14
3.1.3. Lenguaje de Modelamiento Unificado UML ................................................ 15
3.1.4. Mtodos y Tcnicas ...................................................................................... 15
3.1.5. Arquitectura de Software ............................................................................. 16
3.2. ESTADO DEL ARTE ............................................................................................ 16
3.3. MARCO LEGAL.................................................................................................... 21
3.3.1. Proyecto de Acuerdo no. 050 de 01/02 de 2007 .......................................... 21
4.
DESARROLLO DEL PROYECTO ............................................................................ 22
4.1. Estado inicial del negocio ............................................................................... 42

4.1.1. Modelado del sistema ................................................................................... 43
4.1.2. Definicin de actores del negocio ............................................................... 43
4.1.3.Casos de uso del negocio actual Calculo de Energas Moleculares .......... 44
4.2.
REQUERIMIENTOS .......................................................................................... 50
4.2.1. Requerimientos funcionales ........................................................................ 51

4.2.2.
Requerimientos no funcionales............................................................... 51
4.2.3. Modelado del Sistema My Chemical Energy ............................................... 52

4.2.4. Estructura de la aplicacin My Chemical Energy ....................................... 53
4.2.5. Objetivos del sistema ................................................................................... 53
4.2.6. Restricciones del sistema My Chemical Energy......................................... 54
4.2.7. Definicin de los actores de My Chemical Energy ..................................... 54
4.2.8. Casos de Uso de My Chemical Energy. ...................................................... 55
4.2.8.1. Caso de uso general de My Chemical Energy. ........................................ 55
4.2.8.2. Casos de uso del usuario y Sistema ........................................................ 56
4.2.9. Diagrama de secuencia de los mdulos AplicacionMy Chemical Energy 58
4.2.10 Prototipos de las Interfaces ........................................................................ 58
4.3.
ANLISIS DEL DISEO ................................................................................... 60
4.3.1. Modelo entidad relacin del sistema ........................................................... 60

4.3.2. Diagramas de clases .................................................................................... 60
4.3.3. Diagrama de Componentes .......................................................................... 63
4.4. IMPLEMENTACIN .............................................................................................. 65
4.4.1. Herramientas de Desarrollo ......................................................................... 65
4.4.2. Resultado final de la implementacin ......................................................... 65
4.5. MODELO DE PRUEBAS ...................................................................................... 65
4.5.1. Plan de pruebas ............................................................................................ 65
4.5.2 Objetivo general de la prueba ....................................................................... 66
4.5.3. Descripcin casos de prueba ...................................................................... 66
4.5.4.Ejecucin de pruebas .................................................................................... 66
4.6. REQUISITOS DEL SISTEMA (SOFTWARE Y HARDWARE) ............................... 68
4.7.
PRODUCTOS DE TRABAJO DE INSTALACIN ............................................. 68
4.8.
AMBIENTE DE DESPLIEGUE .......................................................................... 69
5.
RESULTADOS OBTENIDOS ................................................................................... 70
8. GLOSARIO DE TRMINOS ........................................................................................ 86

9. BIBLIOGRAFA ........................................................................................................... 87
LISTA DE FIGURAS
Pg.
Figura 1. Flujos del proceso para la completar el proyecto MyChemicalEnergy. ................ 22
Figura 2. Descripcin de un input General de Psi4. ................................................................ 25
Figura 3. Descripcin del paso 1 del mtodo G1. .................................................................... 26
Figura 5. Descripcin del paso 3 del mtodo G1. ..................................................................... 28
Figura 8. Descripcin del paso 6 del mtodo G1. ..................................................................... 31
Figura 9. Operaciones para la obtencin de energas del mtodo G1 ................................. 32
Figura 10. Resumen de procesos del mtodo G1 ................................................................... 33
Figura 11. Descripcin del paso 7 del mtodo G2 en Psi4. ................................................... 34
Figura 14. Descripcin del paso 10 del mtodo G2 en Psi4. ................................................. 37
Figura 15. Descripcin del paso 11 del mtodo G2 en Psi4. ................................................. 38
Figura 16. Resumen de procesos del mtodo G2 ................................................................... 39
Figura 17. Energas finales.......................................................................................................... 40
Figura 18. Clculo energa de atomizacin. ............................................................................. 41
Figura 19. Calores de formacin a 0K. ...................................................................................... 41
Figura 20. Calores de formacin a 298K................................................................................... 42
Figura 21. Modelado del negocio Para Obtencin de Energas Moleculares. ..................... 43
Figura 22. Diagrama de casos de uso ejecucin en el Modelo actual. ................................. 44
Figura 23. Diagrama de Casos de uso de consulta de datos en el output. .......................... 46
Figura 24. Diagrama de casos de uso operar los valores. ...................................................... 47
Figura 25. Diagrama de casos de uso Obtener energas finales. .......................................... 48
Figura 26. Modelado del sistema propuesto. ............................................................................. 52
Figura 27. Diagrama casos de uso ............................................................................................. 55
Figura 28. Diagrama usuario aplicacin. .................................................................................... 55
Figura 29. Diagrama caso de uso general. ................................................................................ 56
Figura 30. Diagrama caso de uso de la ejecucin de un Experimento. ................................ 56
Figura 31. Diagrama de secuencia general del sistema. ......................................................... 58
Figura 32. Interfaz grfica Visualizacin de resultados. .......................................................... 59
Figura 33. Interfaz grfica Ingreso de datos. ............................................................................. 60
Figura 34. Diagrama de clases Operate..................................................................................... 61
Figura 35. Diagrama de clases Simulation. ............................................................................... 62
Figura 36. Diagrama de clases Energies (Clculo de energas finales). .............................. 63
Figura 37. Diagrama de componentes. ...................................................................................... 64

Figura 38. Archiv config.txt. ........................................................................................................ 71
Figura 39. Ubicarse en el directorio bin. ..................................................................................... 72
Figura 40. Ejecutar .jar para modo grfico. ................................................................................ 72
Figura 41. Modo Grfico. .............................................................................................................. 73
Figura 42. Acceso a SetupCalculation. ....................................................................................... 74
Figura 43. SetupCalculation Ejecucin. ...................................................................................... 75
Figura 44. Ejecucin finalizada. ................................................................................................... 76
Figura 45. Lnea de ejecucin. ..................................................................................................... 77
Figura 46. OutPut de resultados. ................................................................................................. 78
LISTA DE TABLAS
Pg.
Tabla 1. Actores delnegocio. ........................................................................................................ 44
Tabla 2. Caso de uso ejecutar proceso. ..................................................................................... 45
Tabla 3. Casos de Uso de Consulta de datos en el output. .................................................... 46
Tabla 4. Casos de uso Operar los valores. ................................................................................ 47
Continuacin. Tabla 4. Casos de uso Operar los valores. ...................................................... 48
Tabla 5. Casos de uso Obtener energas finales. ..................................................................... 48
Continuacin. Tabla 5. Casos de uso Obtener energas finales. ........................................... 49
Continuacin. Tabla 5. Casos de uso Obtener energas finales. ........................................... 50
Tabla 6. Requerimientos funcionales.......................................................................................... 51
Tabla 7. Requerimientos no funcionales. ................................................................................... 51
Continuacin. Tabla 7. Requerimientos no funcionales. .......................................................... 52
Tabla 8. Objetivos del Sistema. ................................................................................................... 53
Tabla 9. Restricciones de la aplicacin MyChemicalEnergy. .................................................. 54
Tabla 10. Definicin actores del sistema. ................................................................................... 54
Tabla 11. Caso de uso ejecucin de un experimento. ............................................................. 57
Tabla 12. Nombres de usuario. .................................................................................................... 67
Tabla 13. Pruebas funcionalidad y aceptacin. ......................................................................... 68
Tabla 14. Mtodo G1, Gaussian 09 por pasos travs del MyChemicalEnergy. ................... 79
Tabla 15. Mtodo G1, PSI4 por pasos a travs del MyChemicalEnergy. ............................. 80
Tabla 16. Comparativa de valores nivel G1 por el programa desarrollado. ......................... 81
Tabla 17. Comparativa de valores nivel G2 por el programa desarrollado. ......................... 82
LISTA DE ANEXOS
Anexo A Manual Tcnico
AnexoBSoftware
Anexo C Inputs
RESUMEN
La qumica computacionalemplea diversos programas de clculo para estimar

energas moleculares de sistemas qumicos en estado gaseoso. Actualmente la
Universidad Antonio Narioviene desarrollando trabajos de investigacin para
calcular valores de energas moleculares como parmetro en la obtencin
devalores termodinmicos de compuestos qumicos de importancia ambiental.
Estas investigaciones se desarrollan a travs de programas de clculo como
Gaussian y Psi4, el primero de estos es un programa de tipo propietario y el
segundo es de tipo software libre.
El presente proyecto utiliza el programa Psi4 para estimar energas moleculares
como una segunda alternativa econmica en la estimacin de propiedades
termodinmicas a partir de la implementacin automtica o por pasos de los
mtodos compuestos Gn.Este software puede dar inicio a una comparacin entre
los diferentes tipos de programas para este tipo de clculos.
El Aplicativo presentado en este proyecto esMyChemicalEnergyelque funciona
bajo el sistema operativo Linux, y fue desarrollado con diversas disciplinas, fases y
roles de la metodologa xp (Extreme Programming) y el Lenguaje de modelado
UML (UnifiedModelingLanguaje).
INTRODUCCIN
En la actualidad estn disponibles una gran gama de herramientas libres

(programas o software) que tienen como objetivo principal brindar soporte a toda
una gran comunidad que trabaja en ciencias bsicas y en diversos campos de las
ingenieras. Es as como la mayora de los sistemas operativos basados en Linux
tienen incluidos algunos de estos programas en su distribucin, por ejemplo los
distros UBUNTU y DEBIAN (sistemas operativos basados en Linux) incluyen en su
centro de aplicaciones1ms de 100 paquetes en las reas de biologa, qumica,
matemticas, electrnica, geografa, astronoma, entre otros. Ante este desarrollo
informtico, existen muchas comunidades que trabajan en la evolucin de estos
paquetes para mejorar sus plataformas y aumentar su implementacin2.
La utilizacin de estos programas en qumica ha tenido una gran aceptacin
debido a que es posible predecir propiedades fisicoqumicas con gran precisin
respecto a los valores experimentales3.
En la investigacin de procesos atmosfricos donde es imposible trasladar
equipos de medicin a la alta atmosfera (estratosfera 50 Km de altitud) se hace
necesario realizar procesos de simulacin que involucran las reacciones de
contaminantes qumicos con otros compuestos propios de la atmosfera que estn
relacionados con fenmenos tales como la precipitacin cida a travs de las
lluvias y el deterioro del ozono atmosfrico4.
https://packages.debian.org/sid/science/science-engineering
LUC LEHOBEY Frederic Daniel,TILLEAndreas,LEDRUSylvestre.Debian Science Team.debianscience.maint.Debian Science Team

3
NEESE Frank , LehrstuhlfrTheoretischeChemie, Universitt Bonn, InstitutfrPhysikalische und
TheoretischeChemie,Bonn,Germany.Wegelerstrasse 12, D-53115
4
BUENDA ATENCIO Cristian, LEYVA Vernica, GONZLEZ Leticia. Thermochemistry and UV Spectroscopy of
AlkylPeroxynitrates; Buenos Aires, Argentina, J. Phys. Chem. A, (2010), 114 (35), pp 95379544
Para simular las reacciones y encontrar las energas moleculares, se utilizan

diferentes modelos fisicoqumicos incorporados en programas de clculo para la
prediccin de diferentes propiedades fsicas y qumicas de sistemas moleculares.
Estos programas reemplazan el proceso de reproducir las reacciones en el
laboratorio, permitiendo encontrar los mismos resultados de manera precisa,
rpida y eficaz, sin incurrir en altos costos de experimentacin y materiales.
Existen diferentes tipos de programas que permiten realizar este proceso de
simulacin, algunos tienen un costo de licenciamiento (software propietario) y
otros son distribuidos de manera libre (software libre). Dentro del software
propietario se encuentra Gaussian 095 (G09), que est catalogado como una de
las herramientas de software ms completas y eficientes, dada su amplia gama de
mtodos y procedimientos que otras herramientas no poseen. Con G09 se pueden
investigar una gran cantidad de sistemas qumicos. La licencia para este
programa tiene un costo igual o superior a los USD $6900 dependiendo del tipo de
licencia adquirida6.
En la categora de software libre existe una gran variedad de programas (p.ej.
NWChem 7, ORCA 8, GAMESS 9, GROMACS10, PSI411 , entre otros.) que cuentan
FRISCH M . J., et al. Gaussian 09; Wallingford CT., Gaussian, Inc., (2009).
Gaussian, Inc. Academic Price ListPRICING FOR DEGREE-GRANTING INSTITUTIONS OUTSIDE THE
USAhttp://www.gaussian.com/g_prod/prix/acad_non-us.pdf(Citado el 28 de Octubre de 2014)
6
VALIEV M. , BYLASKA E.J. , GOVIND N. ,KOWALSKI K. , STRAATSMA T.P. , VAM DAM H.J.J. ,WANG D. ,
NIEPLOCHA J. , APRA E. ,WINDUS T.L. ,JONG W.A., "NWChem: a comprehensive and scalable open-source
solution for large scale molecular simulations"; Iowa,Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010).
8
NEESE F. ORCA: An Ab Initio, Density Functional and Semiempirical Program Package; Universitt Bonn,
Bonn, Germany (2007).
9
GORDON M.S., SCHMIDT M.W. Theory and Applications of Computational Chemistry: the first forty years;
Amsterdam, Elsevier, (2005). PP. 1167-1189.
10
VAN DER SPOLEV D, LINDAHL E, HESS B, GROENHOF G,MARK AE, BERENDSEN HJ. GROMACS: fast,
flexible, and free; Groningen. J Comput Chem. (2005). 26 (16): 170118.
11
TURNEY J. M. T,SIMMONETT A. C., PARRISH R. M., HOHENSTEIN E. G.,EVANGELISTA F.,FERMANN J. T.,
MINTZ B. J., BURNS L. A.,WILKE J. J.,ABRAMS M. L., RUSS N. J., LEININGER M. L.,JANSSEN C. L., SEIDL E. T.,
con mtodos y procedimientos para simular el comportamiento de las molculas y

sus energas12.
Actualmente en el Departamento de Qumica de la Facultad de Ciencias de la
Universidad Antonio Nario(UAN), se estn desarrollando diversas investigaciones
para estimar las energas moleculares y poder identificar la reactividad en
sistemas biolgicos y ambientales a travs de diversos software libres y del tipo
propietario como Gaussian 09. Respecto a las herramientas libres se estn
llevando a cabo simulaciones para el clculo de energas que son validadas junto
con el programa G09.
Este proyectotubo como desarrollo herramienta de software que integr productos
de software libre que existen en el campo de la Qumica computacional, para
determinar los valores energticos de diversos sistemas moleculares, para mejorar
el tratamiento y calidad de la informacin de los procesos de simulacin. La
herramienta estar orientada para el cmodo manejo y uso de los usuarios finales,
con una interfaz grfica amigable, intuitiva y de fcil uso, de tal manera que la
herramienta realizar los clculos, dependiendo de los mtodos seleccionados
para encontrar los valores energticos.
ALLEN W. D.,SCHAEFER H. F., KINGR. A.,VALEEV E. F., SHERRILL C. D., AND T. D. Crawford. Psi4: An opensource ab initio electronic structure program;WIREsComput.(2012) Mol. Sci. 2, 556.
12
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_quantum_chemistry_and_solid-state_physics.(Citado el 28 de
Octubre de 2014)
1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA
1.1.
DESCRIPCIN DEL PROBLEMA
La qumica computacional es una rama de la qumica que se basa en principios de

la computacin para resolver problemas qumicos. Utiliza fundamentos fsicomatemticos incorporados en eficientes programas de clculo para la prediccin y
estimacin de una serie de propiedades atmicas y moleculares, como las
energas
atmicas
estructurales,
y/o
densidad
moleculares,
electrnica,
optimizacin
momentos
de
las
dipolares,
coordenadas
cuadripolares,
estimacin de propiedades termoqumicas, entre otras.

Algunos programas licenciados de uso en qumica computacional como
GAUSSIAN 09, MOLPRO, ADF, CASTEP, GAMESS-UK, MOLCAS, JAGUAR, QCHEM, GROMOS, SPARTAN, entre otros, se pueden obtener con el pago de altos
costos de dinero en el mercado. Sin embargo, en la actualidad se pueden acceder
a herramientas libres como GAMESS, ABINIT, ORCA, GROMACS, NWCHEM,
PSI, COLUMBUS, MOPAC, etc.
Ante este panorama de oportunidades para realizar procesos de simulacin
cuntica, existe una marcada diferencia entre los software de tipo licenciado y
libre, por ejemplo los software licenciados vienen acompaados de sus propios
programas de interfaz grfica que permiten al usuario aprovechar al mximo sus
capacidades, tiempo de trabajo y organizacin en el tratamiento de datos
estimados de una manera amigable en diversos sistemas operativos (Windows,
Linux, ios), mientras que las herramientas libres en su mayora se encuentran en
desventaja debido a que solo trabajan bajo el sistema operativo LINUX, no
disponen de manuales, no desarrollan programas de interfaz grfica propia, son
de difcil instalacin y la creacin e interpretacin de los archivos de entrada y de
salida son complicados para un usuario inexperto o tradicional del S.O Windows
que no emplea la consola de comandos para trabajar.
Lo anterior tiene como consecuencia la subvaloracin y subutilizacin de los
paquetes informticos del tipo Software Libre y el aumento en ventas de licencias
de software de uso comercial.
Particularmente en el rea de la termoqumica computacional que tiene una amplia
aplicacin en el estudio de sistemas moleculares atmosfricos a partir de la
estimacin de propiedades termodinmicas (H, S y G) de sistemas
atmicos y moleculares, se presenta la incomodidad de que al finalizar un clculo
se hace necesario consolidar la informacin obtenida a travs de tablas que son
generadas con tabulaciones a mano o se utilizan plantillas de Excel para cada
sistema estudiado, debido a que no tiene una funcin automtica. Lo anterior
afecta la confiabilidad y calidad de los resultados, por la alta probabilidad de
cometer errores de tipo humano, que pueden incurrir en demoras en la generacin
de resultados de la investigacin.
Por lo expuesto anteriormente, el objetivo de este proyecto es generar un prototipo
de software que optimice el clculo de propiedades termodinmicas de sistemas
atmicos y/o moleculares, a travs de la implementacin de herramientas de
software libre existentes en la qumica computacional para mejorar el tratamiento y
calidad de la informacin. El prototipo ofrecer a los usuarios una opcin de
computacin de bajo costo y un cmodo manejo de los datos estimados en los
procesos de simulacin.
1.2 FORMULACIN DEL PROBLEMA

1.2.1. Problema General
Las falencias que se presentan en la Universidad Antonio Nario en el rea de
investigacin en qumica estn relacionadas al manejo de datos en la estimacin
de propiedades termodinmicas (H, S y G) como un subproceso en la
estimacin de las energas moleculares. Se pretende solucionar esta situacin a
travs de un aplicativo bajo el sistema operativo Linux que permita ejecutar
clculos en los programasGaussian 09 de uso privativo y Psi4 de licencia libre, en
la estimacin de las propiedades termodinmicas de forma automtica a travs de
los mtodos G1 y G2.
1.3. JUSTIFICACIN
Este proyecto se considera relevante abordarlo, por cuanto, beneficiar a la
comunidad cientfica, no solo de la Universidad Antonio Nario, sino a todas las
personas que estn relacionadas con la termoqumica computacional para clculo
de energas moleculares, de molculas compuestas por elementos del primer al
tercer periodo en la tabla peridica debido a la disminucin en los tiempos de
gestin, manejo de datos y muestra de resultados; en los procesos de estimacin
y prediccin de fenmenos a estudiar en sistemas qumicos de difcil o imposible
acceso experimental. La herramienta mejorar la forma en que se realizan las
investigaciones que se llevan en el campo, especficamente la termoqumica
computacional.
Se busca reducir el tiempo en el proceso de tratamiento en datos generados por la
simulacin, automatizando los resultados y disminuyendo la posibilidad de error en
el proceso. Beneficiar a la comunidad cientfica, agilizando los clculos y evitando
gastos en cada simulacin. Adems se puede obtener resultados de los
procedimientos sin realizarlos en el laboratorio, ahorrando costos en la
adquisicin, compra o arriendo de mquinas especializadas y reactivos qumicos
que son costosos y difciles de conseguir.
A nivel profesional permite abordar el conocimiento de manera interdisciplinaria,

con
aportes desde
la
qumica
computacional, modelos termodinmicos,
construccin de software, modelos de investigacin y simulacin, que enriquecen

la formacin como ingenieros.
1.4. OBJETIVOS
1.4.1. Objetivo general
Implementar un prototipo de software para el clculo de energas de sistemas
moleculares y propiedades termodinmicas, integrando las herramientas de
software libre que existen en el campo de la qumica computacional para mejorar
el tratamiento y calidad de la informacin de los procesos de simulacin que
permitan el fcil y rpido anlisis de los resultados estimados.
1.4.2. Objetivos Especficos
Conocer los procesos actuales que se ejecutan para calcular las energas
moleculares.
Comprender la estructura funcional, flujo de datos, entradas y salidas de

Gaussian como punto de referencia, que permita comparar los resultados que
se obtengan con la implementacin de procesos de simulacin, mediante la
integracin de funcionalidades de PSI4.
Disear e implementar un prototipo de software para determinar las energas

moleculares, partiendo de los primeros mtodos compuestos Gn (G1y G2) con
los programas PSI4 y Gaussian 09.
1.5. ALCANCES Y LIMITACIONES DEL PROYECTO
1.5.1. Alcance
Al finalizar el proyecto, se tendr una herramienta de software cmoda para el
manejo de la comunidad cientfica, con una interfaz grfica amigable, intuitiva y de
fcil uso. Tambin se podr ejecutar por modo consola.
El software acepta el ingreso de las variables de las molculas, los valores

energticos sern relacionados y almacenados formando una base de datos
(Archivo de almacenamiento) molculas.
Se puede agregar o modificar los clculos por pasos de los mtodos

compuestos Gnde forma automtica o manual y observar la precisin de los
mismos.
Dadas las entradas, la herramienta realiza los clculos dependiendo del

mtodo seleccionado, para encontrar las propiedades termodinmicas (H,
S y G) o propiedades energticas en termoqumica.
Se puede aplicar a la comunidad estudiantil y cientfica, tanto de la Universidad

Antonio Nario como a nivel externo.
Se tiene un Manual tcnico de la aplicacin, donde se encontrarn instructivos

de configuracin y/o instalacin del aplicativo, as los requerimientos
tecnolgicos que son necesarios para el correcto funcionamiento de la
herramienta. Se especificar en detalle la funcionalidad de cada componente
del aplicativo, adems de un breve diccionario tcnico de conceptos que salen
al momento de que ocurre un error.
1.5.2. Limitaciones
La investigacin se limita a la observacin y reutilizacin de las herramientas

existentes
de
software
libreOpenSource,
para
determinar
energas
moleculares. El proyecto busca mejorar la usabilidad rendimiento del proceso.
No se buscar mejorar los mtodos existentes en la qumica computacional, si

no la implementacin de estos mtodos en una sola herramienta de fcil uso
para la comunidad cientfica.
La herramienta solo manejar los procesos y mtodos involucrados en hallar

las energas moleculares, aunque el software estar disponible para adicionar
diferentes mtodos (funcionalidades).
El Aplicativo no puede comunicar en qu estado se encuentra la ejecucin en

Gaussian o de Psi4, motivo por el cual puede suceder que no haya respuesta
alguna si se envan datos no permitidos a alguno de los programas.
2. METODOLOGA
El desarrollo del proyecto se inici con una indagacin sobre los diferentes
software para determinar las propiedades termodinmicas (H, S y G) y las
herramientas de clculo libre ms apropiadas en el desarrollo de aplicaciones de
este tipo. Posteriormente, se dise y desarroll el aplicativo bajo el sistema
operativo Linux con el fin de facilitar el servicio a los usuarios.
Para el desarrollo del proyecto se utilizaron algunos componentes de la

metodologa XP, considerando las ventajas que ofrece una metodologa estndar
para el anlisis e implementacin de sistemas orientados objetos.
Se realizaron las pruebas necesarias de la aplicacin, estas se orientaron a
verificar que los resultados del desarrollo propuesto correspondieran de manera
adecuada con las especificaciones establecidas a travs de los requerimientos. La
metodologa utilizada fue: ejecuciones y comparacin de los resultados de
Gaussian y Psi4 tanto en procesos automticos como a pasos y la observacin en
el comportamiento del aplicativo en modo grfico.
Finalmente, se realiz la induccin al director experto en el rea de termoqumica

y se gener el manual pertinente para el uso del aplicativo.
Una vez terminado el aplicativo, sevalida travs de los valores calculados y

publicados en la revista internacionalJournal Of ChemicalPhysicsdel artculo
original de los mtodos compuestos G1 y G2 estimados por el programa
Gaussian.
2.1. MUESTRA POBLACIONAL

El aplicativo se implementen el grupo de Sistemas Complejos de laUniversidad
Antonio Nario sede circunvalar - ubicado en Carrera 3 este No 47 A 15 de la
ciudad de Bogot.
2.2. INSTRUMENTOS
Se tomaron los requerimientos e informacin recogida sobre el flujo de procesos
para analizar la problemtica que se presentaba con los usuarios en el estudio de
propiedades termoqumicas y con esto la aceptacin del aplicativo.
Finalmente el instrumento ms relevante del proceso esta evidenciado en el
aplicativo desarrollado el cual se adjunta en el medio digital CD ubicado en el
anexo A.
2.2.1. Aplicativo para Termoqumica
Aplicativo que logra mejorar los procesosen la obtencin
termodinmicas (H, S y G)
de las propiedades
paralos usuarios (investigadores) en la
Universidad Antonio Nario de la ciudad de Bogot, se desarroll e implement el

Aplicativo. Los usuarios podrn acceder a travs de los computadorescon sistema
operativo Linux que tengan instalado los programas Gaussian y/o Psi4.
Se entreg a la Universidad Antonio Nario en sus facultades de ciencias e
ingeniera de sistemasun CD que contiene: el programa MyChemicalEnergy,
archivos necesarios para su ejecucin, el cdigo fuente de la aplicacin. Este
material es fundamental para realizar actualizacin esdel sistema o un nuevo
desarrollo relacionado con la aplicacin y los manuales tcnico (Ver anexo A), y de
usuario (Ver seccin 5.1).
2.2.2. Manual tcnico
En este documento se encuentra toda la informacin tcnica necesaria, en el
momento de ser requerida por el cliente o nuevos desarrolladores. Presenta la
descripcin
general
del
sistema,
requerimientos,
modelo
relacional,
Clases,mtodos, implementacin, instalacin y pruebas de funcionalidad de la

instalacin, lo anterior con la referencia bibliogrfica (Ver anexo A).
3. MARCO DE REFERENCIA
3.1. MARCO TERICO

Sistemas Complejos: Un sistema complejo es un conjunto de elementos
relacionados entre s, en las que se derivan muchas funciones que dependen de la
intervencin de 2 o ms elementos, su complejidad est dada en el nmero de
elementos y relaciones que lo contemplan, en una representacin de un recorte
de la realidad compleja, conceptualizndolo como una totalidad organizada (de ah
la denominacin de sistema) en la cual los elementos no son separables y por lo
tanto no pueden ser estudiados aisladamente. Es decir que los elementos de un
sistema complejo son interdefinibles. Los sistemas complejos estn constituidos
por elementos heterogneos en interaccin (de all su denominacin de
complejos) que significa que sus subsistemas pertenecen a los dominios
materiales de muy diversas disciplinas13.
Qumica Computacional: Un rea de la qumica que se ha desarrollado en los
ltimos aos es la qumica computacional, que usa principios de la computacin
para ayudar a resolver problemas qumicos. Utiliza fundamentos bien establecidos
de la qumica terica incorporados en eficientes programas de computacin, para
la prediccin de diferentes propiedades fsicas y fisicoqumicas de sistemas
moleculares. Aunque los resultados normalmente complementan los obtenidos
experimentalmente, la qumica computacional puede eventualmente conducir a
predecir fenmenos o ser utilizada para estudiar sistemas de difcil o imposible
acceso experimental14.
Dependiendo de la exactitud requerida y de la naturaleza del sistema complejo,
hoy en da se encuentran disponibles una gran cantidad de programas
13
GARCA R., En: Sistemas Complejos, Ed. Gedisa , (2006).

Engel, T., Reid, P. QUMICA FSICA, 1 Ed., (Captulo 27), Pearson-Addison Wesley, 2006 (*)
14
especficos, metodologas y computadores de gran rendimiento que ayudan a

resolver variados problema de inters qumico.
Termoqumica Computacional: La termoqumica es parte de una rama de las
ciencias llamada termodinmica, que es el estudio cientfico de la conversin del
calor y otras formas de energa. Las leyes de la termodinmica proporcionan guas
tiles para entender la energtica y la direccin de los procesos, por lo que de
manera muy simple se puede definir la termoqumica como el estudio de los
cambios de energa en procesos qumicos. Estos valores de energa son
obtenidos experimentalmente a travs de costosos equipos donde se tiene
informacin exacta de propiedades fsicas como la presin, temperatura, volumen
y la cantidad de materia en estudio. Sin embargo, gracias a la qumica terica y
computacional se pueden estimar estos valores termodinmicos que corresponden
a una nueva rea de investigacin denominada termoqumica computacional 15.
La termoqumica computacional emplea clculos de estructura electrnica de alto
nivel que permite obtener una precisin qumica de aproximadamente 1,0 kcal
mol-1, sin dejar a un lado la inversin de grandes costos econmicos que se
requieren para obtencin de estos equipos de ltima tecnologa. Es as, como hoy
en da se han desarrollado mtodos conformados por una serie de clculos
denominados mtodos compuestos, que permiten obtener resultados muy
prximos al que se obtendra mediante un clculo de alto nivel con un menor
costo computacional16.
Los mtodos compuestos ms utilizados son: La serie de base completa (CBS) y
las teoras Gaussian-n.
15
F. Kreith y M. S. Bohn,: Principios de Transferencia de Calor, 6a edicion, Thomson, Madrid, 2002.

LEVINE Ira N., Qumica Cuntica, Prentice Hall, 2001.
16
Los mtodos CBS involucran esencialmente entre siete u ocho pasos 17:
1) Una optimizacin de la geometra
2) Un clculo de las energas vibracionales
3) Un clculo del punto simple de la molcula con una gran base (para obtener
una mayor descripcin de los orbitales moleculares)
4) Un clculo de energa al nivel MPn
5) Extrapolacin orbital del par natural, que estima el error debido al uso de un
conjunto de base finito
6) Un clculo de energa con mtodos de correlacin electrnica
7) una o ms correcciones empricas.
A continuacin se describir un ejemplo de los mtodos compuestos Gaussian-n
que se estudiarn en este proyecto, el mtodo G3:
Mtodo G3. Este mtodo llamado as por ser una mejora a los mtodos G118 y
G2 19 , es un procedimiento para calcular energas de molculas que contienen
tomos del primero, segundo y tercer periodo de la tabla peridica, basado en una
serie de clculos ab initio.
El mtodo G320consta de un clculo de energa del punto cero (ZPE por sus siglas
en ingls) escalando las frecuencias obtenidas a un nivel HF/6-31-G(d) con un
factor de escala de 0,893. Seguida de una optimizacin de la geometra a partir de
la teora de perturbaciones de segundo orden Mller-Plesset MP2/6-31-G(d). A
17
LEWARSE., Computational chemistry: introduction to the theory and applications of molecular and
quantum mechanics, , Kuwer academic publishers, (2004).
18
CURTISSL. A., JONES C., TRUCKS G. W., RAGHAVACHARI K., POPLE J. A., J. Chem. Phys. 93 (1990) 2537.
19
CURTISS L. A., RAGHAVACHARI K., TRUCKS G. W., POPLE J. A., J. Chem. Phys., 94 (1991) 7221.
20
CURTISS L. A., RAGHAVACHARI K., REDFERN P. C., RASSOLOV V., POPLE J. A., J. Chem. Phys., 109 (1998)
7764.
continuacin se realizan clculos subsiguientes de la energa E0(G3) a partir de un

clculo de energa a un nivel MP4/6-31G(d), seguida de varias correcciones
obtenidas como las diferencias entre la energas a niveles MP4/6-31+G(d), MP4/631G(2df,p), QCISD(T)/6-31G(d) y MP2/G3Large (G3Large es una mejora a la base
6-311+G(3df,2p)), que permiten la inclusin de los efectos de funciones de bases
difusas, funciones de base de polarizacin y elevados niveles de correlacin
electrnica. Lo anterior se representa mediante la siguiente expresin:
Donde el trmino E(SO) corresponde a la correccin de espn-orbita para tomos,
el trmino E(HLC) la correccin de alto nivel y E(ZPE) es la energa del punto cero
corregida. La correccin de alto nivel (HLC) sirve para corregir el truncamiento de
la base.
Los mtodos G3MP2B3 y G3B3, son una variacin del mtodo G3 descrito
anteriormente. Los mtodos G3MP2B3 21 y G3B3 22 ofrecen resultados con una
desviacin media absoluta de 1,25 y 0,99 kcal mol-1 respectivamente para 299
energas23
3.1.1. Ingeniera de Software

Para el desarrollo del proyecto se utiliz la Parte de la metodologa XP,
considerando
las
ventajas
que
ofrece
una
metodologa
estndar
para
21
CURTISS L. A., REDFERN P. C., RASSOLOV V., POPLE J. A., J. Chem. Phys., 110 (1999) 4703.
22
BABOUL A. G., CURTISS L. A., REDFERN P. C., RAGHAVACHARI K., J. Chem. Phys., 110 (1999) 7650.
23BUENDA ATENCIO, CRISTIAN IGNACIO. Estudios termoqumicos, espectroscpicos y cinticos tericos de

reacciones de especies de inters ambiental. 2012 . Bogot D.C., Doctor en Ciencias Exactas, rea Qumica
UNIVERSIDAD NACIONAL DE LA PLATAFacultad de Ciencias Exactas. Departamento de Qumica.
larecoleccin de requerimientos, anlisis, implementacinydocumentacin de

sistemas orientados objetos.
Es guiado por casos de uso y centrado en la arquitectura, utiliza UML como
lenguaje de notacin, con las siguientes fases: Concepcin, Elaboracin,
Construccin y Transicin24.
3.1.2. Metodologa de desarrollo
Para el desarrollo de la aplicacin, se
utilizaron las fases de: concepcin,
elaboracin, construccin y transicin de la Metodologa XP. Para as culminar con

xito los objetivos propuestos en el desarrollo. Fases necesarias para el desarrollo
y justificadas a continuacin.
Fase de concepcin
Se realiz un plan de fases, donde se identificaron los principales casos de uso
con sus riesgos. Se defini la idea de negocio, la visin del aplicativo, el alcance
del proyecto. En esta fase de inicio se realiz lo siguiente: un documento con la
visin del aplicativo, un modelo de casos de uso con los actores que son
identificados, un caso de uso inicial del proyecto que incluye: contexto del
aplicativo, criterios de xito y planificacin del cronograma, un estudio inicial de
riesgos, un plan del proyecto que ensee las fases y las interacciones.
Fase de elaboracin
Se realiz el plan del proyecto, donde se contemplaron los casos de uso y se
mitigaron los riesgos. Se planificaron las actividades y los recursos necesarios,
especificando el diseo y la arquitectura. Fase en la que se realizaron las
siguientes actividades: un modelo de casos de uso con todos los actores
identificados y la mayor parte de las descripciones de los casos de uso,
requerimientos adicionales, descripcin de la arquitectura del software, prototipo
24
Anlisis y Diseo de Sistemas. Kenneth y Julie Kendall (Pg. 197-199)
ejecutable de la arquitectura, listado de riesgos y elaboracin del manual

preliminar del usuario.
Fase de construccin
Se bas en la elaboracin del aplicativo totalmente operativo y en la elaboracin
del manual de usuario, construir el aplicativo con la arquitectura y los planes, hasta
que se encontrara listo para instalarse en la Facultad de ciencias de la Universidad
Antonio Nario.se identificaron y notificaron los posibles errores, se realizaron los
manuales de usuario y las pruebas de instalacin
3.1.3. Lenguaje de Modelamiento Unificado UML
En el proyecto se utiliz el Lenguaje de Modelado Unificado UML, por la
estabilidad y solidez que representa para la industria tecnolgica, este lenguaje se
ha convertido en un punto de referencia para los desarrolladores de software, por
sus aportes para modelar, construir y documentar los elementos que forman un
sistema de software orientado a objetos, en el caso particular el desarrollo del
aplicativo. Las ventajas se representan en el
ahorro de costos para la
Universidad, que no debe incurrir en el licenciamiento de ningn software, mejorar

la precisin, costos y tiempo de los procesos.
Con UML se puede modelar cualquier tipo de aplicacin, que se ejecuta en
cualquier tipo y combinacin de hardware, sistema operativo, lenguaje de
programacin. Adems es un paso natural para lenguajes orientados a objetos y
entornos como Java25
3.1.4. Mtodos y Tcnicas
Para el desarrollo de la aplicacin para sistemas operativos Linux, se utiliz un
potente y moderno entorno de desarrollo, donde las herramientas estn basadas
en software libre:
25
http://www.omg.org/gettingstarted/what_is_uml.htm
Java RuntimeEnvironment 7.0 o superior.
Eclipse (Eclipse IDE for Java Developers).
Mquina virtual Java: La mquina virtual Java tambin se le conoce como

entorno de ejecucin, Java RuntimeEnvironment (JRE) o Java Virtual Machine
(JVM).Para
instalar
la
Mquina
webhttp://java.com/es/downloady
se
Virtual
se
descarga
accede
e
la
pgina
instala
el
fichero
correspondiente al sistema operativo con el que cuente el equipo a utilizar.

-
Eclipse: Eclipse resulta el entorno de desarrollo ms recomendable para

desarrollar el aplicativo. Adems es de uso libre y adems es soportado por
GOOGLE.
3.1.5. Arquitectura de Software

Una de las teoras ingenieriles aplicadas en el desarrollo de la aplicacin es la
arquitectura de software que rene conjunto de esquemas para el marco de
referencia del proyecto y de esta manera lograr un diseo con estndares de
calidad, que garantice los intereses de la facultad de ciencias en la Universidad
Antonio Nario. Esta teora ingenieril exigi un trabajo multidisciplinario que integr
reas de la programacin, anlisis, diseo y todas las exigencias del desarrollo de
software, direccionando el proyecto al logro de los objetivos propuestos en la
aplicacin.
3.2. ESTADO DEL ARTE

Debido a la complejidad en los procesos qumicos, su modelamiento matemtico y
la dificultad de reproducir en el laboratorio estos procesos, se ha visto necesario el
apoyo de programas de computacin, que realiceenla simulacin de manera
eficiente y con resultados que complementan los obtenidos en el laboratorio y en
muchos casos, ayuda a predecir y estudiar sistemas qumicos complejos. A esta

rama se le conoce como Qumica Computacional26.
Esta rama de la Qumica, tiene sus inicios desde el primer momento en que las
computadoras fueron mejorando la capacidad de procesamiento, alrededor de los
aos 40. Actualmente existe una amplia gama de software que realizan clculos,
basados en teoras qumico fsicas y qumico cunticas, para encontrar todo tipo
de propiedades de las molculas.
Entre los programas de software que se utilizan en la qumica computacional se
tienen los siguientes:
Nwchem: Segn H.J.J. van Dam, W.A. de Jong, E. Bylaska, N. Govind,
Kowalski,
K.
T.P. Straatsma, M. Valiev,Nwchem es un paquete de la qumica
computacional de cdigo libre, con amplias capacidades para simulaciones a gran

escala de los sistemas qumicos y biolgicos. Desarrollado por el grupo de
ciencias moleculares software de la teora, modelacin y simulacin del programa
de ciencias molecular en el Laboratorio Nacional Del Pacifico27.Ha sido usado para
realizar pruebas de optimizacin de mtodos de simulacin de las propiedades
moleculares28. Diseado para correr en supercomputadoras de alto rendimiento en
forma paralela, el objetivo es ser escalable para proporcionar solucin a distintos
tipos de problemas, haciendo un adecuado uso de los recursos disponibles.
Este programa se ha usado para realizar diferentes clculos de propiedades
moleculares para la Biotecnologa y Nanotecnologa29; adems de ser usado en
26
Engel, T., Reid, P. QUMICA FSICA, 1 Ed., (Captulo 27), Pearson-Addison Wesley, 2006 (*)
27BYLASKA Eric J., WEARE Jonathan Q., WEARE John H., Extending molecular simulatd complex force
representations, The Journal of Chemical Physics .(2013).139, 074114 (2013)
28
Chemical theory and computation; studies from state university of new york add new findings in the area
of chemical theory and computation. Chemicals & Chemistry, (2013), 5142.
29
REIMERS, Jeffrey R.. Computational Methods for Large Systems : Electronic Structure Approaches for
Biotechnology and Nanotechnology. Hoboken, NJ, USA: Wiley, 2011. p 126.
diferentes investigaciones de ndole ambiental 30 y estudio del cerebro. Estas

investigaciones se han realizado con la ltima versin de este paquete de
software31.
Orca: Es un paquete de programas de qumica cuntica de propsito general que
cuenta con casi todos los mtodos de estructura electrnica moderna (teora
funcional de la densidad, de perturbacin de muchos cuerpos y teoras de racimo
acoplados, multireference y mtodos semiempricos)32. Orca es capaz de llevar a
cabo optimizaciones de geometra y de predecir un gran nmero de parmetros
espectroscpicos en diferentes niveles de la teora.
Adems de la utilizacin de la teora HarteeFock, la teora funcional de la densidad
(DFT) y los mtodos semiempricos, alto nivel ab initiomtodos de qumica
cuntica, basada en la interaccin de configuraciones y acoplados mtodos de
racimo, se incluyen en ORCA en grado creciente.
ORCA ha sido usado en diferentes investigaciones como la realizada por
Ganyushin, D.; Neese,F en el 2013. La investigacin busca encontrar propiedades
de las molculas con la utilizacin de los mtodos que tiene ORCA33. El programa
al ser desarrollado por especialistas en el tema, es usado en diferentes
investigaciones interesadas en encontrar y probar diferentes teoras y mtodos
relacionados con la qumica, en especial la qumica computacional34.
30
Nitrogen oxides; how the newest diesel engines emit very little greenhouse gas nitrous oxide. NewsRx
Health & Science, (2013) , 84.
31
BOBADILLA ESCRCEGA, M.,V., ZELADA-GUILLN, G.,A., PYRLIN, S. V., WEGRZYN, M., RAMOS, M. M.,
GIMNEZ, E., . . . KLEIJ, A. W. Nanorings and rods interconnected by self-assembly mimicking an artificial
network of neurons. Nature Communications, (2013).4, 2648.
32
NEESE, F. The ORCA program system.WIREsComputMolSci, 2: (2012), 7378.
33
GANYUSHIN, D.; NEESE, F. A fully variational spin-orbit coupled complete active space self-consistent field
approach: Application to electron paramagnetic resonance g-tensors, J. Chem. Phys. (2013), 138, 104113
34
ROEMELT, M.; BECKWITH, M. A.; DUBOC, C.; COLLOMB, M.-N.; NEESE, F.; DEBEER, S. Manganese K-Edge XRay Absorption Spectroscopy as a Probe of the Metal-Ligand Interactions in Coordination Compounds, Inorg.
Chem. (2012), 51, 680-687.
Gaussian: Fue creado originalmente por John A. Pope 35
en los aos 70.
Actualmente el software es licenciado, administrado y desarrollado por Gaussian,

Inc.Gaussian se encuentra en su versin 09, localizada en el mercado desde
2009. Es uno de los ms completos y eficaces paquetes de software que existe en
el mercado, dada su completitud, eficiencia a la hora de hacer clculos, una
amigable interfaz que ayuda a mejorar la experiencia con el usuario, y una amplia
gama de mtodos y procedimiento que otros programas libres no poseen36.
Gaussian permite estudiar sistema moleculares en distintas fases, realizar,
optimizaciones en la fase de transicin, clculos de frecuencias, vibraciones,
clculos de energas MPn y estimaciones de propiedades termoqumicas con
mtodos compuestos Gn y muchas otras funciones.
Lo que distingue a Gaussian de otros programas es 37 : que produce modelos
precisos, fiables y completos, sin tomar atajos. Una amplia variedad de mtodos
de Gauss09 hace aplicable a toda la gama de condiciones qumicas, tamaos de
problemas a partir de toda la tabla peridica. Gaussian proporciona un rendimiento
del estado de la tcnica en una sola CPU, entornos de computacin clster / red
de multiprocesador / multincleo y configuracin de los clculos es simple y
directa, con tcnicas complejas que estn totalmente automatizadas. Las opciones
flexibles y fciles de usar le dan un control total sobre los detalles de clculo
cuando sea necesario. Los resultados de todos los tipos de clculo se presentan
en forma grfica natural e intuitiva por GaussView 5. Estas ventajas, se ven
opacadas por el alto costo de obtencin y renovacin de licenciamiento, adems
35
POPLE John A. Publisher's note; 19252004.J. Comput.Chem. (2004), 25: fmvviii.

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm (manual tcnico de Gaussian) (Citado el 28 de
Octubre de 2014)
37
Gaussian 09: Expanding the limits of computationalchemistryhttp://www.gaussian.com/g_prod/g09b.htm
(Citado el 28 de Octubre de 2014)
36
de una restrictiva poltica de no uso de licencias de Gaussian a varias

universidades e investigadores38.
Gamess (The General Atomic and Molecular ElectronicStructureSystem): es un
paquete de software desarrollado por el grupo Mark Gordon's Quantum Theory de
la Universidad de Iowa State39.
Realiza una serie de clculos de qumica computacional generales, incluyendo
Hartree-Fock, la teora funcional de la densidad (DFT), enlace de valencia
generalizada (GVB) y campo auto consistente multi-configuracional (MCSCF)40.
Gabedit: Es un software gratuito especializado, funciona como Interfaz grfica
para diferentes tipos de paquetes de software qumicos, como: Gamess-US,
Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess y Q-Chem
entre otros 41 . Puede mostrar gran variedad de clculos, resultados y datos de
diferentes tipos de formatos. Tambin tiene una interfaz grfica que permite
modelar la molcula en manera 3d. Genera las entradas para los paquetes de
software y realiza clculos antes de enviar estos datos para que el software realice
el proceso indicado. Sin embargo, no realiza ningn tipo de clculos para
determinar energa.
El programa solo puede realizar clculos o entradas de programas ya cargados,
algn requerimiento, funcin o entrada en particular se debe realizar en el paquete
de software correspondiente.
38
Comments on the Banned by Gaussian Website By Michael Frisch, President, Gaussian, Inc.
http://www.gaussian.com/g_misc/silly.htm (Citado el 28 de Octubre de 2014)
39
SCHMIDT, Michael W.; BALDRIDGE, Kim K.; BOATZ, Jerry A.; ELBERT, Steven T.; GORDON, Mark S.; JENSEN,
Jan H.; KOSEKI, Shiro; MATSUNAGA, Nikita; NGUYEN, Kiet A.; SU, Shujun; WINDUS, Theresa L.;
40
Summary of GAMESS' Capabilities http://www.msg.ameslab.gov/gamess/capabilities.html (Citado el 28

de Octubre de 2014)
41
ALLOUCHEA.R.,Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares, Journal of

Computational Chemistry, 32 (2011) 174-182.
3.3. MARCO LEGAL

3.3.1. Proyecto de Acuerdo no. 050 de 01/02 de 2007
Por el cual se insta al Alcalde Mayor de Bogot a expedir una Poltica de
Promocin y Uso del Software Libre en el Sector Central, el Sector
Descentralizado y el Sector de las Localidades del Distrito Capital y se trazan
lineamientos sobre el contenido de dicha poltica.LUIS EDUARDO GARZN
alcalde Mayor del Distrito Capital.42
Dentro de este acuerdose distinguen los siguientes elementos que se pueden
relacionar al marco legal del proyecto Aplicativoimplementado parala facultad de
ciencias de la Universidad Antonio Nario:
-
La promocin de la participacin de las comunidades cientficas y acadmicas

en los procesos de investigacin y desarrollo del software libre y en la
divulgacin, educacin y capacitacin en torno ha dicho tipo de software.
El desarrollo de procesos pedaggicos y de divulgacin dirigidos hacia la

ciudadana en general para la promocin y uso del software libre.
El fomento de la enseanza y/o el uso del software libre en las instituciones

educativas distritales.
Considerando que existe una poltica de promocin y uso del software libre
impulsada desde la administracin distrital donde se decreta en uno de sus
apartes que esta poltica debe fomentar la enseanza y su prctica en las
instituciones educativas. La aplicacin es soportada en sistemas operativos Linux
que se desarroll para la facultad de ciencias de la Universidad Antonio Nario;
est dentro de los parmetros exigidos por la administracin distrital, mediante la
utilizacin de cdigo abierto Java y software libre para el desarrollo de la
aplicacin.
42
Web Alcalda de Bogot. http://www.alcaldiabogota.gov.co/sisjur/normas/Norma1.jsp?i=23079#
4. DESARROLLO DEL PROYECTO
La versin portable para PCs de MyChemicalEnergy contar con un mdulo de

simulacin y clculo de energas. Esta aplicacin se va a trabajar por fases; a
continuacin se muestra en la figura1 El diagrama con entregables por cada una
de las fases metodolgicas aplicadas.
Figura 1. Flujos del proceso para la completar el proyecto
MyChemicalEnergy.
Fuente: Elaboracin indita.

El aplicativo brinda posibilidad de ejecutar los mtodos Compuestos G1 y g2 de
los mtodos Gn para el clculo de energas moleculares a travs de Gaussian y
Psi4, contando tambin con la posibilidad de agregar fcilmente otros mtodos y
otros programas con las mismas capacidades para estos clculos, debido a su
arquitectura.
4.1. MODELO DE NEGOCIO

En la comunidad cientfica, no solo de la Universidad Antonio Nario, sino a todas
las personas que estn relacionadas con la termoqumica computacional para
clculo de energas moleculares y de molculas compuestas por elementos del
primer al tercer periodo en la tabla peridica, se realizan clculos a travs de

programas como Gaussian (Licenciado) que se utiliza generando un input.com en
Linux o input.gjf en Windows. Es un archivo plano que contiene el nombre que le
dar al experimento, el mtodo compuestos a ejecutar, la estructura y composicin
de la molcula. Esta informacin tambin se puede ingresar en modo grfico
enGaussian 09.Acontinuacin un ejemplo de un input para Gaussian:
# G1
mtodo
waterenergy
0
O
H
H
1
-0.464
-0.464
0.441
ttulo de la seccin
especificaciones de la molcula
0.177
1.137
-0.143
0.0
0.0
0.0
Al ejecutar esta entrada Gaussian genera una salida en un archivo output.log en

Linux o output.out en Windows del que se extraen las energas finales G1(0 K), G1
Energy, G1 Enthalpy y G1 Free Energy. Estas se operarn manualmente con
energas calculadas computacionalmente y valores experimentales de cada uno
de los tomos que componen la molcula se operan con otros valores numricos
experimentales
y calculados valores con los que finalmente se obtienen las
energas finales. Energa de atomizacin, calores de formacin a 0K y 298K que

son las que se necesitan en los procesos de estimacin y prediccin de
fenmenos a estudiar en sistemas qumicos de difcil o imposible acceso
experimental.
Cuando se usa Psi4 (Libre) se requiere hacer los clculos para hallar las energas
G1(0 K) , G1 Energy , G1 Enthalpy y G1 Free Energy, se requiere hacer una serie
de pasos en los que se dividen los mtodos compuestos, de estos uno a uno se
van extrayendo los valores energticos, los input.dat para cada paso son a travs
de un archivo plano que contiene el nombre del que le dar al experimento, el

mtodo y base del mtodo compuestos aplicado al experimento, la estructura y
composicin de la molculaGaussian. A continuacin un ejemplo de un input para
Psi4:
molecule h2o {
0 1
O
h 1 0.958
h 1 0.958 2 104.4776
}
set basis 6-311G**
energy('mp4(sdq)')
ttulo de la seccin
especificaciones de la molcula
mtodo
Al ejecutar esta entrada Psi4 genera una salida en un archivo output.log del que
se extraen las estructuras moleculares y las energas que pertenecen a cada paso
del mtodo compuesto, para finalmente obtener E(ZPE) ,E(QCISD(T)) ,DE(Plus)
,DE(2DF) , HLC y las correcciones energticas, correccin de punto cero, trmica
de energa, trmica entalpia, trmica de energa libre de Gibbs.
Con estas
energas se calculan las energas G1(0 K) , G1 Energy , G1 Enthalpy y G1 Free

Energy,
que
se
operarn
manualmente
con
energas
calculadas
computacionalmente y valores experimentales de cada uno de los tomos que

componen la molcula y se operan con otros valores numricos experimentales y
calculados valores, con esto finalmente se obtienen las energas finales: Energa
de atomizacin, calores de formacin a 0K y 298K que son las que se necesitan
en los procesos de estimacin y prediccin de fenmenos a estudiar en sistemas
qumicos de difcil o imposible acceso experimental, para G1 y G2 porque estos
clculos en gaussian se pueden hacer directos; solo se necesita ejecutar
Gaussian una vez y con la salida que se tiene, ya se puede generar los valores
finales, mientras que en Psi4 no debido a que los mtodos Gn difieren entre ellos
en cuanto a la cantidad de pasos a realizar y las bases y mtodos que se aplican
en cada uno de estos. Debido a esto, cuando se aplica G1 se usa un proceso
distinto que para calcular G2.
Las siguientes imgenes muestran los procesos que se realizan paso a paso con
el software Psi4:
En la figura 2 se puede observar la composicin de un input General el Gaussian.
Figura 2. Descripcin de un input General de Psi4.
La figura 3 muestra la descripcin, composicin, entradas y salidas del paso 1 del

mtodo G1 en Psi4:
Figura 3. Descripcin del paso 1 del mtodo G1.
La figura 4 muestra la descripcin del paso 2 del mtodo G1 en Psi4:

En la figura5se puede observar las entradas y salidas del paso 3 del mtodo G1
en Psi4:
En la figura6se puede observar la composicin, entradas y salidas del paso 4 del

mtodo G1 en Psi4:
En la figura7, se puede observar la descripcin de la composicin, entradas y

salidas del paso 5 del mtodo G1 en Psi4:
La figura8describe la composicin, entradas y salidas del paso 6 del mtodo G1

en Psi4:
La figura9muestra el paso final G1 o las operaciones que se siguen para obtener

las energas: G1(0 K) , G1 Energy , G1 Enthalpy y G1 Free Energy del mtodo
compuesto G1.
Figura 9. Operaciones para la obtencin de energas del mtodo G1
La figura 10describe el proceso operativo que sigue G1 para la obtencin de

energas, la composicin, entradas y salidas del paso 2 del mtodo G1 en Psi4:
Figura 10. Resumen de procesos del mtodo G1

Mtodo Compuesto G2
Paso 1(Hacer todos los pasos G1 Hasta obtener G1 (0 K),G1 Energa, G1 Entalpia, G1
Energa libre de Gibbs).

Sehalladelta, a travs de pasos ms seguidos de los 6 realizados para G1, estos
se describen en las siguientes graficas:
La figura11muestra la composicin, entradas y salidas del paso 7 del mtodo G2

en Psi4:
Figura 11. Descripcin del paso 7 del mtodo G2 en Psi4.
A continuacin se muestra en la figura12 la composicin, entradas y salidas del

paso 8 del mtodo G2 en Psi4:
A continuacin se muestra en la figura 13la composicin, entradas y salidas del

A continuacin se muestra en la figura 14 la composicin, entradas y salidas del

A continuacin se muestra en la figura 15. Poe el paso 11 que indica las

operaciones que se siguen para hallar Delta.
A continuacin se muestra en la figura16 la descripcin del proceso operativo

que sigue G2 para la obtencin de energas.
Figura 16. Resumen de procesos del mtodo G2

Las siguientes imgenes describen el clculo final de energas del proceso que se
realiza al usar Gaussian Como al usar Psi4.
A continuacin se muestra en la figura17 Las energas Finales:

Figura 17. Energas finales.
A continuacin se muestra en la figura18 La energa de atomizacin:

Figura 18. Clculo energa de atomizacin.

A continuacin se muestra en la figura19 los calores de formacin a 0K:
Figura 19. Calores de formacin a 0K.
A continuacin se muestra en la figura20 Los calores de formacin a 0K:

Figura 20. Calores de formacin a 298K.

4.1. Estado inicial del negocio
Actualmente los investigadores en qumica computacional, realizan clculos en
Psi4 y otros programas de tipo libre, con estos realizan una serie de paso para
obtener unasenergas producto de los mtodos Gn. A travs de estas
herramientas el usuario puede realizar los clculos de la molcula en estudio, para
su posterior operacin donde se hallan las energas concretas: Energa de
atomizacin, calores de formacin a 0K y 298K.de acuerdo con la disponibilidad
de los software utilizados podrn hacerse o no este tipo de estudios. Sumado el
hecho que el usuario debe esperar un tiempo considerable si la molcula es muy
grande para hacer uso del equipo de cmputo nuevamente para dar inicio al
siguiente paso. Los investigadores presentan dificultades para la realizacin de
stos clculos, por las limitantes en cuanto al tiempo que le toma realizar la
reproduccin de la secuencia de pasos necesarios para la realizacin del
experimento junto a la fiabilidad de los resultados finales debido a las operaciones
manuales, presencia del usuario, ocasionando demorasen la obtencin de
resultados, convirtiendo al actual modelo en algo limitado y poco efectivo por

motivo de la continua presencia del usuario.
4.1.1. Modelado del sistema
La figura21 ensea los flujos de los procesos para la obtencin de energas
moleculares.
Figura 21. Modelado del negocio Para Obtencin de Energas Moleculares.

4.1.2. Definicin de actores del negocio
A continuacin se describen los actores involucrados en todos los procesos de
para el clculo de energas Moleculares.
El Modelo actual, cuenta con un actor principal donde el perfil para el que fue
creado obedece a los procesos de ingreso manual de los input de cada uno de los
pasos si es requerido y laoperacin manual de las energas para la obtencin de
valores necesarios en el experimento.
En la tabla 1 se describen los actores involucrados en el procesos del modelo, las
personas identificadas como usuarios que operan cada uno de los pasos
necesarios para el clculo requerido.
Tabla 1. Actores del negocio.
Actor
Descripcin
Usuarios: Personas que ingresa al software
los input necesarios para el clculo a realizar y
opera manualmente los valores para la
Usuarios
obtencin de resultados finales.

4.1.3. Casos de uso del negocio actual Clculo de Energas Moleculares
A continuacin se muestran los casos de uso identificados en el actual sistema
Modelo de experimentacin.
En la figura 22, se observa cmo se genera y ejecuta el input en el software
utilizado (Psi4), para acceder a los valores del output generado por la herramienta.
Figura 22. Diagrama de casos de uso ejecucin en el Modelo actual.
En la tabla 2 se describe la informacin necesaria para el caso de uso generacin

de input y ejecucin del mismo utilizando un programa(Psi4), donde el usuario
debe generar y ejecutar el input, extraer las valores del input para dar inicio a un
nuevo proceso dentro del experimento a realizar.
Tabla 2. Caso de uso ejecutar proceso.
Caso de Uso:
Generar y ejecutar input para realizar proceso
Referencia:
Crear entrada al software en uso(Psi4)
Actores:
Usuario (Estudiantes, profesores,

investigadores)
Descripcin:
El usuario ingresa los datos necesarios en el

archivo input de software en uso.
Precondicin:
Los datos ingresados en el input deben tener una organizacin y formato definidos para su
correcto funcionamiento a la hora de ejecutarse en el software en uso.
Secuencia Normal
1. genera un archivo de texto con
extensin .dat (extensin de archivos de
entrada enPsi4)
2. Usuario ingresa los datos necesarios
para la ejecucin del paso.
3. Usuario ejecuta Psi4 envindole
como argumento el input que creo
Post condicin:
El software genera un output.
Excepciones
No Aplica
El archivo debe seguir el formato de input para

Psi4.
No Aplica
En el siguiente diagrama se observa el caso de uso que describe el proceso que

realiza el usuario para adelantar la consulta del output generado por el software.
Figura 23. Diagrama de Casos de uso de consulta de datos en el output.

En la tabla 3 se describe la informacin para el caso de uso de la consulta de
datos en el output, el usuario que se busca dentro del output generado por Psi4 y
los datos necesarios para el experimento.
Tabla 3. Casos de Uso de Consulta de datos en el output.
Caso de Uso:
consulta de datos en el output
Referencia:
Consulta de Datos
Usuario (Estudiantes, profesores, Investigadores)
Actores:
Descripcin:
Contar los datos necesarios para el paso en

ejecucin
Precondicin:
Existencia del output de proceso anterior en ejecucin.
Secuencia Normal
Excepciones
No Aplica
1. consulta de datos en el output

No Aplica
2. registrar los datos necesarios.
Post condicin:
Generacin del input siguiente paso o hacer operaciones para hallar las Energas de
atomizacin, calores de formacin a 0K y 298K
En la figura 24 se observa el caso de uso que describe el proceso que realiza para
operar los valores conseguidos paso a paso y obtener las energas G1 (0 K) ,G1
Energa, G1 Entalpia y G1 Energa libre de Gibbs.
Figura 24. Diagrama de casos de uso operar los valores.

En la tabla 4 se describe la informacin necesaria para el caso de uso de la
operacin de valores recogidos paso a paso.
Tabla 4. Casos de uso Operar los valores.
Caso de Uso:
Operar los valores
Referencia:
Operacin de valores recogidos paso a paso
Actores:
Usuario (Estudiantes, profesores, Investigadores)
Descripcin:
El
usuario
realizara
una
serie
de
operaciones
aritmticas para la obtencin de los valores G1 (0 K),

G1 Energa, G1 Entalpia y G1 Energa libre de Gibbs.
Precondicin:
Haber completado los paso necesarios dentro del experimento a realizar.
Continuacin. Tabla 4. Casos de uso Operar los valores.

Secuencia Normal
1.
Excepciones
El usuario opera los valores
No Aplica
obtenidos paso a paso y

finalmente
energas
obtiene
las
requeridas
que
brindan los mtodos Gn.

Post condicin:
Obtencin de G1 (0 K) ,G1 Energa, G1 Entalpia y G1 Energa libre de Gibbs.

En la figura 25 se observa el caso de uso que describe el proceso que se realiza
para operar los valores G1 (0 K) ,G1 Energa, G1 Entalpia y G1 Energa libre de
Gibbs, para la obtencin de las energas finales.
Figura 25. Diagrama de casos de uso Obtener energas finales.

En esta tabla 5 se describe la informacin necesaria para el caso de uso de la
operacin de valores recogidos paso a paso.
Tabla 5. Casos de uso Obtener energas finales.
Caso de Uso:
Obtener energas finales
Referencia:
Operacin de valores G1 (0 K) ,G1 Energa,

G1 Entalpia y G1 Energa libre de Gibbs
con los experimentales y los calculados.
Continuacin. Tabla 5. Casos de uso Obtener energas finales.

Actores:
Usuario
(Estudiantes,
profesores,
Investigadores)
Descripcin:
El
usuario
realizar
una
operaciones aritmticas de
serie
de
G1 (0 K) ,G1
Energa, G1 Entalpia y G1 Energa libre de

Gibbs
con
los
valores
calculados
computacionalmente y Experimentalmente
de cada uno de los tomos que componen a
la molcula
en
estudio, para
obtener
finalmente las energas de atomizacin,

calores de formacin a 0K y 298K.
Precondicin:
Haber obtenido los valores G1 (0 K), G1 Energa, G1 Entalpia y G1 Energa libre de Gibbs.
Secuencia Normal
Excepciones
1. El usuario le resta a G1 (0 K) la sumatoria

de las energas G1 (0 K)
No Aplica
calculadas
computacionalmente por Guassian 09, de

cada uno de los tomos que componen a
la molcula en estudio dando como
resultado la energa de atomizacin.
2. El
usuario
calcula
la
sumatoria
de
energas Experimentales de cada uno de

los tomos que componen a la molcula
en estudio y le resta la de atomizacin
dando
como
formacin a 0K.
resultado
calores
de
No Aplica
Continuacin. Tabla 5. Casos de uso Obtener energas finales.

Secuencia Normal
3. El usuario a G1 Entalpia le resta G1
Excepciones
No Aplica
(0 K), luego resta la sumatoria de los

valores experimentales de cada uno
de los tomos que componen a la
molcula en estudio y finalmente
resta calores de formacin a 0K
dando como resultado calores de
formacin a 298K.
Post condicin:
Tener las energas de atomizacin, calores de formacin a 0K y 298K.

4.2.
REQUERIMIENTOS
Dentro de los requerimientos mnimos se encuentra el diseo, desarrollo, y puesta

en marcha de una aplicacin de escritorio con sistema operativo Linux. Se espera
que la aplicacin utilice como subsistemas a Gaussian y Psi4, permitiendo mejorar
el proceso para hallar las energas moleculares de las Molculas en su estado
gaseoso.
Se determin que para lograr los objetivos propuestos en el desarrollo, es
necesario que la aplicacin cuente con los siguientes mdulos de servicios:
-
Mdulo de Energas.
Mdulo Simulacin.
Mdulo Operativo.
4.2.1. Requerimientos funcionales

En la tabla 6 se pueden observar los requerimientos funcionales del sistema
MyChemicalEnergy, que obedecen a la funcionalidad y desempeo de la
aplicacin.
Tabla 6. Requerimientos funcionales.
tem.
Requerimientos Mnimos
Permitir ejecutar Psi4 o Gaussian a travs de un aplicativo, mediante interfaz Grfica y

por consola.
Automatizar el clculo de energas aplicando los mtodos G1 o G2, tanto Gaussian

como Psi4.
Permitir ejecutar clculos G1 y G2 en Gaussian a pasos automatizados.
Ofrecer el servicio en lnea a los usuarios a travs de un servidor.
Presentar un diseo amistoso e intuitivo para los usuarios.
Guardar los experimentos realizados, para mostrarlos rpidamente sin realizar el

experimento.
Fuente: Elaboracin Indita

4.2.2. Requerimientos no funcionales
Estos requerimientos hacen alusin a todos los aspectos del sistema que son
visibles por el usuario de la aplicacin, pero que no representan ninguna alteracin
al comportamiento funcional del sistema. En los requerimientos no funcionales
relacionados se consideraron restricciones como el tiempo de respuesta
(desempeo), accesibilidad, usabilidad, estabilidad.
Tabla 7. Requerimientos no funcionales.
Requerimiento no
funcional
Especificacin.
Desempeo
El tiempo de respuesta de las solitudes realizadas por el usuario a

travs de la aplicacin estar sujeto al tamao y complejidad de la
molcula en estudio y el poder de cmputo disponible para el
experimento.
Continuacin. Tabla 7. Requerimientos no funcionales.

Requerimiento no
funcional
Especificacin.
Usabilidad
La aplicacin debe contar con interfaces amistosas y de fcil manejo

para los usuarios, permitiendo que los servicios presentados
correspondan a la usabilidad prctica del usuario.
Estabilidad
La estabilidad de la ejecucin de un input est restringida a que el

usuario ingrese datos correctos para el experimento con los que
Gaussian o Psi4 puedan funcionar, lo que en caso de no ser as, puede
haber resultados errneos.

4.2.3. Modelado del Sistema MyChemicalEnergy
En la figura 26 se visualiza el modelo del sistema propuesto, que incluye el
objetivo estratgico, el proceso que realiza el aplicativo y los casos de uso que se
requieren.
Figura 26. Modelado del sistema propuesto.
4.2.4. Estructura de la aplicacin MyChemicalEnergy

-
La aplicacin se rige por el objetivo principal, que es permitir que su

funcionamiento este orientado a la prestacin de un servicio de calidad,
garantizando las necesidades para el clculo de energas en las molculas
para los investigadores que lo requieren. Para el cumplimiento de los objetivos
propuestos de la aplicacin se contar con: Mdulo de Energas, Mdulo
Simulacin y Mdulo Operativo.
Mdulo de Simulacin: Permite la ejecucin de los mtodos G1 y G2 en los

programas Gaussian y Psi4.
Mdulo deEnergas: Permite calcular las energasfinales (Energa de

atomizacin, calores de formacin a 0K y 298K).
Mdulo de Operativo: Permite Guardar e identificar el programa que se va a

usar.
4.2.5. Objetivos del sistema

En la tabla 8 se identifican los objetivos que debe cumplir la aplicacin
MyChemicalEnergy.
Tabla 8. Objetivos del Sistema.
tem.
Tipo de Usuario
Objetivo
Investigador,
Estudiante,
docente,
Permitir a los usuarios halla las energas moleculares

termoqumicas.
Estudiante,
docente,
administrativo
Almacenar los resultados de las ejecuciones realizadas para

no volver a ejecutarlos, sin necesidad de hacer presencia en
el aula de la biblioteca.
Estudiante,
docente,
administrativo
Permitir el clculo de los mtodos G1 y G2 a travs a de los

programas Gaussian a pasos y automtico y para Psi4 a
pasos, sin la continua necesidad de hacer presencia en cada
uno de los pasos.
Fuente: Elaboracin indita
4.2.6. Restricciones del sistema MyChemicalEnergy

En la tabla 9 se muestran las restricciones del aplicativo MyChemicalEnergy I para
el clculo de energas termoqumicas, de las molculas en estado gaseoso.
Tabla 9. Restricciones de la aplicacin MyChemicalEnergy.
Usuario
Restriccin.
No se puede manipular los clculos de cada paso debido a que es un
servicio completo de un aplicativo externo.
El administrador del sistema MyChemicalEnergy no puede crear o
cambiar los mdulos del aplicativo.
Los usuarios solo pueden utilizar el aplicativo correctamente solo si
est instalado correctamente Gaussian, Psi4 o los dos.
Estudiante,
docente,
administrativo
El aplicativo se desarroll en java para que fuese multiplataforma. Sin

embargo para utilizarlo en un sistema distinto a Linux que no use los
mismos formatos de entrada en los programas usados PSI4 y
Gaussian 09. Se deben agregar los mdulos,para transformar la
entrada de MyChemicalEnergy al que utilizan gaussian y Psi4 en
dicho sistema.
Fuente: Elaboracin Indita.

4.2.7. Definicin de los actores de MyChemicalEnergy
En la tabla 10 se describen los actores involucrados en la aplicacin
MyChemicalEnergy.
Tabla 10. Definicin actores del sistema.
Nombre Actor
Actor 1.
Usuario
Descripcin
Este actor es el usuario que ejecuta un input
al sistema, una vez ejecutado el sistema le
devuelve los resultados en un archivo si se
ejecuta por consola, si es por ventana modo
grfico genera un archivo y muestra el
resultado en parte de la ventana.
4.2.8. Casos de Uso de MyChemicalEnergy.

Los casos de uso de la Aplicacin MyChemicalEnergy, describen los mdulos
planteados para mejorar los procesos de experimentacin actuales y lograr mayor
inters de los actores involucrados en el proceso.
4.2.8.1. Caso de uso general de MyChemicalEnergy.
En la figura 27 se identifican los mdulos a los que puede acceder el usuario, los
usuarios necesariamente deben tener Instalado Gaussian y Psi4, oalmenos uno
de estos.
Figura 27. Diagrama casos de uso

En la figura 28 se identifica un usuario que accede al sistema.
Figura 28. Diagrama usuario aplicacin.
4.2.8.2. Casos de uso del usuario y Sistema

Figura 29. Diagrama caso de uso general.

En la figura 30 se puede observar el caso de ejecucin de experimento de un
usuario en el sistema.
Figura 30. Diagrama caso de uso de la ejecucin de un Experimento.
En la tabla 11 se observa la informacin que corresponde al caso de uso cuando

el usuario ejecuta un experimento.
Tabla 11. Caso de uso ejecucin de un experimento.
Caso de uso acceso al sistema :
CU_ Ejecucin de un experimento
Referencia:
Ejecucin de un experimento
Actores:
Usuario
Descripcin:
Los usuarios ingresan valores y ejecutan en

modo grfico y en consola generan input en
archivo plano y lo envan como argumento al
programa para su ejecucin.
Precondicin:
Debe estar instalado el programa a utilizar ya sea Gaussian o Psi4 o los dos.
Secuencia Normal
Excepciones
1. El usuario ingresa a la aplicacin los datos

de entrada o hace un archivo plano que
contenga los datos.
Ingresa datos en modo grfico.
2. El Sistema lee el input y consulta la

existencia de ese experimento en un archivo
de registro si no se encuentra. Ejecuta el
experimento.
No aplica
3. El sistema ejecuta el mtodo a travs de

programa que haelegido y genera los valores
energticos termoqumicos.
No aplica
4. El sistema muestra los resultados al

Usuario.
No aplica
Enva como argumento el archivo generado

en modo consola.
Post condicin:
Muestra en pantalla resultadosy genera un archivo plano de estos.
4.2.9. Diagrama de secuencia de los mdulos AplicacionMyChemicalEnergy

En los siguientes diagramas se observa la secuencia de cada uno de los mdulos
y los procesos que realiza la Aplicacin. Dentro de estos diagramas de secuencia
tenemos:
Diagrama de secuencia general: el diagrama expuesto, permiten observar el actor
y la comunicacin con el sistema.se observan todas las solicitudes a los mdulos
por parte del usuario.
En la figura 31 se puede observar el diagrama de secuencia general de la
aplicacin MyChemicalEnergy.
Figura 31. Diagrama de secuencia general del sistema.
4.2.10 Prototipos de las Interfaces

A continuacin se ilustran las interfaces de la aplicacin. Estas fueron diseadas
considerando los requerimientos exigidos, expuestas en un diseo amistoso. La
informacin detallada para los usuarios se encuentra en el apartado 5.1 de este
documento.
4.2.10.1. Interfaz grfica Visualizacin de resultados

En la figura 32 se observa la Interfaz grfica del aplicativo, donde el usuario puede
visualizar la salida generada por la ejecucin de la aplicacin. El usuario debe
tener instalado Gaussian o Psi4 para su respectiva ejecucin.
Figura 32. Interfaz grfica Visualizacin de resultados.
4.2.10.2. Interfaz grfica Ingreso de datos

El usuario debe introducir los datos a ejecutar en el sistema, para su seguida
ejecucin, en esta interfaz se permitir introduccin y ejecutar los datos
ingresados, como se puede apreciar en la figura 33.
Figura 33. Interfaz grfica Ingreso de datos.

4.3.
ANLISIS DEL DISEO
4.3.1. Modelo entidad relacin del sistema

Debido el modelo de datos, solo estaba compuesto por una sola entidad; no se
necesit hacer diagrama entidad relacin, los datos se hacen necesarios para las
consultas y validaciones de existencia de estos.
4.3.2. Diagramas de clases
Para la elaboracin de estos diagramas se consideraron los datos del sistema,
teniendo en cuenta cada los datoalmacenado para ejecutar las consultas .Para el
desarrollo propuesto fue necesario utilizar los siguientes diagramas de clases:
-
Diagrama de clases Operate.

Diagrama de clases Simulation.
Diagrama de clases Energies.
Para la elaboracin de los diagramas de clases se consideraron los datos del

sistema, El siguiente diagrama es el de Operate que se encarga de la
identificacin del programa a ejecutar y almacenamiento de los experimentos
realizados, como se puede observar en la figura 34.
Figura 34. Diagrama de clases Operate.
En la figura 35 se ensea el diagrama Simulation encargado de ejecutar el

programa, hacer la recoleccin y operacin de los datos de salida del programa
ejecutado.
Figura 35. Diagrama de clases Simulation.
En la figura 36 se ensea el diagrama de clases, cuando el usuario realiza el

servicio para el clculo de energas finales.
Figura 36. Diagrama de clases Energies (Clculo de energas finales).
4.3.3. Diagrama de Componentes

El diagrama de componentes del sistema ensea la arquitectura de desarrollo
utilizada y los mdulos que fueron creados para los Clculo de energas con los
mtodos G1 y G2 a travs de Gaussian o Psi4.
El diagrama que muestra la fase de construccin del aplicativo se puede apreciar

en la figura 37.
Figura 37. Diagrama de componentes.

4.3.4.Implementacin Aplicativa:
Para el desarrollo de la aplicacin se opt por implementar una arquitecturaque
dieron una mayor flexibilidad al momento de realizar el desarrollo. El manejo de
esta
permitir
implementar
nuevos
programas
para
el
clculo
de
energas,aplicando los mtodos y base necesarios para completar los mtodos

compuestos G1 y G2.
4.4. IMPLEMENTACIN
4.4.1. Herramientas de Desarrollo
Para el desarrollo de los mdulos que componen la aplicacin se utilizaron dos
herramientas potentes o entornos de desarrollo integral (IDE) que se describen a
continuacin:
IDE Eclipse: Permiti desarrollar toda la parte de software incluyendo el entorno
grfico.
Lenguaje de programacin: Java bajo la versin 1.7 en su JDK (Java Developer
Kit).
4.4.2. Resultado final de la implementacin
El desarrollo en Java arroj como resultado un archivo ejecutable (.jar) que
contiene la aplicacin finalizada, que junto con otras dos carpetas, config y data,
completan el aplicativo.
4.5. MODELO DE PRUEBAS
Para garantizar a los usuarios del aplicativo, la calidad y funcionamiento correcto
de este para Linux, se dise un plan de pruebas.
4.5.1. Plan de pruebas

En este punto se encontrar el contenido y criterios de aceptacin de las pruebas
realizadas a la aplicacin. Las pruebas realizadas se orientaron a verificar que los
resultados del desarrollo propuesto correspondieran de manera adecuada con las
especificaciones establecidas a travs de los requerimientos y en la seccin de
resultados.
4.5.2 Objetivo general de la prueba

El objetivo de estas pruebas es constatar el cumplimiento de los requerimientos
funcionales y no funcionales de la aplicacin, planteados con el cliente y validar el
correcto funcionamiento del aplicativo.
4.5.3. Descripcin casos de prueba
A continuacin se mostrar las pruebas utilizadas dentro del desarrollo del
aplicativo:
4.5.3.3. Prueba de funcionalidad
El objeto de esta prueba se centr en la conectividad del aplicativo con los otros
aplicativos Gaussian y Psi4. Adems de la consulta y muestra de resultados.
4.5.3.4. Prueba de aceptacin
El objetivo de estas pruebas es validar que el Aplicativo cumpla con el
funcionamiento esperado. Es decir llenarlas tablas de resultados y aprobar el
acercamiento a los esperados.
4.5.3.5.Prueba de compatibilidad
Para verificar la compatibilidad del aplicativo y que esta cumpliera con el
funcionamiento esperado desde el punto de vista de la funcionalidad y
rendimiento, se procede a verificar la instalacin del aplicativo al sistema
operativo.
4.5.4.Ejecucin de pruebas
Nombre de la prueba: Pruebas de funcionalidad y aceptacin.
Objetivo general: Verificar el funcionamiento y aceptacin de los mdulos de la

aplicacin.
Objetivo especfico:
-
Validar el proceso de ejecucin del usuario a la aplicacin.
Verificar los resultados generados por aplicativo.
Verificar el proceso de consulta de los experimentos ya realizados. Es decir

que no se ejecute otra vez el proceso,si no que lo muestreenseguida, si alguna
vez se realiz.
En la tabla 12 se registran los nombres de los usuarios utilizados para realizar las
respectivas pruebas.
Tabla 12.Nombres de usuario.
Nombre usuario
Carlos Ocaa

Requerimiento equipo usuario: computador con sistema operativo Linux.
Requerimientos de Software: Gaussian o Psi4.
En la tabla13 e describe los pasos para la ejecucin del programa

MyChemicalEnergy.
Tabla 13. Pruebas funcionalidad y aceptacin.
Prueba 01
Detalle
1. Se ingresa al
men y se hace
clic
en
CalculationSetup
Mdulo: todo el aplicativo

Acciones
Resultados
Observaciones
El usuario a la
ventana
CalculationSetup e
ingresa los datos
necesarios para el
experimento
a
realizar.
El usuario ingresa
correctamente
al
aplicativo y Hace el
clculo
correctamente.
El usuario logro efectuar el

experimento
de
s,
permitindole acceder los
resultados.
4.6. REQUISITOS DEL SISTEMA (SOFTWARE Y HARDWARE)

En esta lista de materiales se describe el inventario del sistema, que ser
entregado como parte del producto final A la Universidad Antonio Nario (UAN)
alrea de Investigacin en Qumica. En este caso, la aplicacin estar alojada un
paquete de software para que los usuarios realicen la instalacin sin ningn costo.
Se entregar al cliente un CD con el archivo ejecutable de la aplicacin.
Los requisitos de hardware del equipo que opera el Aplicativo:
-
SO: Linux
Procesador: Pentium IV
Memoria: 1 GB de RAM (XP)
Disco Duro: 50 MB de espacio libre
4.7.
PRODUCTOS DE TRABAJO DE INSTALACIN
Para la instalacin de la aplicacin, se brindar al usuario del aplicativo toda la

informacin correspondiente a la implementacin, a travs de la programacin
establecida para la entrega del producto final.
4.8.
AMBIENTE DE DESPLIEGUE
Para que los usuarios puedan usar el aplicativo deben contar con un computador
con sistema operativo Linux, esta fue una de las razones por la que se determin
que se desarrollara enjava gracias a sus cualidades multiplataforma, debido aque
existen muchas distrosLinux para investigacin. Adems el usuario deber tener
instalado en su ordenador Gaussian y Psi4.
5.
RESULTADOS OBTENIDOS
5.1 DESCRIPCIN DEL PROGRAMA

Como resultados se obtuvo el aplicativo, que a continuacin se mostrar una
breve descripcin en una serie de imgenes. Adems se mostrarn unas tablas
con los valores energticos de un grupo de molculas definidas enJournal of
ChemicalPhysics43
El programa se compone de 4 directorios bin, config, data source.

bin: se encuentra el archivo que contiene los binarios que corren en la mquina
virtual de java
config: contiene un archivo con las direcciones de ubicacin en el computador
donde se encuentran instalados los programas Psi4, Gaussian y sus variables de
entorno.
Data: contiene los archivos necesarios para que los clculos se realicen con xito.
Source: contienelos archivos .class o cdigo fuente del aplicativo.
Para correr el programa se deber tener instalado Gaussian y Psi4. Adems se
editar el archivo config.txt ubicado en la carpeta config y cambiar los valores de:
pathProgramGaussian= (direccin de Gaussian), pathGAUSS_SCRDIR= (variable
de entorno de Gaussian), pathGAUSS_EXEDIR= (variable de entorno de
Gaussian) y pathProgramPsi4= (direccin de Gaussian). Antes de colocar los
valores se debedejar un espacio en blanco despus del igual (=) como se puede
observar en la figura 38.
43
The Journal of Chemical Physics 93, 2537 (1990); doi: 10.1063/1.458892
Figura 38. Archiv config.txt.

El aplicativo realizado solo consta de tres fases:
Fase 1:El usuario introduce los datos a estudiar.
Fase 2:El programa se ejecuta y genera la salida.
Fase3: El Programa muestra los resultados.
Estas tres fases suceden tanto en modo consola como en modo grfico.
Ejecucin modo Grfico:
Para empezar abrimos un terminal. Luego como se indica en la figura 39 nos

ubicamos en la carpeta bin donde se encuentrael programa en cdigo binario.
Figura 39. Ubicarse en el directorio bin.

En el siguiente paso se ejecuta el programa .jar envindole como parmetro
windowcomo se puede observar en la figura 40.
Figura 40. Ejecutar .jar para modo grfico.
En la figura 41 se observa como aparece la ventana.

Figura 41. Modo Grfico.
Luego se procede a la barra de mens para acceder a la ventana

SetupCalculation como se indica en la figura 41 desde la pestaa file opcin
SetupCalculation de la figura 42.
Figura 42. Acceso a SetupCalculation.
Posteriormente se completan los campos de texto y se selecciona el tipo de

proceso que se quiere hacer conforme a las opciones disponibles, como se indica
en la figura 43.
Figura 43. SetupCalculation Ejecucin.
Luego de que se haga clic en el botn Execute, seempezara a procesar los datos
y cuando ya estn listos se cerrar la ventana CalcultionSetup y se mostrar la
salida en la ventana principal, como se muestra en la figura 44.
Figura 44. Ejecucin finalizada.
Ejecucin en modo consola
Primero se accede al directorio de binarios como se indica en la figura 38. Seguido

se ejecuta el .jar y se le enva un archivo plano como argumento con la siguiente
configuracin:
Linea1: El 1 con que comienza indica que es molcula, de lo contrario se coloca
un cero. El cero que sigue indica que se va ejecutar a pasos, de lo contrario se
coloca un 1.
Lnea 2: Elprograma que se quiere utilizar.
Lnea 3: Indica el nombre del proceso a ejecutar.
En las siguientes lneas se indica entre llaves la configuracin de la molcula.

Finalmente se indica el mtodo compuesto que se desea aplicar (Hasta el
momento el aplicativo solo soporta G1 y G2).
Archivo plano de ladescripcin anterior:
10
Psi4
pru
{
01
H -0.0254
0.0000
0.0000
H 0.7174
0.0000
0.0000
}
G1
Figura 45. Lnea de ejecucin.
Una vez ejecutada la lnea de la figura 45 se arrojaran los resultados como se

indica en la figura 46.
Figura 46. OutPut de resultados.
5.2 RESULTADOS DE ENERGIAS

A continuacin se mostrarn unas tablas que indican los valores energticos de.
Un conjunto de 14 molculas que se encuentran presentados en el artculosG144y
G245de los mtodos Gaussian en tabla I. Energies and corrections.y el resultado
estimado a travs del aplicativo. Los valores de la tabla Gaussian 09 son los
validos en los dos artculos.
Clculos de entalpias de formacin:
En la tabla 14 se encuentran todas las energas generadas en el paso a paso
utilizando Gaussian 09 en cada una de las 14 molcula incluidas, que son las
mismas expuestas el artculo de G146.
Tabla 14. Mtodo G1, Gaussian 09 por pasos travs del MyChemicalEnergy.
MP4/6311G**
H2O
CO
CO2
NH3
NH2NH2
F2
FH
CH2O
H3CCH3
H3COH
NH
HOOH
NH3
N2
E(+)
E(2df)
E(QCI)
E(HLC)
-76.2760773
-0.010828
-0.037385
0.0
-0.02456
0.020512
-76.328338
-0.00372
-0.054202
0.00506
-0.03089
0.00496
-113.177414
-188.2250669
-0.007686
-0.100326
0.009742
-0.04931
0.011382
-188.361265
-56.428038
-0.006298
-0.028522
-3.88E-4
-0.02475
0.033036
-56.45496
-111.6139626
-0.008394
-0.057134
-5.0E-4
-0.04317
0.051433
-111.671728
-199.1750524
-0.010705
-0.099732
7.35E-4
-0.04298
0.002533
-199.325201
-100.2737371
-0.012091
-0.045883
2.79E-4
-0.02475
0.008869
-100.347313
-114.2626368
-0.006624
-0.058855
0.001608
-0.03684
0.026077
-114.337271
-79.6145295
-6.53E-4
-0.038329
-0.001263
-0.04298
0.071217
-79.626727
-115.4684679
-0.008857
-0.059401
-2.92E-4
-0.04298
0.049418
-115.53077
-55.0223071
-0.005426
-0.026248
-0.011987
-0.01842
0.007334
-55.077054
-151.2539226
-0.011947
-0.079449
5.18E-4
-0.04298
0.025407
-151.362182
-56.428038
-0.006298
-0.028522
-3.88E-4
-0.02456
0.033036
-56.45477
-109.3161546
-0.004758
-0.053677
0.005947
-0.0307
0.00561
-109.393923

46
45
E0
-113.0986224
44
E(ZPE)
En la tabla 15 como se puede observar, se encuentran todas las energas

generadas en el paso a paso utilizando Psi4 en cada una de las 14 molcula
incluidas, que son las mismas expuestas el artculo de G247.
Tabla 15. Mtodo G1, PSI4 por pasos a travs del MyChemicalEnergy.
MP4/6311G**
E(+)
E(2df)
E(QCI)
E(HLC)
E(ZPE)
E0
-2.96622E4
2.820941E4
3.965570E4
-3.65110E4
-6.66768E4
-0.02456
0.020512
-76.328706
-0.03089
0.004958
-113.203121
-0.04931
0.011381
-188.398826
-0.02475
0.033036
-56.453303
-0.04317
0.051427
-111.677153
8.889655E5
-1.81468E4
-5.04711E4
-6.89453E4
-0.04298
0.0025337
6
0.0088694
6
0.0260783
1
0.0712287
2
-199.34446
H2O
-76.2901865
-0.00995911
-0.02421549
CO
-113.1187871
-0.00339506
-0.00339506
CO2
-188.2514706
-0.00717137
-0.10265225
NH3
-56.442216
-0.0059865
-0.01302148
-111.6398214
0.00812058
-0.036991
F2
-199.1966171
-0.00984435
-0.09764109
FH
-100.2892376
-0.01097805
-0.03515489
CH2O
-114.2861023
-0.00602361
-0.04875706
-79.6442998
-6.73464E-4
-0.00794452
-115.496323
-0.00820480
-0.03672068
-6.09103E4
-0.04298
0.0494243
5
-115.535413
-55.0386293
-0.00523769
-0.02081946
-0.0067005
0.00733
-0.01842
-55.082474
-151.2775537
-0.01029860
-0.06595082
-0.04298
-56.4422165
-0.00598654
-0.01302149
N2
-109.333809
-0.00446544
-0.05576647
0.0248078
1
0.0330366
7
0.0056108
8
-151.372404
NH3
-4.28947E4
-3.65111E4
6.686026E4
NH2NH
2
H3CCH
3
H3CO
H
NH
HOOH
-0.02475
-0.03684
-0.04298
-0.02456
-0.0307
47
-100.351433
-114.352149
-79.625359
-56.453113
-109.418462
En la tabla 16 se pueden observar las energas generadas en modo paso a paso y

automtico utilizando Gaussian 09 y PSI4 en cada una de las 14 molcula
Tabla 16. Comparativa de valores nivel G1 por el programa desarrollado.
E0
empleando
Gaussian 09
G1
automtico
G1 por
pasos
E0
empleando
PSI 4
E0
G1
automtico
G1 por
pasos
E0
H2O
-76.328342
-76.328338
0,000004
76.328341
-76.328706
0,000365
CO
CO2
-113.177224
-188.361076
0
0,000184
-113.177225
-188.361078
-113.203121
-188.398826
0,025896
0,037748
NH3
NH2NH2
-56.454771
-111.671541
-113.177224
-188.36126
5
-56.45496
-111.671728
0,000189
0,000187
-56.454765
-111.671538
-56.453303
-111.677153
0,001462
0,005615
F2
FH
CH2O
H3CCH3
H3COH
NH
HOOH
NH3
N2
-199.325201
-100.347124
-114.33728
-79.626534
-115.53058
-55.077055
-151.363667
-56.45477
-109.393732
-199.325201
-100.347313
-114.33727
-79.626727
-115.53058
-55.077054
-151.362182
-56.45477
-109.393923
0
0,000189
0,00001
0,000193
0
0,000001
0,001485
0
0,000191
-199.32336
-100.346419
-114.337272
-79.626768
-115.530579
-55.077055
-151.362589
-56.45477
-109.393751
-199.34446
-100.351433
-114.352149
-79.625359
-115.535413
-55.082474
-151.372404
-56.453113
-109.418462
0,0211
0,005014
0,014877
0,001409
0,004834
0,005419
0,009815
0,00166
0,024711
48
En la tabla 17 se pueden observar las energas generadas en modo paso a paso y

automtico utilizando Gaussian 09 y PSI4 en cada una de las 14 molcula
Tabla 17. Comparativa de valores nivel G2 por el programa desarrollado.
E0
empleando
Gaussian 09
H2O
CO
CO2
NH3
NH2NH2
F2
FH
CH2O
H3CCH3
H3COH
NH
HOOH
NH3
N2
G2
automtico
-76.332055
E0
empleando
PSI 4
G2 por pasos
E0
G2 por pasos
-0.02019
-0.02519
-113.177501
-113.206639
0,029138
-188.289124
-188.404282
0,115158
-56.458642
-56.459104
0
0,11758
-188.361319
-56.458649
E0
G2
automtico
-76.332048
-0.008104
0.02
-111.676456
-111.606469
-199.323957
-199.23334
-199.35092
-100.350479
-100.358239
0,00776
-114.338911
-114.357468
0,018557
-100.350002
-398.4896
-114.338916
-228.541195
114,202279
-0.03519
-79.633606
-0.035
-115.534875
-115.530579
0,004296
-165.122265
-55.077652
-55.084542
0,00689
-151.365229
-151.37921
0,01398
-151.251219
0,11531356
-56.458649
-56.45477
0,003879
-56.458647
-56.459104
0,000457
-109.392619
-109.337309
0,05531
-109.315739
-109.420295
0,104556
-151.366532

Los valores Faltantes y bastante imprecisos dentro de la tabla son valores que no
fueron incluidos.Debido a que falta incluir el cdigo una funcin que lea los
distintos formatos existentes del mtodo G2 logrando capturar los valores de
salidas apropiadamente, esto sucedi debido a que se esperaba fueran salidas
estndar.
Como se puede ver en las tablas de resultados, existen diferencias entre los
clculos en modo automtico de Gaussian y Psi4 segn el programa, estas
diferencias tambin se extienden a nuestro proceso por pasos, esto se debe a que
cada programa y mtodo viene configurado con un rango de ciclos de
49
convergencia donde se obtienen las energas. Este proceso puede ser modificado
manualmente en Gaussian y Psi4 por usuarios expertos en el manejo de estos
software. El objetivo del programa es emplear la configuracin estndar y en una
futura versin intentar reducir las diferencias entre los valores calculados por estos
programas.
6.
DISCUSIN Y ANLISIS
Al realizar las pruebas de ejecucin del programa para comparar los resultados
generados paso a paso y automtico de cada uno de los programas llamados
(Gaussian y Psi4), se obtuvo un producto final que cumple con los
requerimientos.Sin
embargo,
se
necesita
manipular
individualmente
la
configuracin con la que cada uno de estos programas (Gaussian y Psi4) se

ejecutapara lograr ser ms exacto. Es decir, que los valores generados por las dos
aplicaciones se acerquen ms a los esperados. Porque las dos se enfocan en
hallar la el punto de convergencia de las energas en las molculas a estudiar, es
decir el punto de energa optimo segn la temperatura, estado y presin en que se
encuentran.
Esta implementacin demuestra que el desarrollo del aplicativo logr mejorar los
procesos para obtener las energas finales. Debido a que no se hace
necesariohacer operaciones intermedias a mano.
7.
CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES
Con las pruebas realizadas se puede concluir que este desarrollo brinda
comodidad, y fiabilidad a los usuarios, y como alternativa para solucionar la
problemtica que presentaba el clculo final de energas. Adems de agregar la
posibilidad de extender el aplicativo a G3 Y G4 en Psi4 a pasos porque no lo
realiza de manera automtica como Gaussian. Esto lograra brindar una
alternativa al gran costo de Gaussian.
La funcionalidad y aceptacin de la aplicacin permite visualizar a futuro la

oportunidad que pueden tener los investigadores para obtener resultados rpidos
y legibles. Adems, otros desarrolladores puedan realizar nuevas actualizaciones
o versiones mejoradas de la aplicacin, como continuidad del producto para las
necesidades que presente la aplicacin en esta rea de la qumica. Igualmente
queda abierta la posibilidad para que este desarrollo se utilice en otras
instituciones.
8. GLOSARIO DE TRMINOS
APLICATIVO MY CHEMICAL ENERGY: Aplicacin para Hacer uso de Psi4 y

Gaussian y lograr hallar las propiedades termodinmicas (H, S y G).
ECLIPSE: Es un entorno de desarrollo recomendable para java, de uso libre.
JAVA: Es un lenguaje de programacin muy conocido por su versatilidad
orientada a objetos, se utiliza para crear aplicaciones y procesos que funcionen en
mltiples dispositivos a travs de su plataforma virtual que permite estandarizar los
desarrollos para que estos funcionen en cualquier ordenador del mercado.
MQUINA VIRTUAL JAVA: Es la plataforma virtual que se instala en la
computadora y permite ejecutar los programas y aplicaciones desarrolladas en
lenguaje Java, la funcin principal es soportar y ejecutar las aplicaciones Java.
Presenta ventajas multiplataforma, que permite ser instalado en cualquier sistema
operativo o cualquier dispositivo .
UML (Lenguaje Unificado de Modelado): Se convierte en un estndar de normas
documentadas y seguimiento grfico en el que se debe representar el desarrollo
de una aplicacin o software.
Distro: es una contraccin de la palabra distribucin que se usa especialmente
para sealar las distintos tipos o distribuciones de Linux que existen.
9. BIBLIOGRAFA
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Anexo A
MANUAL TCNICO
MyChemicalEnergy
TABLA DE CONTENIDO
Pg.
1.
INTRODUCCIN ......................................................................................................................1
2.
DESCRIPCIN GENERAL DEL SISTEMA ..........................................................................2
3.
CARACTERSTICAS DE LOS USUARIOS DEL SISTEMA ...............................................3

3.1.
4.
Definicin de los actores del aplicativo. .........................................................................3
REQUERIMIENTOS FUNCIONALES Y NO FUNCIONALES ...........................................4

4.1.
Requerimientos Funcionales ...........................................................................................4
4.2.
Requerimientos no funcionales .......................................................................................4
5.
MAPA DE NAVEGACIN DEL SISTEMA ............................................................................6
6.
DIAGRAMA RELACIONAL, DIAGRAMA DE CLASES CON SUS RELACIONES .........9

7.1 Diagramas de clases. ............................................................................................................9
7.
RUTINAS, FUNCIONES O MTODOS ESPECIALES QUE DEBAN EXPLICARSE . 12

7.1. Clases y mtodos ms pertinentes en el proceso de ejecucion: ................................ 12
8.
d.
Mtodo run(InfoInput entry): ......................................................................................... 12
e.
Clases GaussianSteps y Psi4Steps: ........................................................................... 13
f.
Clase G1Psi4, G2Psi4, G1Gaussian y G2Gaussian: ............................................... 13
g.
Mtodo identificarMetodo(): .......................................................................................... 13
h.
Clase EnergiesConcrete(Formule,Energies,Method) :............................................. 13
i.
Mtodo exeInput(): ......................................................................................................... 13
j.
Mtodo pauseProcess(): ............................................................................................... 13
FLUJOS DE INFORMACIN Y DE PROCESOS ............................................................. 14

8.1. Caso de uso acceso al sistema. ...................................................................................... 14
8.1.1. Definicin de los actores de My Chemical Energy................................................. 15
8.1.2. Casos de Uso de My Chemical Energy. .................................................................. 15
8.1.3. Caso de uso general de My Chemical Energy. ...................................................... 16
8.1.4. Casos de uso del usuario y Sistema ........................................................................ 17
9.
IMPLEMENTACIN............................................................................................................... 19
9.1. Instrucciones de instalacin, ejecucin, reinicio y desinstalacin del sistema. ........ 19

9.1.1. Requisitos de Hardware. ............................................................................................ 19
10.
INSTRUCCIONES DE INSTALACIN, EJECUCIN, ................................................. 20
REINICIO Y DESINSTALACIN ................................................................................................. 20

10.1. Instalacin. ........................................................................................................................ 20
10.2. Ejecucin. .......................................................................................................................... 21
10.3. Reinicio. ............................................................................................................................. 29
10.4. Desinstalacin. ................................................................................................................. 29
LISTA DE FIGURAS
Pg.
Figura 1. Modo Grafico.....................................................................................................................6
Figura 2. Acceso a Setup Calculation. ...........................................................................................7
Figura 3. Ejecucin finalizada. ........................................................................................................8
Figura 4. Diagrama de clases Operate. .........................................................................................9
Figura 5. Diagrama de clases Simulation................................................................................... 10
Figura 6. Diagrama de clases Energies (Calculo de energas finales).................................. 11
Figura 7. Diagrama caso de uso general. .................................................................................. 16
Figura 8. Diagrama usuario aplicacin. ...................................................................................... 16
Figura 9. Diagrama caso de uso general. .................................................................................. 17
Figura 10. Diagrama caso de uso de la ejecucin de un Experimento. ................................ 17
Figura 11. Ubicarse en el directorio bin. ..................................................................................... 21
Figura 12. Ejecutar .jar para modo grafico. ................................................................................ 22
Figura 13. Modo Grafico. .............................................................................................................. 23
Figura 14. Acceso a Setup Calculation....................................................................................... 24
Figura 15. Setup Calculation Ejecucin. ..................................................................................... 25
Figura 16. Ejecucin finalizada. ................................................................................................... 26
Figura 17. Lnea de ejecucin. ..................................................................................................... 27
Figura 18. OutPut de resultados. ................................................................................................. 28
LISTA DE TABLAS
Pg.
Tabla 1. Actores del negocio. ..........................................................................................................3
Tabla 2. Requerimientos funcionales............................................................................................4
Tabla 3. Requerimientos no funcionales. ......................................................................................5
Tabla 4. Informacin que debe llevar cada tabla de los casos de uso. ................................. 14
Tabla 5. Definicin actores del sistema. ..................................................................................... 15
Tabla 6. Caso de uso ejecucin de un experimento. ............................................................... 18
1. INTRODUCCIN
En este manual tcnico se documenta el desarrollo de una Aplicacin. Este

sistema se implement en la Universidad Antoni Nario de la ciudad de Bogot
para sistematizar procesos a mano los procesos de clculo para hallar las
propiedades termodinmicas (H, S y G).
La aplicacin para dispositivos cuenta con un men que cuenta con acceso a una
ventana llamada SetupCalculation en la que se ingresa para colocar los datos
con los que se quiere generar el experimento y clikear en Execute para comenzar
con la ejecucin del experimento en modo grafico. Al finalizar el proceso de
clculo se mostraran los resultados en la ventana inicial.
La aplicacin se desarroll en lenguaje java y es ideal para en investigacin dl
rea de termoqumica para hallar propiedades termodinmicas (H, S y G)
de las molculas en estado.
2. DESCRIPCIN GENERAL DEL SISTEMA
En este manual tcnico se encontrar toda la informacin pertinente para

conocer el funcionamiento del sistema MyChemicalEnergy, aplicacin para
sistema operativo Linux. El Manual Se presenta como gua detallada del
conjunto de tcnicas ingenieriles y los recursos necesarios utilizados para el
buen desempeo de la aplicacin.
Inicialmente se caracterizaron los usuarios de la aplicacin y los requerimientos
funcionales y no funcionales del sistema, esto producto de recolectar
informacin a travs de entrevistas con el cliente. Luego se procedi a elaborar
los diagramas de secuencia y de clase, generando las bases del anlisis
orientado a objetos de la aplicacin, posteriormente el modelo de diseo
brindar a partir del Lenguaje Unificado de Modelado (UML), los diagramas
necesarios para el diseo de las interfaces de la aplicacin y la programacin
en java las clases que componen el aplicativo.
La Aplicacin cuenta con los mdulos:

1. Operate.
2. Simulation.
3. Energies.
3. CARACTERSTICAS DE LOS USUARIOS DEL SISTEMA
3.1.
Definicin de los actores del aplicativo.
Tabla 1Definicin actores del sistema.

En la tabla 1 se describen los actores involucrados procesos del modelo, las
personas identificadas como usuarios que operan cada uno de los pasos
necesarios para el clculo requerido.
Tabla 1. Actores del negocio.
Actor
Descripcin
Personas que ingresa al software los input
necesarios para el clculo a realizar y opera
manualmente los valores para la obtencin de
Usuarios
resultados finales.
4. REQUERIMIENTOS FUNCIONALES Y NO FUNCIONALES
4.1.
Requerimientos Funcionales
En la tabla 2 se pueden observar los requerimientos funcionales del sistema

MyChemicalEnergy, que obedecen a la funcionalidad y desempeo de la
aplicacin.
Tabla 2. Requerimientos funcionales.
tem.
Requerimientos Mnimos
Permitir ejecutar Psi4 o Gaussian a travs de un aplicativo, mediante interfaz

Grafica y por consola.
Automatizar el clculo de energas aplicando los mtodos G1 o G2, tanto

Gaussian como Psi4.
Permitir ejecutar clculos G1 y G2 en gaussian a pasos automatizados.
Ofrecer el servicio en lnea a los usuarios a travs de un servidor.
Presentar un diseo amistoso e intuitivo para los usuarios.
Guardar los experimentos realizados, para mostrarlos rpidamente sin

realizar el experimento.
Fuente: Elaboracin Indita
4.2.
Requerimientos no funcionales
Estos requerimientos hacen alusin a todos los aspectos del sistema que son
visibles por el usuario de la aplicacin, pero que no representan ninguna
alteracin al comportamiento funcional del sistema. En los requerimientos no
funcionales relacionados se consideraron restricciones como el tiempo de
respuesta (desempeo), accesibilidad, usabilidad, estabilidad.
A continuacin en la tabla 3 se puede observar los requerimientos no funcionales.

Tabla 3. Requerimientos no funcionales.
Requerimiento
no funcional
Especificacin.
Desempeo
El tiempo de respuesta de las solitudes realizadas por el

usuario a travs de la aplicacin estar sujeto a el tamao y
complejidad de la molcula en estudio y el poder de computo
disponible para el experimento.
Usabilidad
La aplicacin debe contar con interfaces amistosas y de fcil

manejo para los usuarios, permitiendo que los servicios
presentados correspondan a la usabilidad prctica del
usuario.
Estabilidad
La estabilidad de la ejecucin de un input est restringida a

que el usuario ingrese datos correctos para el experimento
con los que Gaussian o Psi4 puedan funcionar, lo que en
caso de no ser as habrn resultados errneos.
5. MAPA DE NAVEGACIN DEL SISTEMA
El mapa de navegacin del sistema solo de un men con una nica opcin de
servicio, en la que se encuentra el formato de ingreso de los datos a ejecutar. La
funcionalidad principal de la aplicacin. La disponibilidad de ejecucin se le brinda
a los investigadores en qumica que necesiten determinar estas energas. El
diseo del men y un entorno amigable e intuitivo, sumado a lo prctico que es la
navegacin en la aplicacin. En la figura 1 se observa la interface de inicio de
sesin para la navegacin en la aplicacin.
Figura 1. Modo Grafico.
En figura 2 se expone la ventana SetupCalculation como se indica en la figura 2

desde la pestaa file de la figura 1. Aqu se ingresan datos y se d inicio a la
ejecucin
Luego de dar clic en el botn Execute con todos los campos rellenos se mostrara
la salida en la ventana principal como se muestra en la figura 3.
6. DIAGRAMA RELACIONAL, DIAGRAMA DE CLASES CON SUS

RELACIONES
7.1 Diagramas de clases.

Para el desarrollo propuesto fue necesario utilizar los siguientes diagramas de
clases, que contemplan:
Diagrama de clases Operate.
Diagrama de clases Simulation.
Diagrama de clases Energies.
Para la elaboracin de los diagramas de clases se consider los datos del
sistema, el siguiente diagrama es el de Operate el cual se encarga de la
identificacin del programa a ejecutar y almacenamiento de los experimentos
realizados: tal como se puede observar en la figura 4.
Figura 4. Diagrama de clases Operate.
En la figura 5 se ensea el diagrama Simulation el cual se encarga de ejecutar

el programa y la recoleccin y operacin de los datos de salida del programa
ejecutado.
Figura 5. Diagrama de clases Simulation.
10
En la figura 6 se ensea el diagrama de clases cuando el usuario realiza el

servicio para el clculo de energas finales.
Figura 6. Diagrama de clases Energies (Calculo de energas finales).
11
7. RUTINAS, FUNCIONES O MTODOS ESPECIALES QUE DEBAN

EXPLICARSE
A continuacin se expone cada uno de las clases y mtodos con su respectiva

explicacin:
7.1. Clases y mtodos ms pertinentes en el proceso de ejecucin:
a. Clase IOperate;
IOperateope=new ConcreteOperate(input);
Recibe para su instancia un String que contiene la configuracin del experimento a
ejecutar.
b. execute("g1", "Psi4", "prueba", molecula, 0, 1 ,isMolecule, auto);
El mtodoexecute toma la entrada del formato de configuracin de entrada del

programa de forma ordenada y devuelve un String de resultados de toda la
ejecucin (ConcreteSimulation.execute("g1", "Psi4", "prueba", molecula, 0, 1
,isMolecule, auto); Obtiene la instancia de la clase para realizar los llamados a los
mtodos.
c. ClasesGaussianProgramFactory y Psi4ProgramFactory:
GaussianProgramFactory a=new GaussianProgramFactory(entry);
Encaminan la ejecucin a el programa al cual sirven.
d. Mtodorun(InfoInput entry):
Mtodo encargado deejecutar para ProgramGaussian y ProgramGaussianPsi4.
Seguido de una llamada ya seaPsi4Steps.getSummary(); o
GaussianSteps.getSummary(); que retornan un String con todos los resultados de
la ejecucin.
12
e. ClasesGaussianSteps y Psi4Steps:
Estas clases definen los mtodos de de ejecucin para cuando se ejecuta a pasos
como en automtico, tanto para G1 y G2.
f. Clase G1Psi4, G2Psi4, G1Gaussian y G2Gaussian:
Contiene la definicin los String necesarios para poder ejecutar cada programa y
mtodo.
g. Mtodo identificarMetodo():
Mtodo encargadoen GaussianSteps y Psi4Steps ejecutar el mtodo pedido en la
configuracin de entrada y el modo de ejecucin (G1 y G2 Pasos o automticos)
h. ClaseEnergiesConcrete(Formule,Energies,Method) :
se Encarga de generar Los valores finales opropiedades termodinmicas (H,
S y G).
i. Mtodo exeInput():
Mtodo encargado de ejecutar en modo comando dentro de la maquina virtual de
javaenvindole el archivo de entrada pertinente.
j. Mtodo pauseProcess():
Mtodo encargado de parar el flujo del programa hasta que se termine de ejecutar
el programa llamado, y as poder extraer de forma correcta los valores que se
necesitan del archivo generado por el programa usado.
13
8. FLUJOS DE INFORMACIN Y DE PROCESOS
9.1. Caso de uso acceso al sistema.

En la tabla 4 se describe la informacin que debe llevar cada campo de las tablas
para los casos de uso de la aplicion.
Tabla 4. Informacin que debe llevar cada tabla de los casos de uso.
Nombre: establece una identificacin para citar el
Identificador: se llamarn CU que significa
caso de uso con relacin a su funcin primordial.
caso de Uso.
Esta denominacin es utilizada en los diagramas

UML para caracterizar la informacin
Referencia: Describe la accin a realizar.
Actores: Identifica los roles de las personas que
participan del proceso o realizan una funcin en el
sistema utilizando el caso de uso.
Descripcin:
Caracterizacin
de
los
eventos
correspondientes a la ejecucin estndar del caso

de uso.
Precondicin: Es la especificacin de condiciones
necesarias para la ejecucin del caso de uso.
Secuencia
Normal:
Secuencia
de
pasos
Excepciones: Prerrequisitos o excepciones
ordenados que debe realizar el actor para acceder
del caso de uso de acuerdo a la secuencia
al sistema.
normal.
Post-condicin: Corresponde a la especificacin
Prerrequisitos o excepciones del caso de
de condiciones necesarias para la ejecucin del
uso de acuerdo a la secuencia normal.
caso de uso.
Elaboracin: Fuente indita.
14
4.2.7.Definicin de los actores deMyChemicalEnergy

En la tabla 5 se describen los actores involucrados en la aplicacin
MyChemicalEnergy.
Tabla 5. Definicin actores del sistema.
Nombre Actor
Actor 1.
Usuario
Descripcin
Este actor es el usuario que ejecuta un input
al sistema, una vez ejecutado el sistema le
devuelve un los resultados en un archivo si se
ejecuta por consola, si es por ventana modo
grafico genera un archivo y muestra el
resultado en parte de la ventana.
4.2.8. Casos de Uso de MyChemicalEnergy.

Los casos de uso de la Aplicacin MyChemicalEnergy, describen los mdulos
planteados para mejorar los procesos de experimentacin actuales y lograr mayor
inters de los actores involucrados en el proceso.
15
4.2.8.1. Caso de uso general de MyChemicalEnergy.

En la figura 7 se identifican los mdulos a los que puede acceder el usuario, los
usuarios necesariamente deben tener Instalado Gaussian y Psi4 o al menos uno
de estos.

En la figura 8 se identifica un usuario de la biblioteca del colegio Colombo Florida
Bilinge que accede al sistema SIABI mediante el dispositivo mvil.
Figura 8. Diagrama usuario aplicacin.
16
4.2.8.2. Casos de uso del usuario y Sistema

En la figura 9 se puede observar el caso el diagrama caso de uso general.
En la figura 10 se puede observar el caso de ejecucin de Experimento de un

usuario en el sistema.
Figura 10. Diagrama caso de uso de la ejecucin de un Experimento.
17
En la tabla 6 se observa la informacin que corresponde al caso de uso cuando el

usuario
Tabla 6. Caso de uso ejecucin de un experimento.
Caso de uso acceso al sistema :
CU_ Ejecucin de un experimento
Referencia:
Ejecucin de un experimento
Actores:
Usuario
Descripcin:
Los usuarios ingresan valores y ejecutan en

modo grafico y en consola generan input en
archivo plano y lo envan como argumento al
programa para su ejecucin.
Precondicin:
Debe estar instalado el programa a utilizar ya sea Gaussian o Psi4 o los dos.
Secuencia Normal
Excepciones
1. El usuario ingresa a la aplicacin los datos

de entrada o hace un archivo plano que
contenga los datos.
Ingresa datos en modo grafico.
2. El Sistema lee el input y consulta la

existencia de ese experimento en un archivo
de registro si no se encuentra. Ejecuta el
experimento.
No aplica
3. El sistema Ejecuta el mtodo a travs de

programa a elegido y genera los valores
energticos termoqumicos.
No aplica
4. El sistema muestra los resultados al

Usuario.
No aplica
Enva como argumento el archivo generado

en modo consola.
Post condicin:
Muestra en pantalla y genera Resultados y genera un archivo plano de estos.
18
9. IMPLEMENTACIN
10.1. Instrucciones de instalacin, ejecucin, reinicio y desinstalacin del

sistema.
10.1.1. Requisitos de Hardware.
Requerimiento equipo usuario: computador con sistema operativo Linux.

Requerimientos de Software: Gaussian o Psi4.
Los requisitos de hardware del equipo que opera el Aplicativo:
-
SO: Linux
Procesador: Pentium IV
Memoria: 1 GB de RAM (XP)
Disco Duro: 50 MB de espacio libre
19
10. INSTRUCCIONES DE INSTALACIN, EJECUCIN,

REINICIO Y DESINSTALACIN
11.1. Instalacin.
El programa consiste de una carpeta la cual se debe estar copiada en algn lugar
dentro del disco duro del computador, esta carpeta contiene 4 subcarpetas; bin,
config, data source.
bin: se encuentra el archivo que contiene los binarios que correr en la maquina
virtual de java
config: contiene un archivo que contiene las direcciones de ubicacin en el
computador donde se encuentran instalados los programas Pasi4, Gaussian y sus
variables de entorno.
Data: contiene los archivos necesarios para que los clculos se realicen con xito.
Source: contiene los archivos .class o cdigo fuente del aplicativo.
Para poder correr el programa primero se deber tener instalado Gaussian y Psi4.
Adems se tendr editar el archivo config.txt ubicado en la carpeta config y
cambiar los valores de:pathProgramGaussian= (direccin de Gaussian),
pathGAUSS_SCRDIR= (variable de entorno de Gaussian), pathGAUSS_EXEDIR=
(variable de entorno de Gaussian) y pathProgramPsi4= (direccin de
Gaussian)antes de colocar los valores se deber dejar un espacio en blanco
despus del igual (=).
20
11.2. Ejecucin.
El aplicativo realizado solo consta de tres fases:
Fase 1: El usuario introduce los datos a estudiar.
Fase 2: El programa se ejecuta y genera la salida.
Fase3: El Programa Muestra los resultados.
Estas tres fases suceden tanto en modo consola como en modo grafico.
11.2.1. Ejecucin modo Grafico:
Para empezar abrimos un terminal. Luego como se indica en la figura 11 nos
ubicamos en la carpeta bin donde se encuentran el programa en cdigo binario.
Figura 11. Ubicarse en el directorio bin.
21
Lo siguiente seria ejecutar el programa .jar envindole como parmetro window

como se ve en la figura 12.
Figura 12. Ejecutar .jar para modo grafico.
22
Seguido aparecer la ventana como se muestra en la figura 13.

Figura 13. Modo Grafico.
23
Luego se procede a la barra de mens para acceder a la ventana

SetupCalculation como se indica en la figura 14 desde la pestaa file de la figura
13.
24
Luego se llenan los campos de texto y se selecciona el tipo de proceso que se

quiere hacer conforme a las opciones disponibles como se indica en la figura 15.
Figura 15. SetupCalculation Ejecucin.
25
Luego de que se haga clic en el botn Execute. Empezara a procesar los datos y
cuando ya estn listos se cerrara la ventana CalcultionSetup y se mostrara la
salida en la ventana principal como se muestra en la figura 16.
11.2.1. Ejecucin modo consola:

Para ello primero se accede al directorio de binarios como se indica en la figura
11. Seguido se ejecuta el .jar y se le enva un archivo plano como argumento con
la siguiente configuracin la cual describe el proceso a ejecutar.
Linea1: El 1 con que comienza indica que es molcula de lo contrario se coloca un

cero. El cero que sigue indica que se va ejecutar a pasos de lo contrario se coloca
un 1.
Lnea 2:el programa que se quiere utilizar
Lnea 3: Indica el nombre del proceso a ejecutar.
Siguientes lneas se indica entre llaves la configuracin de la molcula.
26
Y finalmente se indica el mtodo compuesto que se desea aplicar (Hasta el

momento el aplicativo solo soporta G1 y G2).
10
Psi4
pru
{
01
H -0.0254
0.0000
0.0000
H 0.7174
0.0000
0.0000
}
G1
Figura 17. Lnea de ejecucin.
27
Despus de ejecutar esta lnea de la figura 17 se arrojaran los resultados como se

indica en la figura 18.
Figura 18. OutPut de resultados.
28
11.3. Reinicio.
El usuario se debe ubicarse en la carpeta data del programa y eliminar el
contenido
de
las
carpetas
Gaussian,
Psi4,
el
directorio
..//MyChemicalEnergySave/Psi4 y ..//MyChemicalEnergySave/Gaussian. Ademas

borrar todo texto dentro del archivo MoleculeDataBase. Con estos cambios el
aplicativo funcionara como recin instalado.
11.4. Desinstalacin.
Para hacer la desinstalacin del aplicativo el usuario debe solamente eliminar la
carpeta del aplicativo.
29

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DISEO DE UNA APLICACIN INTEGRAL PARA EL CLCULO DE

ENERGAS DE SISTEMAS MOLECULARES A TRAVS DE HERRAMIENTAS

JUAN CAMILO GONZLEZ ARIZA

UNIVERSIDAD ANTONIO NARIO

DISEO DE UNA APLICACIN INTEGRAL PARA EL CLCULO DE

JUAN CAMILO GONZLEZ ARIZA

Tesis de Grado como requisito para optar al ttulo de Ingeniero de Sistemas

UNIVERSIDAD ANTONIO NARIO

PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA........................................................................ 1

DESCRIPCIN DEL PROBLEMA ...................................................................... 1

1.2 FORMULACIN DEL PROBLEMA ......................................................................... 3

MARCO DE REFERENCIA ...................................................................................... 10

DESARROLLO DEL PROYECTO ............................................................................ 22

4.1. Estado inicial del negocio ............................................................................... 42

4.2.1. Requerimientos funcionales ........................................................................ 51

4.2.3. Modelado del Sistema My Chemical Energy ............................................... 52

ANLISIS DEL DISEO ................................................................................... 60

4.3.1. Modelo entidad relacin del sistema ........................................................... 60

PRODUCTOS DE TRABAJO DE INSTALACIN ............................................. 68

AMBIENTE DE DESPLIEGUE .......................................................................... 69

RESULTADOS OBTENIDOS ................................................................................... 70

8. GLOSARIO DE TRMINOS ........................................................................................ 86

Figura 37. Diagrama de componentes. ...................................................................................... 64

La qumica computacionalemplea diversos programas de clculo para estimar

En la actualidad estn disponibles una gran gama de herramientas libres

LUC LEHOBEY Frederic Daniel,TILLEAndreas,LEDRUSylvestre.Debian Science Team.debianscience.maint.Debian Science Team

Para simular las reacciones y encontrar las energas moleculares, se utilizan

TURNEY J. M. T,SIMMONETT A. C., PARRISH R. M., HOHENSTEIN E. G.,EVANGELISTA F.,FERMANN J. T.,

con mtodos y procedimientos para simular el comportamiento de las molculas y

1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA

DESCRIPCIN DEL PROBLEMA

La qumica computacional es una rama de la qumica que se basa en principios de

estimacin de propiedades termoqumicas, entre otras.

1.2 FORMULACIN DEL PROBLEMA

A nivel profesional permite abordar el conocimiento de manera interdisciplinaria,

computacional, modelos termodinmicos,

construccin de software, modelos de investigacin y simulacin, que enriquecen

Comprender la estructura funcional, flujo de datos, entradas y salidas de

Disear e implementar un prototipo de software para determinar las energas

1.5. ALCANCES Y LIMITACIONES DEL PROYECTO

El software acepta el ingreso de las variables de las molculas, los valores

Se puede agregar o modificar los clculos por pasos de los mtodos

Dadas las entradas, la herramienta realiza los clculos dependiendo del

Se puede aplicar a la comunidad estudiantil y cientfica, tanto de la Universidad

Se tiene un Manual tcnico de la aplicacin, donde se encontrarn instructivos

La investigacin se limita a la observacin y reutilizacin de las herramientas

moleculares. El proyecto busca mejorar la usabilidad rendimiento del proceso.

No se buscar mejorar los mtodos existentes en la qumica computacional, si

La herramienta solo manejar los procesos y mtodos involucrados en hallar

El Aplicativo no puede comunicar en qu estado se encuentra la ejecucin en

Para el desarrollo del proyecto se utilizaron algunos componentes de la

Finalmente, se realiz la induccin al director experto en el rea de termoqumica

Una vez terminado el aplicativo, sevalida travs de los valores calculados y

2.1. MUESTRA POBLACIONAL

paralos usuarios (investigadores) en la

Universidad Antonio Nario de la ciudad de Bogot, se desarroll e implement el

Clases,mtodos, implementacin, instalacin y pruebas de funcionalidad de la

3.1. MARCO TERICO

GARCA R., En: Sistemas Complejos, Ed. Gedisa , (2006).

especficos, metodologas y computadores de gran rendimiento que ayudan a