ALVAREZ HUAYTAN KATHERINE

OLIVOS RAMIREZ FATIMA ALESSANDRA

ANÁLISIS PALACIOS PASCUAL ANNIE MACKENZY

FILOGENÉTICO DE BIOINFORMÁTICA

SECUENCIAS
NUCLEOTÍDICAS
UNIVERSIDAD NACIONAL DEL SANTA
BIOINFORMÁTICA

PRACTICA N° 10
Analisis Filogenético de Secuencias Nucleotídicas
I. INTRODUCCION:

Las secuencias del ADN mitocondrial (ADNmt) de animales vertebrados han sido estudiadas desde hace 25 años.
En la actualidad se cuenta con el genoma mitocondrial completo de muchas especies para hacer un análisis más
detallado de cómo evolucionan sus secuencias y como esto influye en la construcción de árboles filogenéticos con la
aplicación de los diferentes programas bioinformáticos. Aún existe un recurrente debate evolutivo acerca de cuáles
secuencias mitocondriales son las más adecuadas de utilizar para explicar mejor los procesos que operan dentro de
las especies animales (Scotto, 2006).

Un árbol filogenético puede estar desarraigado o enraizado, lo que implica direcciones correspondientes al tiempo
evolutivo, es decir, las especies en las hojas de un árbol se relacionan con las especies actuales. La especie puede
expresarse como cadenas de ADN que se forman combinando cuatro nucleótidos A, T, C y G (A: adenina, T: timina,
C: citosina y G: guanina). En la literatura, se informan varios algoritmos de procesamiento de cadenas que pueden
analizar rápidamente estas secuencias de ADN y ARN y construir una filogenia de secuencias o especies en función
de su similitud y disimilitud. Una gran similitud entre dos secuencias generalmente implica una probabilidad
funcional o estructural significativa, y estas secuencias están estrechamente relacionadas en el árbol
filogenético. Para obtener información más precisa sobre el grado de similitud con alguna otra secuencia almacenada
en una base de datos, se debe ser capaz de comparar secuencias rápidamente con otro conjunto de secuencias. Para
ello, se necesita realizar la comparación de secuencias múltiples (Hu, 2019).

El análisis filogenético es considerado una herramienta bioinformática importante y de gran fiabilidad. La

importancia del análisis filogenético radica en su simple manifestación y fácil manejo de los datos. La simple
representación en árbol de la evolución hace que el análisis filogenético sea más fácil de comprender y representar
también. Las variadas aplicaciones de la filogenética en diferentes campos de la biología hacen de este análisis una
necesidad absoluta. Los diferentes aspectos del análisis filogenético se han descrito de manera exhaustiva (Singha,
2014).

Los códigos de barras de ADN se basan en la variación de la secuencia dentro de una región corta y estandarizada
del genoma, designada como un "código de barras", para proporcionar una identificación precisa de las especies. Este
enfoque se basa en el análisis de la variabilidad dentro de una región de código de barras de ADN estándar, que es
útil para establecer relaciones taxonómicas.

Un código de barras de ADN ideal debería permitir claramente una mayor variabilidad entre especies, permitiendo
una identificación de especies rápida, confiable, automatizable y rentable. La región de código de barras COI se ha
preferido entre los genes codificadores de proteínas mitocondriales como el sistema de diagnóstico molecular central
para la identificación de especies animales. El código de barras de ADN tiene éxito cuando se aplica a los productos
del mar porque la cantidad de especies es alta en comparación con otras fuentes animales, como el ganado vacuno,
ovino, caprino y equino, lo que mejora la eficacia del enfoque. Además, los métodos clásicos de identificación no
son útiles en muchos casos, como los alimentos procesados, y en el caso de los mariscos, más que en otros grupos,
es posible ir más allá del nivel de identificación de especies (Wilson, 2019).
BIOINFORMÁTICA

II. MÉTODOS

2.1. Crhomas:

Chromas es un programa desarrollado con el objetivo de ofrecer una herramienta integral para ver y editar
cromatogramas de secuencias Sanger. El programa muestra la secuencia traducida en tres fotogramas a lo largo
de la secuencia y puede invertir la secuencia del complemento y el cromatograma. Admite la exportación de
secuencias en formatos como FASTA, FASTQ, EMBL, GenBank o GCG. Además, las secuencias que tienen
una calidad baja se eliminan automáticamente. Otras características útiles son el procesamiento por lotes,
varias opciones de exportación y copia de secuencias y datos de cromatogramas, y la posibilidad de guardar
archivos en formatos .scf o .ab1.

2.2. Bioedit:

BioEdit es uno de los programas más utilizados en estudios de biología molecular. Se desarrolló inicialmente
como un editor de alineación de secuencias biológicas escrito solo para Windows. Contiene muchas
características para modos de alineación de secuencia de alineación manual fácil, vista de ventana dividida,
color definido por el usuario, sombreado basado en información e integración automática con otros programas
como ClustalW y Blast. Sin embargo, en los últimos años se desarrolló dramáticamente para integrar muchas
otras características y funciones y herramientas moleculares útiles para biólogos moleculares, como varios
modos de alineación manual, dibujo y anotación de plásmidos, mapeo de restricción y mucho más. Se convirtió
en uno de los programas más utilizados en biología molecular con sus herramientas multipropósito en biología
molecular.

2.3. Mega:

El software de Análisis Genético Evolutivo Molecular ( MEGA ) implementa muchos métodos analíticos y
herramientas para filogenómica y filomedicina. MEGA X no requiere software de virtualización o emulación
y proporciona una experiencia de usuario uniforme en todas las plataformas. MEGA X también se ha
actualizado para utilizar múltiples núcleos informáticos para muchos análisis evolutivos
moleculares. MEGA X está disponible en dos interfaces (gráfica y línea de comandos).
BIOINFORMÁTICA

III. RESULTADOS:

3.1. Resultados en el programa Crhomas:

De las secuencias originilaes dadas, al ser ingresadas al programa Crhomas, se obtuvo como resultado el
siguiente cromatograma (figura 1 y figura 2), en el que se puede apreciar la secuencia por capilares,
distinguiendose: Adenina de color verde, Timina de color rojo, Guanina de color amarillo y Citosina de color
azul. Además de la presencia de picos altos y bajos para cada nucleotido. En el cromatrograma de la secuencia
R, se uso la opción Reverse+Complement, para invertirla y obtener su complemento.

Figura 1. Secuencia F base.

Figura 2. Secuencia R base complementaria.

3.2. Resultados para el programa Bioedit:

Se ingresaron las secuencias obtenidas en el programa Crhomas (figura 3), luego alineamos las secuencias
a través de la opción ClustalW, haciendo uso del edit parar así poder realizar modificaciones manualmente,
de tal manera que ambas secuencias sean idénticas (figura 4).

Figura 3. Secuencia F y R en Bioedit.

BIOINFORMÁTICA

Figura 4. Secuencia F y R alineadas a travé de la opción ClustalW en Bioedit.

3.3. Alineamiento en Blast

Utilizamos el programa Blast, para hallar el porcentaje de identidad, y hacer elección de la especie con la se
trabajaría. Con un porcentaje de identidad al 99.85% elegimos la secuencia parcial para el gen Coi, de la
especie Ophichthus Remiger.

Query 48 CTTATACCTAGTATTTGGGGCCTGAGCTGGAATAGTAGGTACTGCCCTAAGCCTACTAAT 107

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Sbjct 1 CTTATACCTAGTATTTGGAGCCTGAGCTGGAATAGTAGGTACTGCCCTAAGCCTACTAAT 60

Query 108 TCGAGCTGAATTAAGTCAACCCGGAGCCCTTCTGGGGGACGACCAAATTTATAATGTCAT 167

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Sbjct 61 TCGAGCTGAATTAAGTCAACCCGGAGCCCTTCTGGGGGACGACCAAATTTATAATGTCAT 120

Query 168 TGTTACGGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAGTTATAATTGGAGG 227

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Sbjct 121 TGTTACGGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAGTTATAATTGGAGG 180

Query 228 ATTTGGTAATTGACTAGTGCCATTAATAATTGGGGCCCCCGATATAGCATTCCCACGAAT 287

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTTGGTAATTGACTAGTGCCATTAATAATTGGGGCCCCCGATATAGCATTCCCACGAAT 240

Query 288 AAATAACATAAGCTTCTGACTTCTTCCCCCATCATTTTTACTTTTACTAGCCTCTTCCGG 347

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAATAACATAAGCTTCTGACTTCTTCCCCCATCATTTTTACTTTTACTAGCCTCTTCCGG 300

Query 348 AGTTGAGGCCGGGGCAGGTACAGGATGAACTGTATACCCGCCCTTAGCTGGAAACCTAGC 407

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGTTGAGGCCGGGGCAGGTACAGGATGAACTGTATACCCGCCCTTAGCTGGAAACCTAGC 360

Query 408 TCACGCTGGCGCTTCTGTTGACCTGACAATCTTCTCTCTTCACCTTGCCGGAGTTTCGTC 467

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCACGCTGGCGCTTCTGTTGACCTGACAATCTTCTCTCTTCACCTTGCCGGAGTTTCGTC 420

Query 468 AATCCTGGGGGCAATTAACTTTATTACTACAATTATTAATATAAAACCCCCAGCAATTAC 527

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AATCCTGGGGGCAATTAACTTTATTACTACAATTATTAATATAAAACCCCCAGCAATTAC 480

Query 528 ACAATACCAAACCCCACTATTCGTCTGATCCGTCCTAGTAACAGCTGTTCTTCTACTCCT 587

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ACAATACCAAACCCCACTATTCGTCTGATCCGTCCTAGTAACAGCTGTTCTTCTACTCCT 540

Query 588 ATCTTTACCAGTTCTAGCTGCAGGAATTACTATACTGCTAACAGACCGAAACCTAAATAC 647

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCTTTACCAGTTCTAGCTGCAGGAATTACTATACTGCTAACAGACCGAAACCTAAATAC 600

Query 648 AACATTCTTTGACCCAGCAGGGGGAGGAGACCCCATCCTCTATCAACACCTG 699

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AACATTCTTTGACCCAGCAGGGGGAGGAGACCCCATCCTCTATCAACACCTG 652
BIOINFORMÁTICA

CÓDIGO DE DESCRIPCIÓN LONGITUD ESPECIE FIGURA

ACCESIÓN
Ophichthus remiger voucher 652 Ophichthus
MF956903.1 USNM: FISH:421370 cytochrome remiger
oxidase subunit 1 (COI) gene,
partial cds; mitochondrial

KY472815.1 Ophichthus apicalis voucher 655 Ophichthus

PT006 cytochrome oxidase apicalis
subunit I (COI) gene, partial cds;
mitochondrial

GU440436.1 Ophichthus zophochir voucher 652 Ophichthus

MFC132 cytochrome oxidase zophochir
subunit 1 (COI) gene, partial cds;
mitochondrial
KY472812.1 Ophichthus brevicaudatus 655 Ophichthus
voucher PT003 cytochrome brevicaudatu
oxidase subunit I (COI) gene, s
partial cds; mitochondrial
MK658185.1 Schismorhynchus labialis 653 Schismorhyn
voucher SCIL-020 cytochrome chus labialis
oxidase subunit 1 (COI) gene,
partial cds; mitochondrial

KY472818.1 Neenchelys parvipectoralis 655 Neenchelys

voucher PT009 cytochrome parvipectoral
oxidase subunit I (COI) gene, is
partial cds; mitochondrial

MF041179.1 Ahlia egmontis voucher DPND 652 Ahlia

1450 cytochrome oxidase egmontis
subunit 1 (COI) gene, partial cds;
mitochondrial
GU674224.1 Cirrhimuraena chinensis 652 Cirrhimuraen
voucher BW-A6862 cytochrome a chinensis
oxidase subunit 1 (COI) gene,
partial cds; mitochondrial
KU692586.1 Lamnostoma orientalis voucher 627 Lamnostoma
BIF0374 cytochrome oxidase orientalis
subunit 1 (COI) gene, partial cds;
mitochondrial
KJ709755.1 Echelus myrus voucher 652 Echelus
MCFS07212 cytochrome oxidase myrus
subunit 1 (COI) gene, partial cds;
mitochondrial

KY472816.1 Muraenichthys gymnopterus 655 Muraenichth

voucher PT007 cytochrome ys
oxidase subunit I (COI) gene, gymnopterus
partial cds; mitochondrial
BIOINFORMÁTICA

MG856894.1 Gordiichthys randalli voucher 652 Gordiichthys

DPND 4659 cytochrome oxidase randalli
subunit 1 (COI) gene, partial cds;
mitochondrial
KX954875.1 Yirrkala misolensis voucher 626 Yirrkala
ASIZP0080303 cytochrome misolensis
oxidase subunit I (COI) gene,
partial cds; mitochondrial
MK566967.1 Leiuranus semicinctus voucher 655 Leiuranus
MARQ-400 cytochrome oxidase semicinctus
subunit 1 (COI) gene, partial cds;
mitochondrial
KY176443.1 Dalophis imberbis voucher 352 642 Dalophis
cytochrome c oxidase subunit I imberbis
(COI) gene, partial cds;
mitochondrial
MZ052033.1 Electrophorus electricus 659 Electrophoru
voucher PAG-2567 cytochrome s electricus
oxidase subunit 1 (COI) gene,
partial cds; mitochondrial.

3.4. Resultados en el programa Mega X:

Figura 6. Parámetros para la contrucción del análisis filogenético de la especie Ophichthus remiger.
BIOINFORMÁTICA

En el árbol Filogenético, se identificó secuencias Ortólogas y Parálogas para la especie Ophichthus

remiger.

100% KU692586.1Lorientalis
100% KX954875.1Ymisolensis
100% MK566967.1Lsemicinctus

100%
MG856894.1Grandalli
100% KY176443.1Dimberbis
100%
KY472812.1Obrevicaudatus
MF956903.1Oremiger
100%
100% GU440436.1Ozophochir
KJ709755.1Emyrus
100% 100% KY472815.1Oapicalis
100% GU674224.1Cchinensis
KY472816.1Mgymnopterus

100%
KY472818.1Nparvipectoralis
100% MK658185.1Slabialis
100% MF041179.1Aegmontis
MZ052033.1Eelectricus

Figura 5. Árbol Filogenético de la especie Ophichthus remiger con soporte bootstrap. Se usó como grupo
externo a Electrophorus electricus, en la filogenia.

IV. DISCUSIONES

Vera Mateo (2004), determinó la distribución espacial y aspectos biológicos pesqueros de Ophichthus remiger
"anguila común" en el litoral del departamento de Lambayeque obteniendo datos biométricos y biológico de la
muestra, longitud total, peso total, sexo, grado de madurez, peso de las gónadas, contenido estomacal, grado de
digestión del alimento y de repleción gástrica.

Ophichthus remiger, es una especie vulnerable con mayor esfuerzo pesquero, dirigido hacia esta especie en otros
países (INP, 2005). En el ecuador la pesquería del recurso anguila está siendo explotada con regulaciones pocas
sólidas, sin embargo, se debe considerar que la falta de información y de medidas reguladoras la siguen haciendo una
pesquería desconocida en nuestro país. (INP, 2005)

En Perú, la extracción artesanal de anguila del género Ophichthus, se inició en 1990 en la región norte del país,
registrándose incrementos progresivos en sus capturas mensuales, alcanzando un máximo de 397 t en 1997
(PROMPEX 2003), para Castillo et al. (2002), estos incrementos se dieron como consecuencia de un esfuerzo
pesquero sostenido y como respuesta a las condiciones ambientales, que permitieron el aumento de las capturas
durante los meses cálidos.
BIOINFORMÁTICA

Castillejo (2012) afirma que la anguila es un vertebrado acuático de temperatura versátil que respira por branquias,
sus aletas pares son de eje corto y radios muy desplegados, el esqueleto está completamente osificado, además de
segregar una sustancia viscosa o mucus que está recubriendo su cuerpo. Carece de aletas pelvianas (es un pez ápodo1)
tiene dos pequeñas aletas pectorales, una impar en la que se representan sin interrupción la aleta dorsal, caudal y anal,
estas aletas carecen de radios espinosos, de coloración variable con tonalidades plateadas al madurar sexualmente.
Los ojos pequeños y redondos se hipertrofian con la maduración sexual, la alimentación es carnívora y viven en
aguas marinas y continentales gracias a su carácter eurihalino.

Neighbor joining es un método de agrupamiento de abajo hacia arriba (aglomerativo), para la creación de árboles
filogenéticos, creado por Naruya Saitou y Masatoshi Nei en 1987. Usualmente utilizado para árboles basados en
datos de secuencias de ADN o proteínas, el algoritmo requiere conocimiento de la distancia entre cada par de taxones
(por ejemplo, especies o secuencias) para formar el árbol.

Maximun Composite likelihood, evalúa cual de todos los modelos para nucleótidos es más particular que el otro. Lo
que hace ML es ver si existe diferencias significativas entre un modelo y el que le sigue. Si las hay, reporta esa
significancia y genera un árbol basado en el mejor modelo.

V. CONCLUSIONES

En los parámetros para la construcción de análisis del árbol filogenético de la especie Ophichthus remiger, se analiza
la presencia o ausencia de información tales como gaps y las secuencias donde hay intercambio o alteraciones de las
secuencias nucleotídicas, nos muestra además el método estadístico neighbor-joining, y el tipo de modelo, Maximun
Composite likelihooden el cual se incluyen las transiciones y transversiones.

En el árbol filogenético para Ophichthus remiger, agrupamos diferentes especies y géneros, las cuales fueron
alineadas, eligiendo para cada una de ellas un fragmento de secuencia, en el que todas presentaran gen COI. Al
analizar el árbol filogenético, podemos concluir que tanto para especies Parálogas y Ortólogas, el 100% como mínimo
soportaba cada tipo de ramificación, por otro lado, el outgroup (Electrophorus electricus), soporto también a un
100% la ramificación.
BIOINFORMÁTICA

VI. BIBLIOGRAFÍA:

Castillejo, J. (2012). Facultad de Biología. USC. Biología aplicada. Roma.

Castillo R., E Gómez & F Paredes. 2002. Pesquería y biología de la anguila común Ophichthus pacifici (Günter)
en el Perú. Inf. Prog. Inst. Mar Perú. Dic. 134. 19 pp.

Carlos Scotto, 2006. Análisis filogenético comparativo entre secuencias codificadoras (Cyt b y ATPasa 8) y
secuencias no codificadoras (D-Loop) del ADN mitocondrial de primates y sus implicancias evolutivas en los
homínidos. Revista Horizonte Médico. Volumen 6, N°2. Disponible Online:
https://medicina.usmp.edu.pe/medicina/horizonte/2006_2/Art8_Vol06_N2.pdf

Chromas version 2.6.6 (2018), Technelysium Pty Ltd, South Brisbane, Queensland, Australia.

Hall, T.A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and análisis program for
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INP. (2005). Proceso de Investigación de Recursos Bioacuáticos y su Ambiente. PRINCIPALES ASPECTOS

BIOLÓGICOS – PESQUEROS DE LA ANGUILA COMÚN (Ophichthus pacifici) (Valenciennes, 1839)
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https://www.sciencedirect.com/topics/agricultural-and-biological-sciences/dna-barcoding

Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across
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PROMPEX 2003. Breve perfil biológico, pesquero y comercial de la anguila. Gerencia del Sector Pesca y
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Sourav Singha, 2014. A Review on Phylogenetic Analysis: A Journey through Modern Era. Computational
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India. Disponible Online: https://www.scirp.org/journal/paperinformation.aspx?paperid=52181

Saitou N. and Nei M. (1987). The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees.
Molecular Biology and Evolution 4:406-425.

Yu-Chen Hu, 2019. Phylogenetics Algorithms and Applications. Disponible Online:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7123334/

Tamura K., Nei M., and Kumar S. (2004). Prospects for inferring very large phylogenies by

Vera, Mateo. (2004). Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo, Facultad de Ciencias Biológicas, Departamento
Académico de Pesquerías y Zoología. Distribución Espacial y Aspectos Biológicos- Pesqueros de Ophichthus
remiger "Anguila Común" en el Litoral del Departamento de Lambayeque. Lambayeque, Perú.