Buscar en Medline con Pubmed: guía de uso en español y Buscar los pasos como

trabajar con Pubmed, explicarlos y hacer captura de pantalla.

Nombre: Ginneidy Alcantara Suero Matricula: 100643968 Sección: 56
1. ¿Qué es PubMed?
Es la base de datos más importante de la NLM abarcando los campos de la medicina,
oncología, enfermería, odontología, veterinaria, salud pública y ciencias preclínicas.
Actualmente contiene más de 15 millones de referencias bibliográficas de artículos de
revistas desde el año 1960, provenientes de 4800 revistas internacionales de ciencias de
la salud (datos 2006)
2. ¿Cómo iniciar una búsqueda?
Para iniciar la búsqueda en PubMed, introduzca el término o frase en el cuadro de
búsqueda y pulse el botón Go o la tecla enter. Si el término está compuesto por más de
una palabra (ej. HIV Seropositivy), PubMed automáticamente combina mediante el
operador lógico (AND) los términos introducidos utilizando el sistema de mapeo
automático de términos, Por el contrario, si lo que deseamos es buscar una frase,
debemos escribirla entre comillas (ej. "rheumatic diseases"). Podemos modificar nuestra
estrategia de búsqueda añadiendo o eliminando términos en el cuadro de búsqueda,
combinar términos mediante los operadores lógicos o booleanos (AND, OR, NOT) y
truncar términos.
• ¿Cómo se presentan las referencias?
Las referencias se presentan con unas etiquetas que nos indican el estado del proceso de
esa cita. La mayoría de las referencias suelen publicarse como “Publisher”,
posteriormente se encuentran “in process” y una vez adjudicados los términos de
indización se convierten en un registro MEDLINE. Las suministradas por el editor
[PubMed
- as supplied by publisher], pueden encontrarse en formato electrónico [Epub
ahead of print], una vez que se publiquen en formato impreso la referencia se
modifica apareciendo los datos de la edición impresa, seguida de la electrónica
Epub.
• ¿Cómo utilizar los operadores booleanos?
Nos van a permitir combinar (AND), sumar (OR) o excluir (NOT) términos.
1. Intersección (AND) - recupera solo aquellas citas que contengan los términos.
Ej: "rheumatic diseases" AND pregnancy
2. Unión (OR) - recupera citas que contengan los dos términos, o al menos
uno de ellos. Ej: fever OR hyperthermia.
3. Exclusión (NOT) - excluye las citas que contengan el término
Ej: Hypertension NOT pulmonary
• ¿Cómo truncar un término?
El truncado permite recuperar todos los términos que poseen la misma raíz. Si
colocamos un asterisco (*) al final de un término de búsqueda, PubMed busca en todas
aquellas palabras que tengan la misma cadena de letras como raíz. Así, si escribimos
neurol* se incluye en la búsqueda los términos neurology; neuroleptic; neurolekin;
neurologic; etc. PubMed usa las primeras variantes del término truncado. No localiza
frases, por ejemplo "infection*" incluye "infections”, pero no "infection control." En
“Details” podemos ver las variaciones utilizadas en el término truncado.
• ¿Cómo utilizar los calificadores de campos?
Cada campo de un registro bibliográfico se identifica mediante una etiqueta de dos o
más letras (calificadores de campo), que podemos añadir a continuación de cada
término entre corchetes: ej.: mycobacterium bovis[mh].
Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no importa si se
escriben en mayúscula o minúscula ni el espacio ej.: cysticercosis [mh] =
Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]
• Reglas y sintaxis para la búsqueda
Si deseamos limitar el término a un campo específico, debemos escribir el término
seguido de la abreviatura del campo entre corchetes. PubMed procesa los operadores
booleanos de izquierda a derecha. Ej. Pulmonary tuberculosis AND (drug therapy OR
drug resistance)
3. ¿Cómo aplicar límites / "LIMITS"?
La búsqueda en PubMed podemos limitarla a artículos que se encuentren a texto
completo, a determinados grupos de edad, sexo, estudios en humanos o animales,
idiomas, tipos de publicación, periodos cronológicos determinados y otros parámetros.
Para activar estas opciones debemos pulsar la pestaña “Limits”. Cuando lo
seleccionamos y elegimos alguno/s de los criterios, aparece una señal verde en el botón
y se abre una banda amarilla con los límites seleccionados. Si deseamos desactivarlos,
debemos hacer clic el botón de “Limits”.
• Selección de campos
Por autor, revistas.
• Tipos de publicación
Resúmenes, tema completo
• Idiomas
Restringe la búsqueda a los artículos escritos en el idioma seleccionado/s. Muestra en
primer lugar los idiomas más frecuentes en Medline y en “More languages” otros
idiomas.
• Edades
El límite de búsqueda por edades restringe la búsqueda a un grupo de estudio en
humanos:
Recién nacidos Indantes
Niños adolescentes
Adultos, entre otros.
• Sexo
Masculino y femenino
• Humano o Animal
Restringe la búsqueda a un grupo de estudio específico. Excluye los artículos que se
encuentran “in process” y los “supplied by Publisher”, al no haber completado el
proceso de indización en la base de datos.
• SubsetsFechas Citas con Abstracts/Resúmenes
4. ¿Cómo usar INDEX?
El Index nos permite acceder a una lista de términos dentro de un campo específico ej:
MeSH Terms, Author Name, etc y seleccionar los términos para elaborar una estrategia
de búsqueda utilizando los operadores booleanos o lógicos: AND, OR, NOT.
5. ¿Cómo mostrar los documentos?
• Visualización de Documentos
Los documentos pueden visualizarse en otros formatos: Summary (default), Brief,
Abstract, AbstracPlus, Citation, MEDLINE, ASN.1, XML, UI List, Link
Out, Related Articles, Domain Links
• Campos de un registro Medline
a) Resumen: Autor y primeras 30 caracteres del título con el PMID.
b. Resumen: Referencia bibliográfica completa, enlace con la sede del
editor (si está disponible), título, idioma del artículo si no se encuentra en inglés,
autores, dirección del autor, resumen (si está disponible), tipo de publicación (excepto
Journal Article), PMID, status de la cita.
c. AbstractPlus: Referencia bibliográfica completa, enlace a la sede del
editor (si está disponible), título, idioma del artículo si no se encuentra en inglés,
autores, dirección del autor, resumen (si está disponible), PMID, status de la cita.
Related Links los cinco primeros artículos
relacionados.
d. Citación: Referencia bibliográfica, status de la cita, título, indicación si el
artículo no está en inglés, autores, domicilio del autor, resumen ( si está disponible), tipo
de publicación (excepto Journal Article), PubMed y
MEDLINE Unique Identifiers, y Términos MeSH.
e. ASN.1: Abstract Syntax Notation 1 form, un formato de acceso legible
por ordenador.
f. MEDLINE: Cita completa con etiquetas de dos letras que identifican cada campo.
Este formato se utiliza para la utilización de gestores de referencias bibliográficas
EndNote, Reference Manager o ProCite.
g. UI List: Formato para enviar en un fichero o visualizar PMIDs.
h. XML: Formato en etiqueta XLM
• Volcar los documentos en disquete
Para guardar los resultados de una búsqueda en un disquete, pulse “Send to” y
seleccione “File”. Pueden volcarse un máximo de 10.000 registros. Para volcar
referencias seleccionadas, necesita ir seleccionándolas, pulsando el recuadro de la
izquierda de cada cita y repetir el anterior proceso. Si lo prefiere, puede guardar la
búsqueda desde la barra del menú del navegador: pulsar Archivo, seleccionar "Guardar
cómo", abrir la ventana "Guardar en" y seleccionar "Disco de 3 1/2 (A)" u otra unidad
de destino. En "Nombre de archivo" escribir el nombre que deseemos dar al archivo y
en a la ventana "Guardar como tipo" seleccionar "Archivo de texto".
• ¿Cómo imprimir una búsqueda?
Para imprimir los resultados de una búsqueda hay varias opciones. Pulse “Send to” y
seleccione “Printer”, esta opción imprimirá exclusivamente las referencias. También
puede utilizar la opción imprimir desde el navegador. Pulse en el menú Archivo y
seleccione Imprimir. Recomendamos previamente visualizar los documentos en
formatos texto (text) para evitar que el texto se imprima cortado.
• ¿Cómo enviar una búsqueda por e-mail?
Pulse “Send to” y seleccione e-mail. Puede seleccionarse el tipo de formato en Display.
Pulsar “Send to”. En la siguiente pantalla se mostrará el formato y la opción Html o
Texto. Podemos incluir un texto adicional con el envío.
Escribimos el e-mail y pulsamos “Mail”. La siguiente pantalla es para indicar que el
correo se envió a la dirección indicada.
• ¿Cómo ver los Vínculos/Links?
Links: Este servicio ofrece vínculos a documentos externos, ya sean libros (Books) o
vínculos a proveedores externos (LinkOut): editores
• ¿Cómo ver la estrategia de las búsquedas (Details)?
La opción Details, presente en la visualización de resultados, permite ver la estrategia
de búsqueda en la forma que fue traducida por el mapeo automático de términos. Puede
guardar o editar la estrategia. También muestra un mensaje de error si los resultados no
son correctos. La opción Details, presente en la visualización de resultados, permite ver
la estrategia de búsqueda en la forma que fue traducida por el mapeo automático de
términos.
Puede guardar o editar la estrategia. También muestra un mensaje de error si los
resultados no son correctos.
• ¿Cómo guardar la estrategia de búsqueda desde Details?
Desde la ventana de "Details", use el botón URL para ver la URL o dirección de Internet
que contiene la estrategia de búsqueda y luego guárdela como favorito o bookmark para
ser utilizada más adelante.
6. ¿Cómo utilizar el Clipboard / Portapapeles?
El Clipboard o Portapapeles permite guardar y ver más adelante, para imprimir, enviar
por e-mail o volcar en disquete, las citas seleccionadas de una o varias búsquedas. El
número máximo de citas que se puede guardar es de 500.
7. ¿Cómo utilizar el History / Histórico?
PubMed guardará todas sus estrategias de búsqueda y resultados en History. History
solo está disponible después de haber realizado la primera búsqueda. Nos muestra en
orden correlativo todas las búsquedas según el orden en que se hicieron precedidas del
signo #. Para ver los resultados pulse en el número de resultados. Puede combinar las
búsquedas o agregar términos a la existente utilizando el signo # antes del número de
búsqueda ej.: #2 AND #6, ó #3 AND drug therapy. Una vez revisada la estrategia solo
pulse en Go. En History puede guardar hasta 100 búsquedas. Se pierde después de una
hora de inactividad.
8. ¿Cómo acceder a los textos completos?
Una vez visualizado el resumen de un artículo, si aparece un recuadro con el enlace a la
editorial, pulsamos el recuadro y nos llevará a la sede de la editorial donde solicitará las
claves de suscriptor o el abono mediante tarjeta de crédito del importe para el acceso al
texto completo del artículo. En el supuesto de que se encuentre gratuito, lo indica (free),
o bien que se encuentra en PubMed Central. Si optamos por realizar la consulta en
PubMed Central, accederemos exclusivamente a los textos completos gratuitos.
9. Otras Bases de datos y Recursos en NCBI
Nucleótido: Secuencias de ADN del GenBank.
Protein: Secuencias de aminoácidos (proteínas).
Genome: Acceso a citas y gráficos del genoma completo y cromosomas.
Structure: Estructuras moleculares en 3-D de la Molecular ModelingDatabase
(MMDB).
PM. PubMed Central: Archivo digital gratuito de artículos de revistas a texto completo.
Taxonomy: Base de datos que contiene los nombres de todos los
organismos que se encuentran representados en todas las bases de datos genéticos.
OMIM. Online Mendelian Inheritance in Man: Base de datos de genes humanos y
alteraciones genéticas.
Books: Colección de libros a texto completo que pueden consultarse a través de
términos del texto
Todas las bases de datos del NCBI disponibles a través de Entrez.
10. PubMed Services
• ¿Cómo utilizar el MeSH Database?
El Medical Subject Headings (Descriptores de Ciencias de la Salud) es un
vocabulario controlado de términos biomédicos que identifican el contenido de
cada artículo en la base de datos MEDLINE. El MeSH contiene unos 33000
términos que son revisados anualmente y reflejan los cambios en la práctica
médica y en la terminología. La búsqueda en el MeSH Database permite mostrar
términos MeSH en una estructura jerárquica a partir de 15 grandes categorías,
seleccionar los términos MeSH para la búsqueda, limitar los términos MeSH a un
concepto mayor (tema principal). Los descriptores MeSH pueden ser utilizados
con subheadings, subencabezamientos que permiten concretar en uno o
varios aspectos específicos el término.
Cuando introducimos un término que no es MeSH, el sistema nos indicará que no
es un término MeSH, o bien mostrará el término aceptado, ej. si introducimos
“Mongolism”, mostrará “Down syndrome”. A continuación, si pinchamos el
término, ofrece una descripción del término, seguido de los “subheadings”, la
posibilidad de limitarlo al “Major Topic” (tema principal en el artículo, incluidos los
términos específicos), o bien “Do Not Explode this term” (no explotar un término
MeSH a otros más específicos).
Una vez seleccionados los criterios del término, para efectuar su búsqueda en PubMed,
disponemos de dos opciones:
Podemos pulsar “Link” (en el margen derecho del término MeSH), seleccionamos
PuBMed y directamente nos realizará la búsqueda del
MeSH seleccionado.
Si deseamos utilizar los operadores booleanos AND, OR, NOT entre
varios términos MeSH, debemos pulsar “Sen to” y seleccionar el operador. A
continuación, escribimos un nuevo término repitiendo los pasos anteriores. Los
términos que vayamos seleccionando irán apareciendo en el cuadro de búsqueda. Para
comenzar la búsqueda
pulsar “Search PubMed
• ¿Cómo utilizar el Journal Database?
Esta opción permite buscar las revistas indizadas en Medline por diversos criterios: por
título, abreviatura o el ISSN (International Standard Serial Number). También podemos
consultarlas por especialidades, o bien aquellas que permiten acceder al texto completo
desde PubMed. Ejemplo: por título completo: Enfermedades Infecciosas y
Microbiología Clínica; por la abreviatura internacional: Enferm Infecc Microbiol Clin; o
también por su ISSN: 0213-005X. Una vez localizada una revista, si deseamos que
recupere todas las referencias incluidas en PubMed, pulsamos “Link” y seleccionamos
“PubMed”.
• ¿Cómo utilizar el Single Citation Matcher?
Permite buscar los números que identifican a cada artículo (PubMed IDs) o de varios
artículos a la vez, de forma similar al Single Citation Matcher. Requiere datos
bibliográficos (revista, volumen, página, etc.) en un formato específico. El número IDs,
identificativo de una referencia en PubMed, permite, por ejemplo, enlazarlo a las
referencias bibliográficas de un artículo en formato HTML.
• ¿Qué es el Bath Citation Matcher?
Permite buscar los números que identifican a cada artículo (PubMed IDs) o de varios
artículos a la vez, de forma similar al Single Citation Matcher. Requiere datos
bibliográficos (revista, volumen, página, etc.) en un formato específico. El número IDs,
identificativo de una referencia en PubMed, permite, por ejemplo, enlazarlo a las
referencias bibliográficas de un artículo en formato HTML.
• ¿Cómo utilizar el Clinical Queries?
Es un buscador especializado que tiene incorporados "filtros metodológicos":
1. Search by Clinical Study Category.
2. Find Systematic Reviews.
3. Medical Genetics Searches.
Clinical Study Category: propone cuatro categorías: terapéutica (therapy),
diagnóstico (diagnosis), etiología (etiology) y pronóstico (prognosis).
Pone énfasis sobre dos posibilidades:
1. Sensibilidad (sensitivity), recuperará artículos relevantes y no tanrelevantes.
2. Especificidad (specificity), es más precisa pero recupera menos artículos.
Estos filtros se fundamentan en el artículo de Haynes RB, Wilczynski N, McKibbon
KA, Walker CJ, Sinclair JC Developing optimal search strategies for detecting clinically
sound studies in MEDLINE. J Am Med Inform Assoc 1994 Nov-Dec; Systematic
Reviews: recupera revisiones sistemáticas, metaanálisis, revisiones de ensayos clínicos,
conferencias de consenso, guías de práctica clínica etc. Esta opción también se
encuentra disponible en “Limits”. Medical Genetics: recupera registros relacionados con
la genética médica.
Se pueden aplicar diferentes criterios de búsqueda: Diagnosis, Differential Diagnosis
• ¿Cómo utilizar My NCBI?
La opción “My NCBI” sustituye a Cubby. Para activar esta opción, debemos
registrarnos previamente en “Register” (recuadro parte superior derecha de la página).
Permite:
1. Salvar estrategias de búsqueda.
Una vez realizada la búsqueda, pulsar “Save Search” que se encuentra a continuación
del formulario/barra de búsqueda. Existen dos opciones para la actualización de la
búsqueda:
a. podemos optar por recibir las actualizaciones automáticas vía e-mail, que nos permite
establecer fecha de envío, formato, número de registros…
b. archivarlas en la propia página de PubMed. Para recuperar las actualizaciones, desde
el menú “PubMed Services”, seleccionar “My NCBI” y recuperamos las búsquedas
guardadas.
• ¿Cómo utilizar Pubmed en dispositivos móviles?
PubMed dispone de un servicio para volcar los resultados de las búsquedas en
dispositivos móviles Palm Powered™ and Pocket PC handheld computers.
11. Mapeo Automático de Términos
El Mapeo de un término, enlaza automáticamente un término o frase que no es término
MeSH, al término MeSH que mejor lo describe. Los términos no MeSH introducidos
son comparados (en este orden) contra los siguientes índices de búsqueda: MeSH;
revistas; lista de frases e índice de autores: Indices MeSH: Contiene los términos
MeSH, subencabezamientos y sinónimos del MeSH. Indices de revistas: Contiene el
nombre completo de la revista, abreviatura y número de ISSN. Indices de frases: Si no
encuentra resultados en el MeSH ni en las revistas, PubMed consulta un listado de
frases provenientes del análisis de los títulos, resúmenes y nombres de los principios
activos. Indices de autores: Si no localiza los anteriores apartados, PubMed revisa el
listado de autores. En el supuesto de que PubMed no encuentre resultados, descompone
la frase hasta encontrar resultados. Si fueran positivos, combinará los términos mediante
el operador AND y buscará en todos los campos.
12. Recursos desarrollados a partir de PubMed
Anne O´Tate askMEDLINE Babel MeSH
Búsqueda mejorada en PubMed BIMI
CAM on PubMed Disease Associations with GSpell
eTBLAST
goPubMed HubMed Infodoctor Filtrando PubMed MedFetch MILANO
myMedline.com PubCrawler PubFinder PubGle
PubMed for Handhelds PubMed Interact PubMed PICO PubReMiner
RefScou
13. Glosario de términos PubMed
Metaanálisis: Un tipo de análisis estadístico que combina los resultados de varios
estudios para proporcionar una estimación más precisa del efecto de un tratamiento o
intervención.
Revisión sistemática: Un tipo de revisión que utiliza métodos sistemáticos y
transparentes para recopilar, analizar y sintetizar la evidencia disponible sobre una
pregunta de investigación específica.
Cohorte: Un grupo de personas que comparten una característica común y son seguidas
a lo largo del tiempo para evaluar los resultados de salud.
Estudio transversal: Un tipo de estudio que recopila datos de una población en un
momento específico para describir la prevalencia de una condición o característica.
Índice de impacto: Una medida que indica la frecuencia con la que los artículos de una
revista son citados en la literatura científica.
MeSH (Medical Subject Headings): Términos de indexación utilizados en PubMed para
categorizar y buscar artículos de manera más eficiente.
PubMed Central: Un archivo digital gratuito de artículos científicos completos en el
campo de la medicina y las ciencias relacionadas.
DOI (Digital Object Identifier): Un identificador único asignado a un documento
digital, que proporciona un enlace persistente a ese documento.
Open Access: Artículos de acceso abierto que están disponibles en línea de forma
gratuita, sin restricciones de acceso.
Desde la ventana de "Details", use el botón URL para ver la URL o dirección de Internet
que contiene la estrategia de búsqueda y luego guárdela como favoritoo bookmark para
ser utilizada más adelante.