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Taller 2 Software para Cuantificacion de ADN

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El documento describe los 17 pasos para cuantificar ADN utilizando el software ImageJ. Estos incluyen abrir la imagen del gel, convertirla a 8 bits, invertir los colores, aplicar un filtro Gaussiano, seleccionar las bandas con rectángulos, generar un gráfico de densidad, seleccionar los picos con la herramienta varita y obtener los resultados de densidad para determinar la concentración relativa a un marcador de peso molecular conocido.

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Taller 2 software para cuantificacion de ADN

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El documento describe los 17 pasos para cuantificar ADN utilizando el software ImageJ. Estos incluyen abrir la imagen del gel, convertirla a 8 bits, invertir los colores, aplicar un filtro Gaussiano, seleccionar las bandas con rectángulos, generar un gráfico de densidad, seleccionar los picos con la herramienta varita y obtener los resultados de densidad para determinar la concentración relativa a un marcador de peso molecular conocido.

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El documento describe los 17 pasos para cuantificar ADN utilizando el software ImageJ. Estos incluyen abrir la imagen del gel, convertirla a 8 bits, invertir los colores, aplicar un filtro Gaussiano, seleccionar las bandas con rectángulos, generar un gráfico de densidad, seleccionar los picos con la herramienta varita y obtener los resultados de densidad para determinar la concentración relativa a un marcador de peso molecular conocido.

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Taller 2: Uso de software ImageJ para cuantificación de ADN

1.- Doble click en ImageJ para abrir el programa y se verá la siguiente ventana

y arriba aparecerán estos comandos:

2.- Para abrir la imagen del gel, selecciona File>Open y selecciona la ubicación
de la imagen (Escritorio, Documentos, etc) y luego selecciona el nombre del
archivo de la imagen. En nuestro caso es la imagen EjemploGelMichelle.png
(disponible en los materiales del curso del IGBM)

3.- Verás que aparece la siguiente imagen. Como cualquier gel se corre
siempre un marcador de peso de valor conocido como el Fago Lambda cortado
con HindIII (recuerda una cosa son los pb y otra la cantidad de ng de ADN). A
mayor intensidad, mayor es la cantidad de ng de ADN.

4.- Seleccionar Image > Type > 8bit

5.- De preferencia es mejor invertir los colores, para ello colocar Edit > Invert.
De esta forma los picos aparecerán arriba. En las figuras de abajo se puede ver
el path y el resultado.
Curso “Introducción a la biología molecular: extracción de ácidos nucleicos, PCR y electroforesis”
Michelle Chirinos Arias (michelle.christine16@gmail.com)
Instituto de Genética Barbara McClintock
6.- Seleccionar Process > Filters > Gaussian Blur

7.- Con estos pasos ya podemos seleccionar las bandas. Para ello debemos
seleccionar el rectángulo y seleccionar la banda (como se ve en la figura).

8.- Una vez seleccionado la banda con el rectángulo, apretar Analyze > Gels >
Select First Lane y verás que en la primera banda seleccionada aparecerá el
número 1.

9.- El rectángulo que tiene la banda con el número 1 debe estar seleccionado
con cuadradros en cada vértice, si no lo está, selecciona el número.

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10.- Apretar CTRL+2 y con eso aparecerá un nuevo rectángulo pero en lugar
del número 1 tendrá el número 2. Si no aparece, apretar Analyze > Gels >
Select Next Lane. Selecciona el número y a partir de ello arrastra el nuevo
cuadrado a la siguiente banda, repite esto con todas las bandas a analizar
(puedes hacerlo de ambas formas indicadas). Quedará de esta forma:

11.- Una vez seleccionadas todas las bandas colocar Analyze > Gels > Plot
Lanes

Aparecerá un gráfico así:

12.- Seleccionar la opción de línea recta

13.- Con la opción de línea seleccionar el principio y final del pico (como se ve
en la imagen)

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14.- Seleccionar la opción Wand que parece una varita.

15.- Con la opción Wand seleccionar cada pico, cada vez que lo selecciones se
resaltará de amarillo.

16.- A su vez aparecerán los resultados en una ventana a parte. Estos


resultados representan la densidad.

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17.- Estos resultados corresponden a la densidad, no a la concentración, se
debe hacer una regla de tres simple. El mismo análisis se realiza con un
marcador de concentración conocida como el Fago lambda cortado con HindIII,
en base a la densidad de sus bandas y a la densidad de las bandas de la muestra
se puede determinar la concentración de ADN.

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Michelle Chirinos Arias (michelle.christine16@gmail.com)
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