Clase 8: Ciclo de Krebs y Ciclo del Glioxilato

Después de la degradación de la
glucosa a piruvato, en condiciones
aeróbicas, este compuesto pasa al Ciclo
de Krebs (o Ciclo Tricarboxílicio, TCC).
En el caso que esté en un medio
anaeróbico, ocurrirá fermentación en vez
de pasar al TCC. En este ciclo hay
formación de ATP (fosforilación a nivel
de sustrato) y a grandes rasgos, el
piruvato es degradado a CO2 (por medio
de una serie de reacciones oxidativas
donde serán liberados electrones que
pasaran a las crestas mitocondriales
(membrana interna de mitocondria) por
medio de dos transportadores de electrones, NADH y FADH2.

Efecto Pasteur: Hace referencia a la inhibición de la glicolisis (vía metabólica anaeróbica) por la
presencia de oxígeno. La glicolisis se inhibe por la presencia de O 2 por el hecho de que el
oxígeno hace funcionar la cadena transportadora de electrones donde se produce mucho ATP que
es acumulado en la membrana y que sale al citosol(fosforilación oxidativa), por lo que inhibe a
una proteína de gran importancia en la glicolisis la fosfofructoquinasa (la primera enzima
comprometida (alostérica) de la vía metabólica). Esta enzima presencia del AMP y el ADP es
activada.

Contexto del TCC:

El sustrato inicial del Ciclo de Krebs es el piruvato que se forma

en la glicolisis, pero éste antes de entrar al ciclo, por medio del
complejo enzimático de la piruvato deshidrogenasa, pasa a ser
Acetil-CoA (un tioester) y es así. El ciclo ocurre en condiciones
oxigénicas de modo que no habrá fermentación. En el Ciclo de
Krebs ocurren dos descarboxilaciones (formación de CO 2) y
muchas oxidaciones (liberación de electrones que viajan a la
cadena transportadora). Si bien el Acetil-CoA deriva de una
glucosa inicial, también pueden entrar moléculas de Acetil-CoA
que derivan de los carbonos de los ácidos grasos y los amino
ácidos.
 El piruvato que se produce en el citosol de la célula puede entrar a la mitocondria por
medio de varias vías, puede entrar de manera pasiva a través de la membrana interna
mitocondrial (la cual es muy selectiva, dejando pasar ciertas moléculas por transportadores
específicos) o puede ser transportado por una mitocondrial pyruvate carrier (MPC), estos dos
procesos son estimulados por gradientes de pH (la diferencia de pH que se produce entre
distintos medios).

Dentro de la Mitocondria:

Transformación de Piruvato a Acetil-CoA

Esta reacción es catalizada por la piruvato deshidrogenasa (PDH) en la matriz

mitcondrial. El extremo COO- del piruvato (ceto-ácido) se descarboxila formando CO2 (este paso
ayuda a que la reacción sea exergónica (ΔGº’ negativo) dado que una descarboxilación es un
factor entrópico para cualquier reacción). Esta es la primera descarboxilación en la degradación
de azucares. El PDH actúa sobre el piruvato formando acetil-CoA (tioester).

El PDH no es una sola enzima, sino que un complejo multienzimático (una unidad con
distintas partes y actividades) formado por distintas enzimas (E 1, E2, E3) con cofactores
específicos para cada una. La PDH en E. coli pesa 4.5 x 106 Da y en células eucariotas pesa 7.8 x
106 Da.

Coenzima A: Ácido Lipoico = Lipoato

 La enzima PDH del bovino (riñon), esta posee en el centro, 20 trímeros
(posee 60 subunidades en eucariotas) de E 2 (verde). El dominio lipoil (ác.
Lipoico) de E2 (azul) se extiene hasta el sitio activo de E1 (amarillo) y
como gira (entre E1 y E3), puede alcanzar también a E3 (rojo). Esta
disposición estructural permite que los intermediarios nunca salgan del
complejo hacia el medio.

En el E1, la piruvato deshidrogenasa se une al piruvato junto con la tiamina pirofosfato (TPP;
cofactor) produciendo una descarboxilación, que produce el hidroxietil-TPP (HE-TPP) que es
recibido por el ácido lipoico (es un
cofactor junto con el CoA-SH para la
E2) oxidado que al reducirse junto con
el HE-TPP, gira y es ahí donde viene el
CoA-SH y se genera una
transesterificación produciendo Acetil-
CoA y un ácido lipoico reducido con
dos S cis vecinas que están formando un
S-S, éste es oxidado por el FAD
(cofactor, junto con el NAD+ de la E3)
transformándose en FADH2 (reducido)
que entrega sus electrones al NAD+
donde se produce NADH + H+.

Regulación de la PDH: En el caso de este complejo multienzimático, el control alostérico

trabaja junto con una regulación covalente (sólo en eucariontes) para determinar la actividad de
esta enzima. Como esta enzima funciona de una manera irreversible, es un buen sitio de
regulación para esta vía metabólica.
Inhibidores: ATP, Ác. Grasos (porque los ácidos grasos son una bomba de acetil-CoA,
entonces en el caso de una dieta rica en grasa, no hay necesidad de estar formando acetil-CoA a
partir del piruvato, en este caso el piruvato puede ir a otras vías metabólicas donde realmente se
requiere como la gluconeogensis), también por NADH (en concentraciones alta implica una alta
entrada de electrones a la cadena transportadora de modo que no será necesario producir más) y
Acetil-CoA.
Activadores: AMP, NAD+, CoA (porque cuando las concentraciones de CoA son altas,
las de Acetil-CoA son bajas) y en músculo por Ca2+. Solo en los eucariontes hay modificación
covalente, se regula por fosforilación, el ATP, NADH y Acetil-CoA activan a una piruvato
deshidrogenasa quinasa (PDHK), la que fosforila la E 1, inactivándola. Por otro lado, el piruvato y
el ADP inhiben a la PDHK.

El Ciclo de Krebs

Es uno de los ciclos metabólicos más claves para un organismo, al ciclo entra
acetil-CoA (2C, uno fue perdido en la descarboxilación producido por PDH) el cual es oxidado
por medio de varias reacciones (8 distintas) a CO2. En este ciclo ocurren dos descarboxilaciones,
uno producido por el isocitrato deshidrogenasa (isocitratoDH) y por el complejo α-cetoglutarato
deshidrogenasa (αKGDH). Van haber reacciones de oxidación donde el NAD+ se transformará
en NADH por las enzimas isocitratoDH, αKGDH y la malato deshidrogenasa (malatoDH).
También habrá una entrega de electrones al FAD produciendo FADH2, un proceso catalizado por
la succinato deshidrogenasa (succinatoDH). En este proceso se produce la fosforilación a nivel
de sustrato (producción de ATP a partir de un tioester) en la reacción catalizada por la
succinilCoA sintetasa. Se se desea ver el destino que recorren los carbonos, estos se pueden
marcar por distintos métodos, pero al llegar a la reacción de la succinil-CoA sintetasa, no se
puede saber su destino exacto, esto se debe a que el succinato y el fumerato son simétricos, y el
destino exacto no puede ser determinado.
Primera Reacción: Citrato Sintetasa (Condensación)

En esta reacción, el Acetil-CoA junto con

un Oxaloacetato (OAA) reaccionarán por
medio de la citrato sintetasa formando el
ácido cítrico o citrato (enlace C-C). En
este caso el grupo metilo va atacar al
carbonilo (el tioestar como es alto en
energía lo permite) formándose un enlace
covalente que es recibido por el OAA.
Como el tioester (-S-CoA) es alto en
energía, y la ruptura de esta molécula
formando CoA-SH empuja la reacción,
entregando un ΔGº’ que será bastante alto
en energía. Esta reacción es regulada
alostéricamente por ATP (lo inhibe), ADP (lo activa), NADH (lo inhibe) y otros compuestos
más.

Segunda Reacción: Aconitasa (Deshidratación e Hidratación)

En esta reacción el citrato

pasa a isocitrato peromedio
de cis-aconitato (estado
intermediario) que no se
suelta de la enzima
(aconitasa), la cual retira
agua del ácido cítrico y la
vuelve a insertar. El ΔGº’ de
esta reacción es positvio pero
la remoción del producto empuja la reacción a que se lleve a cabo, dado que como ocurren de
manera cíclica todas estas reacciones, el producto va estar siendo constante pasado al siguiente
producto de la reacción. En esta reacción cabe denotar que el citrato no presenta ningún carbono
anomérico (no posee quiralidad), pero si presenta un carbono proR (se da en el caso de que no
hayan carbonos anoméricos
en el compuesto, que en este
caso, al elevar la jerarquía de
alguno de sus grupos, será R
su quiralidad). Y debido a
este hecho, como el citrato
no es quiral, uno esperaría
que los productos de las
reacciones 1 y 2 y que el α-
cetoglutarato (αKG)
(producto de la siguiente
reacción) estuvieran
marcados de la misma
manera, pero esto no sucede, dado que se marca de una sola manera en el αKG. Este hecho
transcurre por que la aconitasa distingue los carbonos en el ácido cítrico, dado que remueve el H
del grupo –CH2 proR (el que estaba en el OAA; el pros es el que entró al ciclo por el Acetil-
CoA). Por otra parte la adición de agua al cis-aconitato podría dar 4 estereoisómeros, pero la
aconitasa da solo el 2R3S isocitrato.

En 1948, Alexander Ogston propuso que una molécula aquiral como el citrato podría
actuar como si fuese quiral en la medida que se uniera específicamente a tres puntos en el sitio
activo de la enzima (si el sitio activo actuase como no-quiral). En el caso de la aconitasa, esta
enzima se ancla al sustrato de solo una posible manera y así rigidiza la enzima en cuanto a cual
puede romper. En la actualidad, se sabe que en el sitio activo de la aconitasa hay un grupo
prostético 4Fe-4S que permite esta unión específica del citrato. Esto también sucede con la β-
oxidación de los ácidos grásos.

Tercera Reacción: Isocitrato Deshidrogenasa (1ª Descarboxilación Oxidativa)

En esta reacción, la isocitrato deshidrogenasa retira los H del isocitrato (oxidándolo, es la

primera en el TCC) y se los pasa al NAD+, produciendo NADH + H+ y el isocitrato pasa a
oxalosuccinato (intermediario) que sufre una descarboxilación (primera del TCC) dado que el
Mn2+ ayuda a atraer los electrones de el COO- que se descarboxila produciendo un
reordenamiento donde este intermediario enólico forma un ceto-ácido al atacar un H+, el α-
cetoglutarato. Otro ceto-ácido conocido es el piruvato.

Cuarta Reacción: α-cetoglutarato deshidrogenasa (2ª Descarboxilación oxidativa)

En esta reacción la α-cetoglutarato

deshidrogenasa (αKGDH) posee un
mecanismo de acción muy similar al de la
PDH, de hecho esta reacción no está
catalizada por una sola enzima, sino un
complejo multienzimático (con un E 1 muy
distinto al de la PDH, un E2 similar al de la
PDH y un E3 idéntico al de la PDH). En esta
reacción se produce la segunda
descarboxilación y oxidación (formación de
NADH) en el TCC. Se produce también la formación de un tioester, el Succinil-CoA (con un
carbono menos).

Quinta Reacción: Succinil-CoA Sintetasa (Fosforilación a Nivel de Sustrato)

Posee un ΔGº’ cercano a 0 y la fosforilación

que ocurre producirá un GTP no un ATP, en
las plantas y bacterias funciona con ADP
formando ATP.

En esta reacción lo primero que sucede cuando la

Succinil-CoA sintetasa se una su sustrato es una
fosforolisis dado que el enlace tioester se rompe por acción
de un Pi produciendo así el CoA-SH y un acil-fosfato que
es rico en energía y ese acil-fosfato le pasa el Pi a la
histidina de la enzima. Al entregar el Pi, se forma el
succinato. Por otro lado, la enzima (en el His) entrega el
fosfato al GDP formando GTP. Las cargas positivas en los
extremos de las hélices estabilizan el His-P.

Sexta Reacción: Succinato Deshidrogenasa (Deshidrogenación)

Esta enzima, la succinatoDH funciona con el FAD (como

cofactor) entregándole 2 H+ para formar FADH2 que luego
se va a la cadena transportadora de electrones y también se
forma el fumarato. Como esta molécula es simétrica se
pidere la vista de los 2C que entraron al ciclo como Acetil-CoA. Esta enzima (succinatoDH) es
la única enzima en todo el TCC que está unida a la membrana interna mitocondrial dado que esta
enzima también participa en la fosforilación oxidativa. Esta reacción es inhibida por el malonato
(compuesto que posee un C menos que el succinato).

Séptima Reacción: Fumarasa (Hidratación)

A esta reacción se le adiciona agua pero

solamente al fumarato trans formando
solamente L-malato.

Octava Reacción: Malato Deshidrogenasa (Deshidrogenación)

Corresponde a la última reacción del TCC,

donde se forma el OAA a partir del L-malato.
En esta reacción ocurre la cuarta reducción
del ciclo de krebs (NAD+ → NADH + H+).
Lo que llama la atención de esta reacción es
el ΔGº’ positivo que posee que es bastante
alto, lo que sugiere que esta reacción no
ocurrirá de manera espontánea, pero dado
que el OAA es removido en una reacción (1ª
reacción del TCC) muy exergónica (ΔGº’ = -
32.2kJ/mol), la reacción se lleva a cabo de todas maneras dado que la citrato sintetasa la está
removiendo y así se favorece la reacción dado que el producto va en descenso. Como el ΔGº’ es
positivo, la reacción inversa (la reducción de OAA a
malato) estará ocurriendo constantemente.

Resumen del Ciclo de Krebs:

Hay que recordar que los 2C que salen del

TCC no provienen del Acetil-CoA. En el ciclo se
producen NADH y FADH2 (que después van a la
cadena transportadora de electrones) y ATP.
 A pesar de lo
complejo que es el Ciclo de
Krebs para poder oxidar el
Acetil-CoA, pero esta no es
su única función, el TCA es
anfibólico, es decir, este ciclo
es proveedor para la célula de
distintos sustratos para la
biosíntesis de distintos
compuestos metabólicos
vitales. Por ejemplo, hay
ocasiones en que se puede
formar ácidos grasos a partir
del citrato, también se puede
formar azucares a partir del
OAA. También, en alguna
zona de la célula se pueden
estar sintetizando grupos heme que poseen como precursores en su vía metabólica al Succinil-
CoA, por lo que este intermediario del ciclo va estar siendo removido y para combatir esto y
evitar que el ciclo cese, hay reacciones que llenan al Ciclo de Krebs cuando salen intermediarios
del ciclo a partir de otros compuestos., estas reacciones se conocen como reacciones
anapleróticas. Por ejemplo, el piruvato puede formar OAA por medio de la enzima piruvato
carboxilasa, o el piruvato forma L-malato gracias a la enzima málica.

Debido a la acción de las reacciones anapleróticas, la concentración de compuestos del

Ciclo de Krebs se mantiene más o menos constante. La enzima piruvato carboxilasa es activada
alostéricamente por el Acetil-CoA dado que, cuando la [Acetil-CoA] aumenta, esta para poder
ser degradada por la citrato sintetasa, requerirá de OAA, por lo que el Ac-CoA estimula la
piruvato carboxilasa para producir OAA a partir del piruvato. La PEP carboxilasa y enzima
málica son importantes en las plantas C4. La PEP carboxilasa es activada por Fructosa-1,6-
bifosfato, de este modo se refuerza el funcionamiento del ciclo para recibir piruvato que
entregará la glicolisis. La enzima málica también es importante en la producción de NADPH en
el tejido adiposo.

Transaminaciones:

Es la reacción entre un α-ceto-ácido y un

aminoácido donde el esquelto del cetoácido (como el
α-cetoglutarato) pasa a ser un amino ácido (como el L-
glutamato) y el esqueleto del aminoácido pasa a ser un
cetoácido. Esta reacción posee como enzima a una
aminotransferasa y su cofactor es el PLP. Es muy
común en las reacciones de transaminación, que uno
de los sustratos sea el α-cetoglutarato o el L-glutamato
según la dirección de la reacción.

Cetoácido Aminoácido
Oxalacetato L - Aspartato
Piruvato L - Alanina
α-Cetoglutarato L - Glutamato
Regulación del Ciclo de Krebs:

 PDH:
o Inhibición: ATP, acetil-CoA,
NADH, y ácidos grasos
o Activación: AMP, CoA, NAD+
y Ca2+.
 Citrato Sintetasa:
o Inhibición: NADH, Succinil-
CoA, Citrato y ATP
o Activación: ADP
 α-KGDH:
o Inhibición: Succinil-CoA,
NADH
o Activación: Ca2+
Regulación a Nivel de Glicolisis y Ciclo de Krebs:
¿Se puede sintetizar glucosa a partir de Acetil-CoA en términos netos?
No en los vertebrados, aunque la fosfoenolpiruvato carboxiquinasa (PEPCK; OAA +
GTP ↔ PEP + GDP + CO2) canaliza C del OAA para la gluconeogenesis, cuando el Acetil-CoA
que entra al ciclo llega a OAA ya se han perdido los 2C, pero otros organismos como las plantas,
los microorganismos, los intervebrados y los hongos, ocurre un proceso denominado el Cilco de
Glioxilato.

El Ciclo de Glioxilato
Este proceso ocurre en tejidos o células no-fotosintéticas, por ejemplo en algunas plantas,
las partes que están más alejadas de la luz poseen dificultad en producir glucosa a partir de la luz
(fotosíntesis), por lo que estos procesan el Acetil-CoA para producir glucosa y abastecer sus
necesidades biosintéticas.
Posee una vía muy similar a la del Ciclo de Krebs, pero se diferencia cuando en la enzima
que actúa sobre el isocitrato y otras más. En el Ciclo de Glioxilato, la isocitrato liasa actúa sobre
el isocitrato (las liasas son enzimas que deshacen o forman dobles enlaces) formando succinato y
glioxilato, la cual es catalizada por la malato sintetasa (junto con un Acetil-CoA) formando
malato (de 4C) y aquí vuelve a tener la misma vía que en el Ciclo de Krebs. En este ciclo, entran
4C y salen 4C, no ocurren descarboxilaciones.
Superposición del Ciclo de Krebs y el Ciclo de Glioxilato:

Estos ciclos, a pesar de poseer

sustratos similares, no ocurren en el mismo
organelo.

Relación Entre el Ciclo de Krebs y Glioxilato:

En las plantas, este ciclo ocurre en los

glioxisomas, que se encuentran en solo ciertos
tejidos como en las semillas, no se presentan
en las hojas dado que éstas pueden realizar
fotosíntesis. En el caso de las bacterias, las
enzimas están mezcladas en el citosol.

En este ciclo, es importante recalcar

que el Acetil-CoA no proviene de azucares
sino de ácidos grasos debido a que el fin
principal del ciclo es formar azucares.
Como en este ciclo se produce el
succinato, este compuesto viaja desde el
glioxisoma hacia la mitcondria y le mete
carbono al Ciclo de Krebs, que pasa a ser
fumarato y después malato, el cual sale de la
mitocondria formando OAA el cual pasa por la
vía metabólica hasta llegar a ser una hexosa
como la sucrosa.
Además, de los flujos de succinato y
malato mostrados, el OAA sale de la
mitcondria como aspartato, el que va al
glioxisoma para volver a OAA y recibir el
Acetil-CoA de los ácidos grasos.
Regulación Coordinada del Ciclo de Krebs y Glioxilato:

La regulación de estos ciclos ocurre a nivel del

isocitrato, un intermediario clave para ambas
vías. En el caso del Ciclo de Glioxilato,
intermediarios del TCA y la glicolisis junto con
el AMP y el ADP inhiben a la isocitrato liasa.
Esto se debe a que el Ciclo de Glioxilato va
funcionar cuando se necesiten azucares y para
esto se necesitan ATP, por lo tanto en presencia
de AMP y ADP, no va haber ATP. Por otro lado,
la isocitrato deshidrogenasa (enzima del Ciclo de
Krebs) es modificada por modificaciones
covalentes, hay una proteína quinasa que la
inactiva y esta proteína es inhibida por varios
compuestos como el ADP. En el caso de bajas
en concentración de ATP, la cantidad de ADP
será alta de modo que inhibirá la proteína
quinasa que en efecto permitirá el
funcionamiento del TCA que por consecuencia
aumentará la cantidad de ATP. Esta enzima es
activada a su vez por la fosfatasa. Las mismas
especies que inhiben la quinasa activaran a la
proteína en su actividad fosfatasa (que produce
una desfosforilación de la isocitratoDH que
como consecuencia, se activa) que en efecto,
perimitrá el funcionamiento del TCA.

Alteraciones al Ciclo de Krebs:

I. Cianobacterias

Por muchas décadas su ciclo pareció incompleto, ya

que carece de α-KGDH. Se acabn de descubrir dos
enzimas que cierran el ciclo, la α-cetoglutarato
descarboxilasa y el semialdehido succínico
deshidrogenasa, que usa NAD+. En este ciclo no hay
fosforilación a nivel de sustrato. Estas enzimas
fueron descubiertas en Synechoccus.
II. Ciclo Reverso: