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Chapitre 5

Fichiers

1 - De l’utilité des fichiers

Lorsqu’on doit traiter un grand flot de données comme c’est le cas en bioinformatique (tant en
génomique qu’en post-génomique) il est indispensable de stocker ces données dans des fichiers
(ou des bases de données) puis de lire ces fichiers (ou les fichiers extraits des bases de
données) directement à l’aide de programme.
C’est ce que nous allons apprendre à faire dans ce chapitre. Python est également capable de
réaliser l’interface avec des SGBD mais nous n’aborderons pas cet aspect dans ce cours.

Pour travailler avec des fichiers que ce soit en lecture ou en écriture, il est nécessaire de créer
un lien logique entre le programme (code source en python) et les données. On parle
d’ouverture de fichier (création d’un lien entre les données et le programme), ce lien est détruit
lors de la fermeture du fichier de données.

re w
a Python rit
Input file d e Output file

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2 - Ouverture d’un fichier

Sous Python l’accès aux fichiers est assuré via des objets-fichiers que l’on crée à l’aide de la
fonction open(). Cette fonction crée le lien logique entre le programme et le fichier de
données, qui peut être soit en mode lecture, soit en mode écriture.
• Si le fichier de données est ouvert en mode lecture, le programme pourra y lire des
informations (comme il peut le faire sur l’entrée standard – stdin – le clavier) .
• S’il est ouvert en mode écriture, il pourra y écrire des informations (comme il peut le
faire sur la sortie standard – stdout – ou la sortie erreur – stderr - l’écran).
Syntase : open(filename [,mode]) par défaut le mode d’ouverture est la lecture seule.

Exemple :
obFichier = open(‘MonFichier’,’a’)
obFichier : objet_fichier pour accéder au fichier via un programme python
MonFichier : nom du fichier de données à ouvrir en accès, MonFichier doit être
dans le répertoire courant, sinon il faut indiquer le chemin d’accès ou changer de
répertoire avant la fonction open() – avec la méthode chdir (voir ci-dessous).
a : mode d’ouverture du fichier ‘a’pour append = mode écriture avec ajout des nouvelles
données en fin de fichier.

Mode d’ouvertureSignificationrLecture seulewEcriture (si fichier existe déjà alors il sera

écrasé)aEcriture en fin de fichierr+Lecture et écriturew+Lecture et écriture (fichier
préexistant écrasé)a+Lecture et écriture (écriture en fin de fichier).

3 - Ecriture séquentielle dans un fichier

Une fois que le fichier a été ouvert dans l’un des modes d’écriture il suffit d’y écrire dedans à
l’aide de la méthode write() appliquée à l’objet-fichier crée par la fonction open().
>>> obFichier = open(‘MonFichier’,’a’)
>>> obFichier.write(‘Bonjour Fichier !’)
>>> obFichier.write("Quel beau temps aujourd’hui.")
>>> obFichier.close()
Si le fichier existe déjà les 2 lignes seront rajoutés en fin de fichier, sinon le fichier sera crée et
les 2 lignes écrites en début d fichier. Le lien logique entre le fichier et le programme est
ensuite coupé. Attention il ne faut pas confondre le lien logique obFichier et le fichier
physique MonFichier stocké en mémoire permanente et qui peut être visualisé avec un
éditeur de texte.
>>> obFichier = open(‘MonFichier’,’w’)
>>> obFichier.write(‘Bonjour Fichier !’)
>>> obFichier.close()
Le fichier sera crée et la ligne écrite en début de fichier. Attention si le fichier existait déjà il
sera écrasé et remplacé par le nouveau fichier constitué de la ligne ‘Bonjour Fichier !’.

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4 - Lecture séquentielle d’un fichier

On va ré-ouvrir le fichier en mode lecture maintenant pour pouvoir accéder aux informations
que l’on y a stocké.
>>> ofi = open(‘MonFichier’,’r’)
>>> t = ofi.read()
>>> print t
Bonjour Fichier !
>>> ofi.close()
Si on utilise la méthode read() sans argument la totalité du fichier est lue. La méthode read()
retourne les donnée dans une chaîne de caractères.

Si le fichier à ouvrir n’existe pas le programme renvoie une erreur.

>>> ofi = open(‘monFichier’,’r’)
IOError :[Errno 2] No such file or directory: ‘monFichier’
Attention si le fichier n’est pas dans le répertoire courant alors il faut indiquer son
chemin d’accès.
>>> ofi = open(‘/home/devauchelle/mesDonnees/Monfichier’)

Mais le Python qui est un langage de script permet de changer le répertoire courant
pendant l’exécution du programme.
>>> from os import chdir
>>> chdir("/home/devauchelle/mesDonnees »)
>>> ofi = open(‘monFichier’,’r’)
Le répertoire courant est désormais mesDonnees et même si le programme a été lancé
depuis /home/devauchelle/coursPython, le programme pourra ouvrir ‘MonFichier’ 
qui est dans le répertoire mesDonnees puisque c’est le répertoire courant (grâce à la fonction
chdir() – change directory - du module os - operating sytem)

5 - Les fonctions de lecture / écriture

Méthode Description

read() le fichier jusqu’à EOF et renvoie une chaîne de caractères

read(n) Lit n caractères dans le fichier à partir de la position courante

readline() Lit une ligne du fichier jusqu’à \n et renvoie la chaîne

readlines() Lit l’ensemble des lignes d’un fichier et les met dans une liste

xreadlines() Méthode efficace pour la lecture de l’ensemble des lignes d’un gros fichier

write(string) Ecrit la chaîne dans le fichier

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6 - Enregistrement et restitutions de valeurs/types

L’argument de la méthode write() doit être une chaîne de caractères. Avec ce que nous
avons appris jusqu’à présent, nous ne pouvons donc enregistrer d’autres types de valeurs qu’en
les transformant d’abord en chaînes de caractères grâce à la fonction intégrée (built in
function) str() :
>>> x = 52
>>> f.write(str(x))
En fait, il existe d’autres possibilités pour convertir des valeurs numériques en chaîne de
caractères, que nous avons vu lors du formatage des chaînes :
>>> nom= ‘toto’
>>> n=10
>>> print "le nom du %dième élève est %s" % (nom,n)
Une des autres possibilités offerte par Python est d’utiliser le module pickle (en anglais
conserver) qui permet de restituer à la fois la donnée et le type de la donnée stockée dans le
fichier, pourvu qu’elle ait été stocké également à l’aide du module pickle. Exemple :
>>> import pickle
>>> a = 5
>>> b = 2.83
>>> c = 67
>>> # enregistrement dans un fichier grâce au module pickle
>>> f = open(‘monFichier’,’w’)
>>> pickle.dump(a,f) # enregistrement de a dans le fichier
>>> pickle.dump(b,f) # enregistrement de b dans le fichier
>>> pickle.dump(c,f) # enregistrement de c dans le fichier
>>> f.close()
>>> # lecture de données stockées, grâce au module pickle
>>> f = open(‘monFichier’,’r’)
>>> t = pickle.load(f)
>>> print t, type(t) # la valeur et le type sont restitués
5, <type ‘int’>
>>> t = pickle.load(f)
>>> print t, type(t) # la valeur et le type sont restitués
2.83, <type ‘float’>
>>> t = pickle.load(f)
>>> print t, type(t) # la valeur et le type sont restitués
65, <type ‘int’>

7 - Arguments de la ligne de commande

On passe souvent des arguments ou options en ligne de commande à un programme. Elles
sont disponibles dans une liste qui s’appelle argv (import sys).
sys.argv[0] est le nom du script
sys.argv[1] est le premier argument
sys.argv[2] est le second etc...

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Cette fonctionnalité est souent intéressante, par exemple pour passer à un programme le nom
des fichiers d’entrée sur lesquels il va travailler.
Exemple
myprog.py nom_fichier1 nom_fichier2
f1= open(argv[1],’r’) #nom_fichier1 ouvert en lecture
f2 = open(argv[2],’w’) #nom_fichier2 ouvert en écriture

8 - Gestion des exceptions

Les exceptions sont les opérations que génère un compilateur ou un interpréteur lorsqu’une
erreur est détectée lors de l’exécution d’un programme. En règle générale l’éxécution du
programme s’arrête et un message d’erreur plus ou moins explicite est affiché.
Exemple :
>>> ofi = open(‘monFichier’,’r’)
IOError :[Errno 2] No such file or directory: ‘monFichier’
En plus du type d’erreur, le message comporte aussi une indication sur l’endroit du script où se
produit l’erreur.

Dans les langages de niveau élevé comme Python, il est possible d’associer un mécanisme de
surveillance à tout un ensemble d’instructions et donc de simplifier la gestion des erreurs qui
peuvent se produire dans n’importe laquelle des ces instructions sous surveillance.
filename = raw_input(‘Entrez un nom de fichier : ’)
try :
f=open(filename,’r’)
except :
print "le fichier",filename,"est introuvable"

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Chapitre 6

Expressions rationnelles

1 – Qu’est ce qu’une expression rationnelle ?

En anglais regular expression d’où expressions régulières par angliscisme. Les expressions
rationnelles sont des expressions qui décrivent un modèle de chaîne de caractères (patron ou
pattern en anglais). Ainsi plusieurs chaînes peuvent posséder le même patron et une chaîne
peut posséder plusieurs patrons.
Exemple :
L’expression rationnelle qui décrit ex-aequo, ex-équo et et ex-equo est ex-(a.|e|é)quo
où (ae|e)quo veut dire aequo ou equo
(a?|e)quo veut dire aequo ou equo (car a? veut dire a présent 0 ou 1 fois)
donc ex-(a?e|é)quo désigne ex-aequo, ex-equo, ex-équo et ex-aéquo.

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Les shells Unix (bash,csh,sh ...) utilisent nativement des expressions régulières pour les
recherches de fichiers (grep). De même les programmes développés sous Unix tels que sed,
awk, Perl, Python et bien d’autres utilisent la puissance des expressions rationnelles.

2 – Syntaxe des expressions rationnelles

Une expression rationnelle est une chaîne de caractères qui contient des caractères, des
caractères spéciaux qu’il faut protéger par le caractère spécial \ , et des métacaractères tels que
*, ? , etc...

Caractère Signification

. Remplace n’importe quel caractère

\ Sert à dé-spécialiser un caractère

[abc] Les crochets servent à délimiter un choix de caractères

[a-zA-Z] Les tirets à l’intérieur des crochets désignent un ens. de caractères consécutifs.

[^aeiou] ^ à l’intérieur des crochets et en 1° position exprime un choix négatif

| Alternative entre deux caractères ou deux expressions

$ Correspond au début de la ligne

^ Correspond à la fin de la ligne

(m,n) Caractère ou expression qui précède les accolades peut figurer entre m et n fois

. Caractère ou expression qui précède est présent 0 ou 1 fois

∗ Caractère ou expression qui précède est présent 0 ou plusieurs fois

+ Caractère ou expression qui précède est présent 1 ou plusieurs fois

Raccourci Signification

\W Tous les caractères non alphanumériques

\w Tous les caractères alphanumériques

\S Tous les caractères qui ne sont pas des caractères d’espacement

\s Tous les caractères d’espacement [\t\n\r\f\v]

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\D Tous les caractères non numériques

\d Tous les caractères numériques [0-9]

\b Chaîne vide à la fin mot (fin de mot)

3 - Exemples d’expressions rationnelles

Numéro de téléphone sur une ligne:
‘\d\d[\.\-\\]\d\d[\.\-\\]\d\d[\.\-\\]\d\d[\.\-\\]\d\d\’
‘(\d\d[\.\-\\])?4?\d\d\’
‘(\d\d[\.\-\\])?4?\d\d\$’
Mots se terminant par aient
‘\w*aient\b’
Identificateurs de variables python
‘^[a-zA-Z][a-zA-Z0-9]*’
Lien Hypertexte dans un fichier htlm
<a HREF = " kde-linux.html "> L’environnement graphique KDE </a>
le lien est sur le texte : L’environnement graphique KDE
le lien est : kde-linux.html
l’expression régulière correspond à la balise html des liens hypertexte est :
‘^<[a|A]\s(HREF|href)>.*<//[a|A]>\b'
‘^<[a|A]\s(HREF|href)>(.*)<//[a|A]>\b'

attention les expressions regulières indiquées dans ce cours sont à vérifier !!!

4 – Le module re
Le module re est le module qui contient les fonctions permettant les recherches d’expressions
rationnelles (regexp pour regular expression).

FonctionDescriptionsearch(regexp,string)Renvoie un MatchObject
correspondant à la recherche de regexp dans la chaîne string. Recherche le motif où qu’il
soit dans la chaîne.match(regexp,string)Renvoie None si la chaîne ne correspond pas
et un MatchObject sinon.

Recherche le motif en début de chaîne.findall(regexp,string)Renvoie une liste de

tous les éléments trouvéssub(regexp,repl,string)Remplace toutes les sous-chaînes
qui correspondent à regexp par repl.split(regexp,string)Découpe string selon
toutes les sous-chaînes correspondant à l’expression et renvoie la liste
obtenue.split(regexp,str,maxsplit)Idem mais s’arrête après maxsplit
découpages.

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Exemples :
>>> s = ‘abababeaba’
>>> import re
>>> rgx = ‘a(be)+’
>>> re.search(rgx,s)
<_sre.SRE_Match object at 0x94760>
>>> rge = ‘abc’
>>> re.search(rge,s) # il ne se passe rien
>>> re.match(rge,s) # il ne se passe rien
>>> re.match(rgx,s) # il ne se passe rien

>>> rgx = ‘\d+’

>>> s = ‘Nous étions 500 braves, le 15 aout 1998’
>>> re.findall(rgx,s)
[500,15,1998]

λ5 - La classe MatchObject

La classe MatchObject définit les méthodes pour accéder au résultat de la recherche pour
accéder au résultat de la recherche.
Les méthodes les plus courantes sont start() et end() qui donnent les indices de début et
de fin de la sous-chaîne trouvée.

>>> s = ‘abababeaba’
>>> rgx = ‘a(be)+’
>>> m = re.search(rgx,s)
>>> m.start()
4
>>> m.end()
7

Remarque importante :
La construction d’une expression régulière est longue pour l’interpréteur, donc si c’est une
expression régulière que vous devez utiliser plusieurs fois, il faut la compiler.
>>> motif1 = re.compile(‘a(be)+’)
motif1 est une expression rationnelle compilée sur laquelle on peut appliquer les méthodes des
expressions régulières.
Exemple :
>>> m = motif1.search(s)
>>> m.start()
4
>>> m.end()
7

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6 - Les groupes dans les expressions rationnelles

Il arrive souvent qu’on veuille récupérer la valeur d’un mot ou d’un ensemble de mots qui
matche une partie de l’expression régulière. Pour cela les expressions offrent la possibilité de
créer des groupes de motifs à conserver. Dans l’exemple ci-dessous on veut conserver le
suffixe des verbes se terminant par aient.
>>> s = ‘ils allaient et bavardaient en cheminant’
>>> rgx = r’(\w*)aient\b’
Le groupe que l’on veut conserver est indiqué entre ()
>>> for m in re.finditer(rgx,s) :
... print m.group(0), m.group(1)
...
allaient all
bavardaient bavard
groupe(0) est l’expression entière, groupe(1) correspond au premier groupe demandé (ici un
seul).

7 – Documentation sur les expressions régulières

● Documentation en ligne du module re
http://www.python.org/doc/current/lib/module-re.html
● L’excellent tutorial sur les expressions régulières :
http://www.amk.ca/python/howto/regex

Exercices du TD3

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