Microbiologie

sous-discipline de la biologie consacrée

à l'étude des micro-organismes

Cet article ne cite pas suffisamment ses sources

Si vous disposez d'ouvrages ou d'articles de référence ou si vous connaissez des sites

web de qualité traitant du thème abordé ici, merci de compléter l'article en donnant
les références utiles à sa vérifiabilité et en les liant à la section « Notes et références »

En pratique : Quelles sources sont attendues ? Comment ajouter mes sources ?

La microbiologie est un domaine des sciences appliquées qui a pour objet les micro-
organismes et les activités qui les caractérisent. Plus spécifiquement, la microbiologie se
consacre à l'identification et à la caractérisation des micro-organismes ; à l'étude de leur
origine et de leur évolution ; à définir leurs caractéristiques, les produits de leurs activités et
leurs besoins ; et à comprendre les relations qu’ils entretiennent entre eux et avec leur
milieu naturel ou artificiel.

Microbiologie
 Sous-classe de Biologie, sciences exactes

Pratiqué par
Pratiqu Microbiologiste

Champs Bactériologie
virologie
protistologie

Les micro-organismes appartenant à trois règnes présentant une structure cellulaire

eucaryote ou procaryote, ou qui est eucaryote, et qui est caractérisé par l'unicellularité, une
taille microscopique ou ultramicroscopique, un potentiel métabolique et de reproduction,
l'omniprésence et l'abondance[1]. Les micro-organismes sont répartis en cinq groupes[1] :
les algues, les protozoaires, les mycètes, les bactéries, les virus et les prions. Les bactéries
sont classées parmi les monères. Les algues unicellulaires font partie des protistes
procaryotes et eucaryotes. Les champignons unicellulaires, les lichens et les protozoaires
sont des protistes eucaryotes. Les virus et les prions sont des acaryotes (soit sans
organisation cellulaire).

On parle aussi maintenant de « microbiologie moléculaire », dans le domaine des

biotechnologies notamment[2].

Historique
Sculpture à Lille, en hommage à Louis Pasteur, au lieu précis où il a effectué ses recherches qui mèneront à la
compréhension de la microbiologie actuelle.

Dès l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux transmissibles invisibles à l'œil

nu.

1546 : Jérôme Fracastor impute la transmission des maladies à des germes vivants, qu'il
appelait « seminaria ».

1665 : Robert Hooke montre les structures de reproduction des moisissures et est donc le
premier à décrire des micro-organismes.

1677 : Découverte des bactéries par le microscopiste hollandais Antoine van

Leeuwenhoek.

1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la première fois le terme bactérie.

1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une « théorie des germes » pour les
maladies.

1857-1876 : Louis Pasteur (doyen de la faculté des sciences de Lille) met en évidence les
rôles des micro-organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il développe les
techniques de pasteurisation et de stérilisation lui permettant la mise en place de
cultures pures de micro-organismes. La possibilité de culture a permis de démontrer que
la génération spontanée était une aberration.

1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des maladies sont la conséquence de la

présence de ces micro-organismes. Premières recherches systématiques sur l'origine de
certaines maladies, ainsi que la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour la variole
- maladie virale).

1873-1882 : Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la tuberculose

(Mycobacterium tuberculosis). Koch a établi les règles (toujours utilisées) qui permettent
de démontrer rigoureusement qu'une bactérie donnée est à l'origine d'une infection.
 1884 : Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui est la plus utilisée
dans l'étude et la classification des bactéries en deux grands groupes : les bactéries à
Gram positif et celles à Gram négatif.

1912 : Paul Ehrlich découvre le premier traitement efficace (dérivé d'arsenic) contre la
syphilis. C'est la première fois qu'on traite avec un agent chimiothérapeutique une
maladie bactérienne.

1917 : Découverte des bactériophages par Frederick Twort et Félix d'Hérelle.

1928 : Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et établit les fondements

de la génétique moléculaire.

1929 : Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de la pénicilline

produite par Penicillum. L'humanité entre dans l'ère des antibiotiques.

1944 : Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un autre antibiotique: la

streptomycine qui sera bientôt utilisée contre la tuberculose.

1960 : François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod proposent le
concept d'opéron pour le contrôle de l'expression des gènes bactériens.

1977 : Carl Woese étudie l'ARN ribosomique pour découvrir une troisième forme de vie,
les Archaea, distincte génétiquement des bactéries et des eucaryotes.

1986 : En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus aquaticus, Kary Mullis invente la
technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La technique de PCR est devenue l'outil
de base de la biologie moléculaire.

1995 : Séquençage complet du premier génome bactérien (Haemophilus influenzae) par

Craig Venter et ses collègues du TIGR. La microbiologie entre dans l'ère de la génomique.

Organismes étudiés

Procaryotes

Les procaryotes Prokaryota ou Prokarya), du grec pro (avant) et caryon (noyau), sont des
organismes dont la cellule ne possède pas de noyau cellulaire ni d'autres organites, ils
appartiennent à au moins deux taxons distincts :

les archéobactéries ou archées sont un groupe particulier, car il ne comprend

essentiellement que des espèces anaérobies (n'ayant pas besoin d'oxygène, voire souvent
ne tolérant pas l'oxygène), vivant dans des environnements extrêmes : on parle
d'organisme extrémophile. Les environnements extrêmes sont à la limite des conditions
tolérées par les cellules biologiques (milieu salin très acide ou très alcalin, milieu à
 température proche de l'ébullition). Les archéobactéries ne sont pas que des
extrémophiles, ce sont aussi des organismes plus communs qui vivent dans des
conditions de vie classique comme les marais ou les rumens des ruminants. Il ne faut pas
associer systématiquement archéobactéries à des organismes extrêmes même si on
retrouve parmi eux la plupart des extrémophiles ;

on retrouve les eubactéries dans notre quotidien : sol, nourriture, etc. Ce sont les
bactéries les plus connues. Cependant certaines eubactéries sont aussi extrémophiles.

Ces micro-organismes ont des mécanismes pour résister à ces conditions.

Eucaryotes

Les eucaryotes ont un système membranaire interne enfermant des organites (noyau,
plaste, mitochondrie, etc.) ; ils présentent un cytosquelette interne (actine, tubuline) absent
chez les procaryotes, qui leur confère une taille souvent plus importante que les
procaryotes.

On estime que chaque groupe d'eucaryotes a eu un ancêtre parmi les procaryotes

(archéobactéries ou eubactéries), et que les mitochondries (et peut-être aussi d'autres
organites comme les chloroplastes) présents dans le cytoplasme des eucaryotes actuels ont
aussi eu au moins un ancêtre procaryote distinct qui aurait colonisé cette ancienne bactérie
pour vivre en symbiose (endosymbiose) avec elle et former tous les eucaryotes qui ne
peuvent plus vivre sans elles.

En effet, on retrouve dans les mitochondries un cytosquelette interne spécifique, une

structure membranaire externe complexe, un matériel génétique interne spécifique logé
dans une zone plasmique appelée proto-noyau (dépourvu de membrane mais tout de
même structurée), même si les mitochondries ne peuvent se multiplier seules sans le
concours de la cellule hôte (les mitochondries auraient perdu leurs facultés de
reproduction qui ne leur étaient plus nécessaires, puisque la cellule hôte leur fournit
pratiquement tout le matériel nécessaire à leur croissance et leur division).

Algues

Contrairement aux champignons et aux protozoaires, les algues ont des pigments
chlorophylliens leur permettant de réaliser la photosynthèse.

Elles sont donc des organismes vivant immobile et autotrophes.

Les algues sont présentes dans le sol, les plantes, l'eau douce et l'eau de mer.
Le mot « algue » n'a pas de sens d'un point de vue phylogénétique, c'est-à-dire que l'ancêtre
commun à toutes les algues est celui des eucaryotes.

Champignons

Les champignons sont présents dans le sol, plantes, débris végétaux, lichen, parasites de
l'homme, des animaux et des plantes.

Remarque : une levure, eucaryote unicellulaire, est un champignon. Il existe de

nombreuses espèces de levures comme Saccharomyces cerevisiae (levure de
boulangerie), la famille des Candida (responsables des candidoses), Rhodotorula
(parfois retrouvée dans la choucroute qu'elle colore en rouge), Schizosaccharomyces,
etc.

Les champignons sont « absorbotrophes » : ils se nourrissent par absorption. Ils sécrètent
des enzymes qui digèrent des polymères dans le milieu extérieur, ce mécanisme chimique
transforme par exemple les glucides en monomères (petites molécules) qui sont ainsi
absorbés.

Les champignons constituent un groupe biphylétique, car une partie d'entre eux, les
eumycètes, appartiennent aux opistocontes, et une autre, les oomycètes, aux hétérocontes.

Taille des micro-organismes

Comme signalé au début, les micro-organismes sont de très petite taille (d'où leur nom) :

procaryotes (bactéries) : de l'ordre de 0,5 à 3 µm (pour la largeur), pas de limite en

longueur ; le pouvoir de résolution de l'œil humain est de 100 µm (10−4 m soit 0,1 mm),
ces micro-organismes sont donc tous invisibles à l'œil nu ;

eucaryotes : très variable, de 2 à 200 µm (pour la largeur), pas de limite en longueur ;

certains eucaryotes sont visibles à l'œil nu (notamment les algues), d'autres ne sont
visibles que sous forme d'agrégats (cas des champignons, dont les parois plasmiques
émettent des filaments sur une grande longueur relativement à leur taille). Tous les
eucaryotes ne s'agrègent pas ainsi (notamment les protozoaires, invisibles à l'œil nu).

Le rapport surface sur volume est directement influencé par la taille : si l'on considère une
forme simple telle que la sphère, la surface est proportionnelle au carré de la taille (
avec le rayon de la sphère), alors que le volume est proportionnel au cube de
la taille ( ), le rapport surface/volume est donc inversement proportionnel à (

).

Ceci conditionne la vitesse à laquelle le micro-organisme se nourrit : la nourriture passe à

travers la membrane plasmique, donc la vitesse d'absorption est proportionnelle à la
surface, mais la quantité à nourrir est proportionnelle au volume. La vitesse à laquelle
entrent et sortent les nutriments et les déchets est donc inversement proportionnelle à la
taille. Donc plus la bactérie est petite, plus elle va pouvoir se nourrir à grande vitesse. Elle
compense sa petite taille par une multiplication à très grande vitesse (taux de croissance
très rapide).

Culture des micro-organismes

Richesse du milieu

Les micro-organismes ont besoin :

d'une source d'énergie ;

pour les chimiotrophes, elle provient de la dégradation de composés chimiques (par
exemple du glucose),

pour les phototrophes, de la lumière ;

d'une source de carbone ;

pour les autotrophes, il suffit de CO2 atmosphérique (carbone minéral),

pour les hétérotrophes, elle provient de molécules organiques (CH4, oses, etc.) ;

de macroéléments (ainsi appelés en raison de leur concentration dans le milieu de

culture) : C, H, O, N, S, Na, Mg, P, K. Les éléments carbone, azote, phosphore doivent être
présents aux proportions 100/10/1 pour un milieu correct ;

de microéléments : Cu, Co, Zn, Cl, Fe, etc. ;

d'une source d'azote, d'origine minérale (sel d'ammonium) ;

de facteurs de croissance pour les auxotrophes : vitamines, acides aminés, bases azotées.
Les bactéries prototrophes sont celles qui n'ont pas besoin de facteur de croissance ;

de dioxygène (oxygène moléculaire) pour les aérobies strictes, ou d'absence de

dioxygène pour les anaérobies stricts ; pour ces derniers micro-organismes, le peroxyde
d'hydrogène (H2O2) formé par la réaction entre l'O2 et l'H2O les empoisonnent, car ils ne
 possèdent pas une catalase dégradant H2O2, à l'inverse des individus aérobies. Il existe
également des micro-organismes aérobies facultatifs capables de se multiplier en
présence ou en l'absence d'oxygène grâce à leur capacité à utiliser la fermentation et des
bactéries microaérophiles qui ne se développent qu'à une certaine pression en
dioxygène ;

de facteurs physico-chimiques :
pour le facteur température, on distingue trois catégories de micro-organismes selon
leur optimum de croissance. Les psychrophiles ont leur optimum à 15 °C, les
mésophiles à 37 °C, les thermophiles à 65 °C. Il faut descendre au-delà de −18 °C
pour arrêter toute croissance microbienne. À 3 °C, il y a peu de risques lié aux
bactéries pathogènes (mésophiles, donc virulentes à la température du corps) ou
toxinogènes, seules quelques bactéries vivant à ces températures peuvent être
dangereuses (listéria),

pour le facteur pH, on considère que les bactéries préfèrent la neutralité excepté
pour les bactéries lactiques. Pour les levures et moisissures, le pH optimum est plus
acide (pH=5).

Diversité du milieu de culture

Diversit

On distingue deux sortes de milieux de culture :

synthétiques : milieux dont on peut donner la composition chimique complète. Les

milieux synthétiques sont utilisés en recherche fondamentale ;

empiriques : milieux dont on ne connaît que partiellement la composition.

et parmi ces deux types de milieux, il existe des milieux sélectifs (qui vont permettre de
sélectionner le type de micro-organismes qui pourront s'y multiplier). On peut ainsi choisir
de ne laisser se développer qu'un genre de bactérie donné (ex: milieu mFC pour les
coliformes fécaux ou gélose au sang pour certains pathogènes) ou au contraire de favoriser
le développement des levures-moisissures en ajoutant un antibiotique au milieu. La
température à laquelle on incubera les milieux inoculés constitue également un facteur de
sélection comme mentionné plus haut.

Les milieux de culture peuvent contenir des extraits de levure (cellules de levure
déshydratées et lysées) qui fournissent une source d'acides aminés, de vitamines et d'azote,
des extraits de malt apportant une source de carbone, des peptones (protéines animales,
de poisson, de caséine de lait) source d'azote organique qui intéresse les individus
hétérotrophes.

Ces milieux sont soit liquides, soit solides. Pour solidifier le milieu on utilise fréquemment
la gélose ou agar-agar, un polymère de sucre tiré d'une algue rouge présentant la propriété
de former avec l'eau un gel solide si la température est inférieure à 60 °C.

Méthodes

Challenge test

Un challenge test est une technique permettant de démontrer l'efficacité anti-microbienne

(bactériostatique ou bactéricide) d'une substance donnée (produits pharmaceutiques,
cosmétiques ou agroalimentaires par exemple).

Cette technique consiste à inoculer une quantité connue de différents germes microbiens
(bactéries, levures, moisissures, etc.) dans la substance à tester, puis de dénombrer ces
germes à diverses échéances.

Ce test permet notamment de valider la date limite de consommation (DLC) ou la date

limite d'utilisation optimale (DLUO) d'un produit.

Stérilisation
St rilisation

La stérilisation est l'opération qui consiste à éliminer les micro-organismes d'un objet et ce,
de manière durable. En microbiologie, le but de la stérilisation est d'une part maîtriser les
micro-organismes introduits dans le milieu d'étude, et d'autre part éviter la contamination
du milieu extérieur et des personnes (voir aussi l'article sur l'hygiène).

Il existe trois façons pour stériliser un milieu de culture. Une destruction par la chaleur, par
une méthode de filtration ou par l'emploi de radiation et d'agent chimique (gaz).

Chaleur

On distingue les procédés à chaleur « sèche » ou « humide ».

Zone de stérilité d'un bec Bunsen.

chaleur sèche :
bec Bunsen : tout l'air qui se trouve dans un globe virtuel de quinze centimètres de
rayon de la flamme d'un bec Bunsen, est passé une fois dans la flamme. Ceci crée
une enceinte fictive stérile. Les microbiologistes travaillent avec une flamme
oxydante qui crépite,

« four Pasteur » ou « four Poupinel » : c'est un four classique utilisé à 180 °C

pendant 90 minutes au minimum. Il est moins efficace que l'autoclave (et consomme
plus d'énergie)[3].

chaleur humide :
autoclave : son principe est de faire bouillir de l'eau dans une enceinte
hermétiquement close pour augmenter la pression et donc dépasser les 100 °C
d'ébullition (principe de l'autocuiseur). Ceci est réalisé à 134 °C pendant dix-huit
minutes.
Cas particuliers : la pasteurisation et tyndallisation

La pasteurisation est un procédé pour la conservation des aliments par lequel un aliment
est chauffé à une température définie pendant une période de temps définie avant d'être
refroidi rapidement. Les températures de pasteurisation varient entre 70 °C et 85 °C.
Cette technique ne détruit qu'une partie de la flore bactérienne. Ce n'est, en aucun cas, une
technique de stérilisation.

La tyndallisation est une série de chauffages brefs à des températures de 70 °C à

intervalles réguliers (trois chauffages d'une heure, vingt-quatre heures entre deux
chauffages), ceci afin de laisser aux formes résistantes la possibilité de germer pour les tuer
au chauffage suivant. Par exemple, la destruction des germes pathogènes du lait se fait par
un cycle de 63 °C pendant trente minutes suivie de 73 °C pendant quinze minutes.

L'ébullition n'est pas une méthode de stérilisation. Les formes sporulées des bactéries
peuvent résister jusqu'à huit heures trente à 100 °C.

Filtration

La filtration est une technique qui consiste à faire passer un liquide à travers un filtre dont
les pores ont un diamètre de 0,2 µm ; les micro-organismes sont trop gros pour passer et
sont donc retenus par le filtre. Pour forcer ce liquide à traverser le filtre, on utilise deux
solutions :

mise en pression du liquide par l'intermédiaire d'un piston ;

aspiration du liquide en créant par exemple une enceinte dépressurisée de l'autre côté
du filtre.

Cette technique est intéressante lors d'utilisation de produits thermolabiles (c'est-à-dire qui
ne résistent pas à la chaleur) comme certains acides aminés aromatiques, vitamines,
hormones de croissance, acides nucléiques et une bonne partie des antibiotiques.
Cependant les filtres de 0,2 µm colmatent vite. On peut contourner ce problème en
augmentant la surface du filtre ou en utilisant un procédé de filtration tangentielle.

Dans certains cas le filtre ayant servi à stopper les micro-organismes peut être déposé sur
un milieu de culture solide afin de permettre la multiplication des germes, ceci dans le but
de procéder à leur dénombrement et à leur identification.

Radiation et agent chimique

Ces techniques sont utilisées par les industries dont l'alimentaire. Elles sont très
pénétrantes, car les radiations et certains gaz traversent le plastique et tuent les micro-
organismes.

Les rayons ultraviolets ne sont cependant pas une bonne technique de stérilisation, car ils
sont non pénétrants, donc ils ne passent pas au travers de matériaux comme le plastique et
le verre. De plus certains micro-organismes sont capables de réparer les dommages infligés
par les ultraviolets si le produit est éclairé après application de rayons ultraviolets ; c'est le
phénomène dit « de photo-réparation ».

On peut dans certains cas utiliser le rayonnement gamma, beaucoup plus pénétrant et
puissant que les ultraviolets.
 Notion de culture pure

Technique des stries

Elle est basée sur la notion d'UFC (unité formant une colonie). Chaque unité cellulaire (une
cellule, un groupe de cellules ou un morceau d'hyphe) va donner une colonie.

Sur un milieu de culture, il y a formation d'un monticule de bactéries ou de levures avec

une forme particulière (la colonie). La forme de ce monticule est déterminée par
l'organisation de la colonie, qui elle-même est déterminée génétiquement. Les
champignons vont, eux, développer un thalle c'est-à-dire ce que l'on peut par exemple
observer sur les confitures ayant « moisi. L'UFC est utilisée aussi pour le dénombrement
bactérien en utilisant des cultures sur boîte à partir de tubes préparés par dilutions en
cascades de la suspension bactérienne mère.

L'observation macroscopique de l'aspect des colonies permet de différencier les colonies de

bactéries contaminantes de celles qu'on cherche à isoler.

Technique de suspension dilution

Cette technique sert à évaluer le nombre de micro-organismes qui se trouvent dans un

milieu liquide (eau de puits, boissons, eau de piscine, etc.) ou dans un milieu solide (sol,
aliments, etc.). Elle peut aussi servir à isoler une souche pure à partir d'un mélange.

Il s'agit simplement d'une suite de dilutions suivie d'un prélèvement d'un aliquot qui sera
étalé sur un milieu de culture qui pourra être sélectif ou non. Il suffira ensuite de compter
le nombre de colonies, et connaissant le volume de l'aliquot (en général un millilitre sur une
boîte), on en déduira la quantité approximative de bactéries dans le milieu (on considère
qu'un UFC correspond à une bactérie).

Identification des bactéries

L'identification des bactéries se fait suivant une clé dichotomique qui va des caractères les
plus vastes aux plus pointus pour aboutir à une espèce bactérienne donnée.

Critères
Crit res morphologiques

L’étude de la morphologie bactérienne est le premier acte effectué par un laboratoire de

diagnostic pour identifier une bactérie. L'observation de la morphologie bactérienne
permet une orientation préliminaire du diagnostic.

Macroscopique

À l'œil nu, on peut distinguer les caractéristiques d'une colonie :

la forme du relief (bombée, semi-bombée, plate) ;

la taille ;

la couleur ;

l'aspect (collant, filamenteux, etc.) ;

l'odeur ;

la transparence (opaque, translucide) ;

l'allure des contours (régulier, dentelés) ;

la consistance ;

la pigmentation ;

aspect de la surface (lisse ou rugueuse).

Il existe trois grands types de colonies :

colonies de Type S (Smooth = lisse) : contours lisse et réguliers, semi-bombée, surface

brillantes, crémeuses ;

colonies de Type M (Muqueux) : contours lisse et réguliers, très bombées, surface très
brillantes, filantes ;

colonies de Type R (Rough = rugueux) : contours irréguliers, plates rugueuses et mates,

sèches.
Microscopique

État frais

L'état frais se fera avec une suspension de colonie qui ne sera pas fixée sur la lame comme
la coloration de gram mais se fera avec une goutte de suspension entre lame et lamelle.
Cette observation microscopique se fera à l'objectif x40 avec peu de lumière pour ne pas
tuer les bactéries car le but de cette observation est de voir leurs mobilités (on peut voir
aussi la morphologie mais cela se voit mieux en coloration de gram).

Coloration de Gram
Les bactéries étant en général quasiment transparentes, on commence par préparer un
étalement (faire un frottis) sur lame de microscope auquel on applique une coloration de
Gram. L'observation microscopique se fera à l'objectif x100 avec de l'huile à immersion. Les
bactéries à Gram positif apparaîtront mauves alors que celles à Gram négatif apparaîtront
roses. Il existe d'autres colorations, comme celle au vert de malachite permettant de mettre
en évidence les formes sporulées. La coloration de Gram permet de déterminer le type de
paroi cellulaire.

Forme

La forme est extrêmement diverse au sein du monde bactérien. Si on excepte les bactéries
dépourvues de paroi (Mycoplasmes), qui peuvent être très polymorphes, la diversité est
relativement restreinte pour les bactéries d’intérêt médical et vétérinaire. Parmi celles-ci,
on distingue principalement des formes sphériques (cocci), cylindriques (bacille), spiralées
(spirille), enroulées (spirochète) à appendice bourgeonnant ou filamenteux.

Mode de groupement

Elles peuvent se regrouper en chaînes (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus, etc.), en

amas asymétriques ou grappes (Staphylococcus), en amas cubiques réguliers (sarcines), en
palissades ou en paquets d’épingles (Corynebacterium), etc. Le mode de groupement, à
condition de l’apprécier sur une culture jeune effectuée en milieu liquide et de tenir
compte de l’aspect prédominant, est également un élément important pour orienter
l'identification.

Taille

Les plus petites bactéries ont une taille de 0,1 à 0,2 µm (Chlamydia) alors que certaines ont
un diamètre supérieur à 10 µm. La plus grande bactérie connue (Thiomargarita
namibiensis) peut atteindre un diamètre de 750 µm.

Présence de spores

Toutes les bactéries n'ont pas la possibilité de sporuler. La totalité des bacilles à Gram +
sporulent en situation de stress. [pas clair] Pour mettre en évidence les spores au microscope
optique, il suffit de les colorer au vert de malachite ou à l'encre de Chine. Mais on peut les
deviner à la coloration de Gram (absence de coloration). Les spores sont présents chez les
Bacillus.

Mobilité
Les bactéries peuvent être équipées d'un ou plusieurs flagelle(s) leur permettant de se
déplacer. Les deux mobilités les plus courantes sont la mobilité par ciliature péritriche si la
bactérie se déplace dans tous les sens, soit par ciliature polaire si la bactérie part dans un
seul sens. Pour définir le mode de déplacement des bactéries, on parle de chimiotactisme.
La bactérie évoluant dans un milieu se déplace selon des gradients de concentration pour
se rapprocher de sa « nourriture »

Certaine motilité dépende d'un mécanisme impliquant le pilus de type IV et de plusieurs

polysaccharides comme chez la bactérie Myxococcus xanthus[4].

Capsule

La capsule est formée de polymères (polysaccharides ou protides) disposés en couches à la

périphérie de la bactérie. Celle-ci permet à la bactérie d'adhérer aux surfaces (coloniser les
surfaces) et d'échapper au système immunitaire car les antigènes de surface sont
recouverts par la capsule qui les rend indétectables (pouvoir pathogène).

Critères
Crit res biochimiques

On identifie aussi une bactérie en observant si elle utilise tel ou tel substrat. On la met donc
en contact dans un milieu de culture avec un glucide, ou un peptide, ou d'autres substrats
plus complexes — le test de l'oxydase par exemple utilise le tétraméthyl-
paraphénylènediamine. On peut révéler l'utilisation de ce substrat par virage d'un
indicateur de pH car un glucide utilisé donne un produit acide, un peptide donne un
produit basique, etc.

Chaque famille de bactéries a des caractères propres, on peut donc les rassembler
facilement avec des caractéristiques de base comme l'utilisation du glucose avec ou sans
oxygène, la réduction des nitrates, etc. Ensuite, on dispose de galeries d'identifications
biochimiques qui sont parfois vendues par des sociétés spécialisées. Ces tests sont assez
longs, de un à deux jours.

Critères
Crit g nétiques
res gén tiques

On peut citer des techniques de génie génétique comme :

la PCR (Polymerase Chain Reaction) pour cibler un gène présent uniquement chez une
famille ou un genre bactérien par réhybridation spécifique de courtes séquences d'ADN
(oligonucléotides amorces) synthétiques précises ;
 les puces à ADN qui utilisent le même principe mais ayant une précision allant jusqu'à la
souche même.

Systématique
Syst matique bactérienne
bact rienne

La systématique permet d'identifier une souche bactérienne inconnue grâce à différents

examens et à l'utilisation de milieux de culture spécifiques.

La coloration de Gram et les tests de la catalase et de l'oxydase permettent de déterminer

la famille. Des milieux de cultures spécifiques permettent d'arriver au genre et à l'espèce.
Des examens supplémentaires tels que le sérogroupage peuvent être utilisés dans certains
cas.

Coques à Gram positif et catalase positive

Famille des Micrococcaceae
Genre Micrococcus

Famille des Staphylococcaceae

Genre Staphylococcus
Coque à Gram positif et catalase négative
n gative

Famille des Streptococcaceae

Streptocoques des groupes Lancefield A, B, C, D (Enterococcus), F et G
Coque à Gram négatif
n gatif

Gram négatif regroupe les bactéries à paroi fine qui ne retiennent pas le bleu de
gentiane/cristal. Elles apparaissent au microscope optique en rose après que l'on ajoute de
la fuchsine (genre neisseria, par exemple).

Bacille à Gram positif

Genre Bacillus

Genre Listeria

Genre Clostridium
Bacille à Gram négatif
n gatif

Oxydase négative

Famille des Enterobacteriaceae :

Genre des Salmonella

Genre des Escherichia

Sérogroupage des Escherichiae Coli
 Sérogroupage des autres Escherichia

Genre Shigella

Genre Klebsiella

Genre Enterobacter

Genre Serratia

Genre Proteus

Genre Morganella

Genre Providencia

Genre Hafnia
Oxydase positive

Pseudomonas

Vibrio

Aeromonas

Agents antibactériens

Agents physiques

On peut citer les agents suivants :

la chaleur : à partir de 65 °C, les protéines sont dénaturées, cependant certains micro-
organismes sont capables de supporter des températures plus élevées ;

le pH : qu'il soit trop acide ou trop basique ;

les hautes pressions : à partir de 6 000 bar. Ainsi, c'est avec un traitement par la pression
que l'on stérilise les jus de fruits produits en industrie ;

les UV : à une longueur d'onde voisine de 260 nm, ils détruisent tous les micro-
organismes. Peu efficaces à travers les plastiques, ils sont utilisés pour stériliser l'air ;

les rayons gamma : comme les UV, ils sont très efficaces. Ils peuvent traverser tous les
plastiques et servent donc à stériliser les instruments comme les fils chirurgicaux. Leur
utilisation a été tentée pour les produits alimentaires, sans succès auprès du public.

Agents chimiques

Les agents chimiques utilisés se répartissent dans deux catégories : antiseptiques et

désinfectants. Les antiseptiques sont utilisés pour l'élimination des micro-organismes sur
des tissus vivants ; les désinfectants quant à eux sont utilisés sur des surfaces inertes.

Antibiotiques

Article détaillé : Antibiotique.

Les antibiotiques sont des substances chimiques qui ont une action spécifique avec le
pouvoir de limiter la prolifération de bactéries spécifiques. Elles sont dépourvues de toxicité
pour les autres cellules (champignons et autres eucaryotes). Ces molécules peuvent avoir
une action drastique, c'est-à-dire bactéricide ; leur efficacité peut être également limitée à
empêcher le développement des bactéries (on parle alors d'action bactériostatique).

Résistances aux antibiotiques

Article détaillé : Antibiotique > Les résistances aux antibiotiques.

Croissance bactérienne

C'est le pouvoir ou la capacité des bactéries à augmenter leur nombre ; il est en fonction du
type de bactéries (thermophiles, mésophiles, psychrophiles, psychrotrophes, etc.) Quand
des bactéries sont incubées dans un milieu liquide adéquat, elles continuent généralement
à se multiplier de façon exponentielle jusqu'à ce qu'un facteur nécessaire à leur croissance
approche de l'épuisement et devienne limitant ou que des produits métabolites inhibiteurs
(acides organiques, alcools, ammoniaque, etc.) s'accumulent exagérément. Cette culture,
pratiquée sans addition de nutriment ni élimination de déchets en cours de croissance,
s'appelle une culture en milieu discontinu ou en batch qui constitue un système clos. Une
culture de ce type se comporte comme un organisme multicellulaire avec une limitation de
croissance génétiquement déterminée.

On peut représenter graphiquement la croissance d'une culture de ce type en portant le

logarithme du nombre de cellules viables en fonction du temps. La courbe obtenue pourra
être divisée en six phases :

1. Phase de latence. C'est une période d'adaptation de la souche à son nouveau milieu.
Cette phase serait inexistante si la souche était issue du même milieu de culture ;

2. Phase d'accélération. Au cours de cette étape, il y a synthèse active des enzymes ;

3. Phase de croissance exponentielle. Au cours de cette phase, la bactérie croît à un taux

constant maximal ;
 4. Phase de ralentissement. Au cours de cette phase, le milieu commence à s'épuiser :
diminution de la concentration en nutriments, les déchets cellulaires commencent à
s'accumuler dans le milieu ;

5. Phase stationnaire. Au cours de cette phase, il y a autant de bactéries qui se divisent

que de bactéries qui meurent ;

6. Phase de déclin. Au cours de cette phase, les bactéries meurent à cause d'un manque
de nutriment et d'une accumulation trop importante de déchets que la bactérie
produit.

Diauxie

Courbe de croissance dans un milieu contenant deux glucides (ex. : I : utilisation du glucose et II : utilisation du
lactose).

En présence de deux sources de carbone, les bactéries exhibent une courbe de croissance
biphasique. Ceci s'explique par la consommation de la source de carbone la plus facilement
assimilable, puis une adaptation pendant laquelle les enzymes permettant de dégrader la
deuxième source de carbone sont synthétisées, puis consommation de la deuxième source
de carbone (c'est le cas par exemple du milieu Kligler-Hajna. Sur ce milieu, la bactérie utilise
le glucose comme première source de carbone puis le lactose comme second source de
carbone lorsqu'il n'y a plus de glucose). L'analyse de ce comportement a permis à Jacques
Monod de définir la notion d'opéron ; le plus connu étant l'opéron lactose.

Notes et références

Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article intitulé « Challenge test (https://
fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Challenge_test&oldid=cur) » (voir la liste des auteurs (h
ttps://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Challenge_test&oldid=cur&action=history)).
 1. Le Grand Dictionnaire terminologique, « microorganisme » (http://gdt.oqlf.gouv.qc.ca/f
icheOqlf.aspx?Id_Fiche=8367206) .

2. Accès vers un document de synthèse diffusé par ADIT (http://www.bulletins-electroniq

ues.com/rapports/smm07_035.htm) (article du Pr Dr Axel A. Brakhage, « Les
bioproduits pharmaceutiques », p. 11/29, dans « Les biotechnologies blanches,
avancées et perspectives - Rencontre d'experts franco-allemande », Berlin, 29
septembre 2006).

3. Bonazzi, Florence (2005), L'hygiène au cabinet médical des médecins généralistes :

observation de 30 médecins de l'agglomération grenobloise (Doctoral dissertation,
université Joseph-Fourier).

4. (en) Salim T. Islam, Israel Vergara Alvarez, Fares Saïdi et Annick Guiseppi, « Modulation
of bacterial multicellularity via spatio-specific polysaccharide secretion », PLOS Biology,
vol. 18, no 6, 9 juin 2020, e3000728 (ISSN 1545-7885 (https://www.worldcat.org/issn/15
45-7885&lang=fr), PMID 32516311 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32516311),
PMCID PMC7310880 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7310880),
DOI 10.1371/journal.pbio.3000728 (https://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.3000728),
lire en ligne (https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.30
00728) , consulté le 14 décembre 2020)

Voir aussi

Articles connexes
Microbiologie médicale

Bactériologie médicale

Microbiologie alimentaire

Biohygiéniste

Culture microbiologique

Géomicrobiologie

Paléomicrobiologie

Collection française de bactéries phytopathogènes

Lien externe
Sélection de sites sur la microbiologie sur le web : Les Signets de la Bibliothèque
nationale de France (http://signets.bnf.fr/html/categories/c_570microbio.html)
 Portail de la biologie Portail de la microbiologie

Ce document provient de
« https://fr.wikipedia.org/w/index.php?
title=Microbiologie&oldid=185351806 ».

Dernière
Derni re modification il y a 28 jours par DreZhsh

Le contenu est disponible sous licence CC BY-SA

3.0 sauf mention contraire.