UNIVERSITE DE CARTHAGE

FACULTE DES SCIENCES DE

BIZERTE
Département Sciences de la Vie
Pourquoi Linux ?
Bioinformatique • Unix est particulièrement adapté pour travailler avec les fichiers volumineux et
possède des commandes flexibles qui peuvent être utilisées pour manipuler ces
Master Biologie des Organismes, des données
Populations & Environnement • Un avantage à apprendre Unix est que plusieurs commandes peuvent être
combinées dans différentes façons
• Unix est le système d’exploitation sur les systèmes d’ordinateurs dans le domaine
Cours 5: Introduction à Linux de la recherche scientifique, comme l’est Microsoft Windows sur les PCs
• Linux est gratuite et les distributions les plus populaires sont Ubuntu, Fedora/Red
Hat, Mandriva,
• Très stable, sécurisé et développements rarpide des SE (plusieurs développeurs)
Dr Lilia Romdhane, HDR • SE Multi-utilisateurs et Multi-tâches: le SE préféré pour les opérations
lilia.romdhane@pasteur.utm.tn computationnelles scientifiques à large échelle
2022- 2023
Utiliser le terminal
Qu’est-ce que Linux ?
Nom de la machine • Un terminal est un programme
qui émule une console dans une
• UNIX est un système d’exploitation (OS: Operating Prompt interface graphique, il permet de
system) développé en 1960 Nom de l’utilisateur lancer des commandes.
• Système d’exploitation: logiciel qui supporte les
fonctions basiques d’un ordinateur
• Il existe différentes versions d’UNIX qui se
ressemblent
• Les variétés les plus populaires d’UNIX sont Linux
et MacOS
• Les systèmes UNIX ont une interface graphique
(graphical User Interface: GUI) qui rend leur
environnement plus facile https://en.wikipedia.org/wiki/Operating_system
 Première utilisation du terminal Structure des fichiers sous Linux
• Essaie d’une commande: Root directory of the entire
file system
Users home
• echo introduction to the terminal directories
home dev bin etc Configuration files
Device files Essential user commands
binaries
Crick Watson manager
Desktop Documents LinuxModule Répertoires de
fichiers
Genomics Practical
Pfalciparum.fasta Session 1
Fichiers
fichier1 fichier2
Structure des fichiers sous Linux Répertoire personnel et répertoire courant
• Quand vous vous connecter à un système Unix, le répertoire courant
est votre répertoire personnel (home directory)
• Au fur et à mesure que vous utilisez le système Unix, vous serez
associés à un répertoire nommé répertoire de travail ou répertoire
courant (working directory ou current directory)
• Une abbréviation de votre répertoire courant est affichée avec le
Fichiers de Watson prompt sur votre terminal
• La commande pwd (present working directory) retourne le chermin
absolu du répertoire courant
Répertoire personnel et répertoire courant Chemin absolu
/
home
manager
le chemin complet/absolu du fichier unix.pdf
/home/manager/course_data/unix/practical/unix.pdf
Desktop course_data Documents
annotation unix igv
data practical lecture
unix.pdf Notebooks
Faire référence aux répertoires courant et
Chemin relatif ? Chemin absolu ?
parent
• Un chemin localise un fichier/répertoire donné dans la hierarchie du • Chaque répertoire a 2 sous-répertoires
système spéciaux
• Un chemin absolu dans la hierarchie du système pour un fichier donné • . (point) : le répertoire courant actuel
• .. (point-point): le répertoire parent course_data
ou dossier/répertoire décrit tous les parents jusqu’à la racine
• Un chemin relatif décrit le chemin du fichier à parti du répertoire courant annotation unix
. ..
Répetoire practical data
courant acutel
 Création de répertoires et navigation La commande ls
• Quelques commandes clés pour la manipulation des répertoires: • ls : iste le contenu d’un repertoire courant par défaut
• mkdir: Make directory: création d’un nouveau répertoire • La structure de la command ls [OPTION] [Nom du répertoire]
• rmdir/rm –r: Suppression d’un répertoire • Quelques options utiles:
• pwd: Affiche le chemin absolue du répertoire courant actuel • -l: montre les tailles, date et heure des modification, noms des fichiers et repertoires et
• cd: Change directory: permet de se déplacer d’un répertoire à un le propriétaires et les permissions
• - a: Liste tous les fichiers y compris les fichiers caches commençant par ‘.’
autre • -lh: montre la taille dans un format lisible
• ls: Liste le contenu d’un répertoire • -R: liste de manière récursives les sous-répertoires
• -lS: Tri par taille
Créer un répertoire
La commande pwd • mkdir: make a directory: Crée un répertoire
• Structure de la commande: mkdir Nom-du-répertoire [chemin]
• pwd: print working directory • mkdir Nom-du-répertoire: Créer un repertoire ayant pour nom: Nom-du-répertoire
• Affiche le chemin absolu de votre position actuelle dans le système de • Le repertoire nouvellement créé sera créé dans votre repertoire courant acutel
fichier • Si vous voulez créer le repertoire ailleurs, il faut specifier le chemin: mkdir Nom-du-
répertoire: Créer un repertoire ayant pour nom: Chemin/Nom-du-répertoire
• Essayer pwd dans le terminal
• Vous devez voir : /home/YourUsername
 Strucute basique des commandes Se déplacer dans le système de fichiers
commande [–options] [arguments] • cd: change the working directory
Exemples: • Structure de la commande: cd <Chemin>
ls –lh /home/manager/course_data
pwd
• Le chemin du répertoire destinataire soit être spécifié
mkdir Session1
Pour apprendre encore plus sur les commandes: • Vous pouvez spécifier soit le chemin relatif ou le chemin absolu
man Nom-de-la-commande
Exemples:
man mkdir
Supprimer un répertoire
Ce que vous devez savoir à propos des noms de fichiers • rmdir: removes a directory
sous Linux • Structure de la commande: rmdir Nom-du-répertoire [Chemin]
• Elle supprime le repertoire nommé Nom-du-répertoire
• Pas de distinction réelle entre les noms des fichiers ordinaires et les • Le répertoire doit être dans le répertoire courrant
noms des répertoires • Si vous voulez le supprimer à partir d’un endroit, il faut alors specifier le chemin : rmdir
• Deux fichiers dans le même repertoire ne peuvent pas avoir le même Chemin/Nom-du-répertoire
nom • rmdir fonctionne si le répertoire est vide. Sinon, il faut utilizer l’option -r (recursive )
• Les fichiers dans différents repertoires peuvent avoir le même nom
• Linux est sensible à la casse: course_data, course_Data and
Course_data sont différents et présentent 3 fichiers différents
• Dans la plus part des cas, les extensions des fichiers sont optionnelles
(.txt, .exe, etc.)
 Exercice
Instructions
https://drive.google.com/drive/folders/12JKez5o4Eog8Gx2mguck4PYu95naouwP?usp=share_link
1. Ouvrir un terminal terminal
2. Créer les répertoires selon l’arboressance suivante Bioinformatics
donnée dans la figure
3. Créer les répertoires Part1 et Part2 Sous Session1
4. Supprimez Part2 practical
5. A partir de lien, télécharger les données dans le
répertoire Data
Session2 Session1 Data
6. Combien de reads contient chaque fichier fastq ?
7. Afficher les premières lignes du fichier
Oryza_sativa_100000_1.fastq
8. Dans un terminal, exécutez fastqc en tappant fastqc
dans le terminal