Bender Botham

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Bender IBotham
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Kennelly Rodwell Weild
Kennelly Rodwell Weild
Biochimie de Harper

Weild
Biochimie
L’ouvrage de biochimie de référence en études médicales !

Botham
Pour une compréhension claire des principes u Parmi les NOUVEAUTÉS traitées : les acides aminés

I
de biochimie en relation avec la médecine toxiques naturels ; les biomolécules extra-terrestres ; la

Rodwell
conception de médicaments assistée par ordinateur ; le
clinique
rôle de la cascade du complément en cas d’infections

de Harper
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des illustrations en couleurs de grande qualité à un signalisation intercellulaire entre les leucocytes ; le rôle

I
exposé intégré des maladies biochimiques et des données des mastocytes, des basophiles et des éosinophiles ; le
cliniques. Par sa concision et les nombreux exemples médi-

Bender
danger des antioxydants qui inhibent la signalisation
caux pertinents, cet ouvrage présente une revue claire et pro-apoptotique en réponse aux espèces radicalaires,

I
succincte des bases de la biochimie que tout étudiant doit augmentant ainsi le risque de cancers.
comprendre pour réussir ses études médicales.

Kennelly
Consacrée par les étudiants pour son style direct et péda-
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biomédicale et un résumé des thèmes abordés
Traduction de la 30e édition américaine
Lionel Domenjoud est Maître de conférences à
u Des questions de révision à la fin de chacune des onze l’Université de Lorraine. Biologiste et embryologiste

Biochimie de Harper
parties moléculaire de formation initiale. Il travaille actuelle-
u Des études de cas de patients dans chaque chapitre ment sur les gènes cibles de facteurs de transcription
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de cancérologie STICMo du laboratoire du CRAN de
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ISBN : 978-2-8073-0724-7
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VOLLHARDT K.P.C., SCHORE N.E., Traité de chimie organique, 6e éd.
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Biochimie
de Harper
6e édition

Traduction de la 30e édition américaine

par Lionel Domenjoud
Ouvrage original :
Harper’s Illustrated Biochemistry, Thirtieth Edition, V.W. Rodwell, D.A. Bender, K.M. Botham, P.J. Kennelly, P.A. Weil,
Copyright © 2015 by The McGraw-Hill Eductation. All rights reserved. French edition © 2017 by De Boeck Supérieur.
All rights reserved

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© De Boeck Supérieur, 2017

Rue du Bosquet 7, B-1348 Louvain-la-Neuve
Pour la traduction française

Tous droits réservés pour tous pays.

Il est interdit, sauf accord préalable et écrit de l’éditeur, de reproduire (notamment par photocopie) partiellement ou totalement
le présent ouvrage, de le stocker dans une banque de données ou de le communiquer au public, sous quelque forme et de quelque
manière que ce soit.

Imprimé en Italie

Dépôt légal :
Bibliothèque nationale, Paris : septembre 2017
Bibliothèque royale Albert 1er, Bruxelles : 2017/13647/130 ISBN 978-2-8073-0724-7
Auteurs
Victor W. Rodwell, PhD Peter J. Kennelly, PhD
Professeur Émérite de Biochimie Professeur et Chef de
Purdue University Département de Biochimie
West Lafayette, Indiana Virginia Tech
Blacksburg, Virginia
David A. Bender, PhD
Professeur (Émérite) de Biochimie Nutritionnelle P. Anthony Weil, PhD
University College London Professeur
London, United Kingdom Département de Physiologie Moléculaire et de Biophysique
Vanderbilt University
Kathleen M. Botham, PhD, DSc Nashville, Tennessee
Professeur Émérite de Biochimie
Department of Comparative Biomedical Sciences
Royal Veterinary College
University of London
London, United Kingdom
Coauteurs
Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C) Robert K. Murray, MD, PhD
Associate Professor Emeritus Professor of Biochemistry
Department of Medicine University of Toronto
McMaster University Toronto, Ontario
Hamilton, Ontario, Canada
Margaret L. Rand, PhD
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD Senior Associate Scientist
Professor and Chair The Hospital for Sick Children
Department of Biochemistry Toronto, and Professor
Christian Medical College Department of Laboratory Medicine & Pathobiology
Vellore, Tamil Nadu, India University of Toronto, Toronto, Canada

Peter A. Mayes, PhD, DSc Joe Varghese, MBBS, MD, DNB

Emeritus Professor of Veterinary Biochemistry Associate Professor
Royal Veterinary College Department of Biochemistry
University of London Christian Medical College
London, United Kingdom Vellore, Tamil Nadu
Caractéristiques essentielles
de la 30e édition
de la Biochimie de Harper
La meilleure référence individuelle pour comprendre l’implication
médicale de chacun des thèmes de la biochimie
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doit comprendre pour réussir ses études de médecine
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intégrée des maladies biochimiques et des informations cliniques
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• Chaque chapitre inclut une partie sur l’Importance Biomédicale et un résumé des sujets couverts
• Des questions de révision font suite à chacune des onze parties
• Des études de cas de patients dans chaque chapitre soulignent l’importance clinique
de la biochimie
• Parmi les NOUVEAUTÉS couvertes :
la conception de médicaments assistée 690 PARTIE X Sujets spéciaux (B)

par ordinateur ; le rôle de la cascade cités de différenciation bien que d’importantes recherches soient un déchet produit par la respiration cellulaire, ainsi que l’urée.

du complément en cas d’infections

en cours pour contourner cette restriction. L’intérieur d’un érythrocyte renferme une concentration massive
La différenciation des cellules souches hématopoïétiques est d’hémoglobine, en gros un tiers en poids (30 à 40  g/dL chez
régulée par un ensemble de glycoprotéines secrétées appelées cyto- l’adulte). Cette extraordinaire capacité en hémoglobine est réali-
kines. Le facteur des cellules souches et plusieurs facteurs de sée en partie en adoptant une structure cellulaire simplifiée de
bactériennes et virales ; les médiateurs stimulation de colonies collaborent avec les interleukines 1, 3 et
6 pour stimuler la prolifération des cellules souches hématopoïé-
façon inhabituelle. Les hématies matures ou globules rouges sont
dépourvues des organites intracellulaires que l’on trouve dans les
tiques dans la moelle osseuse et leur engagement dans une voie autres cellules eucaryotes (comme le noyau, les lysosomes, l’ap-
secrétés de la signalisation intercellulaire de différenciation menant à un ou plusieurs des types cellulaires
myéloïdes (Figure 53-1). La fixation d’érythropoïétine ou de
pareil de Golgi, les mitochondries). Les hématies énuclées sont
par conséquent incapables de se reproduire.
thrombopoïétine entraine respectivement la différentiation de Les hématies possèdent un cytosquelette très développé res-
entre les leucocytes ; le rôle des ces progéniteurs myéloïdes en érythrocytes ou en plaquettes. ponsable du maintien de leur forme biconcave (Figure 53-2).
Cette forme inhabituelle augmente les échanges d’oxygène et de
dioxyde de carbone entre les érythrocytes et les tissus de deux
mastocytes, des basophiles et LES ÉRYTHROCYTES SONT HAUTEMENT
SPÉCIALISÉS
façons. Premièrement, cette configuration en forme de disque pos-
sède un rapport surface/volume bien plus grand qu’une forme plus
sphérique. Deuxièmement, elle permet aux hématies de se replier
des éosinophiles ; le danger Les érythrocytes matures sont dépourvus
d’organites internes
et de se comprimer pour passer à travers les étroits capillaires dont
le diamètre est inférieur à celui de l’érythrocyte lui-même. En
minimisant la distance à traverser, ces facteurs facilitent un
des antioxydants qui affaiblissent La structure et la composition des érythrocytes reflètent leur
fonction hautement spécialisée qui consiste à délivrer le plus
échange efficace du gaz entre les parois des capillaires et les éry-
throcytes en mouvement rapide (jusqu’à 2 mm/s).
d’oxygène possible aux tissus et à évacuer le dioxyde de carbone,

la signalisation pro-apoptotique Cellule souche hématopoïétique

anti-radicalaire et augmentent
(hémocytoblaste)

le risque de cancer.
IL1/IL3/IL6
GM-CSF/SCF

Progéniteur myéloïde Progéniteur

• Cet ouvrage a été salué par commun lymphoïde commun

IL2/IL7/TNFα

les étudiants en médecine pour IL3/GM-CSF IL3/GM-CSF GM-SCF TGFβ1/ligand de FLT3

SCF/EPO SCF/TPO
Petit lymphocyte

son style captivant, son actualité Érythroblaste

Myéloblaste
Thymus
IL1/IL2/IL4
IL6/IL7

et sa facilité de compréhension. Réticulocyte

Mégacaryocyte
GM-SCF SCF
IL3 GM-CSF
SCF
GM-SCF
IL5 M-CSF G-CSF
Lymphocyte T
IL3 IL3
Lymphocyte B (cellule T)
IL6 IL6
(cellule B)
Érythrocyte

Plaquettes
Neutrophile
Éosinophile Basophile
Monocyte

Mise en valeur par plus de FIGURE 53-1 L’hématopoïèse. Schéma simplifié et très abrégé des voies de différenciation des cellules souches
hématopoïétiques pour produire beaucoup des érythrocytes et des leucocytes les plus importants du point de vue

600 illustrations polychromes quantitatif. Un nombre limité d’intermédiaires du développement sont représentés. Les noms de chaque type cellulaire
sont indiqués en caractères gras. Les noyaux des cellules sont figurés en violet. Chaque flèche symbolise une transition
en plusieurs étapes. La liste des hormones et les cytokines qui stimulent chaque transition est donnée à côté des flèches.
Les symboles utilisés sont : IL, interleukine ; SCF facteur des cellules souches ; G-CSF, facteur de stimulation des colonies de
granulocytes ; M-CSF, facteur de stimulation des colonies de macrophages ; GM-CSF, facteur de stimulation des colonies de
granulocytes et de macrophages ; ligand de FLT3, ligand du récepteur tyrosine kinase 3 apparentée à FMS ; TNFα, facteur
nécrosant de tumeur α ; TGFβ1, facteur de croissance transformant β1 ; EPO, érythropoïétine ; TPO, thrombopoïétine.
 Questions d’examen
Section II – Enzymes, cinétique, mécanisme, régulation
et bioinformatique
5. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est
PAS CORRECTE : NOUVEAU ! Des questions de révision
à la fin de chacune des parties
A. Pour calculer Keq, la constante d’équilibre d’une réaction,
1. Un halètement rapide peut entraîner une hyperventilation,
on divise la vitesse initiale de la réaction directe (vitesse1)
lorsque le dioxyde de carbone est expiré plus rapidement par
par la vitesse initiale de la réaction inverse (vitesse2).
les poumons qu’il n’est produit par les tissus. Expliquez
B. La présence d’une enzyme n’a aucun effet sur Keq.
comment l’hyperventilation peut conduire à une augmenta-
C. Dans le cas d’une réaction qui s’effectue à température
tion du pH sanguin.
constante, la fraction des molécules réactives poten-
2. Un ingénieur en génie protéique désire modifier le site actif tielles possédant suffisamment d’énergie cinétique pour
de la chymotrypsine pour qu’elle puisse couper les liaisons dépasser le seuil d’énergie d’activation de la réaction est
peptidiques du côté C-terminal de résidus aspartyle et gluta- constante.
myle. La meilleure façon pour cet ingénieur d’y arriver con- D. Les enzymes et les autres catalyseurs abaissent l’énergie
sisterait à remplacer l’acide aminé hydrophobe au fond de la d’activation des réactions.
poche du site actif par une : E. Le signe algébrique de ∆G, la variation d’énergie libre de
Gibbs d’une réaction, indique le sens dans lequel une
A. Phénylalanine
réaction va avoir lieu.
B. Thréonine
C. Glutamine 6. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est P A R T I E

VI
D. Lysine PAS CORRECTE :
E. Proline

3. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est

A. En biochimie l’état standard correspond à une concen-
tration 1 molaire, des produits et des réactifs autres que MÉTABOLISME DES PROTÉINES
PAS CORRECTE :
A. De nombreuses protéines mitochondriales subissent une
les protons.
B. ∆G est une fonction du logarithme de Keq. ET DES ACIDES AMINÉS
C. En cinétique des réactions, le terme de « spontanéité »
modification covalente par acétylation de groupes amine

27
exprime le fait que la réaction telle qu’elle est écrite se
epsilon de résidus de lysine.
déroule favorablement de la gauche vers la droite. C H A P I T R E
B. L’acétylation des protéines est un exemple de modifica-
D. ∆G° correspond à la variation d’énergie libre accompa-
tions covalentes « réversibles » dans les conditions phy-
gnant la transition de l’état standard vers l’équilibre.
siologiques.
E. Lorsque l’équilibre est atteint, les vitesses des réactions
C. Une augmentation du taux d’acétyl-CoA tend à favori-
directe et inverse tombent toutes deux à zéro.
ser l’acétylation des protéines.
D. L’acétylation augmente l’encombrement spatial des

Biosynthèse des acides

7. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est
chaînes latérales des acides aminés qui font l’objet de PAS CORRECTE :
cette modification.
A. Les enzymes abaissent l’énergie d’activation de la réac-

aminés non indispensables

E. La chaîne latérale d’un résidu lysyle acétylé est une base
tion.
plus forte que celle d’un résidu lysyle non modifié.
B. Les enzymes abaissent souvent l’énergie d’activation en
4. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est déstabilisant les intermédiaires de l’état de transition.
PAS CORRECTE :
A. La catalyse acido-basique est une caractéristique majeure
du mécanisme catalytique de la protéase du VIH.
C. Les résidus histidyle du site actif aident souvent la cata-
lyse en servant de donneur ou d’accepteur de protons.
D. La catalyse covalente est employée par certaines enzymes
dans l’alimentation
pour fournir une autre voie de réaction.
B. Le modèle serrure-clé de Fischer explique le rôle de la
stabilisation de l’état de transition dans la catalyse enzy-
E. La présence d’une enzyme n’a aucun effet sur ∆G°. Victor W. Rodwell, PhD
matique. 8. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est
C. L’hydrolyse des liaisons peptidiques par les protéases à D’expliquer pourquoi l’absence de certains acides aminés dans l’alimentation
sérine met en jeu la formation transitoire d’une enzyme
PAS CORRECTE : O B J E C T I F S ■

A. Pour la plupart des enzymes, la relation entre [S] et la n’a pas d’effet délétère sur la santé humaine.
modifiée.
vitesse initiale de réaction, vi, est représentée par une L’étude de ce chapitre ■ De faire la distinction entre acides aminés « essentiels » et « essentiels du point
D. De nombreuses enzymes utilisent des ions métalliques
courbe hyperbolique. de vue nutritionnel », et d’identifier ceux qui ne sont pas essentiels du point
comme groupe prosthétique ou cofacteur. vous permettra :
B. Lorsque [S] est beaucoup plus faible que le Km, le terme
E. En général, les enzymes se lient aux analogues de l’état de vue nutritionnel.
Km + [S] dans l’équation de Michaelis-Menten, a une
de transition plus fortement qu’aux analogues de leurs De nommer les intermédiaires du cycle de l’acide citrique et de la glycolyse,
valeur très proche de Km. dans ces conditions, la vitesse ■
substrats.
de catalyse est une fonction linéaire de [S]. qui sont les précurseurs de l’aspartate, de l’asparagine, du glutamate,
C. Les concentrations molaires des substrats et des pro- de la glutamine, de la glycine et de la sérine.
duits sont égales lorsque la vitesse d’une réaction enzyma-
tique atteint la moitié de sa vitesse potentielle maximale
■ D’illustrer le rôle clé des transaminases dans le métabolisme des acides aminés.
(Vmax/2). ■ D’expliquer le processus de formation de la 4-hydroxyproline et
de la 5-hydroxylysine des protéines comme le collagène.
■ De décrire le tableau clinique du scorbut et de fournir une explication
biochimique au fait qu’une carence sévère en vitamine C (acide ascorbique)
entraîne cette maladie nutritionnelle.
■ De comprendre que malgré la toxicité du sélénium, la sélénocystéine est un
composant essentiel de plusieurs protéines de mammifères.
■ De définir et de représenter la réaction catalysée par une oxydase à fonction mixte.
■ D’identifier le rôle de la tétrahydrobioptérine dans la synthèse de la tyrosine.
■ D’indiquer le rôle d’un ARNt modifié dans l’insertion cotraductionnelle de
sélénocystéine dans les protéines.

Des encadrés avec les OBJECTIFS pour IMPORTANCE BIOMÉDICALE

Les états de carence en acides aminés peuvent découler de l’ab-
qui survient lorsqu’un enfant est sevré et passe à une alimentation
riche en féculents mais pauvre en protéines. Dans le marasme, le
déficit porte à la fois sur la ration calorique et sur l’apport de

préciser les buts de chacun des chapitres

sence d’acides aminés essentiels du point de vue nutritionnel certains acides aminés. Les patients présentant le syndrome de
dans l’alimentation ou de leur apport en quantité insuffisante. l’intestin court sont incapables d’absorber des quantités de calo-
Les états de carence en acides aminés endémiques dans certaines ries et de nutriments suffisantes et souffrent d’anomalies nutri-
régions d’Afrique de l’ouest peuvent conduire au kwashiorkor, tionnelles et métaboliques importantes. Le scorbut, une maladie

550 PARTIE IX Sujets spéciaux (A)

TABLEAU 44-4 Apports alimentaires recommandés en vitamines, FAO 2001

Vit A Vit D Vit K Vit B1 Vit B2 Niacine Vit B6 Folate Vit B12 Vit C Panto Biotine

Des tableaux pour résumer

Âge (μg) (μg) (μg) (mg) (mg) (mg) (mg) (μg) (μg) (mg) (mg) (μg)

0-6 m 375 5 5 0,2 0,3 2 0,1 80 0,4 25 1,7 5

7-12 m 400 5 10 0,3 0,4 4 0,3 80 0,5 30 1,8 6

les informations importantes

1-3 ans 400 5 15 0,5 0,5 6 0,5 160 0,9 30 2,0 8
4-6 ans 450 5 20 0,6 0,6 8 0,6 200 1,2 30 3,0 12
7-9 ans 500 5 25 0,9 0,9 12 1,0 300 1,8 35 4,0 20
Homme
10-18 ans 600 5 35–55 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 40 5,0 30
19-50 ans 600 5 65 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 45 5,0 30
50-65 ans 600 10 65 1,2 1,3 16 1,7 400 2,4 45 5,0 30
> 65 ans 600 15 65 1,2 1,3 16 1,7 400 2,4 45 5,0 30
Femme
10-18 ans 600 5 35–55 1,1 1,0 16 1,2 400 2,4 40 5,0 25
19-50 ans 600 5 55 1,1 1,1 14 1,3 400 2,4 45 5,0 30
50-65 ans 600 10 55 1,1 1,1 14 1,5 400 2,4 45 5,0 30 P A R T I E

III
> 65 ans 600 15 55 1,1 1,1 14 1,5 400 2,4 45 5,0 30
Enceinte 800 5 55 1,4 1,4 18 1,9 600 2,6 55 6,0 30

BIOÉNERGÉTIQUE
Allaitante 850 5 55 1,5 1,6 17 2,0 500 2,8 70 7,0 35

Source : Food and Agriculture Organization of the United Nations and World Health Organization, Human Vitamin and Mineral Requirements, FAO, 2001.

TABLEAU 44-5 Les vitamines

11
Vitamine Fonctions Maladie de carence C H A P I T R E
Liposoluble
A Rétinol, Pigments visuels de la rétine; régulation de l’expression de gènes et Cécité nocturne, xérophtalmie, kératinisation de la peau
β-carotène de la différenciation cellulaire (le β-carotène est un antioxydant)
D Calciférol Maintien de l’équilibre calcique; augmentation de l’absorption Rachitisme = mauvaise minéralisation de l’os ;

Bioénergétique :
intestinale de Ca2+ et mobilisation des minéraux osseux ; régulation ostéomalacie = déminéralisation de l’os
de l’expression de gènes et de la différenciation cellulaire
E Tocophérols, Antioxydant, particulièrement dans les membranes cellulaires ; rôle Extrêmement rare, graves troubles neurologiques

rôle de l’ATP
tocotriénols dans la signalisation cellulaire
K Phylloquinones, Coenzyme dans la formation du γ-carboxyglutamate des enzymes Mauvaise coagulation sanguine, maladie hémorragique
ménaquinones de la coagulation sanguine et de la matrice osseuse
Hydrosolubles
B1 Thiamine Coenzyme des pyruvate- et α-cétoglutarate déshydrogénases et Atteintes nerveuses périphériques (béribéri) ou lésions du Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
transcétolases ; régulation du canal Cl− dans la conduction nerveuse système nerveux central (maladie de Wernicke-Korsakoff)
B2 Riboflavine Coenzyme des réactions d’oxydation et de réduction (FAD et FMN) ; Lésions des commissures de la bouche, des lèvres et de la
groupe prosthétique de flavoprotéines langue, dermatite séborrhéique
Niacine Acide nicotinique, Coenzyme des réactions d’oxydation et de réduction, partie Pellagre-dermatite photosensible, psychose dépressive O B J E C T I F S ■ D’énoncer le premier et le deuxième principe de la thermodynamique et de
nicotinamide fonctionnelle de NAD et NADP ; rôle dans la régulation intracellulaire comprendre comment ils s’appliquent aux systèmes biologiques.
du calcium et dans la signalisation cellulaire
L’étude de ce chapitre ■ D’expliquer ce que signifient les termes énergie libre, entropie, enthalpie,
B6 Piridoxine, pyridoxal, Coenzyme de la transamination et de la décarboxylation des acides Troubles du métabolisme des acides aminés, convulsions vous permettra :
pyridoxamine aminés et de la phosphorylase du glycogène ; modulation de exergonique et endergonique.
l’action des hormones stéroïdes ■ D’évaluer comment les réactions endergoniques peuvent se faire dans les
Acide folique Coenzyme du transfert d’unités monocarbonées Anémie mégaloblastique systèmes biologiques, par couplage à d’autres qui sont exergoniques.
B12 Cobalamine Coenzyme du transfert d’unités monocarbonées et du métabolisme Anémie pernicieuse = anémie mégaloblastique avec ■ De comprendre le rôle des phosphates riches en énergie, comme l’ATP et les
de l’acide folique dégénérescence de la corde spinale
autres nucléotides triphosphates dans le transfert d’énergie libre, des processus
Acide Partie fonctionnelle des protéines transporteuses de CoA et Atteintes nerveuses périphérique (mélalgie nutritionnelle
pantothénique d’acyles ; synthèse et métabolisme des acides gras ou « brûlures dans les pieds ») exergoniques vers les processus endergoniques, en servant ainsi de « monnaie
H Biotine Coenzyme des réactions de carboxylation de la gluconéogenèse et de Altération du métabolisme des graisses et des glucides, d’échange énergétique » des cellules.
la synthèse des acides gras ; rôle dans la régulation du cycle cellulaire dermatite
C Acide ascorbique Coenzyme de l’hydroxylation de la proline et de la lysine dans la Scorbut-défaut de guérison des blessures, perte du
synthèse du collagène ; antioxydant ; augmente l’absorption du fer cément dentaire, hémorragies sous-cutanées
IMPORTANCE BIOMÉDICALE L’ÉNERGIE LIBRE EST L’ÉNERGIE
La bioénergétique, ou thermodynamique biochimique, est l’étude UTILE DANS UN SYSTÈME
des variations d’énergie associées aux réactions biochimiques.
Dans un système, la variation de l’énergie libre selon Gibbs (ΔG)
Les systèmes biologiques sont essentiellement isothermes et uti-
est la portion de la variation totale d’énergie, disponible pour
lisent l’énergie chimique pour faire fonctionner les processus
accomplir un travail ; elle correspond à l’énergie utile aussi appe-
vitaux. La façon dont un animal obtient cette énergie à partir des
lée potentiel chimique.
aliments est à la base de la compréhension de la nutrition nor-
male et du métabolisme. La mort survient à la suite d’un jeûne
lorsque les réserves d’énergie disponible sont épuisées, et cer- Les systèmes biologiques se conforment
taines formes de malnutrition sont associées à un déséquilibre aux lois générales de la thermodynamique
énergétique (marasme) Les hormones thyroïdiennes contrôlent
Le premier principe de la thermodynamique stipule que l’éner-

Chaque chapitre comporte un paragraphe sur

le niveau du métabolisme (vitesse de libération de l’énergie),
gie totale d’un système et de son milieu environnant demeure
leur dysfonctionnement est une cause de maladie. Le stockage
constante. Cela implique que dans un système pris dans son
excessif des surplus énergétiques conduit à l’obésité, une maladie
ensemble, l’énergie n’est ni perdue ni gagnée durant une trans-
de plus en plus fréquente de la société occidentale, qui prédispose
formation. Cependant, l’énergie peut être transférée d’une partie

l’importance biomédicale du thème abordé

à de nombreuses maladies, comme les maladies cardiovasculaires
à une autre du système ou transformée en une autre forme
et le diabète sucré ou de type 2, elle diminue aussi l’espérance
d’énergie. Chez les organismes vivants, l’énergie chimique peut
de vie.
être transformée en chaleur, en énergie électrique, rayonnante ou
mécanique.
Table des matières
Avant-propos xv

P A R T I E 10 Bioinformatique et modélisation biologique

Structures et fonctions assistée par ordinateur  97

I des protéines et
des enzymes  1
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD

1 Biochimie et médecine  1 P A R T I E
Victor W. Rodwell, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD

2 Eau et pH  6
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD
III Bioénergétique 113

11 Bioénergétique : rôle de l’ATP  113

3 Les acides aminés et les peptides  15 Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD
12 Oxydation biologique  119
4 Les protéines : détermination Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
de la structure primaire  25
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD 13 Chaîne respiratoire et phosphorylation
oxydative 126
5 Les protéines : structures d’ordre Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
supérieur 36
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD

P A R T I E
Métabolisme
P A R T I E
Enzymes : cinétique, IV des glucides  139

II mécanisme, régulation
et bioinformatique  51 14 Vue d’ensemble du métabolisme et
de l’approvisionnement en carburants
6 Protéines : myoglobine et hémoglobine  51 métaboliques 139
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc

7 Enzymes : mécanismes d’action  60 15 Glucides importants sur le plan

Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD physiologique 152
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc
8 Enzymes : cinétique  73
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD 16 Cycle de l’acide citrique : catabolisme
de l’acétyl-CoA  161
9 Enzymes : régulation de leurs activités  87 David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD
XII Table des matières

17 Glycolyse et oxydation du pyruvate  168 28 Catabolisme des protéines et de l’azote

David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc des acides aminés  287
Victor W. Rodwell, PhD
18 Métabolisme du glycogène  176
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc 29 Catabolisme du squelette carboné
des acides aminés  297
19 Gluconéogenèse et contrôle Victor W. Rodwell, PhD
de la glycémie  185
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc 30 Transformation des acides aminés
en produits spécialisés  313
20 Voie des pentoses phosphates et autres Victor W. Rodwell, PhD
voies métaboliques des hexoses  196
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc 31 Porphyrines et pigments biliaires  323
Victor W. Rodwell, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD

P A R T I E
Métabolisme
V des lipides  211 P A R T I E
Structure, fonction et répli­

21 Lipides importants sur le plan

VII cation des macro­molécules
de l’information  339
physiologique 211
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc 32 Les nucléotides  339
Victor W. Rodwell, PhD
22 Oxydation des acides gras : cétogenèse  223
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc 33 Métabolisme des nucléotides puriques
et pyrimidiques  347
23 Biosynthèse des acides gras Victor W. Rodwell, PhD
et des eicosanoïdes  232
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc 34 Structure et fonction des acides
nucléiques 359
24 Métabolisme des acylglycérols P. Anthony Weil, PhD
et des sphingolipides  245
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc 35 Organisation, réplication et réparation
de l’ADN  370
25 Transport et stockage des lipides  253 P. Anthony Weil, PhD
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
36 Synthèse, maturation et métabolisme
26 Synthèse, transport et excrétion de l’ARN  394
du cholestérol  266 P. Anthony Weil, PhD
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc

37 Synthèse protéique et code génétique  413

P. Anthony Weil, PhD
P A R T I E
Métabolisme des protéines
VI et des acides aminés  281 38 Régulation de l’expression des gènes  428
P. Anthony Weil, PhD

27 Biosynthèse des acides aminés non 39 Génétique moléculaire, technologies de

indispensables dans l’alimentation  281 l’ADN recombinant et de génomique  451
Victor W. Rodwell, PhD P. Anthony Weil, PhD
 Table des matières XIII

P A R T I E P A R T I E
Biochimie de la commu­

VIII nication extracellulaire

et intracellulaire  477 X Sujets spéciaux (B)  607

40 Membranes : structure et fonction  477 49 Trafic intracellulaire et routage

Robert K. Murray, MD, PhD & P. Anthony Weil, PhD des protéines  607
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Robert K. Murray, MD, PhD
41 Diversité du système endocrinien  498
P. Anthony Weil, PhD 50 La matrice extracellulaire  627
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Robert K. Murray, MD, PhD
42 Mode d’action des hormones
et transduction du signal  518 51 Muscle et cytosquelette  647
P. Anthony Weil, PhD Peter J. Kennelly, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD

52 Protéines plasmatiques
et immunoglobulines  668
P A R T I E Peter J. Kennelly, PhD, Robert K. Murray, MD, PhD, Molly

IX
Jacob, MBBS, MD, PhD & Joe Varghese, MBBS, MD
Sujets spéciaux (A)  537
53 Les érythrocytes  689
Peter J. Kennelly, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
43 Nutrition, digestion et absorption  537
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes , PhD, DSc 54 Les leucocytes  700
Peter J. Kennelly, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
44 Micronutriments : vitamines et minéraux  546
David A. Bender, PhD
P A R T I E
45 Radicaux libres et aliments
antioxydants 564
David A. Bender, PhD XI Sujets spéciaux (C)  711

46 Les glycoprotéines  569 55 Hémostase et thrombose  711

David A. Bender, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C), Robert K. Murray, MD, PhD,
P. Anthony Weil, PhD, & Margaret L. Rand, PhD

47 Métabolisme des xénobiotiques  583

David A. Bender, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD 56 Le cancer : vue d’ensemble  722
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD, Joe Varghese, MBBS, MD,
Robert K. Murray, MD, PhD & P. Anthony Weil, PhD
48 Biochimie clinique  589
David A. Bender, PhD, Joe Varghese, MBBS, MD,
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD, & Robert K. 57 Étude de cas cliniques  746
Murray, MD, PhD David A. Bender, PhD

58 La biochimie du vieillissement  755

Peter J. Kennelly, PhD

Les réponses aux questions  771

Index 777
Avant-propos

Les auteurs et l’éditeur sont heureux de présenter la trentième La Partie I comporte une brève histoire de la biochimie et met
édition de Biochimie illustrée de Harper. La première édition de l’accent sur les interrelations entre la biochimie et la méde-
cet ouvrage, appelée Biochimie de Harper, a été publiée en 1939 cine. Les questions concernant l’eau et le pH sont détaillées et
avec pour seul auteur le Dr Harold Harper, de l’École de Méde- on y aborde les divers niveaux de structure des protéines.
cine de l’Université de Californie à San Francisco. Ce livre, à La Partie II commence par un chapitre sur l’hémoglobine,
présent intitulé Biochimie illustrée de Harper, continu conformé- trois chapitres concernent la cinétique, le mécanisme d’ac-
ment à son objectif initial à fournir un panorama concis des tion et la régulation métabolique des enzymes. Un chapitre
aspects de la biochimie qui ont le plus d’intérêt d’un point de vue sur la bioinformatique et la biologie assistée par ordinateur,
médical. Divers auteurs ont contribué aux éditions successives de reflètent l’importance toujours plus grande de ces sujets dans
ce manuel de biochimie à orientation médicale qui a atteint sa la biochimie moderne, la biologie et la médecine.
75e année d’existence.
La Partie III concerne la bioénergétique et le rôle des phos-
phates de haute énergie dans la capture et le transfert d’éner-
Changements de la trentième édition gie, dans les réactions d’oxydo-réduction impliquées dans les
La trentième édition de la Biochimie illustrée de Harper poursuit oxydations biologiques. On y traite également les détails méta-
sa mise à jour intégrée des connaissances de biochimie, elle fait boliques de la capture d’énergie par la chaîne respiratoire et
régulièrement référence aux relations avec les maladies géné- la phosphorylation oxydative.
tiques, les informations médicales et la pratique de la médecine. La Partie IV concerne le métabolisme des glucides par glyco-
Cette édition inclut de nouvelles illustrations en couleurs, de lyse, le cycle de l’acide citrique, la voie des pentoses phos-
nouveaux tableaux et de nombreux exemples médicalement per- phates, le métabolisme du glycogène, la gluconéogenèse et le
tinents, qui présentent une revue claire et succincte de ces aspects contrôle de la glycémie.
fondamentaux de la biochimie qu’un étudiant doit comprendre La Partie V aborde la nature des lipides simples et complexes,
pour réussir ses études de médecine. Outre la réactualisation du le transport et le stockage des lipides, la biosynthèse et la dégra-
contenu, l’ordre de présentation des concepts a fait l’objet d’une dation des acides gras et des lipides plus complexes, ainsi que
révision majeure. Les 58 chapitres actuels sont organisés selon les réactions et la régulation métabolique de la biosynthèse et
une série plus étendue de onze Parties ou sections. Les chapitres du transport du cholestérol chez l’être humain.
et les sujets de ces parties fournissent une vision intégrée des
La Partie VI traite le catabolisme des protéines, la biosynthèse
maladies à base biochimique et de l’information clinique. Un
de l’urée et le catabolisme des acides aminés en insistant sur
changement majeur est le retrait du Dr Murray qui était auteur et
les maladies métaboliques médicalement importantes associées
chargé de la révision de treize chapitres, qui sont pris en charge
à leur catabolisme incomplet. Le dernier chapitre concerne la
par les Dr Bender, Botham, Kennelly et Rodwell. Ainsi, la Partie X
biochimie des porphyrines et des pigments biliaires.
contient un nouveau chapitre sur les leucocytes et la Partie XI est
consacrée à neuf études de cas, totalement nouvelles, à traiter par La Partie VII décrit tout d’abord les structures et les fonc-
le lecteur lui-même, ces études d’une grande pertinence médicale tions des nucléotides et des acides nucléiques, elle détaille
testent à la fois les connaissances et leur compréhension. Pour ensuite la réplication et la réparation de l’ADN, la synthèse
faciliter l’acquisition des connaissances pour chaque série de des ARN et leurs modifications, la synthèse protéique, les
concepts, des séries de questions figurent maintenant à la fin de principes de la technologie de l’ADN recombinant et la régu-
chacune des onze nouvelles Parties ou sections. De nombreuses lation de l’expression des gènes.
nouvelles questions ont été ajoutées et une banque de réponses La Partie VIII traite des aspects de la communication extra-
fait suite au dernier chapitre. Une nouveauté de cette édition est et intracellulaire. Les sujets traités concernent la structure et
l’ajout d’explications détaillées à la réponse à de nombreuses la fonction des membranes, les bases moléculaires des actions
questions. des hormones et le domaine de la transduction des signaux.
Les Parties IX, X et XI traitent quatorze sujets importants du
Organisation de l’ouvrage point de vue médical.
Les 58 chapitres de cette trentième édition mettent tous forte- La Partie IX traite la nutrition, la digestion et l’absorption, les
ment l’accent sur l’importance médicale de la biochimie. Les micronutriments, notamment les vitamines, les radicaux libres
sujets sont organisés en onze Parties principales. Pour faciliter la et les antioxydants, les glycoprotéines, le métabolisme des
mémorisation de l’information fournie, des Questions font suite xénobiotiques et la biochimie clinique
à chaque Partie et une Banque de Réponses fait suite à la dernière La Partie X traite le trafic intracellulaire et le tri des protéines,
série de questions de l’ouvrage. la matrice extracellulaire, le muscle et le cytosquelette, les pro-
XVI Avant-propos

téines plasmatiques et les immunoglobulines, et la biochimie son travail d’édition, de typographie et de mise en forme. Les
des érythrocytes et des leucocytes. suggestions d’étudiants et de collègues de par le monde ont été
La Partie XI traite l’hémostase et la thrombose, elle comporte des plus utiles pour la formulation de cette édition. Nous restons
une vue d’ensemble du cancer et de la biochimie du vieillisse- dans l’attente de contributions similaires dans le futur. Nous
ment. remercions pour finir Robert Murray pour sa gestion et ses con­
tributions aux précédentes éditions de ce livre.
Remerciements Victor W. Rodwell
Les auteurs remercient Michael Weitz pour son rôle dans la con­ David A. Bender
ception de cette édition et Regina Y Brown pour son rôle clé dans Kathleen M. Botham
la finalisation de cette édition pour sa publication. Nous remer- Peter J. Kennelly
cions également Shruti Awasthi de Cenveo Publisher Services pour P. Anthony Weil
 P A R T I E
STRUCTURES ET

I FONCTIONS DES PROTÉINES

ET DES ENZYMES

1
C H A P I T R E

Biochimie et médecine
Victor W. Rodwell, PhD & Robert K. Murray MD, PhD

O B J E C T I F S ■ De comprendre l’importance de pouvoir fermenter des sucres par des extraits

de cellules de levure. Cela a permis de découvrir les intermédiaires de
L’étude de ce chapitre la fermentation, de la glycolyse et d’autres voies métaboliques.
vous permettra : ■ De comprendre l’objet de la biochimie et son rôle central dans les sciences de
la vie et de comprendre le lien étroit entre la biochimie et la médecine.
■ De comprendre que la biochimie intègre les connaissances sur les processus
chimiques des cellules vivantes pour comprendre les stratégies de maintien en
bonne santé et les états pathologiques, pour identifier des pistes thérapeu­
tiques et améliorer notre compréhension des origines de la vie sur terre.
■ D’expliquer en quoi les approches génétiques ont été déterminantes dans
l’élucidation de nombreuses questions de biochimie et comment le Projet
Génome Humain a permis de progresser sur bien des problèmes en biologie et
en médecine.

IMPORTANCE BIOMÉDICALE LA BIOCHIMIE A PRIS NAISSANCE

Il existe une relation de coopération mutuelle entre la biochimie GRÂCE À LA DÉCOUVERTE DE
et la médecine. Les études biochimiques ont éclairé de nombreux
aspects physiologiques et pathologiques et réciproquement, l’étude
LA POSSIBILITÉ DE FERMENTER
de différentes situations saines et pathologiques a ouvert de nou- DES SUCRES AVEC UN EXTRAIT
veaux domaines d’étude en biochimie. Tout au long de ce livre, DE CELLULES DE LEVURES
nous soulignons l’intérêt médical de la biochimie tant dans les
situations normales que pathologiques. Les apports de la biochi- On sait depuis la préhistoire que les levures peuvent convertir les
mie sont importants dans les domaines de la biologie cellulaire, sucres en alcool éthylique. Ce n’est cependant que vers le début
de la physiologie, de l’immunologie, de la pharmacologie et de la du vingtième siècle que ce processus a conduit directement à la
toxicologie, mais aussi dans ceux de l’inflammation, des lésions naissance de la biochimie en tant que science. Malgré ses recher-
cellulaires et du cancer. Ces relations étroites soulignent que la ches approfondies sur le brassage et la vinification, le grand
vie dépend de réactions et de processus biochimiques. microbiologiste français Louis Pasteur affirmait que le processus
de la fermentation ne pouvait avoir lieu que dans des cellules
intactes. Les frères Büchner montrèrent en 1899 qu’il avait tort,
en découvrant que la fermentation pouvait en fait avoir lieu dans
des extraits de cellules. Cette révélation résultait du stockage d’un
extrait de levure dans une cruche contenant une solution concen-
2 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

trée de sucre ajoutée pour servir de conservateur. Au cours de la identifier les métabolites et les activités d’enzymes naturelles et
nuit suivant cette mise en conserve, le contenu de la cruche a recombinantes et leurs structures tridimensionnelles sont pré-
fermenté et s’est répandu sur la paillasse et sur le sol du labora- sentées dans les prochains chapitres.
toire, démontrant de façon spectaculaire que la fermentation
peut avoir lieu en l’absence de cellule intacte. Cette découverte a
rapidement permis au début du vingtième siècle une série d’ex- LES INTERACTIONS ENTRE
périences riches d’enseignements, qui sont à l’origine de la bio- LA BIOCHIMIE ET LA MÉDECINE ONT
chimie. Ces expériences ont montré le rôle vital du phosphate
inorganique, de l’ADP, de l’ATP et du NAD(H), elles ont finale- SUSCITÉ DES PROGRÈS MUTUELS
ment permis d’identifier les sucres phosphorylés et les réactions Les deux principales préoccupations des chercheurs en sciences
chimiques ainsi que les enzymes (Gk « chez la levure »)qui con- médicales et notamment des médecins, sont la compréhension et
vertissent le glucose en pyruvate (glycolyse) ou en éthanol et en la préservation de la santé ainsi que la compréhension et le trai-
CO2 (fermentation). Les recherches ultérieures des années 1930 tement efficace des maladies. La biochimie a un impact sur ces
et 1940 ont identifié les intermédiaires du cycle de l’acide citrique deux objectifs fondamentaux de la médecine. En fait, la relation
et de la biosynthèse de l’urée, elles ont aussi mis en lumière les entre la biochimie et la médecine est une vaste avenue à double
rôles essentiels de certains cofacteurs dérivant de vitamines, sens. Les études biochimiques ont éclairé de nombreux aspects
appelés « coenzymes », comme le pyrophosphate de thiamine, la physiologiques et pathologiques et réciproquement, l’étude de
riboflavine et enfin le coenzyme A, le coenzyme Q et les coen- différentes situations saines et pathologiques a ouvert de nou-
zymes cobamidique. C’est au cours des années 1950 qu’a été mon- veaux domaines d’étude en biochimie (Figure 1-1). La connais-
tré que les glucides complexes sont synthétisés à partir de sucres sance de la structure et de la fonction des protéines était nécessaire
simples et qu’ils sont ensuite dégradés en ces mêmes sucres pour identifier et comprendre l’unique différence dans la
simples. Dans ces mêmes années ont été précisées les voies de séquence d’acides aminés entre l’hémoglobine normale et celle
biosynthèse des pentoses et de dégradation des acides aminés et de l’anémie falciforme (drépanocytose). L’analyse de différentes
des lipides. formes d’hémoglobines drépanocytaires et d’autres hémoglo-
Pour isoler et identifier les métabolites et les enzymes, il a été bines a contribué de façon significative à notre compréhension
fait appel aussi bien à des modèles animaux qu’à des organes de la structure et de la fonction de l’hémoglobine normale mais
entiers perfusés, des tranches de tissus, des homogénats cellu- aussi de celles d’autres protéines. Au début du vingtième siècle
laires ou des sous-fractions de ceux-ci, mais aussi à des enzymes Archibald Garrod, un médecin anglais, a étudié des patients
purifiées. Ces progrès ont été permis à la fin des années 1930 et atteints d’affections relativement rares (alcaptonurie, albinisme,
au début des années 1940 par le développement de techniques cystinurie et pentosurie, il montra que ces affections étaient
telles que l’ultracentrifugation analytique, la chromatographie d’origine génétique et nomma ces états pathologiques, erreurs
sur papier et sous d’autres formes, et la disponibilité après la innées du métabolisme. Cette découverte servit de base au déve-
seconde guerre mondiale de radioisotopes, principalement 14C, loppement de la génétique biochimique humaine. Un exemple
3
H et 32P, utilisés comme « traceurs » pour identifier les intermé- plus récent concerne l’étude des bases génétiques et moléculaires
diaires dans des voies complexes telles que celle conduisant à la connues de l’hypercholestérolémie familiale, une maladie qui
biosynthèse de cholestérol et d’autres isoprénoïdes, ou celles de entraîne une athérosclérose juvénile. Outre l’élucidation de diffé-
la biosynthèse et du catabolisme des acides aminés. La cristallo- rentes mutations génétiques responsables de la maladie, ces
graphie par rayons X a ensuite été utilisée pour résoudre la struc- recherches ont abouti à une compréhension approfondie des
ture tridimensionnelle, d’abord celle de la myoglobine, puis celles récepteurs cellulaires et des mécanismes cellulaires de capture,
de nombreuses protéines, de polynucléotides, d’enzymes et de non seulement dans le cas du cholestérol mais également pour
virus, par exemple celui du rhume. Les progrès en génétique qui d’autres molécules qui franchissent les membranes cellulaires.
ont suivi la découverte de la nature en double hélice de l’ADN L’étude d’oncogènes et de gènes suppresseurs de tumeur dans
sont notamment la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) les cellules cancéreuses a attiré l’attention sur les mécanismes
et les animaux transgéniques ou ceux avec des extinctions de moléculaires impliqués dans le contrôle de la croissance de la
gènes. Les méthodes utilisées pour préparer, analyser, purifier et cellule normale. Ces exemples illustrent comment l’étude du

Biochimie

Acides
nucléiques Protéines Lipides Glucides

Maladies Drépanocytose Athéro- Diabète

génétiques sclérose sucré

Médecine

FIGURE 1-1  Relations à double sens entre la biochimie et la médecine. La connaissance des
composants biochimiques dont la liste figure au-dessus de la ligne verte du schéma a aidé à la compréhension
de maladies énumérées sous la ligne verte. Réciproquement, l’étude des maladies qui figurent en bas du
schéma a fait progresser de nombreux domaines en biochimie. Notez que la drépanocytose est une maladie
génétique et que l’athérosclérose et le diabète sucré ont tous deux des composantes génétiques.
 CHAPITRE 1  Biochimie et médecine 3

pathologique peut ouvrir des domaines de recherches biochi- résoudre les problèmes majeurs environnementaux et autres
miques fondamentales. auxquels nous sommes confrontés.
La science fournit aux médecins mais aussi aux autres profes-
sionnels de santé et aux biologistes une compréhension fonda- L’impact du Projet Génome Humain (PGH ou
mentale qui modifie les pratiques, stimule la curiosité et permet
d’acquérir les comportements scientifiques essentiels à la pour- HGP) en biochimie, en biologie et en médecine
suite de l’acquisition de connaissances. Tant que le traitement Des progrès remarquables ont été accomplis à la fin des années
médical repose solidement sur des connaissances de biochimie 1990 dans le séquençage du génome humain, conduisant au
ou d’autres sciences fondamentales, la pratique médicale aura milieu de l’année 2000 à l’annonce du séquençage du génome à
une base rationnelle pouvant être adaptée pour intégrer de nou- plus de 90 %. En pointe sur ces recherches figuraient le « Interna-
velles connaissances. tional Human Genome Sequencing Consortium » et Celera
Genomics, une compagnie privée. À l’exception de quelques
lacunes, la séquence du génome humain a été complétée en 2003,
LES PROCESSUS BIOCHIMIQUES 50 ans après la description de la double hélice d’ADN par Wat-
NORMAUX SONT LA BASE DE LA SANTÉ son et Crick. Les conséquences de ce travail pour la biochimie, la
médecine et bien sûr pour toute la biologie sont théoriquement
illimitées. Par exemple, la possibilité d’isoler n’importe quel
La recherche en biochimie a des retombées gène, de le séquencer et d’étudier sa structure et sa fonction par
sur la nutrition et la médecine préventive des expériences de séquençage et d’invalidation (knock-out) a
L’organisation mondiale de la santé (OMS) définit la santé révélé des gènes auparavant inconnus ainsi que leurs produits.
comme un état de « bien-être physique mental et social complet L’évolution de l’être humain est apparue sous un jour nouveau et
et pas seulement comme l’absence de maladie ou d’infirmité ». les méthodes de recherche des gènes responsables de maladies se
D’un point de vue strictement biochimique, la santé peut être sont améliorées.
considérée comme une situation où l’ensemble des milliers de Des progrès majeurs en biochimie et dans la compréhension
réactions extra- et intracellulaires ayant lieu dans l’organisme de la physiologie normale et de la pathologie humaines conti-
s’effectue à des vitesses compatibles avec sa survie dans les condi- nuent d’avoir lieu grâce aux études de mutations de génomes
tions de pression dues aux facteurs internes à l’organisme ou d’organismes modèles comme la levure et d’autres eucaryotes
ceux dus à l’environnement. Le maintien en bonne santé néces- comme Drosophila melanogaster (la mouche du vinaigre) et Cae-
site un apport alimentaire optimal d’un certain nombre de subs- norhabditis elegans (un ver nématode). Ces deux organismes ont
tances chimiques dont les plus importantes sont les vitamines, des temps de génération courts et peuvent être manipulés géné-
certains acides aminés, certains acides gras, divers minéraux et tiquement pour comprendre les fonctions de chacun de leurs
l’eau. La compréhension de la nutrition dépend largement de con­ gènes. Ces progrès pourraient se traduire par des approches béné-
naissances en biochimie, et biochimie et nutrition ont pour objet fiques pour l’être humain en fournissant des solutions pour soi-
commun l’étude de ces substances chimiques. La tendance actuelle gner des pathologies humaines comme le cancer et la maladie
est de systématiquement préserver la santé et de prévenir les d’Alzheimer. La Figure 1-2 montre les domaines qui sont nou-
maladies, en pratiquant une médecine préventive. Cela inclut des veaux ou dont le développement s’est accéléré directement à partir
approches nutritionnelles pour prévenir, par exemple, l’athéros- des progrès du Projet Génome Humain. De nouveaux domaines
clérose et le cancer. qualifiés d’« omiques » ont fleuri, chacun se concentrant sur une
étude exhaustive des structures et des fonctions des molécules de
ce domaine. Les définitions de ces disciplines omiques dont la
La plupart des maladies liste figure ci-après sont données dans le glossaire de ce chapitre.
ont une base biochimique Les techniques de transcriptomique et de protéomique permet­
En plus des effets des agents infectieux et des polluants de l’envi- tent d’étudier les produits des gènes (molécules d’ARN et pro-
ronnement, beaucoup de maladies sont des manifestations téines). Un exemple spectaculaire de la vitesse des progrès en
d’anomalies de gènes, de protéines, de réactions chimiques ou de transcriptomique est l’explosion des connaissances sur les molé-
processus biochimiques, dont chacune peut altérer une ou plu- cules des petits ARN comme régulateurs de l’activité des gènes.
sieurs fonctions biochimiques essentielles. Les exemples de per- D’autres disciplines de type omiques sont la glycomique, la lipido-
turbations biochimiques responsables de maladies chez l’être mique, la métabolomique, la nutrigénomique et la pharmaco-
humain ou d’autres états pathologiques, concernent des déséqui- génomique. La bioinformatique a concentré beaucoup d’efforts
libres en électrolytes, des défauts d’ingestion ou d’absorption de pour permettre de tenir le rythme du flux d’informations géné-
nutriments, des déséquilibres hormonaux, des agents chimiques rées. D’autres secteurs voisins auquel le dynamisme du projet
ou biologiques toxiques et des maladies génétiques déterminées HGP a donné un coup de fouet sont les biotechnologies, la bio­
par l’ADN. ingénierie, la biophysique et la bioéthique. Les nanotechnolo-
Pour s’attaquer à ces problèmes, les études biochimiques con­ gies sont un domaine actif, elles peuvent, par exemple, offrir de
tinueront d’être intimement liées aux études de diverses autres nouvelles méthodes de diagnostic et de traitement des cancers et
disciplines comme : la génétique, la biologie cellulaire, l’immuno- d’autres maladies. La biologie des cellules souches est actuelle-
logie, la nutrition, la pathologie et la pharmacologie. De nombreux ment au centre de recherches intenses. La thérapie génique doit
biochimistes se passionnent en outre pour apporter une contri- encore tenir ses promesses mais il semble probable que cela arri-
bution à la résolution de problèmes clés tels que la survie de l’es- vera finalement. De nombreux nouveaux tests de diagnostic
pèce humaine, mais aussi l’éducation du public pour qu’il apporte moléculaire se sont développés en génétique, en microbiologie
son soutien à l’utilisation de la démarche scientifique pour et en immunologie par exemple, que ce soit pour la recherche ou
 CHAPITRE 1  Biochimie et médecine 5

Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) : Center for Medical diverses pathologies biochimiques, génétiques, immunologiques,
Genetics, Johns Hopkins University & National Center for Bio- microbiologiques et d’autres.
technology Information, National Library of Medicine. http:// Génomique : Le génome est l’ensemble des gènes d’un organisme,
www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/. la génomique est l’étude approfondie des structures et des
Scriver C.R., Beaudet A.L., Valle D., et al. (editors) : The Metabolic fonctions des génomes.
and Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, Glycomique : Le glycome est l’ensemble des glucides simples
2001 (Disponible en ligne et mis à jour en tant que The Online et complexes d’un organisme. La glycomique est l’étude
Metabolic & Molecular Bases of Inherited Disease à l’adresse systématique des structures et des fonctions des glycomes (par
www.ommbid.com. exemple, le glycome humain).
Weatherall D.J. : Systems biology and red cells. N Engl J Med 2011 ; Lipidomique : Le lipidome est l’ensemble des lipides d’un
364 ; 376. organisme. La lipidomique est l’étude approfondie des
structures et des fonctions de tous les composants du lipidome
et de leurs interactions, dans l’état normal ou pathologique.
GLOSSAIRE Métabolomique : Le métabolome est l’ensemble des métabolites
Bioéthique : Domaine de l’éthique s’intéressant à l’application de (les petites molécules participant au métabolisme) d’un
principes moraux et éthiques en biologie et en médecine. organisme. La métabolomique est l’étude approfondie de leurs
Bioinformatique : Cette discipline aborde la collection, le stockage structures, de leurs fonctions et de leurs changements dans
et l’analyse des données biologiques, principalement celles des différentes conditions métaboliques.
séquences d’ADN et de protéines (voir le Chapitre 10). Nanotechnologies : Développement et utilisation en médecine et
Bioingénierie : Applications d’ingénierie en biologie et en médecine. dans d’autres domaines d’appareils comme des nanocapsules,
Biologie des cellules souches : Une cellule souche est une cellule qui ont une taille de seulement quelques nanomètres (10–9m =
indifférenciée capable d’autorenouvellement et de 1 nm).
différenciation en n’importe quelle cellule adulte de l’organisme. Nutrigénomique : C’est l’étude systématique des effets des aliments
La biologie des cellules souches s’intéresse à la biologie de ces sur l’expression génétique mais aussi des effets de la variabilité
cellules mais aussi à leur potentiel dans le traitement de diverses génétique sur l’utilisation des aliments.
maladies. Pharmacogénomique : Elle utilise l’information et les techniques
Biologie des systèmes : Cette discipline étudie les systèmes de la génomique pour optimiser la découverte et le
biologiques complexes dans leur globalité. développement de nouvelles cibles pharmacologiques et de
Biologie synthétique : Ce domaine combine les techniques de nouveaux médicaments.
biologie moléculaire à des approches d’ingénierie pour construire Protéomique : Le protéome est l’ensemble des protéines d’un
de nouvelles fonctions et de nouveaux systèmes biologiques. organisme. La protéomique est l’étude systématique des
Biophysique : Elle applique la physique et ses techniques à la structures et des fonctions des protéomes, y compris de leurs
biologie et à la médecine. variations physiologiques et pathologiques.
Biotechnologies : Ce domaine combine des approches de biochimie Thérapie génique : Elle consiste à utiliser des gènes modifiés par
et d’ingénierie, entre autres, pour élaborer des produits génie génétique dans le traitement de diverses maladies.
biologiques utiles en médecine ou pour des applications Transcriptomique : La transcriptomique est l’étude exhaustive du
industrielles. transcriptome, qui est l’ensemble des ARN transcrits à partir du
Diagnostic moléculaire : Il utilise des approches moléculaires (par génome dans un laps de temps donné.
exemple, des sondes d’ADN) comme aide au diagnostic de
 2
C H A P I T R E

Eau et pH
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T I F S ■ De décrire les propriétés de l’eau responsables de sa tension superficielle,

de sa viscosité, de son état liquide à température ambiante et de son pouvoir
L’étude de ce chapitre de solvant.
vous permettra : ■ D’utiliser des formules structurales pour représenter différents composés
organiques servant de donneurs ou d’accepteurs de liaisons hydrogène.
■ D’expliquer le rôle de l’entropie dans l’orientation, dans un environnement
aqueux, des régions polaires et non polaires des macromolécules.
■ D’indiquer les contributions quantitatives des ponts salins, des interactions
hydrophobes et des forces de van der Waals dans la stabilité des macromolécules.
■ D’expliquer la relation du pH avec l’acidité, l’alcalinité et les déterminants
quantitatifs qui caractérisent les acides faibles ou forts.
■ De calculer la variation de pH consécutive à l’addition d’une quantité donnée
d’un acide ou d’une base dans une solution tamponnée.
■ De décrire ce que font les tampons, leur mode d’action et les conditions dans
lesquelles un tampon est le plus efficace, que ces conditions soient
physiologiques ou non.
■ D’illustrer comment l’équation d’Henderson-Hasselbalch peut servir à calculer
la charge nette d’un polyélectrolyte à un pH donné.

IMPORTANCE BIOMÉDICALE pons maintiennent normalement le pH des fluides extracellulaires

entre 7,35 et 7,45. Les perturbations éventuelles de l’équilibre
L’eau est le composant chimique prédominant des organismes acido-basique sont confirmées par mesure du pH du sang artériel
vivants. Ses propriétés physiques uniques, dont la capacité de et de la teneur en CO2 du sang veineux. Parmi les causes d’aci-
solubiliser une large gamme de molécules organiques et inorga- dose (pH sanguin <  7,35) figurent l’acidocétose diabétique et
niques, découlent de sa structure dipolaire et de son exception- l’acidose lactique. L’alcalose (pH > 7,45) peut, par exemple, être
nelle capacité à former des liaisons hydrogène. La façon dont consécutive au vomissement du contenu acide de l’estomac.
l’eau interagit avec une biomolécule solvatée influence leur struc-
ture à toutes deux. En tant qu’excellent nucléophile, l’eau est un
réactif ou un produit de beaucoup de réactions métaboliques. La L’EAU EST UN SOLVANT BIOLOGIQUE
régulation de l’équilibre hydrique dépend des mécanismes hypo-
thalamiques contrôlant la soif, de l’hormone antidiurétique
IDÉAL
(ADH), de la rétention ou de l’excrétion d’eau par les reins et des
pertes par évaporation. Le diabète insipide néphrogénique, impli- Les molécules d’eau forment des dipôles
quant une incapacité à concentrer les urines ou à répondre à des Une molécule d’eau est un tétraèdre irrégulier, légèrement déporté,
changements subtils de l’osmolarité du liquide extracellulaire, ayant un atome d’oxygène en son centre (Figure 2-1). Les deux
résulte d’une incapacité des récepteurs osmorégulateurs des atomes d’hydrogène et les électrons non partagés sur les deux orbi-
tubules rénaux à répondre à la présence d’ADH. tales sp3 hybridées occupent les sommets du tétraèdre. L’angle de
L’eau a une légère tendance à se dissocier en ions hydroxyle 105 degrés entre les deux atomes d’hydrogène est légèrement
et en protons. La concentration en protons, ou acidité des solu- inférieur à l’angle tétraédrique parfait de 109,5 degrés. L’ammo-
tions aqueuses est en général exprimée à l’aide d’une échelle niac est également tétraédrique avec un angle de 107 degrés entre
logarithmique de pH. Le bicarbonate et d’autres systèmes tam- ses atomes d’hydrogène. L’atome d’oxygène, fortement électro-
 CHAPITRE 2  Eau et pH 7

H
CH3 CH2 O H O
2e H

2e
H
H
CH3 CH2 O H O
105˚
CH2 CH3
H

FIGURE 2-1  Géométrie tétraédrique de la molécule d’eau. R R II

C O H N

négatif dans la molécule d’eau, attire les électrons des noyaux RI R III
d’hydrogène, leur conférant une charge positive partielle tandis
que ses deux paires d’électrons non partagées constituent une FIGURE 2-3  Autres groupes polaires participant à la formation
de liaisons hydrogène. Formation de liaisons hydrogène entre
région de charge négative locale.
un alcool et l’eau, entre deux molécules d’éthanol ainsi qu’entre
Une molécule avec des charges électriques distribuées de façon l’oxygène d’un groupe carbonyle d’une liaison peptidique et
asymétrique autour de sa structure est qualifiée de dipôle. L’eau l’hydrogène d’un groupe amine d’une liaison peptidique provenant
fortement dipolaire a une constante diélectrique élevée. Selon la d’un acide aminé adjacent.
description quantitative par la loi de Coulomb, la force d’interac-
tion F entre des particules de charges opposées est inversement
proportionnelle à la constante diélectrique ε du milieu environ- Les liaisons hydrogène permettent à l’eau de dissoudre de
nant. La constante diélectrique dans le vide vaut 1, elle vaut 1,9 nombreuses biomolécules organiques contenant des groupes fonc-
pour l’hexane, 24,3 pour l’éthanol et 78,5 pour l’eau à 25°C. L’eau tionnels capables de participer à des liaisons hydrogène. Les
diminue donc fortement les forces d’attraction entre les entités atomes d’oxygène des aldéhydes, des cétones et des amides four-
chargées et polaires par comparaison à des milieux anhydres ayant nissent ainsi des paires d’électrons pouvant servir d’accepteurs
des constantes diélectriques inférieures. Son fort caractère dipo- d’hydrogène. Les alcools, les acides carboxyliques et les amines
laire et sa constante diélectrique élevée permettent à l’eau de dis- peuvent servir à la fois d’accepteurs et de donneurs d’atomes
soudre de grandes quantités de composés chargés comme les sels. d’hydrogène relativement non protégés pour la formation de
liaisons hydrogène (Figure 2-3).
Les molécules d’eau forment
des liaisons hydrogène L’INTERACTION AVEC L’EAU
Un noyau d’hydrogène partiellement non protégé en raison de sa INFLUENCE LA STRUCTURE
liaison covalente à un atome d’oxygène ou d’azote qui attire son
électron, peut interagir avec une paire d’électrons non partagés DES BIOMOLÉCULES
d’un autre atome d’oxygène ou d’azote pour former une liaison
hydrogène. Les molécules d’eau présentant ces deux propriétés, Les liaisons, covalentes ou non,
les liaisons hydrogène favorisent l’auto-association des molécules stabilisent les molécules biologiques
d’eau en rangs ordonnés (Figure 2-2). Les liaisons hydrogène
La liaison covalente est la plus puissante des forces qui main-
influencent profondément les propriétés physiques de l’eau et
tiennent les molécules ensemble (Tableau 2-1). Les forces non
expliquent sa viscosité, sa tension superficielle et son point d’ébul-
covalentes, bien que d’une magnitude inférieure, contribuent de
lition exceptionnellement élevés. En moyenne, chaque molécule
façon significative à la structure, la stabilité et à la compétence
d’eau liquide est associée à 3,5 autres par des liaisons hydrogène.
fonctionnelle des macromolécules dans les cellules vivantes. Ces
Ces liaisons sont en même temps assez faibles et transitoires, avec
une demi-vie de quelques picosecondes. La rupture d’une liaison
hydrogène d’eau liquide demande environ 4,5 kcal/mol, soit
moins de 5  % de l’énergie nécessaire pour rompre une liaison TABLEAU 2-1  Énergies de liaison d’atomes d’importance
covalente O—H. biologique
Type Énergie Type de Énergie
H H H H
de liaison (kcal/mol) liaison (kcal/mol)
O O H
H H H O O—O 34 O==O  96
O H O
S—S 51 C—H  99
H O H H
H O C—N 70 C==S 108
H
S—H 81 O—H 110
FIGURE 2-2  Auto-association de molécules d’eau par liaisons C—C 82 C==C 147
hydrogène. Association de deux molécules d’eau (à gauche), et groupe
de quatre molécules d’eau liées par des liaisons hydrogène (à droite). C—O 84 C==N 147
Notons qu’une molécule d’eau peut servir en même temps de donneur
N—H 94 C==O 164
et d’accepteur d’hydrogène.
8 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

forces, qu’elles soient attractives ou répulsives, comprennent des 0,50

Énergie d’interaction (kcal ∙ mol–1)

interactions au sein des biomolécules et avec l’eau qui est le prin-
cipal composant du milieu environnant. 0,25

Le repliement des biomolécules place 0

les groupes polaires et chargés en surface A
La plupart des biomolécules sont amphipathiques ou amphi- –0,25
philes, c’est-à-dire qu’elles possèdent des régions riches en groupes
chargés ou polaires et des régions à caractère hydrophobe. Les –0,50
protéines ont tendance à se replier avec le groupe R des acides 3,0 4,0 5,0 6,0 7,0 8,0
aminés à chaîne latérale hydrophobe vers l’intérieur. Les acides
R (Å)
aminés à chaîne latérale chargée ou polaire (par exemple : l’argi-
nine, le glutamate et la sérine, voir Tableau 3-1) se trouvent géné- FIGURE 2-4  La force des interactions de van der Waals varie
ralement en surface, au contact avec l’eau. Une disposition avec la distance, R, entre les espèces en interaction. La force de
similaire se retrouve dans les bicouches phospholipidiques, où les l’interaction entre les espèces augmente lorsque la distance entre elles
têtes chargées de phosphatidyl-sérine ou de phosphatidyl-éthano- diminue jusqu’à ce qu’elle atteigne la distance de contact de van der
lamine sont au contact de l’eau tandis que les chaînes hydrophobes Waals (flèche annotée d’un A). La répulsion due à l’interaction entre les
acyles gras se regroupent en excluant l’eau (voir Figure 40-5). nuages électroniques de chacun des atomes ou molécules intervient
Cette disposition optimise les possibilités de former des interac- alors. Bien que les interactions de van der Waals prises isolément soient
tions de liaison énergétiquement favorables de type charge- extrêmement faibles, leur effet cumulé est néanmoins important pour
dipôle, dipôle-dipôle et hydrogène entre les groupes polaires de des macromolécules comme l’ADN et les protéines où de nombreux
atomes sont en contact étroit.
la biomolécule et l’eau. Cette disposition minimise également les
contacts défavorables, du point de vue énergétique, entre l’eau et
les groupes hydrophobes.

Les interactions hydrophobes de charges opposées au sein d’une biomolécule ou entre deux
Le terme d’« interactions hydrophobes » se réfère à la tendance à d’entre elles sont appelées ponts salins ou liaisons salines. Les
l’auto-association de composés non-polaires dans un environne- ponts salins ont une force comparable à celle des liaisons hydro-
ment aqueux. Cette auto-association n’est due ni à l’attraction gène mais sont capables d’agir à plus longue distance. C’est pour-
mutuelle ni à ce qu’on appelle parfois incorrectement des « liai- quoi ils facilitent souvent la liaison de molécules chargées et
sons hydrophobes ». L’auto-association minimise l’interruption d’ions, aux protéines et aux acides nucléiques.
des interactions favorables du point de vue énergétique entre les
molécules d’eau environnantes. Les forces de van der Waals
Alors que les atomes d’hydrogène de groupes non polaires
comme les groupes méthylène des hydrocarbures ne forment pas Elles résultent de l’attraction entre des dipôles transitoires géné-
de liaisons hydrogène, ils affectent la structure de l’eau qui les rés par le mouvement rapide des électrons au niveau de tous les
entoure. Les molécules d’eau situées à côté d’un groupe hydro- atomes neutres. Elles sont significativement plus faibles que les
phobe sont restreintes dans le nombre d’orientations (degrés de liaisons hydrogène mais potentiellement extrêmement nombreu-
liberté) leur permettant d’établir un nombre maximum de liai- ses. Elles décroissent comme la puissance six de la distance entre
sons hydrogène favorables du point de vue énergétique. La for- les atomes (Figure 2-4). Elles agissent donc à très faible distance,
mation optimale de liaisons hydrogène multiples, qui assure une en général de l’ordre de 2 à 4 Å.
enthalpie maximale, ne peut être maintenue qu’en augmentant
l’ordre des molécules d’eau adjacentes, ce qui s’accompagne De nombreuses forces stabilisent
d’une diminution de l’entropie. les macromolécules biologiques
Selon la deuxième loi de la thermodynamique, l’énergie libre
optimale d’un mélange eau-hydrocarbure est une fonction du La double hélice d’ADN illustre la contribution des diverses
maximum d’enthalpie (par liaisons hydrogène) et du maximum forces à la structure des macromolécules biologiques. Alors que
d’entropie (degrés maximum de liberté). Aussi, les molécules non les atomes de chaque brin d’ADN sont assemblés par des liaisons
polaires tendent-elles à former des gouttelettes avec un minimum covalentes, les deux brins tiennent ensemble uniquement grâce à
de surface exposée pour réduire le nombre de molécules d’eau des interactions non covalentes. Ces dernières comportent des
dont la liberté de mouvement est restreinte. Pour la même raison, liaisons hydrogène entre les bases des nucléotides (appariements
dans le milieu aqueux des cellules vivantes, les parties hydrophobes de bases Watson-Crick) et des interactions de van der Waals
des biopolymères ont tendance à se trouver enfouies au sein de la entre les bases puriques et pyrimidiques empilées. La double hélice
structure de la molécule ou dans une bicouche lipidique pour expose les groupes phosphate chargés et les groupes hydroxyle
minimiser le contact avec l’eau. polaires des molécules de ribose de son squelette, au contact de
l’eau alors que les bases relativement hydrophobes des nucléotides
sont enfouies à l’intérieur. L’étirement du squelette augmente au
Les interactions électrostatiques maximum la distance entre les charges négatives des phosphates,
Les interactions entre groupes chargés contribuent à la forme des minimisant ainsi les interactions électrostatiques défavorables
biomolécules. Les interactions électrostatiques entre des groupes (voir Figure 34-2).
 CHAPITRE 2  Eau et pH 9

L’EAU EST UN EXCELLENT génère une nouvelle réaction couplée dont la variation globale
d’énergie libre est en faveur de la synthèse du biopolymère.
NUCLÉOPHILE Étant donné le caractère nucléophile de l’eau, et sa forte
Les réactions métaboliques impliquent souvent l’attaque de concentration dans les cellules, comment expliquer la relative
paires d’électrons disponibles situées sur des molécules riches en stabilité des biopolymères comme les protéines et l’ADN, et com-
électrons, dites nucléophiles, sur des atomes pauvres en électrons ment leur synthèse peut-elle s’effectuer en milieu aqueux, appa-
dits électrophiles. Les nucléophiles et les électrophiles ne pos- remment favorable à l’hydrolyse ? Les propriétés des enzymes
sèdent pas forcément une charge formelle négative ou positive. sont la clef de l’énigme. En l’absence de catalyse enzymatique,
L’eau, avec ses deux paires d’électrons sp3 disponibles, qui renfer- même les réactions fortement favorables, d’un point de vue ther-
ment une charge négative partielle (Figure 2-1), est un excellent modynamique, ne se produisent pas forcément rapidement. Un
nucléophile. Parmi les autres nucléophiles importants du point contrôle précis et différentiel de l’activité des enzymes ainsi que
de vue biologique, citons : les atomes d’oxygène des phosphates, leur séquestration dans des organites spécifiques déterminent les
des alcools et des acides carboxyliques, le soufre des thiols, l’azote conditions physiologiques dans lesquelles un biopolymère donné
des amines et l’anneau imidazole de l’histidine. Les électrophiles sera synthétisé ou dégradé. La capacité qu’ont les sites actifs des
courants comprennent les atomes de carbone des groupes carbo- enzymes de séquestrer leurs substrats dans un environnement
nyle des amides, des esters, des aldéhydes et des cétones, et les dont l’eau peut être exclue, facilite la synthèse des biopolymères.
atomes de phosphore des phosphoesters.
L’attaque nucléophile par l’eau entraîne généralement le cli- Les molécules d’eau ont une légère tendance,
vage de liaisons amide, glycosidiques ou ester qui assurent la
cohésion des biopolymères. Il s’agit d’une réaction d’hydrolyse.
physiologiquement importante, à se dissocier
Inversement, quand des unités monomériques sont assemblées La capacité d’ionisation de l’eau, bien que faible, est d’une impor-
pour former un biopolymère comme une protéine ou du glyco- tance biologique capitale. Comme l’eau peut agir à la fois comme
gène, il y a production d’eau comme par exemple lors de la for- acide et comme base, son ionisation peut être représentée par le
mation d’une liaison peptidique entre deux acides aminés. transfert intermoléculaire d’un proton, pour former un ion
Bien que l’hydrolyse soit une réaction thermodynamique- hydronium (H3O+) et un ion hydroxyle (OH–) :
ment favorable, les liaisons amide et phosphoester des polypep-
tides et des oligonucléotides sont stables dans le milieu aqueux H2O +H2O  H3O++ OH−
cellulaire. Ce paradoxe apparent reflète le fait que les règles
thermodynamiques qui régissent l’équilibre d’une réaction n’in- Le proton transféré est en réalité associé à un groupe de molé-
fluencent pas la vitesse de celle-ci. Dans la cellule, des protéines cules d’eau. Les protons se trouvent en solution non seulement
catalyseurs, les enzymes, augmentent la vitesse des réactions sous forme de H3O+, mais aussi sous forme de molécules multi-
d’hydrolyse quand c’est nécessaire. Les protéases catalysent l’hy- mériques de type H5O2+ ou H703+. On a pourtant l’habitude de
drolyse des protéines en leurs composants élémentaires, les acides représenter le proton par « H+ », bien qu’il soit en fait fortement
aminés, tandis que les nucléases catalysent l’hydrolyse des liai- hydraté.
sons phosphoesters de l’ADN ou de l’ARN. Un contrôle strict de Comme les ions hydronium et hydroxyle se réassocient
l’activité de ces enzymes est nécessaire pour qu’elles n’agissent que continuellement pour former des molécules d’eau, on ne peut
sur des cibles moléculaires appropriées et au bon moment. affirmer si un atome individuel d’hydrogène ou d’oxygène est
présent sous forme d’ion ou bien s’il fait partie d’une molécule
d’eau. À un instant donné, il est sous forme d’ion et l’instant
De nombreuses réactions métaboliques d’après il fait partie d’une molécule d’eau. Aussi ne considère-t-
impliquent le transfert d’un groupe on pas des ions ou des molécules individuels. On considère en
Dans de nombreuses réactions enzymatiques de synthèse ou de fait la probabilité qu’à un instant donné un atome d’hydrogène
dégradation de biomolécules, il y a transfert d’un groupe G, d’un donné soit présent sous forme d’ion ou intégré à une molécule
donneur D à un accepteur A, pour aboutir à la formation d’un d’eau. Puisqu’un gramme d’eau contient 3,46  ×  1022 molécules,
complexe accepteur A—G : l’ionisation de l’eau peut être décrite en termes statistiques. Dire
que la probabilité qu’a un atome d’hydrogène d’exister sous
D´G + A  A ´G + D forme d’ion est de 0,01 signifie qu’un atome d’hydrogène a une
chance sur 100 d’être un ion et 99 chances sur 100 de se retrouver
dans une molécule d’eau. La probabilité réelle qu’a un atome
L’hydrolyse et la phosphorolyse du glycogène, par exemple,
d’hydrogène dans l’eau pure d’exister sous forme d’ion est
impliquent le transfert de groupes glycosyle sur une molécule
approximativement de 1,8 × 10–9. Par conséquent, la probabilité
d’eau ou d’orthophosphate. La constante d’équilibre des réac-
qu’il a de faire partie d’une molécule d’eau est donc proche de 1.
tions d’hydrolyse de liaisons covalentes favorise fortement la
Ceci peut s’énoncer d’une autre façon : pour chaque ion hydro-
formation des produits de scission. Inversement, dans de nom-
gène et pour chaque ion hydroxyle dans l’eau pure, il y a 0,56
breux cas, les réactions de transfert de groupes lors de la biosyn-
milliards, soit 0,56 × 109, molécules d’eau. Néanmoins, les ions
thèse de macromolécules impliquent la formation de liaisons
hydrogène et hydroxyle contribuent de façon significative aux
covalentes, défavorable du point de vue thermodynamique. Les
propriétés de l’eau.
catalyseurs enzymatiques jouent un rôle clé pour franchir cette
La dissociation de l’eau s’exprime ainsi :
barrière par leur capacité de couplage entre deux réactions nor-
malement distinctes. Le couplage d’une réaction de transfert de [H+ ][OH− ]
groupe défavorable du point de vue énergétique à une réaction K=
[H2O]
thermodynamiquement favorable, comme l’hydrolyse d’ATP,
 48
C H A P I T R E

Biochimie clinique
David A. Bender, PhD, Joe Varghese, MBBS, MD,
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD, et Robert K. Murray, MD, Ph

O B J E C T I F S ■ D’expliquer l’importance des analyses de laboratoire en médecine clinique et

vétérinaire.
L’étude de ce chapitre ■ D’expliquer ce qu’on entend par plage de référence des résultats d’un test.
vous permettra : ■ D’expliquer la différence entre précision et exactitude d’une méthode d’analyse.
■ D’expliquer ce qu’on entend par sensibilité, spécificité et valeur prédictive d’un
test de laboratoire.
■ De donner la liste des techniques couramment utilisées dans un laboratoire de
diagnostic effectuant des analyses biochimiques et d’expliquer le principe de
chaque méthode.
■ De donner la liste des causes d’anomalies des taux d’analytes sanguins.
■ D’expliquer pourquoi des concentrations plasmatiques élevées d’enzymes sont
considérées comme des indicateurs de lésions tissulaires.
■ De décrire sommairement les principales considérations à avoir à l’esprit lors
du dosage d’une enzyme dans un échantillon de plasma et lors de l’utilisation
d’une enzyme pour doser un analyte.
■ De décrire les principaux tests qu’il est possible d’utiliser pour évaluer le
fonction­nement des reins, du foie et de la thyroïde ; de décrire les marqueurs
de risque cardiovasculaire et du fonctionnement gastrointestinal.

IMPORTANCE DES ANALYSES Les progrès technologiques ont pour effet que de nombreux
tests qui n’étaient auparavant effectués que dans des laboratoires
BIOLOGIQUES EN MÉDECINE CLINIQUE spécialisés peuvent maintenant être effectués au chevet du patient,
Les tests de laboratoire jouent un rôle important en médecine. au cabinet du médecin ou du vétérinaire, et parfois par le patient
Les analyses biochimiques peuvent servir à des études de dépis- lui-même à son domicile, avec des machines robotisées faciles à
tage dans le cadre du travail sur les maladies, pour confirmer ou utiliser et qui ne nécessitent qu’un minimum de formation pour
établir un diagnostic basé sur un examen clinique, pour suivre la produire des résultats fiables. D’autres analyses continuent d’être
progression d’une maladie et l’effet d’un traitement (Tableau 48-1). effectuées dans des laboratoires hospitaliers ou par des labora-
Les échantillons d’urine et de sang sont les plus couramment toires de chimie médicale privés, les échantillons à tester étant
utilisés ; occasionnellement on utilise des fèces, de la salive ou du envoyés par le médecin traitant. Certaines analyses prescrites
liquide céphalorachidien. Dans de rares cas on fait appel à des moins fréquemment ou demandant des capacités techniques plus
biopsies de tissus. La plus grande partie de nos connaissances et de poussées ne sont effectuées que dans des centres spécialisés. Elles
notre compréhension des causes à la base des maladies métabo- mettent souvent en jeu des techniques spéciales pour l’étude de
liques et des effets des maladies sur le métabolisme provient d’ana- maladies métaboliques rares (et parfois récemment découvertes).
lyses de métabolites du sang et de l’urine et de mesures d’enzymes De plus l’analyse d’échantillons provenant d’athlètes (ou de che-
sanguines. En retour, cette connaissance a permis un progrès vaux de course) pour détecter des substances dopantes et d’autres
dans le traitement des maladies et la mise au point de meilleurs substances illégales n’est normalement effectuée que dans un
médicaments. nombre restreint de laboratoires habilités.
590 PARTIE IX  Sujets spéciaux (A)

TABLEAU 48-1  Principales applications des tests biochimiques TABLEAU 48-2  Causes courantes d’anomalies touchant
avec des exemples de chaque type des analytes sanguins avec des exemples de chaque type
Diagnostic précoce d’une maladie Certains états physiologiques
Utilisation des taux de troponine I cardiaque plasmatique (cTI), pour le Taux élevé d’hCG sérique et urinaire pendant la grossesse, taux élevé de
diagnostic précoce de l’infarctus du myocarde. lactate après un exercice intense.

Suggestion d’un traitement rationnel d’une maladie Changement des équilibres liquidiens de l’organisme
Une élévation du taux du cholestérol des lipoprotéines de faible densité Hypernatrémie (taux élevé de sodium sérique) possible en cas de
(LDL) est une indication pour une thérapie avec des médicaments réduisant déshydratation par excès de sudation ou vomissement.
le cholestérol (comme les statines) chez les personnes à risque de maladies
cardiovasculaires. Altération du pH sanguin
Taux de bicarbonate sérique faible en cas d’acidose métabolique (p. ex.
Test de dépistage systématique pour diagnostiquer précocement cétoacidose diabétique) et fort en cas d’alcalose métabolique (p. ex.
certaines maladies vomissements importants dus à une sténose pylorique).
Le dosage de l’hormone thyréostimulante (TSH) chez les nouveau-nés aide
au diagnostic d’hypothyroïdie congénitale. Fonctionnement endocrinien perturbé
Taux sérique de TSH bas en cas d’hyperthyroïdisme primaire et élevé en cas
Aide au suivi de la progression de certaines maladies d’hypothyroïdisme primaire.
L’activité alanine transaminase sérique (ALT) sert à suivre l’évolution d’une
hépatite virale. Perturbation de l’alimentation
Taux sérique d’albumine et de protéine de liaison du rétinol bas en cas de
Aide à la vérification de la réponse des maladies à la thérapie malnutrition protéino-énergétique (MPE).
Chez les patients atteints d’hypo ou d’hyper-thyroïdie, la mesure du taux de
TSH aide à suivre la réponse des patients au traitement. Lésion ou mort cellulaire (nécrose)
Augmentation de créatine kinase MB (CK-MB) après lésion cardiaque ; taux
Mise en évidence des causes fondamentales et des mécanismes d’une élevé d’amylase pancréatique sérique en cas de pancréatite aiguë.
maladie
Démonstration de la nature du défaut génétique de la mucoviscidose. Processus d’inflammation aiguë ou chronique (y compris infectieux)
Taux élevé de protéine C-réactive (CRP) lors d’inflammations.

Maladies génétiques
CAUSES DES TAUX ANORMAUX Augmentation du taux plasmatique de phénylalanine en cas de phényl­céto­
D’ANALYTES MESURÉS PAR nurie ; taux sérique d’ammonium élevé dans les désordres du cycle de l’urée.

LES ANALYSES DE LABORATOIRE Défaillance d’un organe

Taux élevés de créatinine et d’urée en cas d’insuffisance rénale ;
Une multitude de conditions peuvent conduire à des anomalies augmentation des taux sériques d’ammonium et de bilirubine en cas de
de résultats des analyses effectuées en laboratoire d’analyses médi- défaillance hépatique.
cales ; le Tableau 48-2 en fournit quelques exemples. Une lésion Traumatisme
d’un tissu qui entraîne une altération des membranes cellulaires Élévation possible du taux de myoglobine sérique à la suite d’une lésion
et une augmentation de la perméabilité de la membrane plas- musculaire.
mique conduit à une fuite de matériel intracellulaire dans le sang Cancer
(par ex. une fuite de créatine kinase MB dans le sang après un Élévation de divers marqueurs tumoraux (voir Chapitre 56) associés à
infarctus du myocarde). Dans d’autres cas, Il y a augmentation des cancers spécifiques, p. ex. l’α-fœtoprotéine lors d’un carcinome hépato­­
ou diminution de la synthèse de certaines protéines et hormones cellulaire, l’antigène spécifique de la prostate en cas de cancer de la prostate.
[par ex. la protéine C-réactive (CRP) lors d’états inflammatoires, Traitement médicamenteux
ou des hormones spécifiques dans certains troubles hormonaux]. Les chimiothérapies anticancéreuses augmentent le taux sérique d’acide
Les insuffisances rénales et hépatiques conduisent à l’accumula- urique.
tion sanguine d’un certain nombre de molécules (par ex. la créa- Empoisonnement
tinine et l’ammonium respectivement), à cause de l’incapacité de Les poisons organophosphorés diminuent l’activité de la butirylcho­
l’organe concerné à excréter ou métaboliser l’analyte en question. linestérase sanguine.

Autres
Le stress augmente les taux sériques de cortisol et de catécholamines.
LES PLAGES DE RÉFÉRENCE
Pour chaque composé dosé (un analyte) il existe un éventail de l’appartenance ethnique) obéissent à une distribution normale
valeurs autour d’une moyenne que l’on peut considérer comme (c’est-à-dire que les résultats présentent une distribution gaus-
étant normales. Cela résulte de variations biologiques indivi- sienne symétrique autour de la moyenne), la fenêtre acceptable
duelles. De plus, des variations quotidiennes ou hebdomadaires ou normale est considérée comme correspondant à ± 2 fois la
des résultats peuvent se produire pour un même sujet. De ce fait, déviation standard (écart type) autour de la moyenne. Cela inclut
la première étape de mise au point de tout nouveau test de labo- 95 % de la population cible et on l’appelle plage de référence. Les
ratoire destiné au dépistage ou au diagnostic d’une maladie, ou valeurs hors de la plage de référence sont considérées comme
au suivi d’un traitement, consiste à établir l’éventail normal des anormales, et justifient un examen plus approfondi. Lorsque les
valeurs des analytes chez des sujets de différents âges. Les four- résultats pour une population saine n’obéissent pas à une distri-
chettes normales de certains analytes sont différentes entre bution normale et sont biaisés, une étape supplémentaire de
hommes et femmes, il peut aussi y avoir des différences entre manipulation statistique est nécessaire avant de pouvoir établir la
différents groupes ethniques. plage de référence de 95 %.
Lorsque les résultats obtenus pour un groupe de population Pour certains tests, les résultats de différents laboratoires
cible saine (en fonction de l’âge, du sexe et éventuellement de diffèrent, en général parce qu’ils utilisent des méthodes de mesure
 CHAPITRE 48  Biochimie clinique 591

différentes. Chaque laboratoire établit sa propre série de plages traitement de l’échantillon. De plus, il est important pour le per-
de référence pour les analyses qu’il effectue. Certains laboratoires sonnel médical de posséder des connaissances de base concer-
donnent leurs résultats sous forme de valeur à comparer avec la nant la validité des résultats de laboratoire et leur interprétation.
plage de référence. D’autres donnent leurs résultats sous forme Lors de la mise au point d’un nouveau test ou d’une nouvelle
d’un nombre d’écarts types par rapport à la moyenne, ce qu’on méthode, il faut répondre à quatre questions :
appelle score Z. Cela permet au médecin de voir à quelle distance 1. Quelle est la précision de la méthode ? La précision qua-
de la moyenne se situe le résultat, en d’autres termes, à quel point lifie la reproductibilité de la méthode. Lorsqu’un même
il est anormal. Le résultat sera parfois exprimé comme étant 5 ou échantillon est analysé de façon répétée, quelle sera la
10 fois (voire plus) au-dessus de la limite normale supérieure. variation dans les résultats obtenus ? La Figure 48-1 illustre
L’utilisation de la plage de 95 % comme plage de référence a cela. Dans cet exemple, un jeu de résultats est plus précis
une conséquence fâcheuse. Par hasard, 5  % des résultats « nor- que l’autre (il existe une différence entre les deux quant à
maux » se situent en dehors de la plage de référence. On s’en est la dispersion des résultats autour de la moyenne), bien que
rendu compte dans les années 1970, lorsque des appareils d’ana- la valeur moyenne des résultats soit la même. La précision
lyse multicanaux ont été développés, qui étaient capables d’ana- n’est pas absolue, elle est sujette à des variations inhé-
lyser 20 analytes ou davantage dans chaque échantillon. Presque rentes à la complexité de la méthode utilisée, à la stabilité
tous les échantillons donnaient un résultat situé en dehors de la des réactifs, à la sophistication de l’équipement utilisé
plage de référence, mais lorsque la même personne fournissait un pour le test et à la compétence du personnel technique
échantillon quelques jours plus tard, ce résultat apparemment impliqué.
anormal se situait maintenant dans la plage de référence alors 2. Quelle est l’exactitude du résultat ? L’exactitude mesure
que par hasard le résultat pour un autre analyte pouvait se trou- à quel point le résultat est la vraie valeur. La Figure 48-2
ver maintenant en dehors de sa plage de référence. Il incombe de montre le résultat de tests avec deux méthodes différentes
ce fait au médecin de ne prescrire que les analyses qui ont un ou avec la même méthode mais dans deux laboratoires
rapport avec le diagnostic à établir et non pas un ensemble com- différents. Tous deux ont une précision similaire mais les
plet d’analyses biochimiques. valeurs moyennes sont différentes. À partir de cette infor-
mation, il n’est pas possible de dire quel laboratoire est
VALIDITÉ DES RÉSULTATS correct (et c’est en partie la raison pour laquelle les labo-
ratoires établissent leurs propres plages de référence). Il
DE LABORATOIRE existe un certain nombre de schémas de contrôle qualité
Les laboratoires de diagnostic sont soumis à des procédures d’ins- nationaux ou régionaux selon lesquels tous les labora-
pection et de contrôle pour vérifier la validité de leurs résultats et toires participants se voient envoyer le même échantillon
assurer le contrôle qualité de leurs comptes-rendus. Ces mesures (regroupé ou poolé) de sang ou d’urine. Chaque labora-
permettent d’assurer que la valeur de la concentration, de l’acti- toire mesure les divers analytes de cet échantillon groupé.
vité ou de la quantité d’une substance dans un échantillon obte- Les résultats obtenus par tous les laboratoires sont repré-
nue par un laboratoire d’analyse représente la meilleure valeur sentés sous forme d’une courbe de distribution. La
que l’on peut obtenir en utilisant cette méthode, ces réactifs, ces moyenne de ces valeurs est calculée et considérée comme
appareils et avec le personnel impliqué dans le prélèvement et le la « vraie valeur ». Ce type de schéma de contrôle qualité
permet à chaque laboratoire participant de déterminer à
quel point ses résultats sont proches de la « vraie valeur ».
Valeur moyenne des résultats
Valeur moyenne A Valeur moyenne B
des résultats des résultats
Nombre de résultats

Nombre de résultats

Concentration de l’analyte
Concentration de l’analyte
FIGURE 48-1  Précision d’une méthode d’analyse. Le graphe
montre les résultats des dosages répétés d’un analyte dans le même FIGURE 48-2  Exactitude d’une méthode d’analyse. Deux
échantillon, soit par différentes méthodes d’analyse soit par la même méthodes d’analyse différentes, pratiquées sur de nombreux
méthode dans deux laboratoires différents. Dans les deux cas, la échantillons, ou bien la même méthode pratiquée dans deux
moyenne des résultats est la même. Pourtant, un des laboratoires ou laboratoires différents, donnent ici la même dispersion des résultats
une des deux méthodes, représenté en bleu, a une dispersion plus faible et donc le même écart type et la même précision. Pourtant, les valeurs
des résultats et donc une faible déviation standard (écart type) et une moyennes obtenues pour l’analyte dosé, par les deux laboratoires ou
grande précision alors que l’autre, représenté en rouge, a une grande méthodes, sont très différentes et il n’est pas possible de dire laquelle
dispersion des résultats, un grand écart type et une faible précision. des deux valeurs est la plus proche de la vraie valeur.
592 PARTIE IX  Sujets spéciaux (A)

Précipité rouge-brun de la glucose oxydase, qui ne réagit qu’avec le glucose et

Cu++ Cu2O qui est donc hautement spécifique. Cependant, un des
HC O COOH produits de l’action de la glucose oxydase sur le glucose est
HC OH Réactif cuivrique alcalin HC OH le peroxyde d’hydrogène ; la seconde étape du test consiste
HO CH HO CH à réduire le peroxyde d’hydrogène produit en eau et en
HC OH HC OH oxygène en utilisant la peroxydase. Un composé incolore
Glucose oxydase
HC OH HC OH qui devient bleu lors de son oxydation par l’oxygène pro-
CH2OH CH2OH duit est aussi présent dans le milieu réactionnel du test. Les
Glucose O2 H2O2 Gluconate fortes concentrations en vitamine C, comme on en observe
lorsque le patient prend des compléments vitaminiques,
ABTS (incolore) réduit à nouveau le composé bleu en sa forme incolore,
Peroxydase
donnant un résultat faussement négatif (Figure 48-3).
ABTS oxydé (bleu)
[ABTS = 2,3’-azo-di-

H2O
3-éthylbenzothiazoyl sulphonate]
ÉVALUATION DE LA VALIDITÉ
FIGURE 48-3  Spécificité d’une méthode d’analyse. La glycémie
MÉDICALE D’UN TEST
est dosée par deux méthodes. La réduction chimique de Cu2+ en solution DE LABORATOIRE
alcaline ne détecte pas que le glucose mais n’importe quel sucre
Les quatre critères ci-dessus doivent être établis pour chaque
réducteur et d’autres substances comme la vitamine C. L’oxydation
enzymatique du glucose par la glucose oxydase est une réaction
méthode analytique. De plus, la valeur médicale d’un test doit
spécifique ; aucun autre composé ne sera oxydé et ne pourra donc être établie en prenant en considération sa sensibilité, sa spécificité
contribuer à la valeur mesurée. et sa valeur prédictive positive et négative (Tableau 48-3). Dans ce
cas, malencontreusement, les deux mêmes termes de sensibilité et
3. Quelle est la sensibilité de la méthode ? Autrement dit, de spécificité sont utilisés mais avec des sens différents de ceux
quelle est la plus petite concentration de l’analyte détec- utilisés pour l’établissement de la méthode analytique.
table de façon fiable ? Quelle est la limite inférieure d’une La sensibilité d’un test se réfère au pourcentage de résultats
détection fiable ? C’est évidemment important lorsque les positifs chez des patients présentant la maladie testée (« vrais
résultats en dessous de la plage de référence ont une impor- positifs »). Le test de détection de la phénylcétonurie est très sen-
tance médicale ou lorsque les échantillons sont analysés sible, on obtient un résultat positif chez tous les malades (sensibi-
pour détecter des drogues ou des substances dopantes lité de 100 %). Le test de dosage de l’antigène carcino-embryonnaire
interdites dans les sports de compétition. (CEA) a une sensibilité plus faible ; seules 72  % des personnes
4. Quelle est la spécificité de la méthode ? Il s’agit ici de présentant un carcinome du colon ont un test positif en cas de
savoir si le test mesure effectivement l’analyte d’intérêt. Par maladie avancée et seulement 20 % aux stades précoces.
exemple, la méthode maintenant obsolète de dosage du La spécificité d’un test se réfère au pourcentage de résultats
glucose dans le sang ou l’urine utilisait une solution alca- négatifs parmi les personnes qui ne sont pas atteintes par la
line de cuivre (Cu2+), qui était réduit en Cu+ par le glu- maladie. Le test de détection de la phénylcétonurie est haute-
cose. Cependant, d’autres composés réducteurs de l’urine ment spécifique, 99,9 % des individus normaux ont un résultat
ou du sang comme le xylose ou la vitamine C réduisent négatif. Par contre, le test du CEA pour le carcinome du colon a
aussi le glucose et donnent une valeur exagérément haute. une spécificité variable ; un résultat faux positif est obtenu pour
Les méthodes modernes de dosage du glucose dépendent environ 3  % des individus non fumeurs (97  % de spécificité),

TABLEAU 48-3    Tableau à deux entrées illustrant les concepts de sensibilité, de spécificité et de valeur
prédictive
Le patient présente-t-il la maladie ?

Oui Non

Positif Vrai positif (a) Faux positif (b)

Résultat du test
Négatif Faux négatif (c) Vrai négatif (d)

Vrais positifs (a) x 100

Sensibilité =
Nombre de patients présentant la maladie (a + c)

Vrais négatifs (d) x 100

Spécificité =
Nombre de patients ne présentant pas la maladie (b + d)

Vrais positifs (a) x 100

Valeur prédictive positive =
Nombre de patients ayant un test positif (a + b)

Vrais négatifs (d) x 100

Valeur prédictive négative =
Nombre de patients ayant un test négatif (c + d)
 CHAPITRE 48  Biochimie clinique 593

tandis que 20 % des fumeurs ont un résultat faux-positif (80 % de à partir de créatine et de créatine phosphate, qui se trouvent pour
spécificité). la plupart dans le muscle squelettique.
La sensibilité et la spécificité d’un test sont corrélées de façon À l’exception du dosage des gaz sanguins, pour lesquels il faut
inverse. Si le seuil de détection est fixé trop haut, très peu de du sang artériel, les échantillons de sang sont du sang veineux. La
personnes saines auront un résultat faux positif mais beaucoup glycémie est souvent dosée dans du sang capillaire en piquant
de personnes malades pourront avoir un résultat faux négatif. La un doigt. Certaines analyses utilisent du sang complet, d’autres
sensibilité sera donc faible mais la spécificité élevée. Inversement, nécessitent soit du sérum soit du plasma. Dans le cas d’un échan-
si le seuil est fixé trop bas la plupart sinon toutes les personnes tillon de sérum, on laisse le sang coaguler puis les hématies et le
malades seront détectées (le test aura une haute sensibilité). caillot de fibrine sont éliminés par centrifugation. Dans le cas d’un
Cependant, davantage de personnes non malades pourront avoir échantillon de plasma, le sang est collecté dans un tube contenant
un résultat faux positif (le test aura une faible spécificité). Il y a un anticoagulant et les hématies sont éliminées par centrifuga-
donc souvent un compromis à trouver entre sensibilité et spéci- tion. La différence entre sérum et plasma tient au fait que le
ficité pour un test. plasma contient la prothrombine et les autres facteurs de coagu-
La valeur prédictive d’un test positif (valeur prédictive posi- lation y compris le fibrinogène alors que le sérum en est dépourvu.
tive) définit le pourcentage de résultats positifs qui sont des vrais Différents anticoagulants sont utilisés pour collecter les échantil-
positifs. De même, la valeur prédictive d’un test négatif (valeur lons de plasma en fonction du test que l’on veut effectuer, ce
prédictive négative) définit le pourcentage de résultats négatifs sont : le citrate, l’EDTA ou l’oxalate, qui chélatent tous le calcium
qui sont des vrais négatifs. Cela est lié à la prévalence de la maladie. de sorte qu’ils inhibent la coagulation. L’héparine, qui agit en
Par exemple, dans un groupe de patients dans un service d’uro- activant l’antithrombine III, est un autre anticoagulant couram-
logie, la prévalence de maladies rénales est plus élevée que dans ment utilisé. Pour mesurer la glycémie, on ajoute du fluorure de
la population générale. Dans ce groupe, le taux sérique de créati- potassium, qui est un inhibiteur de la glycolyse due aux hématies.
nine aura une valeur prédictive plus forte que dans la population
générale. Les formules de calcul de la sensibilité, de la spécificité
et de la valeur prédictive d’un test diagnostique sont présentées LES TECHNIQUES UTILISÉES
dans le Tableau 48-3. EN CHIMIE MÉDICALE
Un test diagnostique idéal est celui ayant 100 % de sensibilité,
100 % de spécificité et 100 % de valeur prédictive. Pourtant, ce n’est La plupart des réactions de routine d’analyses chimiques médi-
pas le cas pour la plupart, sinon pour la totalité des tests dispo- cales mettent en jeu la liaison entre une réaction chimique ou
nibles aujourd’hui. Avant de prescrire un test, il est important de enzymatique et la production d’un produit coloré qui est mesuré
tenter de déterminer si la sensibilité, la spécificité et la valeur par spectrophotométrie d’absorption. Différents composés
prédictive du test sont adéquates pour fournir une information absor­bent la lumière à différentes longueurs d’onde ; l’énergie de
utile. Le résultat obtenu devrait influencer le diagnostic, la thé- la lumière absorbée excite les électrons vers une orbitale instable
rapie et le pronostic, ou conduire à une meilleure compréhen- (Figure 48-4). L’absorbance de la lumière à une longueur d’onde
sion du processus pathologique et à un bénéfice pour le patient. spécifique dans le domaine visible ou dans l’ultraviolet est direc-
tement proportionnelle à la concentration du produit final coloré
et donc à celle de l’analyte dans l’échantillon. Ces analyses étaient
LES ÉCHANTILLONS À ANALYSER autrefois effectuées manuellement, aujourd’hui, la plupart des
Les échantillons couramment analysés sont le sang et l’urine. Le tests sont automatisés et un même instrument peut effectuer de
sang est collecté dans des tubes avec ou sans anticoagulant, selon multiples tests sur un même échantillon.
que l’analyse doive se faire sur le plasma ou sur le sérum. Plus En spectrophotométrie d’absorption, les électrons excités
rarement des échantillons de salive, de liquide céphalorachidien retour­nent à leur état fondamental par une série de petits sauts
ou de fèces sont analysés. quantiques en émettant l’énergie absorbée sous forme de chaleur.
Il existe une différence entre le dosage d’un analyte dans un Pour certains composés, les électrons retournent vers un état de
échantillon de sang ou d’urine. La concentration sanguine d’un plus faible énergie en un seul saut quantique, en émettant de la
analyte reflète le taux au moyen du prélèvement de l’échantillon, lumière de longueur d’onde plus élevée (de moindre énergie),
tandis que dans l’urine, elle représente l’excrétion cumulée de que la lumière excitatrice. Il s’agit de fluorescence et la technique
l’analyte sur une certaine période de temps. Une autre différence s’appelle spectrophotométrie de fluorescence ou spectrophoto-
est qu’on a l’habitude d’exprimer les résultats de dosages san- fluorométrie. L’échantillon est éclairé avec une lumière d’une
guins en quantité d’analyte (ou d’activité enzymatique) par mil- longueur d’onde spécifique et on mesure la lumière émise per-
lilitre ou par litre de sang (ou de plasma ou de sérum). L’expression pendiculairement à la direction de la source excitatrice (voir
de la concentration de l’analyte dans l’urine de la même façon Figure 48-4). Ici aussi, l’intensité de fluorescence est proportion-
n’est pas intéressante, puisque le volume d’urine dépend large- nelle à la concentration du fluorophore et donc à la concentra-
ment de la quantité de liquide absorbée. Dans certains cas, il est tion de l’analyte. La fluorométrie permet à la fois une plus grande
demandé au patient de fournir un échantillon d’urines collectées spécificité et une plus grande sensibilité de l’analyse. La spécifi-
sur 24 heures ; c’est une méthode fastidieuse et il est difficile de cité est plus grande que dans le cas de la spectrophotométrie
savoir si la collecte a réellement été effectuée sur 24 heures. On peut d’absorption car les longueurs d’onde d’absorption et d’émission
alternativement exprimer la concentration de l’analyte par môle sont toutes deux spécifiques du fluorophore, alors que dans le cas
de créatinine. L’excrétion quotidienne de créatinine est relative- de la spectrophotométrie d’absorption, on ne peut fixer qu’une
ment constante pour un individu donné mais elle peut varier longueur d’onde, celle de la lumière absorbée. La fluorométrie est
d’un individu à l’autre car elle dépend principalement de la masse plus sensible car il est plus facile de détecter l’émission d’une
musculaire car la créatinine se forme de façon non enzymatique petite quantité de lumière que son absorption.
594 PARTIE IX  Sujets spéciaux (A)

Spectrométrie d’absorption Spectrométrie de fluorescence

Excité
Excité
Niveau d’énergie

Niveau d’énergie
hν
hν hν’

Initial
Initial

Réseau de diffraction Réseau de diffraction

Échantillon
dans la cuve

Échantillon
dans la cuve Détecteur de lumière Réseau de diffraction

Source de lumière Source de lumière

Détecteur de lumière

FIGURE 48-4  Spectrométrie d’absorption et de fluorescence. Dans la spectrométrie d’absorption, montrée à gauche, les électrons
sont excités vers un niveau d’énergie supérieur par l’absorption de lumière, ils retournent ensuite à leur niveau d’énergie fondamentale par
une série de petits sauts quantiques. L’énergie est libérée sous forme de chaleur. La différence entre l’intensité de la lumière d’excitation
et celle transmise à travers l’échantillon, appelée absorbance, est proportionnelle à la concentration du matériel absorbant présent dans
la cuve (et au trajet optique dans la cuve). Dans la spectrométrie de fluorescence, montrée à droite, les électrons excités retournent à leur
état fondamental par un simple saut quantique. L’énergie est libérée sous forme de lumière d’énergie plus faible (de longueur d’onde plus
grande) que la lumière d’excitation. L’intensité de la lumière émise, mesurée perpendiculairement à celle d’excitation, est proportionnelle à
la concentration du matériel absorbant présent dans la cuve (et au trajet optique dans la cuve).

De plus en plus, que ce soit en recherche fondamentale et Les enzymes en analyses chimiques médicales
dans des centres spécialisés, de multiples analytes sont dosés dans
Les enzymes sont importantes en analyse médicale pour trois
un même échantillon en se servant de la HPLC (Chromatogra-
raisons : pour doser les analytes d’un échantillon, pour doser l’acti-
phie Liquide à Haute Performance) pour séparer les analytes,
vité des enzymes elles-mêmes dans un échantillon et pour tester
avant d’identifier les composés par détection colorimétrique, fluo-
le statut nutritionnel en vitamines.
rométrique ou électrochimique, ou par spectrométrie de masse
L’utilisation d’une enzyme pour mesurer la concentration
couplée. Ces méthodes sont à la base de la métabolomique, l’étude
d’un analyte confère un haut degré de spécificité au test puisqu’en
de l’ensemble des métabolites dans un même échantillon et de la
général une enzyme n’agit que sur un seul substrat ou sur une
métabonomique, l’étude des changements des analytes en réponse
petite gamme de substrats étroitement apparentés, alors qu’une
à un traitement médicamenteux ou expérimental quel qu’il soit.
simple réaction chimique peut très bien répondre à divers ana-
Au départ, les électrolytes comme le sodium et le potassium
lytes (pas forcément apparentés). Par exemple, comme le montre
étaient dosés par photométrie de flamme, en mesurant la lumière
la Figure 48-3, divers composés réducteurs vont réagir avec un
émise lorsque l’ion était introduit dans une flamme transparente.
réactif cuivrique alcalin et donner un résultat faux positif pour le
Le sodium donne une flamme jaune et le potassium une flamme
glucose, tandis qu’un test enzymatique utilisant la glucose oxy-
violette. Aujourd’hui, ces ions et d’autres sont dosés avec des
dase ne donnera un résultat positif que pour le glucose et pas
électrodes spécifiques de ces ions. Dans certains cas, les ions
pour les autres composés réducteurs.
métalliques sont dosés par spectrométrie d’absorption ato-
Quand une enzyme est utilisée pour détecter un analyte, le
mique. L’échantillon est introduit dans une flamme et illuminé à
facteur limitant du test doit être l’analyte lui-même ; l’enzyme et
une longueur d’onde spécifique. La lumière absorbée excite les
les autres réactifs doivent être présents en excès. De plus la con-
électrons vers une orbitale instable et la quantité de lumière
centration de l’analyte dans l’échantillon doit être ajustée pour être
absorbée est directement proportionnelle à la concentration de
inférieure au Km de l’enzyme, de sorte qu’il y ait un changement
l’élément dans l’échantillon comme dans le cas de la spectropho-
important de la vitesse de réaction en cas de faible changement
tométrie d’absorption.
de concentration de l’analyte (région A dans la Figure 48-5).
Questions d’examen
Partie IX – Sujets spéciaux (A) 6. Parmi les assertions suivantes concernant les chylomicrons,
laquelle est CORRECTE ?
1. Quelle est parmi les entités suivantes, celle dont le taux san-
A. Les chylomicrons sont produits à l’intérieur des cellules
guin va augmenter environ 1 à 2 heures après un repas riche
intestinales et secrétés dans la lymphe, où ils acquièrent
en graisse ?
les apolipoprotéines B et C.
A. Les chylomicrons B. Le cœur des chylomicrons contient du triacylglycérol et des
B. Les lipoprotéines de haute densité. phospholipides.
C. Les corps cétoniques C. Les acides gras du triacylglycérol sont libérés par l’action
D. Les acides gras non estérifiés. de la lipase hormonosensible sur les chylomicrons, lorsque
E. Les lipoprotéines de très faible densité. ces derniers sont liés à la surface des cellules endothéliales
des capillaires sanguins.
2. Quelle est parmi les entités suivantes, celle dont le taux san- D. Les résidus de chylomicrons diffèrent des chylomicrons
guin va augmenter environ 4 à 5 heures après un repas riche par une réduction de taille et un contenu proportionnel-
en graisse ? lement plus faible en triacylglycérol.
A. Les chylomicrons E. Les chylomicrons sont capturés par le foie.
B. Les lipoprotéines de haute densité.
C. Les corps cétoniques 7. Les stérols et les stanols des végétaux inhibent l’absorption du
D. Les acides gras non estérifiés. cholestérol à partir du tractus gastro-intestinal. Quelle est la
E. Les lipoprotéines de très faible densité. proposition qui décrit le mieux leur mode d’action ?
A. Ils sont incorporés dans les chylomicrons à la place du
3. Parmi les définitions ci-dessous, laquelle correspond le mieux cholestérol.
à l’indice glycémique ? B. Ils entrent en compétition avec le cholestérol pour l’esté-
A. C’est l’augmentation de la concentration sanguine du rification dans la lumière intestinale, de sorte qu’il y a
glucagon après la consommation d’une nourriture, par moins de cholestérol estérifié.
rapport à cette augmentation après consommation d’une C. Ils entrent en compétition avec le cholestérol pour l’esté-
quantité équivalente de pain blanc. rification dans les cellules muqueuses, et le cholestérol
B. C’est l’augmentation de la concentration sanguine du glu- non estérifié est activement transporté hors de la cellule
cose après la consommation d’une nourriture. vers la lumière intestinale.
C. C’est l’augmentation de la concentration sanguine du glu- D. Ils entrent en compétition avec le cholestérol pour l’esté-
cose après la consommation d’une nourriture, par rapport rification dans les cellules muqueuses, et le cholestérol
à cette augmentation après consommation d’une quantité non estérifié n’est pas incorporé dans les chylomicrons.
équivalente de pain blanc. E. Ils chassent le cholestérol des micelles lipidiques de sorte
D. C’est l’augmentation de la concentration sanguine de l’in- qu’il n’est pas disponible pour être absorbé.
suline après la consommation d’une nourriture.
E. C’est l’augmentation de la concentration sanguine de l’in- 8. Parmi les propositions suivantes sur le métabolisme énergé-
suline après la consommation d’une nourriture, par rap- tique, laquelle est CORRECTE ?
port à cette augmentation après consommation d’une A. Le tissu adipeux ne contribue pas au taux métabolique de
quantité équivalente de pain blanc. base (TMB).
B. Le niveau d’activité physique (NAP) est la somme des
4. Parmi les aliments suivants, lequel aura l’indice glycémique le rapports d’activité physique des différentes activités quo-
plus faible ? tidiennes, multipliés par le temps consacré à chaque acti-
A. Une pomme cuite vité, exprimé en multiple du TMB.
B. Une pomme de terre cuite C. Le rapport d’activité physique (RAP) est le coût énergé-
C. Une pomme crue tique de l’activité physique quotidienne.
D. Une pomme de terre crue D. Le taux métabolique au repos (TMR) est la dissipation
E. Un jus de pommes d’énergie de l’organisme endormi.
E. Le coût énergétique de l’activité physique peut être déter-
5. Parmi les aliments suivants, lequel aura l’indice glycémique le miné en mesurant le quotient respiratoire (QR) durant
plus élevé ? une activité.
A. Une pomme cuite
B. Une pomme de terre cuite
C. Une pomme crue
D. Une pomme de terre crue
E. Un jus de pommes
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6 e édition
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Traduction de la 30e édition américaine
Lionel Domenjoud est Maître de conférences à
u Des questions de révision à la fin de chacune des onze l’Université de Lorraine. Biologiste et embryologiste

Biochimie de Harper
parties moléculaire de formation initiale. Il travaille actuelle-
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pour souligner l’importance clinique de la biochimie impliqués dans la cancérogenèse, au sein de l’équipe
de cancérologie STICMo du laboratoire du CRAN de
l’Université de Lorraine.

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ISBN : 978-2-8073-0724-7
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