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    BIOCHIMIE Introduction PASS LAS 2023

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    Ce document présente le programme d'un cours d'introduction à la biochimie. Il contient des informations sur les sujets abordés comme les glucides, les acides aminés, les protéines et les enzymes. Le cours expliquera les liens entre la chimie et la biochimie.

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    BIOCHIMIE

    PASS – LAS 2023-2024


    Option Santé
    3 octobre 2023 – Cours d’introduction
    DE LA CHIMIE À LA BIOCHIMIE
    D. MASSON
    Enseignement de Biochimie
    • De Chimie à la Biochimie – Cours d’introduction D. Masson
    • Acides aminés et protéines 1 CM M. Denis
    • Glucides 1 CM G. Herbreteau
    • Acides aminés et protéines CM M. Denis
    • Enzymes et coenzymes CM D. Masson
    • Glucides 2 CM D. Masson
    • Lipides et lipoprotéines CM F. Nazih & K. Bach
    • Applications médicales ED D. Masson & M. Duflot

    • 15h
    Plan du cours
    • Biochimie : Définition & Généralité
    • Biochimie & Métabolisme
    • Organisation et orientation
    • Régulation
    • Altérations
    • Apports de la Biochimie
    • Outil de compréhension de mécanismes de physiologie
    • Outil de compréhension de mécanismes de physiopathologie
    • Outil d’exploration
    • Outil de compréhension des mécanismes d’action des médicaments
    De la chimie à la Biochimie
    • Biochimie
    • Etude des réactions chimiques ayant lieu dans la cellule et dans l'organisme vivant
    • Aspects moléculaires de la vie cellulaire.

    • Molécules étudiées
    • Biomolécules qui régissent les fonctions physiologiques de base de la cellule
    • Molécules organiques composées de Carbone, Hydrogène, Oxygène, Azote, Soufre, Phosphore
    • Propriétés directement liées à leurs fonctions biologiques, dépendent des interactions
    moléculaires et de la réactivité chimique des groupes d’atomes
    • 3 catégories principales : Glucides (sucres) ; Lipides (graisses) ; acides aminés, peptides et
    protéines …

    • Réactions étudiées : Toutes les réactions de la chimie organique


    • Oxydo-réduction : hydrogénation, déshydrogénation, hydroxylation …
    • Addition : hydratation …
    • Elimination : déshydratation, décarboxylation …
    • Substitution : transfert …
    • Transposition : isomérisation …
    Biochimie & Métabolisme (1)
    • Métabolisme : Réseau hautement intégré de réactions chimiques

    • 2 grandes classes de réactions


    • Les réactions de transformation de molécules en énergie cellulaire : catabolisme
    • Les réactions de synthèse (protéines, Lipides …) qui nécessitent de l’énergie :
    anabolisme
    • Fonctions
    • Apport permanent d’énergie : ATP
    • Indispensable à la réalisation d’un travail mécanique (contraction musculaire)
    • Indispensable au transport actif de molécules ou d’ions
    • Indispensable à la synthèse de (macro)molécules
    • Elimination de déchets toxiques
    • Organisation …
    http://biochemical-pathways.com/#/map/1
    Glucides
    Acides aminés

    Coenzymes
    LE carrefour métabolique

    Lipides

    Lipides

    Coenzymes
    L’orientation métabolique du glucose
    et la « réserve « en glucose
    Biochimie & Métabolisme (2)
    • 3 Voies d’alimentation
    • 1 carrefour métabolique
    • 1 « combustible »
    • 1 cycle fournissant un pouvoir
    réducteur
    • 1 chaîne respiratoire
    • 1 voie d’élimination d’un toxique
    • 2 orientations :
    • 1 orientation vers la biosynthèse
    de macromolécules
    • 1 orientation vers la production
    d’ATP
    Biochimie & Métabolisme (3)
    • Le métabolisme est régulé par
    contrôle :

    • Du taux des enzymes

    • De leur activité catalytique


    • Intégrité structurale et
    fonctionnelle de l’enzyme
    • Cofacteurs

    • De la disponibilité des substrats


    et/ou cofacteurs
    • Carence
    • Défaut d’une voie métabolique
    en amont
    Biochimie & Métabolisme (4) – Organisation du cours
    Métabolisme Métabolisme des Métabolisme
    des ac. aminés sucres des lipides

    PASS – LAS Protéines Polysaccharides Lipides


    Biochimie
    Hexoses
    Acides aminés Acides gras
    Pentoses

    Pyruvate

    Urée
    Nutrition & Acétyl-CoA
    Métabolisme Cycle de O2
    l’urée
    DFGSM3
    Chaîne de transport
    e- des électrons
    Cycle de Phosphorylation Biologie
    l’acide citrique oxydative
    CO2 Cellulaire
    catabolisme ATP
    anabolisme
    Régulation du métabolisme
    • Régulation par la disponibilité des substrats
    • Régulation par les enzymes : Protéines qui jouent un rôle de catalyseurs dans
    les réactions du métabolisme

    Gène E3 E3
    Gène E1 E1 E1 +-
     
    A B C
    Gène E2 E2
    Altérations du métabolisme
    • Déficit de voies de catabolisme, d’anabolisme ou de détoxification

    • Exemple : Défaut d’hydrolyse d’un disaccharide


    Intolérance au Lactose
    • Chez l’adulte : Inconfort
    • Approche nutritionnelle

    • Exemple : Défaut d’élimination de toxiques

    • Hyperammoniémie NH4+

    • Coma néonatal
    Hyperammoniémique
    Apport de la Biochimie (1)
    • Outil de compréhension de mécanismes de physiologie et physiopathologie

    Exemple : La sécrétion de l’insuline par les cellules Bêta des îlots de Langerhans
    - Les acteurs moléculaires Gloyn A.L. N Engl J Med 2004

    - Transporteurs
    - Canaux
    - Enzymes
    - Hormones
    - …
    - Les voies métaboliques impliquées
    - Les cibles thérapeutiques :
    - Canal potassique
    - Pour l’ouvrir
    - Pour le fermer
    Apport de la Biochimie (2)
    • Outil de compréhension de mécanismes de physiologie et physiopathologie
    • Maladies héréditaires du métabolisme
    • Déficit partiel ou total concernant une enzyme
    • Erreurs innées du métabolisme
    • Déficit d'origine génétique
    • Individuellement très rares (fréquence de 1/5 000 à 1/500 000)
    • 500 actuellement identifiées sur 5 000 maladies potentielles

    • Dépistage néonatal :
    • Programme national - Tous les nouveau-nés
    • Détection - Mise en place d’un traitement
    • 13 maladies dépistées en France en 2023
    • Protéine : Hémoglobine (Drépanocytose)
    • Acide aminé : Phénylcétonurie
    • Stéroïde : Hyperplasie congénitale des surrénales
    • Lipide : Déficit du catabolisme des Ac. Gras
    • …
    Apport de la Biochimie (3)

    • Outil d’exploration
    • Mission des laboratoires de Biochimie
    Médicale

    • Dosage de substrats
    • Dans un liquide biologique (plasma …)
    • Glucose, Cholestérol, …
    • Techniques enzymatiques : Spécificité
    • Spectrophotométrie

    • Mesure d’activités enzymatiques


    • Dans un liquide biologique
    • Dans un lysat ou extrait cellulaire
    • Substrat spécifique et spectrophotométrie
    Apport de la Biochimie (4)

    • Outil d’exploration
    • Voies métaboliques
    • Glucides

    • Lipides

    • Outil d’évaluation de risques


    • Ex : Risque cardio-vasculaire
    • Approche nutritionnelle
    • Approche thérapeutique
    Apport de la Biochimie (5)
    • Un point commun entre ces technologies :
    • Outil d’exploration – ex : Le dosage du Glucose
    Une réaction de transformation du glucose catalysée
    Capteur Freestyle Abbott
    par une enzyme

    • L’outil du patient

    Glucose + O2 → Ac. Gluconique + H2O2

    Ou
    • L’outil des laboratoires
    Glucose + ATP → Glucose-6-Phosphate + ADP

    Suivie d’une seconde réaction produisant un


    métabolique quantifiable par spectrophotométrie
    ou 1 e-
    Apport de la Biochimie (6)
    • Outil de compréhension des mécanismes d’action de médicaments
    • Les inhibiteurs enzymatiques

    • Nombreuses classes thérapeutiques Inhibition enzymatique :


    • Hypocholestérolémiants
    Applications non thérapeutiques
    • Antibactériens
    ◼ Environnements
    • Antiviraux
    ❑ Herbicides
    • Antihypertenseurs ❑ Insecticides
    • Anti inflammatoires ❑ Fongicides

    • Anti-cancéreux ◼ Armes chimiques


    • …
    • De Chimie à la Biochimie – Cours d’introduction D. Masson
    • Acides aminés et protéines 1 CM M. Denis
    • Glucides 1 CM G. Herbreteau
    • Acides aminés et protéines CM M. Denis
    • Enzymes et coenzymes CM D. Masson
    • Glucides 2 CM D. Masson
    • Lipides et lipoprotéines CM F. Nazih & K. Bach
    • Applications médicales ED D. Masson & M. Duflot

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