Chapitre III:

Microbiologie des eaux

cours1: Eaux naturelles
Les eaux subissent un traitement de potabilisation adapté, dans des unit
és de production d’eau, avant d’être distribuées sur le réseau. Elles doiv
ent répondre aux valeurs définis pour les paramètres physicochimiques
et microbiologiques, au niveau de la ressource, production après traite
ment, distribution sur le réseau et jusqu’au robinet du consommateur.
Ces eaux doivent être limpides et ne présentant ni coloration, ni odeur,
ni saveur anormale, exemptes d’organismes pathogènes et de tout pollu
ant dangereux pour la santé des consommateurs (nitrates, hydrocarbur
es, détergents, pesticides, métaux, etc.).
La surveillance de la qualité microbiologique des eaux destinées à la co
nsommation humaine repose sur la recherche des bactéries indicatrices
de contamination fécale, celles-ci constituant les paramètres microbiolo
giques impératifs rattachés à la limité de qualité de ces
eaux.
 L’eau peut devenir source de maladies et de nuisances. Les maladies à tran
smission hydrique, ont toujours sévi à l'état endémique et conservent jusq
u'à présent leur proéminence sur toutes les autres maladies à déclaration o
bligatoire.
La sécurité sanitaire des eaux distribuées fait appel à une succession de dispo
sitifs de vigilance qui permettent, par des procédures strictes et rigoureuses, d
e s’assurer du respect des exigences de qualité de l’eau et du bon fonctionnem
ent des installations de production et de distribution de l’eau.

Pour assurer la mise à dispo

sition d’une eau saine, il con
vient de la traiter efficaceme
nt, mais aussi de la protéger
lors de son transport et de s
on stockage contre toute dé
gradation de sa qualité bacté
riologique.
 Pollution de l'eau :
actuellement placée en tête des problèmes de l'environnement car l'eau
est une interface entre l'air et le sol.
Une eau est dite polluée lorsque son équilibre est modifié de façon dura
ble par l'apport en quantités très importantes des substances plus ou moin
s toxiques, d’origines naturelles ou issues d'activités humaines.
L'activité humaine (industrielle, urbaine ou agricoles), produit une quanti
té de substance polluantes de toute nature qui sont à l'origine de différent
s types de pollution qui peuvent être permanentes (rejets domestiques d'u
ne grande ville par ex), périodique ou encore accidentelles ou aiguës, à la s
uite du déversement intempestif des produits toxiques d'origine industriell
e ou agricole, ou de lessivage des sols urbains lors de fortes pluies.
La pollution participe de ce fait à diminuer les volumes d’eau utilisable p
ar les populations. Elle engendre aussi des maladies et les phénomènes d’e
utrophisation dans les réserves d’eau et déséquilibre dans l’environnemen
t naturel.
Pollution des eaux souterraines :
La pollution des eaux souterraines est le risque permanent de l’élimination d
e la ressource en eau dans un proche avenir.
C’est une pollution très discrète mais très persistante et ses conséquences do
ivent être envisagées sur le très long terme.
Principales origines de la pollution des eaux souterraines :
La pollution des eaux souterraines est favorisée par certains aménagements
et pratiques :
* Mauvaises gestions des eaux de ruissellement.
* Interventions qui favorisent l’infiltration dans la nappe : Forage ou puits san
s précaution, puits perdus (infiltration des eaux usées).
* Modification des pratiques agricoles : remplacement de la prairie par des cu
ltures intensives.
Autoépuration naturelles
des eaux
 b+ et champignons sont les utilisateurs des matières organiques (
détruits v+ et a+). Il en résulte un processus de minéralisation.
 L'activité b+ne ds les sédiments participe au métabolisme de l'éc
osystème du cours d'eau et joue un rôle primordial ds l'autoépurat
ion. les sédiments de rivière sont recouverts par des biofilms et pré
sentent une activité microbienne intense.

 AE est un processus biologique naturel par lequel les pollua

nts organiques vont se transformer dans le milieu aquatique.
 la capacité auto-épuratrice a des limites. Elle est efficace dan
s la mesure où la charge de pollution ne devient pas excessive
.
 Son importance dépend du métabolisme des micro-organismes présents
(bactéries) et de leur nombre,, des possibilités d'oxygénation, de l'atmos
phère et de la lumière.
 Le taux d’oxygène dissous est conditionné par deux types de facteurs : l
a consommation biochimique d’oxygène exigée par les MO pour transfo
rmer les matières organiques polluantes et la réabsorption d’O2 à la sur
face du cours d’eau.

Représentation
du mécanisme d
’autoépuration
DCO : (demande chimique en oxygène) permet de mesurer la quan
tité d’oxygène consommée par l’oxydation des matières organiques
et minérales contenues ds l’échantillon,
via l’utilisation d’un oxydant. Cette méthode est surtout utilisée po
ur les eaux très polluées (plus la DCO est élevée, plus l’eau est pollu
ée).
DBO5: (demande biochimique en oxygène à 5 jours) représente la
quantité d’oxygène consommée par les b+ pour assurer la dégradat
ion des matières polluantes, dans les conditions de l’expérience (inc
ubation à 20°C pendant 5 jours).
 De nombreux MO ayant différentes vitesses de croissan
ce, tels que les b+, algues, champignons et les protozoai
res sont associés à ce processus de dégradation.
 Les b+ restent cependant les MO les plus impliqués dan
s ce processus (environ 95 % des MO présents dans une
boue activée.

En présence d’un polluant

phase de transport permet d'amener les polluants (soluble
s et insolubles) au sein du liquide à la surface de b+.
Le substrat soluble diffuse facilement à travers la membrane, alors qu
e les matières insolubles (particules, colloïdes et grosses molécules
) sont après leur adsorption à la surface de la b+, hydrolysées par e
xo-enzymes avant d'être à leurs tours facilement assimilables.

En présence d’un polluant

Schéma de principe de la nutrition bactérienne

 C'est au sein de la cellule que s'effectue la
métabolisation des polluants:

- l'assimilation (ou anabolisme) qui est l'utilisation

des matières polluantes pour la synthèse de nouvell
es cellules
- la respiration (ou catabolisme) qui permet la combu
stion des substrats afin de libérer l'énergie nécessai
re aux micro-organismes pour assurer leurs fonctio
ns vitales
- la respiration endogène au cours de laquelle les micr
o-organismes utilisent leur propre matière en guise
de substrat.
Variation de la quantité d'oxygène dissous dans l'eau
à la suite d'un apport de déchets organiques dans u
n cours d'eau.
 EXEMPLE
 Après un rejet d'eaux usées dans une rivière, ces or
ganismes se développent en utilisant les matières bi
odégradables et en consommant de l’oxygène. Au f
ur et à mesure, vers l’aval, il y aura de moins en moi
ns de matières biodégradables dans le courant de la
rivière et donc de moins en moins de consommatio
n d'oxygène par les décomposeurs.

 Il arrivera finalement un endroit où l'oxygène revie

ndra à une valeur semblable à celle qu'il avait avant
le rejet de pollution :
Evolution de la pollution d'une rivière suite à un rejet d'égout direct
Phase de respiration endogène: La stabilisation de la culture conduit rapidement au décès des m
icro-organismes et s'accompagne d'une lyse des cellules libérant des produits divers. Durant cette
période, les besoins en oxygène sont limités aux besoins respiratoires d'entretien des cellules; c'es
t une phase de décroissance dite phase de respiration endogène.
Diminution de la biodiversité et de la qualité de l'eau en tant que ressource

Dans les profondeurs du milieu eutrophisé, la vie disparaît peu à peu : les espèces animales sensib
les à la baisse de la teneur en oxygène dissous et les bactéries aérobies meurent asphyxiées. Au b
out d'un certain temps, seules les bactéries anaérobies (qui vivent sans oxygène) survivent dans c
e milieu dépourvu d'oxygène : elles se multiplient et provoquent la fermentation de toute la matiè
re organique accumulée, libérant des gaz nauséabonds (hydrogène sulfuré et ammoniac) et du mé
thane (cnrs.fr, 2011d). Elles peuvent également libére des toxines qui peuvent être nocives pour c
ertains mammifères

Le nitrate (NO3-) comparé à l'ammonium (NH4+).

Élimination de carbone
 Le processus de dégradation de la matière ca
rbonée est plus rapide en aérobiose et la bact
érie est plus active que les organismes plus é
volués.
 Le carbone organique se retrouve sous forme

de CO2 et de biomasse.
 Minéraux

Lyse
MO Assimilation

MO

Figure 19 : Enrichissement de la MO en protéines au cours de sa dégradation (cycles assimil

ation et synthèse)
 Elimination de la pollution azotée.
L’élimination de la pollution azotée est assurée biolo
giquement par la nitrification-dénitrification

- Nitrification
 1 étape: la nitritation, qui est la transformation de l'
ammonium en nitrite, est essentiellement liée aux
Nitrosobactéries (genre Nitrosomonas)

 2 étape: la nitratation, au cours de laquelle les nitrit

es sont oxydés en nitrates, est principalement l’œu
vre des Nitrobactéries (genre Nitrobacter).
 Dénitrification

 Certains MO, généralement hétérotrophes, s

ont en fait capables, en période d'anoxie, d'u
tiliser les ions nitrites et nitrates au lieu de l'o
xygène dissous dans leur chaîne respiratoire
et donc de réaliser cette transformation de l'
azote nitrique.
La nitrification en phase aérobie :
NH4+ + 2O2 NO-3 + 2H+ + H2O

La dénitrification en phase anaérobie :

NO-3 + 6H+ + 5 e- ½ N2 + 3 H20

 Le nitrate peut être éliminé par des bactéries du

genre Paracoccus et par Escherichia coli
N2 or N-2 may refer to:
Nitrogen gas (chemical annotation N₂)
Figure : Schéma des principaux processus participant aux m
écanismes d’autoépuration (MES :
Matières en suspension, MOP : matière organique particulaire)
 Les processus qui participent l’autoépuration des cours d’eau dépendent de l’ac
tion conjointe de trois types de phénomènes et leurs interactions
- des processus physiques (mécanique) tels que la sédimentation des particule
s en suspension ou l’adsorption sur le substrat, Précipitation, Floculation
Piégeage

- des processus Biochimiques, la MatièrOrg est dégradée et métabolisée par la faun

e et bactérie, Métabolisation de la MO par les biocénoses

- Des processus chimiques: précipitation de la MO qui s’arrête ds les interstices d

u sédiment, Oxydation abiotique Réaction d’oxydoréduction
 Mécanismes biologiques d’épuration:

Trois séries de phénomènes sont étudiées:

- Bactériolyse

- Antibiose (eubactéries, actinomycète, mycétozoaire

s).

- Parasitisme (bactériophages, Bdellovibrio bactériov

orus ).

- Prédation (protozoaires, ciliés en particulier).

 Cependant, sur une partie du cours d'eau, les produ
its non-biodégradables ne sont pas éliminés et l’eau
se retrouve enrichie en résidus minéraux ce qui pro
voque l’explosion de la croissance d’algues vertes, l
entilles d'eau.

 C’est ce qu’on appelle l’eutrophisation. Les besoins

en oxygène de ces algues peuvent asphyxier le mili
eu aquatique et entraîner la mort des autres êtres v
ivants de l'écosystème
 Eutrophisation (un enrichissement en élémen
ts nutritifs) qui stimule la croissance des plan
tes, des algues et des bactéries.

 Les éléments eutrophisants (matière organ

ique (MO), azote (N), phosphore (P)
 En tant qu’éléments nutritifs, ils sont à la
base de la production primaire et des rés
eaux trophiques. Apportés en excès, ils pr
ovoquent un déséquilibre : l’eutrophisation
Schéma des principales phases de l’eutrophisation des eaux
Quels sont les symptômes de l’eutrophisa
tion?
 Accumulation de sédiments dans le fond du p
lan d’eau;
 Prolifération des végétaux aquatiques ;

 Appauvrissement de l’oxygène dans les eaux

profondes
 Disparition des espèces de poissons les plus e
xigeantes en terme de concentration en oxyg
ène
Efflorescences de cyanobactéries
Menace à la santé publique

 Les cyanobactéries présentes dans l’eau prod

uisent des toxines qui peuvent s’avérer dang
ereuses pour la santé. Ces risques sont plus o
u moins importants selon les toxines. Les troi
s toxines produites s’attaquent aux muqueus
es, à la peau, au foie ou au système nerveux.
 Merci pour votre attention