Colonne de Winogradsky

Plan du cours
1. Qu’est-ce qu’une colonne de Winogradsky?
2. Petit rappel biochimique
3. Colonne de Winogradsky: incubation à l’obscurité
4. Colonne de Winogradsky: incubation à la lumière
5. Colonne de Winogradsky: grands cycles
biogéochimiques
6. Colonne de Winogradsky: principales zones
 Colonne de Winogradsky
• Qu’est-ce qu’une colonne de Winogradsky?
« Un mini-écosystème auto-suffisant en vase clos qui
peut demeurer actif pendant des décennies»
• Imaginée par Winogradsky pour faire office de culture
d’enrichissement de tous les microorganismes présents
dans ses échantillons
• Hypothèse: tous les microorganismes présents dans
l’échantillon original allaient être plus nombreux dans la
colonne que dans leur environnement naturel
 Colonne de Winogradsky
• Écosystème riche: potentiel de plus de 300 genres
différents dans une colonne (Quelle approche pour
pouvoir affirmer cela?)
• Système auto-suffisant: tous les grands cycles
biogéochimiques présents
• Tous les types trophiques présents: photoautotrophie,
chimiohétérotrophie, photohétérotrophie et
chimioautotrophie
• Modèle d’étude utile pour étudier les changements
climatiques ou la modification ponctuelle d’un
écosystème (déversements p. ex.)
 Colonne de Winogradsky
• Dans la classe, toutes les colonnes n’auront pas le même
développement
• Différentes raisons peuvent expliquer cette différence:
• Inoculum de départ, la boue, est nécessairement différent
d’un individu à l’autre
• Les conditions d’incubation ne sont pas identiques
• Distance par rapport à la lumière différente
• Température (selon la distance à la lumière) peut
varier un peu
• Conclusion: pas de colonnes ratées ou réussies
• Faut juste être capable de faire des hypothèses pour
expliquer le résultat
• But de la présentation: vous fournir des outils et des
informations pour mieux comprendre
 Respiration
Colonne de Winogradsky aérobie

Petit rappel biochimique

Fermentation
On a vu au chapitre un que
toutes les bactéries ont besoin
d’une source d’énergie
Respiration
On va voir les différents types anaérobie
de métabolismes producteurs
d’énergie disponibles dans la
colonne Photosynthèse
 Colonne de Winogradsky
1. Respiration aérobie
a. Retrouvée plus en surface de la colonne ou dans une zone
plus large si les algues/cyanobactéries occupent plus
d’espace:
b. Microorganismes utilisent l’oxygène comme accepteur
final d’électrons: bactéries aérobies, anaérobies
facultatives et microaérophiles. Certains protozoaires.
c. D’où vient l’oxygène? De l’atmosphère ou des organismes
photosynthétiques aérobies présents
 Respiration aérobie
Ce mécanisme producteur d’énergie est divisée en trois grandes
étapes
1. La glycolyse
• Fournit le pyruvate qui sera transformé en acétyl-CoA
• Acétyl-CoA: molécule qui fait le pont entre la glycolyse et
la deuxième étape qui est le cycle de Krebs
• Glycolyse est aussi la première étape de la fermentation
bactérienne, un autre type de métabolisme producteur
d’énergie que nous verrons
• Produit final en présence d’oxygène: pyruvate oxydé en acétyl-CoA
• Bilan énergétique de la glycolyse:
• deux ATP utilisés: formation du glucose-6-P et du fructose-1,6-diphosphate
• Quatre ATP produits: 2 lors du passage du 1,3 Diphospho glycérate au
Phospho glycérate et 2 lors du passage du Phosphoénol pyruvate au Pyruvate
• Bilan net: 2ATP
 Respiration aérobie
1. Étape 2: le cycle de Krebs
• Dans lequel le pyruvate est complètement oxydé
• Production de grandes quantités de NADH utilisé pour la
production d’énergie à l’étape 3
Point à retenir: formation de grandes quantités de NADH
 Respiration aérobie
1. Étape 3: la phospyrylation oxydative
• Qui permet la phosphorylation de l’ADP en ATP
• ATP nécessaire à l’anabolisme des cellules
• Se réalise grâce à une chaîne transportrice d’électrons
 Respiration aérobie
Vidéo respiration aérobie
• Exemple dans la mitochondrie
• Mitochondrie à l’origine une bactérie
• Transposer mitochondrie et bactérie
https://www.youtube.com/watch?v=JCFnyYw8lSI
 Respiration aérobie
1. Respiration aérobie
a. Retrouvée plus en surface de la colonne ou dans
une zone plus large si les algues occupent plus
d’espace
b. Être capables d’identifier les principaux mo
capables de la faire:
• très nombreux (probablement quelques centaines
d’espèces dans la colonne)
• Des exemples: bactéries entériques, pseudomonades,
Bacillus, etc
c. Produit final de la respiration: CO2, H2O et ATP
 Respiration anaérobie
2. Respiration anaérobie
• Fonctionnement identique à celui de la respiration
aérobie mais avec un accepteur final d’électrons
différent de l’oxygène
• Peut-être faite par des microorganismes aérobies ou par
des anaérobies stricts
• Peuvent donc être retrouvés partout dans la colonne (Ex:
Pseudo dénitrifiant) mais ne vont faire de la
respiration anaérobie qu’en conditions anaérobies
• Être capables d’identifier les principaux mo capables de
la faire (Desulfovibrio, Pseudomonas denitrificans,
Archées méthanogènes, Clostridium, Bacillus)
 Respiration anaérobie
2. Respiration anaérobie
• Produits finaux identiques à ceux de la respiration
aérobie: CO2, H2O et ATP
• Différence de potentiel entre le NADH et
l’accepteur final d’électrons (NO3, SO4, et…)
toujours plus faible qu’entre le NADH et l’O2
• Ce que ça signifie, c’est que le rendement
énergétique de la respiration anaérobie sera toujours
plus faible que celui de la respiration aérobie et
dépendant de la différence de potentiel entre le
donneur et l’accepteur final
Donneurs et accepteurs
d’électrons
Respiration
 Fermentation
3. Fermentation
a. Peut-être faite par des microorganismes anaérobies
facultatifs, anaérobies aérotolérants ou par des
anaérobie stricts
b. MO peuvent donc être retrouvés partout dans la
colonne
c. Être capables d’identifier les principaux mo capables de
la faire (la grande majorité des bactéries anaérobies
facultatives, Clostridium, bactéries propioniques,
levures, bactéries lactiques)
d. Produits finaux de la fermentation: oxydation
incomplète/production de produits intermédiaires du
métabolisme: lactate, pyruvate, etc..
Exemples de différents sous-
produits de fermentation
selon les microorganismes
impliqués

Noter l’utilisation du NADH

qui regénère le NAD
nécessaire à la glycolyse
(GDPH)
Exemples de différents sous-
produits de fermentation
selon les microorganismes
impliqués

Noter l’utilisation du NADH

qui regénère le NAD
nécessaire à la glycolyse
(GDPH)
 Photosynthèse
4. Photosynthèse
a. Processus par lequel des organismes (dans notre cas
des bactéries et des algues) peuvent synthétiser de
la matière organique en utilisant l’énergie de la
lumière, un donneur d’électrons et le CO2.
b. Peut-être faite par des microorganismes aérobies
(algues ou cyanobactéries) ou par des anaérobies
facultatifs (PNS) ou anaérobies stricts (PS et VS)
c. Peuvent donc être retrouvés partout dans la colonne
d. Être capables d’identifier les principaux mo
capables de la faire et leur localisation dans la
colonne
 Photosynthèse
4. Photosynthèse
e. Pour la plupart, des bactéries autotrophes
f. Produits finaux: directement ATP et NADH et indirectement
assimilation du carbone à partir du CO2
g. Les organismes photosynthétiques sont les fabricants de
nouvelle matière organique dans la colonne
2n CO2+ 4n H2O+ photons → 2 (CH2O)n + 2n O2+ 2n H2O
2n CO2 + 4n H2S+ photons ----- 2(CH2O)n + 2nS2 + 2n H2O
 Bilan énergétique
• Respiration aérobie: La production d’ATP de la voie
aérobie s’élève à 36 ATP par molécule de glucose : 2
ATP de glycolyse, 2ATP du cycle de Krebs et 32 ATP de
la chaine respiratoire.
• Respiration anérobie: La production d’ATP de la voie
anaérobie sera toujours inférieure à 36 ATP par
molécule de glucose : 2 ATP de glycolyse, 2ATP du
cycle de Krebs et moins de 32 ATP de la chaine
respiratoire selon l’accepteur final d’électrons.
 Bilan énergétique
• Photosynthèse: L’efficacité énergétique (conversion de
l’énergie solaire en énergie biochimique) variera entre 1
et 6% ce qui n’est pas très élevé. La majorité de
l’énergie sera dissipée en chaleur
• Fermentation: le bilan en terme d'ATP formé se limite
aux 2 ATP issus de la glycolyse, soit un rendement
énergétique de 2 % au lieu des 40 % lors de la
respiration. La fermentation et la photosynthèse sont
donc les deux mécanismes producteurs d’énergie les
moins efficaces
 Bilan énergétique

Mécanisme Efficacité énergétique ATP

Respiration aérobie 40% 36

Respiration anaérobie <40% <36

Photosynthèse 6% ??

Fermentation 2% 2
 Colonne de Winogradsky
Développement de la colonne en deux grandes
étapes:

1. À la noirceur
2. À la lumière
 Incubation à la noirceur
Que se passerait-il si on incubait directement la
colonne à la lumière?
 Incubation à la noirceur
Objectifs de cette étape
• Permettre un développement rapide des
conditions anaérobies dans la portion inférieure
de la colonne
• Il ne faut pas oublier que la préparation de la
colonne a fait pénétrer de l’oxygène dans la
boue et mélangé les microorganismes
• L’incubation à l’obscurité empêche la croissance
des photosynthétiques oxygéniques
 Incubation à la noirceur
Succession des microorganismes au cours de l’incubation
Utilisation de la matière organique (cellulose) par les mo aérobies et
facultatifs ce qui cause une diminution de la concentration
d’oxygène (pas de nouvelle entrée d’oxygène). Conséquences:
1. Permet la croissance des anaérobies et des facultatives
2. Apparition des produits de fermentation qui deviennent des
substrats pour d’autres mo
3. Apparition des bactéries sulforéductrices et établissement d’un
gradient de H2S, grâce aux sulfates ajoutés, quand l’oxygène est
en concentration suffisamment faible
4. Voile indicateur de l’établissement de ce gradient
 Incubation à la noirceur
Que se passerait-il si on incubait directement la
colonne à la lumière?
 Incubation à la lumière
C’est lors de l’incubation à la lumière que la colonne
atteindra sa maturité. Sans lumière, une colonne de
Winogradsky ne pourra se développer comme on le verra.
On peut disséquer les évènements de plusieurs façons. On
en verra deux:
1. En fonction des cycles biogéochimiques. On
essaiera de comprendre le développement en
fonction des trois grands cycles : carbone, soufre et
azote
2. En fonction des zones (1 à 5), tout cycles
confondus
 Incubation à la lumière
• Il faut toujours garder en mémoire que la colonne
de Winogradsky est un système auto-suffisant qui
peut durer plus d’un siècle sans apport exogène
autre que:
• Un peu d’eau de temps en temps
• Une source exogène de carbone et d’azote
• Quelle est la seule source de carbone exogène
disponible quand le carbone de départ est épuisé?
• Quelle est la seule source d’azote exogène pour la
colonne?
 Cycle du carbone dans la
colonne
La seule source de carbone disponible est le CO2 et
les microorganismes capable d’utiliser cette source de
carbone sont les autotrophes

• Photolitotrophes: source d’énergie lumineuse

et CO2 comme source de carbone
• Chimiolitotrophes: source chimique d’énergie
inorganique et CO2 comme source de carbone
 Photolitotrophes
Incubation à la lumière et cycle du carbone
1. Photosynthèse anaérobie
a. Apparition des PNS (bactéries hétérotrophes)
b. Apparition des pourpres et vertes soufrées, bactéries
autotrophes qui tirent leur énergie de l’oxydation du
H2S
2. Photosynthèse aérobie: apparition des cyanobactéries et
des algues vertes
 Photolitotrophes
Bactéries et algues sont les portes d’entrée du
nouveau carbone dans la colonne et donc la
principale source de toute nouvelle matière
organique
 Principales espèces de PNS retrouvées
dans la colonne
A B

C D E

A) Rhodopseudomonas B) Rhodomicrobium C) Rhodobacter

D) Rhodospirillum et E) Rhodocyclus
 Principales espèces de bactéries
photosynthétiques anaérobies retrouvées
dans la colonne
A B

A) Chromatium (Pourpres soufrées) B) Chlorobium (Vertes soufrées)

Exemples d’espèces de cyanobactéries
ou d’algues vertes retrouvées
dans la colonne

A) Plankothrix B) Spirulina et la longue chaîne d’Oscillaria C) Chlamydomonas

 Chimiolitotrophes et méthanogènes
3. Autotrophe non-phototrophe
a. Bien qu’en moins grand nombre que les autotrophes
phototrophes, jouent quand même un rôle dans
l’entrée de nouveau carbone dans la colonne
b. Rôle mineur quand comparé au phototrophes
c. Nitrosomonas (NH4 en NO2-) et Nitrobacter (NO2- en
NO3-). Thiobacillus (oxydation du soufre)
4. Les méthanogènes
a. Peuvent être présentes dans la colonne, produire du
méthane à partir du CO2 qui pourrait être utilisé par
des bactéries méthanotrophes aérobies
 Cycle du Carbone
Incubation à la lumière et cycle du carbone
1. Tous ces organismes fixent le CO2 et sont les
fournisseurs de carbone de la colonne. Ces cellules
meurent (mort naturelle ou bactériophages) et
deviennent des nutriments pour les autres
microorganismes
2. Le carbone est ensuite remis en circulation sous forme
de CO2 et de produits de fermentation par la
dégradation microbienne de la matière organique.
Dégradation de la Photosynthèse aérobie
matière organique:
respiration
Oxydation du méthane
(métanotrophes)
Photosynthèse anaérobie
(autotrophes non-phototrophes aussi)

Dégradation de la Photosynthèse anaérobie

matière organique: (autotrophes non-phototrophes aussi)
respiration anaérobie
Dégradation de la
matière organique:
Production de méthane fermentation
 Cycle du Soufre
Incubation à la lumière et cycle du soufre
1. Dans un premier temps, le sulfate (molécule de départ)
est utilisé par les bactéries sulforéductrices pour en
faire du H2S
2. Apparition des pourpres et vertes soufrées, bactéries
autotrophes qui tirent leur énergie de l’oxydation du
H2S
3. Le H2S ou S2 est finalement réoxydé en sulfate par les
bactéries sulfo-oxydantes.
 H2S en excès
finalement réoxydé
SO4
en sulfate par les
H2S bactéries
sulfo-oxydantes
aérobies
(Thiobacillus)
SO4 comble
évidemment le besoin
en soufre pour la Utilisation du sulfure
croissance de tous les d’hydrogène par les
mo de la colonne Pourpres/vertes soufrées

Production de sulfure
d’hydrogène par les
sulforéductrices
 SO4

H2S

Cycle du soufre simple parce

que le soufre est séquestré dans
SO4 la colonne contrairement au
carbone (perdu en CO2) et à
l’azote (perdu en N2)
H2S

SO4
 Cycle de l’azote
Puisque la colonne est un écosystème auto-suffisant, on doit
donc y retrouver tous les cycles dont le cycle de l’azote
1. La fixation non-symbiotique de l’azote est la première
étape du cycle. Plus d’une trentaine de genres
bactériens, aérobies et anaérobies, peuvent effectuer
cette fixation (cyanobactéries, Clostridium, etc…)
2. Les bactéries fixatrices libèrent dans le milieu de
l’ammoniac (NH3) qui pourrait aussi parvenir de
l’ammonification (relarguage d’azote combinée par
dégradation de la mat org)
 Cycle de l’azote

3. L’ammoniac est ensuite transformé en nitrate

(Nitrosomonas et Nitrosococcus) utilisable par les
bactéries
4. En excès de nitrate, il peut y avoir dénitrification, c’est-
à-dire production de N2 par certaines espèces
bactériennes.
 N2 N2

Fixation de l’azote
aérobie NH3

NO3
Nitrification
NH3
Dénitrification (anaérobie)

Ammonification Matière

organique

NO3
N2
Fixation de l’azote Nitratation
anaérobie NH3
NH3
 N2 N2

Source d’azote
NH3 NO3
plantes/bactéries

Matière organique
 COLON N E D E W I N OGRAD SKY

PRI N CI PA LES FLORE

N 2 CO2 CO2

ZONE AEROBIE
REA CT I ON S M A JEU RE
O2
PHOT OSYN THESE
Al gu es v er t es,
A EROBI E CH2 O CH2 O Cy an ob act ér i es et
FIXA TION N 2 ET D E CO 2 Pr ot ozo ai r es

1 REJET D E O2 ET DE CO2 NH3 CO2 Pseu d om on as,

Lep t ot h r i x, et c

RESPIRATION A EROBIE

M et h y l om on as
OXYDA TION DU CH4

EAU
M ET HA N E

Seuls apports
MICROAEROPHILE

NO3 CH2 O
exogènes 2
OXYD A TION DES
COM POSES DU SOUFRE,
SO4
Ni t r osom on as,
Ni t r ob act er , Beggi at oa,
T h i ot h r i x, Su l f ol ob u s,

• N2
DU FER ET D E L' AZOT E
NH3 T h i ob aci l l u s
AUT OT ROPH IE
H2 S CO2
ZONE

• CO2 PH OT OA SSI M ILA T ION

D ES COM POSES
ORGANIQUES
CH2 O
Pou r p r es n on -sou f r ées

3 PHOT OSYNT HESE

A N A EROBI E SO4
Pou r p r es sou f r ées

OXYD A TION DU H 2 S

H 2 CO2 Acét at e
ZONE ANAEROBIE

FERM ENT ATION D E LA Bact ér i es d én i t r i f i an t es

M A TIERE ORGANIQUE Ch am p ign on s
4 RESPIRAT ION
A N A EROBI E
CH2 O Lact at e
En t ér i q u es
Sp i r och èt es
Cl o st r i d i u m
D EN IT RI FI CA T ION Et hanol

SEDIMENTS
Bac i l l u s
Bu tyr at e
Acét at e
FORM ATION DU CH4 H2 S
M ETH AN E M et h an ob act er i u m
D esu l f o v i b r i o

5 REDUCT ION DES

SU LFA T ES Lactat e Su l f or éd u ct r i ces

CO2 SO4
 Zone 1 1
 Photosynthèse aérobie NO3
SO4

 O produit
2 H2 S

 CO2 utilisé
 Fixation de N2
 Respiration aérobie
 Oxydation du méthane produit dans la zone 5
 Bactéries sulfo-oxydantes
 Nitrification
 Zones 2 et 3
 Pourpres non souffrées 1
 photoassimilation et production de
CH2O NO3 CH3O

2 NH3 PA CO2
 Chimiolithotrophes
 Nitrification NH -----> NO CH2O
3 3 3 SO4
 Fermentation à la limite
4

5
 Zones 4 et 5
 Bactéries hétérotrophes
 Oxydent matière organique
 Libèrent CO2
 Phototrophes anaérobies: CH2O
 Méthanogènes : CO2 en CH4 CH2O
 Boue : anaérobie
 Matière organique alors fermentée
(pas d’O2)
 Fermentation et respiration anaérobie
 CO2, H2, acides, alcools,...
 SO4 et NO3 : acc final d’É
 H2S, N2 et H2 produits
 COLON N E D E W I N OGRAD SKY

PRI N CI PA LES FLORE

N 2 CO2 CO2

ZONE AEROBIE
REA CT I ON S M A JEU RE
O2
PHOT OSYN THESE
Al gu es v er t es,
A EROBI E CH2 O CH2 O Cy an ob act ér i es et
FIXA TION N 2 ET D E CO 2 Pr ot ozo ai r es

1 REJET D E O2 ET DE CO2 NH3 CO2 Pseu d om on as,

Lep t ot h r i x, et c

RESPIRATION A EROBIE

M et h y l om on as
OXYDA TION DU CH4

EAU
M ET HA N E
MICROAEROPHILE

NO3 CH2 O
Ni t r osom on as,
OXYD A TION DES SO4
2 COM POSES DU SOUFRE,
DU FER ET D E L' AZOT E
Ni t r ob act er , Beggi at oa,
T h i ot h r i x, Su l f ol ob u s,
NH3 T h i ob aci l l u s
AUT OT ROPH IE
H2 S CO2
ZONE

PH OT OA SSI M ILA T ION CH2 O

D ES COM POSES
ORGANIQUES Pou r p r es n on -sou f r ées

3 PHOT OSYNT HESE

A N A EROBI E SO4
Pou r p r es sou f r ées

OXYD A TION DU H 2 S

H 2 CO2 Acét at e
ZONE ANAEROBIE

FERM ENT ATION D E LA Bact ér i es d én i t r i f i an t es

M A TIERE ORGANIQUE Ch am p ign on s
4 RESPIRAT ION
A N A EROBI E
CH2 O Lact at e
En t ér i q u es
Sp i r och èt es
Cl o st r i d i u m
D EN IT RI FI CA T ION Et hanol

SEDIMENTS
Bac i l l u s
Bu tyr at e
Acét at e
FORM ATION DU CH4 H2 S
M ETH AN E M et h an ob act er i u m
D esu l f o v i b r i o

5 REDUCT ION DES

SU LFA T ES Lactat e Su l f or éd u ct r i ces

CO2 SO4
Algues et cyanobactéries

Pourpres
Non-soufrées

Chromatium

Desulfovibrio
Museum of
microbes
Amsterdam
 Cyanobactéries I
Bactéries oxydant le soufre
Bactéries pourpres non-soufrées II
Bactéries pourpres soufrées
Bactéries vertes soufrées III
IV
Bactéries sulforéductrices

Bactéries méthanogènes V
H2S O2
 H2 CO2 Acétate

Pyruvate CH2O Lactate

Proprionate Éthanol
Butyrate
 But recherché Méthode utilisée Limite(s) Amorces
(si nécessaire)
Vérification classique de
la présence d’une bactérie
dans un environnement
Vérification moléculaire
de la présence d’une
bactérie dans un
environnement
Quantification classique
d’une bactérie dans un
environnement
Quantification moléculaire
d’une bactérie dans un
environnement
 But recherché Méthode utilisée Limite(s) Amorces
(si nécessaire)
Vérification classique de Culture sur milieu Viabilité
la présence d’une bactérie sélectif Ressuscitation
dans un environnement
Vérification moléculaire PCR Connaître le Amorces
de la présence d’une génome de la spécifiques
bactérie dans un bactérie
environnement
Quantification classique Dilution et étalement Viabilité
d’une bactérie dans un sur un milieu sélectif
environnement
Quantification moléculaire qPCR Connaître le Amorces
d’une bactérie dans un génome de la spécifiques
environnement bactérie
 But recherché Méthode utilisée Limite(s) Amorces
(si nécessaire)
Quantification classique
de toutes les bactéries
dans un environnement

Quantification
moléculaire de toutes les
bactéries dans un
environnement
% d’une bactérie dans un
environnement complexe
 But recherché Méthode utilisée Limite(s) Amorces
(si nécessaire)
Quantification classique Culture sur milieu Pas de milieu
de toutes les bactéries non-sélectif universel.
dans un environnement Au moins le
nombre de
bactéries égal
au milieu ayant
donné le plus
haut compte
Quantification qPCR 16S Nombre de Amorces
moléculaire de toutes les copies/gr (ml) universelles
bactéries dans un
environnement
% d’une bactérie dans un (qPCR Amorces
environnement complexe spécifique/qPCR universelles +
universel) x 100 amorces
spécifoiques