DrugBank
DrugBank é unha base de datos en liña de acceso libre, completa que contén información de fármacos e dianas de fármacos.[1] DrugBank é un recurso tanto bioinformático coma quimioinformático que combina datos detallados de fármacos (é dicir, datos químicos, farmacolóxicos e farmacéuticos) con información completa das dianas de fármacos (é dicir, información de secuencias, estrutura, e rutas).[1][2] Debido ao amplo ámbito que abrangue e as referencias completas e datos infrecuentemente ben detallados das descricións, DrugBank é máis parecida a unha enciclopedia de fármacos que a unha simple base de datos. Hai ligazóns a DrugBank para case todos os fármacos mencionados nas wikipedias. DrugBank utilízase amplamente na industria farmacéutica, polos químicos de medicamentos, farmacéuticos, médicos, estudantes e público en xeral. Os seus amplos datos de fármacos e dianas de fármacos permitiron o descubrimento e busca de novos usos para moitos dos fármacos existentes para tratar doenzas raras e de nova identificación.
A última versión que saíu desta base de datos é a 4.0, a cal contén 7677 entradas de fármacos incluíndo 1558 fármacos de pequenas moléculas aprobados pola FDA norteamericana, 155 fármacos biotecnolóxicos (proteína/péptido) aprobados pola FDA, 87 nutracéuticos e uns 6000 fármacos experimentais.[3] Ademais, contén 4270 proteínas non redundantes (é dicir, secuencias de dianas de fármacos/encimas/transportadores/carrexadores) que están ligadas ás entradas destes fármacos. Cada entrada de DrugCard (Fig. 1) contén máis de 200 campos de datos coa metade da información dedicada a dar datos de fármacos/compostos químicos e a outra metade dedicada a datos de dianas de fármacos ou datos de proteínas.[3]
Catro bases de datos adicionais, que son: HMDB,[4] T3DB,[5] SMPDB [6] e FooDB, forman tamén parte do paquete xeral de bases de datos metabolómicas/quimioinformáticas. A HMDB contén información equivalente de máis de 40000 metabolitos humanos, T3DB contén información de 3100 toxinas comúns e contaminantes ambientais, SMPDB contén diagramas de rutas de case 700 vías metabólicas humanas e vías de enfermidades, e FooDB contén información equivalente sobre ~28000 compoñentes de alimentos e aditivos alimentarios.
Historia das sucesivas versións
editarA primeira versión de DrugBank saíu en 2006.[1] Este primeiro lanzamento contiña unha cantidade de información relativamente modesta con só 841 fármacos de moléculas pequenas aprobados pola FDA e 113 fármacos biotecnolóxicos. Tamén incluía información sobre 2133 dianas de fármacos. Asegunda versión de DrugBank saíu en 2009.[2] Esta versión moi ampliada e mellorada da base de datos incluía xa 1344 fármacos de pequenas moléculas aprobados e 123 fármacos biotecnolóxicos, xunto con 3037 dianas de fármacos únicas. A versión 2.0 tamén incluía por primeira vez fármacos retirados e drogas ilegais, e ampla información sobre interaccións alimentos-fármacos e fármaco-fármaco e parámetros ADMET (absorción, distribución, metabolismo, excreción e toxicidade). A versión 3.0 apareceu en 2011.[7] Esta versión contiña 1424 fármacos de pequenas moléculas aprobados e 132 fármacos biotecnolóxicos e >4000 dianas de fármacos únicas. A versión 3.0 tamén inclúe datos de transportes de fármacos, datos de rutas de fármacos, prezos de fármacos, patentes e datos de fabricación e datos sobre >5000 fármacos experimentais. A versión 4.0 apareceu en 2014.[3] Nesta versión inclúense 1558 fármacos de pequenas moléculas aprobados pola FDA, 155 fármacos biotecnolóxicos e 4200 dianas de fármacos únicas. A versión 4.0 tamén incorporou ampla información sobre metabolitos fármacos (estruturas e reaccións), taxonomía de fármacos, espectros de fármacos, constantes de afinidade de fármacos e información sobre síntese de fármacos. A Táboa 1 proporciona un resumo estatístico máis completo da historia do desenvolvemento de DrugBank.
| Categoría | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| Nº. de campos de datos por DrugCard | 88 | 108 | 148 | 208 |
| Nº. de tipos de buscas | 8 | 12 | 16 | 18 |
| Nº. de rutas de acción de fármacos ilustradas | 0 | 0 | 168 | 232 |
| Nº. de fármacos con datos de encimas metabolizantes | 0 | 0 | 762 | 1.037 |
| Nº. de metabolitos fármacos con estruturas | 0 | 0 | 0 | 1.239 |
| Nº. de reaccións de metabolismo de fármacos | 0 | 0 | 0 | 1.308 |
| Nº. de rutas de metabolismo de fármacos ilustradas | 0 | 0 | 0 | 53 |
| Nº. de fármacos con datos de transporte de fármacos | 0 | 0 | 516 | 623 |
| Nº. de fármacos con información de clasificación taxonómica de fármacos | 0 | 0 | 0 | 6.713 |
| Nº. de efectos de fármacos asociados con SNP | 0 | 0 | 113 | 201 |
| Nº. de fármacos con datos de patentes, prezos, e fabricación | 0 | 0 | 1.208 | 1.450 |
| Nº. de interaccións alimento-fármaco | 0 | 714 | 1.039 | 1.180 |
| Nº. de interaccións fármaco-fármaco | 0 | 13.242 | 13.795 | 14.150 |
| Nº. de parámetros ADMET (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6.667 |
| Nº. de parámetros QSAR por fármaco | 5 | 6 | 14 | 23 |
| Nº. de fármacos con datos de constante de afinidade de dianas de fármacos | 0 | 0 | 0 | 791 |
| Nº. de fármacos con datos de espectro RNM | 0 | 0 | 0 | 306 |
| Nº. de fármacos con espectro de espectrometría de masas | 0 | 0 | 0 | 384 |
| Nº. de fármacos con información da síntese química | 0 | 38 | 38 | 1.285 |
| Nº. de fármacos de pequenas moléculas aprobados pola FDA | 841 | 1.344 | 1.424 | 1.558 |
| Nº. de fármacos biotecnolóxicos | 113 | 123 | 132 | 155 |
| Nº de fármacos nutracéuticos | 61 | 69 | 82 | 87 |
| Nº. de fármacos retirados | 0 | 57 | 68 | 78 |
| Nº. de drogas ilegais | 0 | 188 | 189 | 190 |
| Nº. de fármacos experimentais | 2.894 | 3.116 | 5.210 | 6.009 |
| Nº total de fármacos de pequenas moléculas da FDA e experimentais | 3.796 | 4.774 | 6.684 | 7.561 |
| Nº total de fármacos da FDA e experimentais (de todos os tipos) | 3.909 | 4.897 | 6.816 | 7.713 |
| Nº. de todas as dianas de fármacos (únicas) | 2.133 | 3.037 | 4.326 | 4.115 |
| Nº. de transportadores/encimas fármacos aprobados (únicos) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| Nº. de todas os encimas/transportadores fármacos (únicos) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| Nº. de ligazóns a bases de datos externas | 12 | 18 | 31 | 33 |
Alcance e acceso
editarTodos os datos de DrugBank son non propietarios ou derívanse dunha fonte non propietaria. Son libremente accesibles e dispoñibles para calquera. Ademais, case cada ítem de datos é totalmente rastrexable e explicitamente referenciado á fonte orixinal. Os datos de DrugBank están dispoñibles a través dunha interface de páxina web pública e por descargas.
Os usuarios poden procurar datos en DrugBank de diversos xeitos:
Poden facerse buscas de textos simples do compoñente textual enteiro da base de datos. Clicando no botón de busca xérase unha sinopse tabular do contido de DrugBank. Isto permite aos usuarios desprazarse a través da base de datos ou reordenar os seus contidos (Fig. 2).
- Ao clicar nun determinado botón de DrugCard aparecen os contidos de datos completos para o fármaco correspondente. Alí dáse unha explicación completa de todos os campos de DrugCard e fontes.
- O botón PharmaBrowse permite que os usuarios busquen entre fármacos agrupados segundo as súas indicacións. Isto é especialmente útil para os farmacéuticos e médicos, mais tamén para investigadores farmacéuticos que buscan pistas de fármacos potenciais.
O botón ChemQuery permite que os usuarios debuxen (utilizando applets ChemAxon) ou escriban (como cadeas de datos SMILES) un composto químico e busquen en DrugBank os compostos químicos similares ou idénticos ao composto procurado (Fig. 3).
- O botón TextQuery soporta unha busca de textos máis sofisticada (con correspondencias de palabras parciais, sensible ás maiúsculas e minúsculas, con erros ortográficos etc.) da porción de texto de DrugBank.
- O botón SeqSearch permite aos usuarios realizar procuras de secuencias BLAST (proteína) entre as 18.000 secuencias contidas en DrugBank. Poden facerse buscas BLAST tanto dunha secuencia coma de múltiples (é dicir, o proteoma completo).
- O botón Data Extractor abre unha ferramenta de busca relacional doada de usar que permite aos usuarios seleccinar ou buscar en varias combinacións de subcampos. O Data Extractor é a ferramenta de busca máis sofisticada de DrugBank.
Os usuarios poden descargar compoñentes de textos seleccionados e datos de secuencias de DrugBank e rastrexar as últimas noticias sobre DrugBank por medio de provedores (feeds) de noticias regulares no seu sitio web e en Twitter e Facebook.
Notas
editar- ↑ 1,0 1,1 1,2 Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D668-D672. PMC 1347430. PMID 16381955. doi:10.1093/nar/gkj067.
- ↑ 2,0 2,1 Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D901–906. PMC 2238889. PMID 18048412. doi:10.1093/nar/gkm958.
- ↑ 3,0 3,1 3,2 Law, V; Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. (Jan 2014). "DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism". Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D1091-7. PMC 3965102. PMID 24203711. doi:10.1093/nar/gkt1068.
- ↑ Wishart, DS; Guo, AC, Eisner, R, Young, N, Gautam, B, Hau, DD, Psychogios, N, Dong, E, Bouatra, S, Mandal, R, Sinelnikov, I, Xia, J, Jia, L, Cruz, JA, Lim, E, Sobsey, CA, Shrivastava, S, Huang, P, Liu, P, Fang, L, Peng, J, Fradette, R, Cheng, D, Tzur, D, Clements, M, Lewis, A, De Souza, A, Zuniga, A, Dawe, M, Xiong, Y, Clive, D, Greiner, R, Nazyrova, A, Shaykhutdinov, R, Li, L, Vogel, HJ, Forsythe, I (Jan 2009). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome". Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D603-10. PMC 2686599. PMID 18953024. doi:10.1093/nar/gkn810.
- ↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.". Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D781-6. PMC 2808899. PMID 19897546. doi:10.1093/nar/gkp934.
- ↑ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Jan 2014). "Small Molecule Pathway Database.". Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D478-84. PMC 3965088. PMID 24203708. doi:10.1093/nar/gkt1067.
- ↑ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs.". Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D1035–41. PMC 3013709. PMID 21059682. doi:10.1093/nar/gkq1126.