עלילת הסרט, העוסקת לראשונה בקולנוע הישראלי בחיילים בודדים, מתארת את השתלטותם של שני כלואים על "אגף הבודדים" שבכלא שש. הכלואים, חיילים בודדים ממוצא רוסי וקווקזי, לוחמים בחטיבת גולני, נשלחו לכלא 6 לאחר שהורשעו במכירת נשק לארגון חמאס, וכעת הם דורשים משפט חוזר.
תסריט הסרט נכתב בהשראת אירועים אמיתיים: בשנת 1997 התקיים מרד אסירים בכלא שש, שהיה נדיר בהיקפו, אשר במהלכו השתלטו מספר כלואים על חדר האוכל, ולכדו מספר מדריכי-כלואים וסמלים.
סשה בלוחין, לוחם בחטיבת גולני, מתבשר שהתקבל למבדקי קצונה. הוא יוצא לחגוג ביחד עם חברו לגדוד - גלורי. שני החיילים הם חיילים בודדים, עולים חדשים (סשה מרוסיה וגלורי מאחת ממדינות הקווקז), ללא קרובי משפחה בישראל. זמן מה לאחר מכן, השניים נעצרים, מואשמים ומורשעים כי מכרו את נשקו האישי של סשה לחמאס, אשר השתמש בנשק לצורך ביצוע פיגוע בחדרה, שבו נהרגו חמישה אזרחים.
שני הלוחמים, אשר נתפסים כבוגדים, לא רוצים לאבד את כבודם כלוחמים בצה"ל, ודורשים משפט חוזר. אולם המערכת הצבאית איננה מתעניינת ברצונותיהם, ומחליטה לשחרר אותם מהצבא ולהעביר אותם לבית כלא אזרחי, להמשך ריצוי עונשם. מצב זה גורם להם להשתלט על "אגף הבודדים" בו הם כלואים, לחטוף מדריך כלואים, סמל ומש"קית ת"ש כבני ערובה ולדרוש מאלוף הפיקוד משפט חוזר.
במהלך אירוע החטיפה, מתוודים השניים בפני אילנית, מש"קית הת"ש, כי סשה שכח את נשקו האישי אצל זונה אותה ביקר כשהשניים יצאו לחגוג יחד. על מנת לסייע לו, גנב גלורי נשק מנשקיית היחידה ומסר אותו לסשה, על מנת שלא יתגלה כי איבד את נשקו.
לדברי במאי הסרט, רנן שור, שאף להעמיד גיבור מורד, עולה חדש, המתכתב עם דמותו של סאלח שבתי.
ישראל
"הבודדים", במסד הנתונים הקולנועיים IMDb (באנגלית)
"הבודדים", במסד הנתונים הקולנועיים KinoPoisk (ברוסית)
הבודדים, קדימון הסרט באתר יוטיוב