PENUNTUN PRAKTIKUM

BIOKIMIA
SEMESTER GANJIL TA. 2024-2025
(Blok Cells, Molecular Biology,
Hematology and Embriology)

BAGIAN BIOKIMIA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS
MUHAMMADIYAH SUMATERA UTARA
TAHUN 2024
1
Penyusun:

dr. Isra Thristy, M. Biomed

Emni Purwoningsih, S.Pd, M.Kes
dr. Qarina Hasyala Putri, M. Biomed
dr. Ismatul Fauziah Rambe, M. Biomed

BAGIAN BIOKIMIA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS
MUHAMMADIYAH SUMATERA UTARA
TAHUN 2024
2
 KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum Warahmatullahi Wabarakatuh,

Puji syukur Alhamdulillah kita haturkan rasa syukur
kepada Allah swt, yang telah memberikan nikmat yang banyak
sehingga penuntun praktikum biokimia dapat terbit.
Buku ini dirancang untuk memandu dan membantu
mahasiswa FK UMSU dalam melakukan percobaan ilmu
biokimia, sehingga akan memudahkan untuk memahami teori
ilmu biokima. Dengan kegiatan praktikum mahasiswa akan
melakukan observasi dan bereksperimen secara nyata, sehingga
mampu mengimplementasikan teori ilmu biokimia.
Pada buku masih terus dilakukan perbaikan untuk
penyempurnaan, dengan demikian saran dan kritik yang
membangun sangatlah kami harapkan. Akhir kata kami
mengucapkan banyak terimakasih.

Kepala Bagian Biokimia

FK UMSU

3
 DAFTAR ISI

Halaman
Kata Pengantar .................................................................... 3
Daftar Isi ............................................................................ 4
Visi, Misi, dan Tujuan Prodi FK UMSU…………………. 5
Visi, Misi, dan Tujuan Prodi Pendidikan Dokter FK
UMSU.................................................................................. 7
Tata Tertib Praktikum......................................................... 9
Sistem Penilaian Praktikum................................................ 11
Penuntun Praktikum Semester I Blok Cells, Molecular
Biology and Hematology..................................................... 12
1. Pengenalan Alat Laboratorium Dan Latihan
Menggunakan Pipet-Pipet Dan Timbangan............. 13
2. Pengaruh Kadar Enzim Dan Kadar Substrat
Terhadap Aktivitas Enzim....................................... 19
3. Pengaruh Suhu Terhadap Aktivitas Enzim dan
Pengukuran Kadar Amilase Pankreas...................... 23
4. Pemeriksaan Resistensi Osmotik Darah Cara
Visual / Hemolisis Darah......................................... 25
Penuntun Praktikum Semester I Blok Embriology and
Genetics................................................................................ 39
1. Isolasi (Ekstraksi) DNA........................................... 40
2. PCR (Polymerase Chai Reaction)........................... 45
Daftar Pustaka...................................................................... 52

4
 Visi, Misi dan Tujuan
FK UMSU

Visi
Menjadi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan yang unggul
dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan Sumber Daya
Manusia berdasarkan nilai-nilai Al-Islam dan
Kemuhammadiyahan.

Misi
1. Menyelenggarakan tridharma perguruan tinggi
(Pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada
masyarakat) dengan pendekatan ilmu biomedis dan
kedokteran pencegahan berdasarkan nilai-nilai al-islam
dan kemuhammadiyahan
2. Menjalin kerja sama dengan Institusi dalam dan luar
negeri dalam pelaksanaan tridharma perguruan tinggi
(Pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada
masyarakat) berdasarkan nilai-nilai al-islam dan
kemuhammadiyahan
3. Menyelenggarakan tata kelola fakultas yang profesional
berdasarkan nilai-nilai al-islam dan kemuhammadiyahan
4. Menciptakan iklim akademik yang kondusif dan
humanis berdasarkan nilai-nilai al-islam dan
kemuhammadiyahan.

Tujuan
1. Membentuk mahasiswa yang cerdas, kreatif, inovatif,
beretika dan memiliki kemampuan belajar mandiri dan
belajar sepanjang hayat.
2. Menghasilkan lulusan yang profesional, kompeten,
berdedikasi, berdaya saing, dan berwawasan islami
sesuai dengan Standar Nasional Perguruan Tinggi dan
Pendidikan Kedokteran
3. Meningkatkan jumlah penelitian berbasis hibah dan
kompetisi.
4. Meningkatkan jumlah publikasi ilmiah di jurnal nasional
dan internasional yang bereputasi.
5
5. Meningkatkan jumlah pengabdian kepada masyarakat
untuk mewujudkan masyarakat yang sehat dan
berpengetahuan.
6. Mewujudkan tata kelola yang transparan dan akuntabel
7. Meningkatkan kesejahteraan dosen dan pegawai.
8. Meningkatkan kualitas sumber daya manusia.
9. Meningkatkan kuantitas dan kualitas wahana pendidikan
klinis.
10. Mengembangkan jaringan kemitraan yang
berkesinambungan di bidang ilmu kedokteran dan
kesehatan di taraf nasional dan internasional.
11. Meningkatkan kuantitas dan kualitas sarana dan
prasarana penunjang kegiatan akademik.
12. Meningkatkan kegiatan dan pertemuan ilmiah di bidang
ilmu kedokteran dan kesehatan secara
berkesinambungan

6
 Visi, Misi dan Tujuan
Program Studi Pendidikan Dokter

Visi
Menjadi Program Studi Pendidikan Dokter yang menghasilkan
lulusan profesional dan berorientasi komunitas terutama di
bidang kedokteran pencegahan berdasarkan nilai-nilai Al-Islam
dan Kemuhammadiyahan.

Misi
1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran dengan
metode pembelajaran yang inovatif dan kreatif
berdasarkan nilai-nilai al-islam dan kemuhammadiyahan
2. Melaksanakan penelitian dan pengabdian kepada
masyarakat dengan pendekatan kedokteran pencegahan
3. Menciptakan iklim akademik yang kondusif dan
humanis berdasarkan nilai-nilai al-islam dan
kemuhammadiyahan.

Tujuan
1. Membentuk mahasiswa yang cerdas, kreatif, inovatif,
beretika dan memiliki kemampuan belajar mandiri dan
belajar sepanjang hayat.
2. Menghasilkan lulusan yang profesional, kompeten,
berdedikasi, berdaya saing, dan berwawasan islami
sesuai dengan Standar Kompetensi Dokter Indonesia
(SKDI) dan Standar Kompetensi dan Karakteristik
Dokter Muhammadiyah (SKKDM).
3. Meningkatkan jumlah penelitian berbasis hibah dan
kompetisi.
4. Meningkatkan jumlah pengabdian kepada masyarakat
untuk mewujudkan masyarakat yang sehat dan
berpengetahuan.
5. Meningkatkan jumlah publikasi ilmiah di jurnal nasional
dan internasional yang bereputasi.
6. Meningkatkan kegiatan dan pertemuan ilmiah di bidang
ilmu kedokteran dan kesehatan secara
berkesinambungan
7
7. Meningkatkan kegiatan organisasi mahasiswa yang
mendukung pencapaian kompetensi soft skills.

8
 Tata Tertib Praktikum
Tahapan kegiatan praktikum:
1. Mahasiswa wajib mengikuti pre test sebelum memulai
praktikum di laboratorium biokimia. Nilai pre test akan
mempengaruhi nilai akhir praktikum.
2. Mahasiswa mengikuti seluruh praktikum secara offline
sesuai jadwal yang sudah ditentukan. Mahasiswa yang
tidak hadir dengan alasan sesuai Panduan Akademik
yang dibenarkan dapat mengikuti inhal/susulan
praktikum.
3. Mahasiswa mengerjakan tugas/laporan penyusunan
praktikum dan mengumpulkannya melaui elearning.
4. Mahasiswa mengikuti post test sesuai jadwal yang sudah
ditentukan. Prasyarat ikut ujian post test adalah
mahasiswa mengikuti seluruh praktikum. Jika
mahasiswa tidak hadir post test dengan alasan sesuai
dengan panduan akademik maka mahasiswa dapat
mengikuti post test susulan (Inhal).

Tata tertib praktikum luring/offline

1. Peserta praktikum adalah mahasiswa Fakultas
Kedokteran UMSU sesuai dengan blok yang dijalani.
2. Mahasiswa wajib mengikuti seluruh kegiatan praktikum
Fakultas Kedokteran UMSU.
3. Mahasiswa wajib mengunduh bahan ajar/video
praktikum di elearning FK UMSU dan belajar mandiri
untuk persiapan kegiatan praktikum.
4. Mahasiswa hadir minimal 10 menit sebelum kegiatan
dimulai.
5. Mahasiswa yang terlambat lebih dari 10 menit tidak
diperkenankan mengikuti kegiatan praktikum.
Keterlambatan kehadiran praktikum 10 menit, tidak ada
kompensasi waktu tambahan untuk kegiatan yang telah
berlangsung.
6. Mahasiswa harus menandatangani daftar hadir sebagai
bukti kehadiran.

9
7. Mahasiswa wajib membawa alat dan kelengkapan yang
ditetapkan oleh masing-masing bagian laboratorium.
8. Mahasiswa wajib membawa buku penuntun praktikum
atau buku-buku lainnya yang ditentukan oleh bagian
untuk kelancaran praktikum.
9. Mahasiswa yang tidak mengenakan busana sesuai
dengan peraturan busana kegiatan praktikum Fakultas
Kedokteran UMSU tidak diperkenankan mengikuti
kegiatan.
10. Tidak diperkenankan mengaktifkan telepon genggam
dan tidak boleh makan dan tidur, serta harus menjaga
sopan santun dan etika selama kegiatan praktikum.
11. Perwakilan dari grup kecil bertugas mengambil alat dan
bahan yang diperlukan untuk kegiatan praktikum dari
petugas laboratorium dan mengembalikan alat dan bahan
tersebut seperti sediakala setelah kegiatan selesai
dilaksanakan. Apabila terjadi kerusakan/kehilangan,
maka grup tersebut wajib mengganti dengan alat/bahan
yang sama.
12. Selama jam praktikum, tidak dibenarkan meninggalkan
laboratorium tanpa seizing pengawas.
13. Melakukan prosedur dengan lege artis termasuk terhadap
kadaver, binatang percobaan dll
14. Mahasiswa harus berhati-hati pada percobaan/praktikum
yang memakai bahan kimia dan atau obat-obatan.
15. Mahasiswa yang tidak hadir karena alasan yang dapat
dibenarkan sesuai Panduan Akademik dapat mengikuti
kegiatan susulan (inhal) sesuai dengan peraturan yang
berlaku.
16. Mahasiswa yang tidak mengikuti kegiatan praktikum
secara lengkap tidak diperkenankan untuk ujian
praktikum (posttest) dan selanjutnya tidak memenuhi
syarat untuk mengikuti ujian blok.
17. Hal-hal lain yang belum tercantum di dalam tata tertib
ini akan ditentukan kemudian oleh bagian sejauh tidak
bertentangan dengan peraturan umum yang ada.

10
 SISTEM PENIALAIAN PRAKTIKUM
Komponen Penilaian:

No Kegiatan Persentase
1 Pre test 20%
2 Tugas 20%
3 Post test 50%
4 Attitude 10%

11
 Penuntun Praktikum Biokimia
Semester I
Block Cells, Molecular Biology and
Hematology

Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran
Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara
2024

12
 PRAKTIKUM I
PENGENALAN ALAT LABORATORIUM DAN
LATIHAN MENGGUNAKAN PIPET-PIPET DAN
TIMBANGAN

1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui dan mengenal alat-alat di ruangan praktikum
biokimia serta mampu menggunakan alat-alat dasar praktikum
dengan baik dan benar.

2. LANDASAN TEORI
Praktikum biokimia menggunakan alat-alat laboratorium
yang sebagian besar belum pernah dikenal oleh mahasiswa.
Sehingga perlu diperkenalkan kepada mahasiswa alat-alat yang
akan dipraktekkan secara langsung pada praktikum biokimia
selama menempuh program pendidikan dokter.
Alat yang selalu digunakan pada praktikum biokimia
adalah pipet yaitu terutama pipet mohr dan pipet otomatik.
Selain itu bahan yang digunakan juga selalu ditimbang dengan
timbangan digital. Oleh sebab itu pada praktikum ini mahasiswa
akan dilatih untuk menggunakan berbagai jenis pipet dan
timbangan sehingga pada praktikum selanjutnya hasil yang
diperoleh sesuai dengan yang diharapkan.

3. PROSEDUR KERJA

3.1 Alat dan bahan:

1. Pipet tetes
2. Pipet mohr/volumetri
3. Pipet spuid
4. Pipet otomatik
5. Timbangan digital
6. Ph meter
7. Kertas pH
8. Mikrosentrifus
9. Spektrofotometer
10. Waterbath
13
 11. Shaker
12. Automatic stirrer
13. Heater
14. Elektroforesis agarose
15. Kulkas
16. Vortex
17. PCR
18. Beaker glass
19. Aquades
20. Bahan kimia
21. Tabung reaksi
22. Spatula
23. Kaca arloji
24. Erlenmeyer

3.2 Cara Kerja

Cara kerja pengenalan alat laboratorium:
1. Dosen menjelaskan satu persatu nama dan fungsi alat –
alat laboratorium untuk dipahami oleh mahasiswa
2. Mahasiswa mengambil foto masing-masing alat untuk
laporan kegiatan praktikum

Cara kerja penggunaan timbangan digital dan pipet mohr,

spuid dan otomatik:

1. Timbangan digital: timbangan dihidupkan paling sedikit

5 menit sebelum digunakan
a. Letakkan kaca arloji (yang beratnya kurang dari
30 g) di atas platform timbangan
b. Nulkan timbangan dengan menekan tombol
”tare/re-zero” – 0.00 akan muncul pada display
c. Gunakan sendok yang bersih dan tambah bahan
kimia yang mau ditimbang pada kaca arloji
sampai jumlahnya tepat 1,5 gr
d. Bacalah hasilnya pada display digital
2. Pengunaan pipet: mahasiswa akan menggunakan
timbangan digital untuk mengukur berat aquadest, yaitu

14
 1 ml aquadest yang diukur dengan pipet tetes, pipet
mohr, spuid dan pipet otomatik (densitas H2O = 1 g/ml)
a. Sediakan beaker glass yang sedang dan isilah
dengan aquades
b. Sediakan kaca arloji dan letakkan di atas
platform timbangan digital
c. Nulkan alat timbangan
d. Pakailah satu macam pipet dan ambil 1 ml
aquades dari beaker
e. Keluarkan aquades dari pipet pada kaca arloji
dan bacalah beratnya pada display digital
f. Masukkan hasilnya pada tabel
g. Nulkan alat timbangan dan ulang 3 kali lagi
langkah d-f dengan pipet yang sama (supaya
mendapat 5 hasil untuk pipet yang digunakan)
h. Ulangi langkah c-f dengan tiga macam pipet
yang lain (buang terlebih dahulu aquadest di kaca
arloji jika sudah terlalu penuh)

Setiap mahasiswa dalam kelompok harus mengerjakan semua

bagian latihan penggunaan pipet ini.

3.3 Hasil Pengamatan

I. Alat Laboratorium

No. Nama Alat Ringkasan fungsinya / gunanya

1
2
3
4
5
6
7
8
Dst,

15
II. Penggunaan Pipet Mohr, Spuid Dan Otomatik

Pipet otomatik Pipet spuid Pipet mohr

Na Na Na Na Na Na Na Na Na
Ha ma ma ma ma ma ma ma ma ma
sil mah mah mah mah mah mah mah mah mah
a a a a a a a a a
sisw sisw sisw sisw sisw sisw sisw sisw sisw
a a a a a a a a a
1
2
3
4
5

4. TUGAS
Membuat grafik penggunaan pipet
Buatlah gambar grafik hasil pipet2
Buat laporan praktikum, satu per kelompok. Jelaskan tujuannya
dengan kata-kata Anda sendiri. Kalau ada perubahan dari yang
ditulis di buku penuntun praktikum ini, catatlah dalam laporan.

Kumpulkan data dari kelompok anda dan orang lain sampai

Tabel 1 terisi penuh (artinya ada 5 hasil dari 3 orang untuk tiga
macam pipet). Dengan data tersebut buat grafik yang gambarkan
dengan jelas perbedaan/variasi (atau kesamaan) antara para
pelaku dan pipet2 yang dipraktekkan.

Tulis beberapa kesimpulan yang bisa kita dapat dari grafik yang
Anda buat (harus lebih dari 3 kesimpulan dan harus didukung
dengan jelas dari data2 yang dilihat dalam grafik Anda)

Jelaskan grafik-grafik yang anda buat pada praktikum ini.

Gunakanlah data pada praktikum ini untuk menjawab
pertanyaan-pertanyaan yang berikutnya.
16
1. Apakah ada perbedaan hasil pipet antara anggota kelompok?
Berikan 2-3 penjelasan atas perbedaan tersebut.
2. Berikanlah saran atas praktikum ini dan usulan supaya untuk
praktikum selanjutnya lebih baik lagi.

Laporan Kerja Praktikum

Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara

Laporan ini tersusun atas:

1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan

Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis

terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Laporan paling lama dikumpul 3 hari
terhitung dari hari pelaksanaan praktikum untuk masing-masing
grup.

17
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi

18
 Praktikum II
PENGARUH KADAR ENZIM DAN KADAR SUBSTRAT
TERHADAP AKTIVITAS ENZIM

1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui dan membuktikan bahwa kadar enzim
mempengaruhi aktivitas kerja enzim dan membuktikan bahwa
kadar substrat juga mempengaruhi aktivitas kerja enzim

2. LANDASAN TEORI
Enzim adalah protein yang merupakan konfigurasi tiga
dimensi dan bertindak sebagai katalisator yaitu mempercepat
reaksi biokimia tertentu. Seperti molekul protein yang lain,
fungsi enzim sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor fisiko dan
kimia seperti suhu, pH, oksidasi dan radiasi. Kerja enzim
dipengaruhi oleh beberapa faktor, antara lain dipengaruhi oleh
konsentrasi enzim itu sendiri maupun konsentrasi substratnya.

3. PROSEDUR KERJA
3.1 Bahan dan Alat:
1. Konsetrat Enzim Amilae
2. Larutan pati 10%, 1%, 0,1%
3. Aquadest
4. Larutan iodium
5. Air Suling
6. Pipet Tetes
7. Pipet Mohr
8. Pipet Otomatik
9. Tabung Reaksi
10. Beaker Glass
11. Waterbath
12. Mixer

19
 3.2 Cara kerja:
1. Pengaruh Kadar Enzim Terhadap Aktivitas Enzim
1) Encerkan enzim 3x, 10x, dan 100x dengan Aquadest
Contoh : Enzim 10x sebanyak 3 ml = 0,3 ml enzim + 2,7
ml Aquadest
2) Siapkan 3 pasang tabung reaksi yang bersih dan kering.
Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji
3) Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji.
4) Pipetkan ke dalam masing-masing tabung:
Larutan Tabung B Tabung U
Larutan pati 1% 1 mL 1mL
Keram pasangan tabung pada suhu 370C paling sedikit 5 menit
Enzim (diencerkan 3x, 10x, 100x) - 200
Campurkan baik-baik, catat waktu, keram kembali tepat 1menit
Larutan iodium (catat waktu ) 3 tetes 3 tetes
Air suling 8mL 8mL
Campurkan baik-baik dan analisis hasil

2. Pengaruh Kadar Substrat Terhadap Aktivitas Enzim

1) Encerkan pati 10%, 1%, 0,1% dengan aquades.
2) Siapkan 3 pasang tabung reaksi yang bersih dan kering.
Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji
3) Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji.
4) Pipetkan ke dalam masing-masing tabung:
Larutan Tabung B Tabung U
Larutan pati (10%, 1%, 0,1% ) 1 mL 1mL
Keram pasangan tabung pada suhu 370C paling sedikit 5 menit
Enzim 10x - 200
Campurkan baik-baik, catat waktu, keram kembali tepat 1 menit
Larutan iodium (catat waktu ) 3 tetes 3 tetes
Air suling 8 mL 8 mL
Campurkan baik-baik dan analisis hasil

20
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan

Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis

terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
21
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi

22
 Praktikum III
PENGARUH SUHU TERHADAP AKTIVITAS ENZIM

1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui dan membuktikan bahwa suhu mempengaruhi
aktivitas kerja enzim.

2. LANDASAN TEORI
Enzim adalah protein yang merupakan konfigurasi tiga
dimensi dan bertindak sebagai katalisator yaitu mempercepat
reaksi biokimia tertentu. Seperti molekul protein yang lain,
fungsi enzim sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor fisiko dan
kimia seperti suhu, Ph, oksidasi dan radiasi. Selain itu kerja
enzim dipengaruhi oleh suhu dan pH.

3. PROSEDUR KERJA
3.1 Bahan dan Alat:
1. Konsetrat Enzim Amilase
2. Larutan pati 1%
3. Larutan iodium
4. Air Suling
5. Pipet Tetes
6. Pipet Mohr
7. Pipet Otomatik
8. Tabung Reaksi
9. Beaker Glass
10. Waterbath
11. Mixer

3.2 Cara kerja:

1. Pengaruh Suhu Terhadap Aktivitas Enzim
1) Siapkan pengenceran enzim 10x
2) Siapkan 4 pasang tabung reaksi yang bersih dan kering.
Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji
3) Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji.
23
 4) Pipetkan ke dalam masing-masing tabung:

Larutan Tabung B Tabung U

Larutan pati 1% 1 mL 1mL
Keram pasangan tabung pada suhu 0 C, Ruang, 37 C, 1000C
0 0

paling sedikit 5 menit

Enzim 10x - 200
Campurkan baik-baik, catat waktu, keram tepat 1 menit
Larutan iodium (catat waktu ) 3 tetes 3 tetes
Air suling 8 mL 8 mL
Campurkan baik-baik, analisis hasil

24
 PENGUKURAN KADAR AMILASE PANKREAS

1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengenal alat spektrofotometri, mengetahui prinsip kerja
alat serta dapat mengukur kadar enzim dengan menggunakan
alat spektrofotometri.

2. LANDASAN TEORI
Spektrofotometer sesuai dengan namanya adalah alat
yang terdiri dari spectrometer dan fotometer. Spektrometer
menghasilkan sinar dari spektrum dengan panjang gelombang
tertentu dan fotometer adalah alat pengukur intensitas cahaya
yang di transmisikan atau yang di absorpsi.
Spektrofotometer bekerja berdasarkan penyerapan
sinar yang dihasilkan oleh sampel yang bewarna pada panjang
gelombang tertentu. Spektrofotometer dapat mengidentifikasi
sampel bila sampel itu bewarna, namum sulit diidentifikasi pada
sampel yang tidak menghasilkan perubahan warna atau kadar
sampel sangat kecil sekali.

Komponen dari suatu spektrofotometer berkas tunggal:

1. Sumber cahaya.
2. Monokromator, yaitu suatu piranti untuk mengecilkan
pita sempit panjang gelombang dari spektrum lebar yang
dipanaskan oleh sumber cahaya.
3. Kuvet atau wadah larutan yang akan diuji.
4. Detector, alat yang mengubah energi cahaya menjadi
suatu isyarat listrik.
5. Amplifier (penggandaan) dan rangkaian yang berkaitan
membuat isyarat listrik itu memadai untuk dibaca.
6. Piranti pembaca yang memprogramkan besarnya isyarat
listrik, yang menyatakan dalam persen (%) maupun
adsorbansi (A).

25
Prinsip Kerja
Sinar polikromatis yang berasal dari sumber sinar
akan disejajarkan oleh lensa colimator kemudian masuk melalui
celah masuk menuju prisma atau kisi difraksi. Sinar
monokromatis yang sesuai dengan panjang gelombang akan
keluar melalui celah keluar, sinar yang tidak sesuai akan ditahan
oleh sekat pada celah keluar. Sinar akan diteruskan ke PI dan
melalui kuvet terus ke detektor yang akan mengubah sinar
menjadi energi listrik dan diperkuat oleh Amplifier dan dibaca
sebagai %T oleh Indikator.

Penerapan spektrofotometrik
Hukum Beer: Absorbans, log (Po/P), radiasi
monokromatik berbanding lurus dengan konsentrasi sutu spesies
penyerap dalam larutan. Sehingga besar kecilnya intensitas sinar
yang diserap larutan sangat bergantung pada konsentrasi larutan
yang dilewati sinar.
Hukum Bouguer (Lambert): Bayangkan suatu medium
penyerap yang homogen dalam lapisan-lapisan yang sama tebal.
Tiap lapisan menyerap radiasi monokromatik yang memasuki
lapisan itu dalam fraksi yang sama seperti lapisan-lapisan lain.
Dengan semuanya yang lain sama, maka absorbans itu
berbanding lurus dengan panjang jalan yang melewati medium.
Sehingga besar kecilnya intensitas sinar yang diserap sangat
bergantung pada panjang gelombang yang yang dilewati sinar.
26
Gabungan Hukum Bouguer-Beer, sering di tuliskan sebagai
A = abc atau A = εbc
Dengan A = absorbans
ε = absorpsivitas molar (jika konsentrasi dalam molar)
dengan satuan M-1cm-1
a = absorpsivitas (jika konsentrasi dalam %b/v)
dituliskan E1%1cm
b = panjang jalan/kuvet
c = Spektra absorpsi sering diyatakan dalam %T maupun
dalam bentuk A (absorbansi)
Maka, A = – log (%T)
A = log (Po/P), Po adalah daya cahaya masuk dan P
adalah daya yang diteruskan melewati sampel.
= konsentrasi (dalam molar atau %b/v)

Enzim adalah protein yang merupakan konfigurasi tiga

dimensi dan bertindak sebagai katalisator yaitu mempercepat
reaksi biokimia tertentu.

3. PROSEDUR KERJA
PEMERIKSAAN KADAR ENZIM ALPHA AMYLASE:

3.1 ALAT DAN BAHAN:

- Kit Reagen Amylase
- Spektrofotometer UV-Vis ERBA
- Tabung Reaksi
- Tabung centrifuge
- Darah 2-3 (cc)
- Centrifuge
- Inkubator

27
3.2 Cara Kerja
AMATI PROSEDUR KERJA PADA TABEL BERIKUT:

28
29
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan

Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis

terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.

30
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi

31
 Praktikum IV
PEMERIKSAAN RESISTENSI OSMOTIK DARAH CARA
VISUAL (HEMOLISIS DARAH)

1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui pemeriksaan resistensi osmotik darah secara
visual dan dapat mengetahui perbedaan osmotik yang mulai lisis
dengan yang lisis sempurna.

2. LANDASAN TEORI
Hemolisa adalah peristiwa keluarnya hemoglobin dari
dalam sel darah merah menuju ke cairan di sekelilingnya.
Keluarnya hemoglobin ini disebabkan karena pecahnya
membrane sel darah merah. Membranesel darah merah mudah
dilalui atau ditembus oleh ion-ion H+, OH-, NH4+, PO4,
HCO3-, Cl-, dan juga oleh substansi-substansi yang lain seperti
glukosa, asam amino, urea, dan asam urat. Sebaliknya
membrane sel darah merah tidak dapat ditembus oleh Na+, K+,
Ca++, Mg++, fosfat organic dan juga substansi lain seperti
hemoglobin dan protein plasma. Secara umum, membran yang
dapat dilaui atau ditembus oleh suatu substansi dikatakan bahwa
membran ini permeabel terhadap substansi tersebut. Membran
yang betul-betul semi permeabel adalah membran yang hanya
dapat ditembus oleh molekul air saja, tetapi tidak dapat
ditembus oleh substansi lain. Tidak ada membran pada
organisme yang bersifat betul-betul semi permeabel, yang ada
adalah membran yang bersifat permeabel selektif, yaitu
membrane yang dapat ditembus oleh molekul air dan substansi-
substansi lain, tetapi tidak dapat ditembus oleh substansi yang
lain lagi.Jadi membran sel darah merah termasuk yang
permeabel selektif.

32
Ada 2 macam hemolisa yaitu:
1. Hemolisa Osmotik
Hemolisa osmotik terjadi karena adanya perbedaan yang
besar antara tekanan osmosa cairan di dalam sel darah merah
dengan cairan di sekelilingnya sel darah merah. Dalam hal mini
tekanan osmosa isi sel jauh lebih besar daripada tekanan osmosa
di luar sel. Tekanan osmosa isi sel darah merah adalah sama
dengan tekanan osmosa larutan NaCl 0.9%. bila sel darah merah
dimasukkan ke dalam larutan 0,8 % belum terlihat adanya
hemolisa tetapi sel darah merah yang dimasukkan ke dalam
larutan NaCl 0,4 % hanya sebagian saja dari sel darah merah
yang mengalami hemolisa sedangkan sebagian sel darah merah
yangt lainnya masih utuh. Perbedaan ini disebabkan karena
umur sel darah merah berbeda-beda.Sel darah merah yang sudah
tua, membrane sel mudah pecah sedangkan sel darah merah
yang muda, membran selnya kuat. Bila sel darah merah
dimasukkan ke dalam larutan NaCl 0,3%, semua sel darah
merah akan mengalami hemolisa. Hal ini disebut hemolisa
sempurna. Larutan yang mempunyai tekanan osmosa lebih kecil
daripada tekanan osmosa isi sel darah merah disebut larutan
hipotonis, sedangkan larutan yang mempunyai tekanan osmosa
lebih besarisi sel darah merah disebut larutan hipertonis. Suatu
larutan yang mempunyai tekanan osmosa yang sama besar
dengan tekanan osmosa isi sel disebuit larutan isotonis.

2. Hemolisa Kimiawi
Pada hemolisa kimiawi, membran sel darah merah
dirusak oleh macam-macam substansi kimia. Seperti telah
disinggung sebelumnya bahwa dinding selm darah merah
terutama terdiri dari lipid dan protein membentuk suatu lapisan
yang disebut lipoprotein.J adi setiap substansi kimia yang dapat
melarutkan lemak (pelarut lemak) dapat merusak atau
melarutkan membran sel darah merah.Kita mengenal
bermacam-macam pelarut lemak yaitu kloroform, aseton,
alcohol, benzene dan eter.Substansi lain yang dapat merusak
membran sel darah merah diantaranya adalah bisa ular, bisa
kalajengking, garam empedu, saponin, nitrobenzene, pirogalol,
asam karbon, resi, dan senyawa arsen.
33
 Sel darah merah yang ditempatkan dalam larutan garam
yang isotonis tidak akan mengalami kerusakan dan tetap
utuh.Tetapi bila sel darah merah ditempatkan dalam air
distilata,sel darah merah akan mengalami hemolisa,karena
tekanan osomose isi sel darah merah jauh lebih besar daripada
tekanan osomose di luar sel sehingga mengakibatkan banyak air
masuk ke dalam sel darah merah(osmosis).Selanjutnya air yang
banyak masuk ke dalam sel darah merah itu akan menekan
membran sel darah sehingga membran pecah.

METODE
Daya Tahan Osmotik Cara Visual

3. PROSEDUR KERJA
Sel darah merah akan mengalami lisis bila ditempatkan
pada larutan (osmotic fragility of the erythrocytes) bertalian
dengan bentuk sel darah merah. Pemeriksaan ini bermakna pada
bermacam-macam kelainan seperti pada anemia hemolitik, Hb
abnormal dll.

3.1 ALAT DAN BAHAN

Alat
14 Tabung reaksi
Rak tabung reaksi
Pipet kapiler

Bahan
Larutan NaCl 0,5 %
Larutan NaCl 0,9 %
Reagen EDTA
3 cc darah vena
Aquades

34
3.2 CARA KERJA
1. Susunlah sebanyak 14 tabung reaksi pada rak dan dibagi
menjadi 12 tabung uji, dan 1 tabung control positif dan 1
tabung control negatif.
2. Masing-masing tabung tersebut diberi nomor dari kiri
kekanan dengan urutan sebagai
berikut:25,24,23,22,21,20,19,18,17,16,15,14.
3. Kemudian diteteskan NaCl 0,5% dengan pipet kapiler
yang banyaknya disesuaikan dengan nomor tabung.
4. Diteteskan pula aquades pada tiap tabung, sampai
volumenya berjumlah 25 tetes tiap tabung. Contoh 24
tetes NaCl 0,5% + tetes aquades,23 tetes NaCl 0,5% + 2
tetes aquades.
5. Konsentrasi NaCl pada masing-masing larutan menjadi
sebagai berikut:
0,5%;0,48%;0,46%;0,44%;0,42%;0,40%;0,38%;0,36%;0
,34%;0,32%;0,30%;0,28%.
6. Pada tabung kontrol negatif diteteskan NaCl 0,9%
sebanyak 25 tetes.
7. Pada tabung kontrol positif diteteskan aquadest sebnayak
25 tetes.
8. Diambil 3cc darah vena dan diberi 2 tetes EDTA lalu
pada masing-masing tabung ditetesi 1 tetes darah,
dicampur serta didiamkan 2 jam, pada temperatur kamar.
9. Baca hasil tabung uji dimana terjadi permulaan
hemolisis dan tabung dimana terjadi hemolisis yang
sempurna (complete hemolisis)
10. Hasil dibandingkan dengan tabung kontrol.

35
 No. Konsentrasi
NaCl 0,5% Aquadest Darah
Tabung
25 25 tetes 0 tetes 0,50%

24 24 tetes 1 tetes 0,48%

23 23 tetes 2 tetes 0,46%

22 22 tetes 3 tetes 0,44%

21 21 tetes 4 tetes 0,42%

20 20 tetes 5 tetes 0,40%

+1
19 19 tetes 6 tetes 0,38% tetes
pada
18 18 tetes 7 tetes 0,36% masing-
masing
17 17 tetes 8 tetes 0,34% tabung

16 16 tetes 9 tetes 0,32%

15 15 tetes 10 tetes 0,30%

14 14 tetes 11 tetes 0,28%

Kontrol
25 Tetes Aquadest
Positif
Kontrol
25 etes larutan NaCl 0,9%
Negatif

3.4 HASIL

Nilai Normal:
Mulai lisis pada NaCl 0,44% (0,42% ± 0,02 % NaCl)
Hemolisis sempurna pada NaCl 0,34% (0,34% ± 0,02% NaCl).

36
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan

Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis

terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.

37
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi

38
Penuntun Praktikum Biokimia
Semester I
Blok Embriology and Genetics

Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran Universitas
Muhammadiyah Sumatera Utara
2024

39
 PRAKTIKUM I
ISOLASI (EKSTRAKSI) DNA

1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa
diharapkan dapat membuktikan keberadaan DNA yang
berasal dari sel darah manusia dan dapat melakukan tekhnik
isolasi DNA secara mandiri.

2. LANDASAN TEORI
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi
genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis
seluruh bentuk kehidupan.DNA terdapat di nukleus,
mitokondria, dan kloroplas. Satu sel memiliki DNA yang
merupakan materi genetik dan akan diturunkan pada
keturunannya. DNA dapat diisolasi, baik pada manusia maupun
tumbuhan. Isolasi DNA merupakan langkah tepat untuk
mempelajari DNA.Molekul DNA dalam suatu sel dapat
diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam keperluan
seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan
DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.
Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran
(lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian DNA. Ada beberapa hal
yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain
harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti
protein dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan
untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh
mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya
harus sederhana dan cepat.

3. PROSEDUR KERJA
3.1 Alat dan Bahan:
1. Tabung microcentrifuge 1,5 ml steril
2. Zat anti coagulant (EDTA, heparin atau Citrate)
3. 1-2 ml darah (whole blood)
4. Micropipette
40
 5. 900 µl “Cell Lysis Solution”.
6. sentrifuge 13.500 rpm (13.000 – 16.000 x g)
7. vortex
8. Pipet otomatis
9. 300 l “Nuclei Lysis Solution”
10. Inkubator 100 µl “Protein Precipitation Solution”
11. larutan RNA-ase 1,5 ml
12. 300 µl isopropanol
13. ethanol
14. kertas absorbent
15. 100 ml “DNA Rehydration Solution”

3.2 Cara kerja Isolasi “genomic DNA” dari “whole blood”

1. Tabung microcentrifuge 1,5 ml steril (pertama) diisi
dengan zat anti coagulant (EDTA, heparin atau Citrate)
dan masukkan 1 ml darah (whole blood) ke dalamnya.
2. Tabung microcentrifuge tersebut digoyangkan perlahan
agar darah dan zat anti coagulantnya bercampur dengan
baik.
3. Dengan menggunakan micropipette, ke dalam tabung
microcentrifuge steril yang lain (kedua) diisikan
sebanyak 900 µl “Cell Lysis Solution”.
4. Pipetkan 300 µl darah dari tabung microcentrifuge
pertama, masukkan ke dalam tabung kedua yang berisi
“Cell Lysis Solution”. Tabung di bolak-balikkan 5-6 kali
supaya larutannya bercampur.
5. Tabung tersebut diinkubasikan selama 10 menit pada
temperature ruang dan tabung dibolak-balikkan 2-3 kali
selama masa inkubasi agar lysis sel-sel darah merah
berlangsung lebih baik.
6. Tabung microcentrifuge tersebut disentrifugasi pada
13.500 rpm (13.000 – 16.000 x g) selama 20 detik pada
temperature ruang.
7. Supernatant dibuang sebanyak mungkin tanpa
mengganggu pellet putih yang tampak. Lebih kurang 10-
20 µl l cairan residu akan tertinggal dalam tabung
tersebut.
41
8. Tabung di vortex dengan kuat, sebentar (10-15 detik)
agar supaya endapan sel-sel darah putih tersuspensi
kembali.
9. Sebanyak 300 µl “Nuclei Lysis Solution” ditambahkan
ke dalam suspense di atas, larutan dibuat bercampur
dengan cara dipipetkan berulang-ulang sampai 5-6 kali
untuk melysis sel-sel darah putih. Solution akan menjadi
“viscous”.
10. Jika terlihat gumpalan, maka inkubasikan tabung pada
370C sampai gumpalan tersebut larut. Tabung
didinginkan pada temperature ruangan. Setelah dingin
barulah ditambahkan ke dalam “Nuclear Lysate” ini 100
µl “Protein Precipitation Solution”
11. Ditambah sebanyak 100 µl “Protein Precipitation
Solution” ke dalam larutan “Nuclear Lysate” dan tabung
divortex dengan kuat selama 10-20 detik. Gumpalan
protein yang kecil mungkin akan terlihat.
12. Tabung disentrifugasi 13.500 rpm (13.000-16.000 x g)
selama 3 menit, pada temperature ruangan. Pellet protein
yang bewarna coklat tua akan terlihat.
13. Supernatan dipindahkan kedalam tabung microcentrifuge
bersih dan steril yang telah diisi dengan 300 µl
isopropanol (temperature ruang).
14. Tabung dibalikkan perlahan-lahan beberapa kali supaya
larutan bercampur hingga terlihat DNA strands seperti
benang-benang putih.
15. Setelah itu tabung disentrifugasi pada 13.500 rpm
(13.000-16.000 x g) selama 1 menit pada temperature
ruangan. DNA akan terlihat sebagai pellet kecil yang
putih.
16. Supernatant dibuang dan tambahkan 300 µl 70% ethanol
(temperature ruang) ke dalam DNA tersebut. Bolak-
balikkan tabung perlahan beberapa kali untuk mencuci
pellet DNA, tabung disentrifugasi lagi seperti pada
langkah 15 di atas.
17. Dengan hati-hati aspirasikan ethanol (menggunakan
micropipette), jangan sampai pelletnya terbuang.
Kemudian tabung diletakkan secara terbalik di atas
42
 kertas absorbent dan keringkan di udara selama 10-15
menit.
18. Terakhir tambahkan 100 µl “DNA Rehydration
Solution” ke dalam tabung tersebut dan rehidrasi DNA
dengan mengginkubasi tabung pada 650Cselama 1 jam.
Secara periodic, campurkan larutan dengan cara
menepuk tabung perlahan atau boleh juga dengan cara
membiarkannya pada 40Cselama satu malam.
19. Larutan DNA dapat disimpan pada temperature 20C -
80C atau pada temperature -200C untuk waktu yang
cukup lama.

4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis
terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
43
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing2 grup.

Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi

44
 PRAKTIKUM II
PCR (Polymerase Chai Reaction)

1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
mengenal dan mampu mengidentifikasi serta melakukan
pemeriksaan DNA manusia dengan menggunakan alat PCR.

2. LANDASAN TEORI
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro
yang dapat mengampiifikasi bagian DNA spesifik yang terletak
di antara dua bagian DNA yang telah diketahui. PCR merupakan
teknik biokimia dan biologi molekuler untuk isolasi dan
amplifikasi secara eksponensial fragmen atau urutan
sasaranDNA melalui replikasi enzimatik, atau tanpa
menggunakan mahluk hidup (seperti E.coli atau ragi). Karena
PCR merupakan teknik in vitro, teknik ini dapat digunakan
tanpa memotong DNA dan dapat dimodifikasi secara ekstensif
untuk mengikuti aturan luas manipulasi genetik.
PCR ditemukan oleh Kary Muilis tahun 1983.PCR
menjadi teknik umumyang digunakan dalam laboratorium
penelitian medis dan biologi untuk berbagai keperluan, seperti
pengurutan gen-gen dan diagnosis penyakit turunan,
identifikasisidik-jari genetik (digunakan dalam pengujian
forensik dan paternitas), deteksi dan diagnosis penyakit infeksi
dan pembentukan organisme transgenik.PCR jugadigunakan
dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi,
ekologi, biologi perkembangan, dan genetika.
PCR digunakan untuk mengamplifikasi gen tunggal,
bagian gen, atauurutan non-kode DNA. PCR akan membuat
sekitar 40 milyar salinan dan DNA cetakan. Kebanyakan
metode PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA sampai10
kilo pasang basa (kb), meskipun beberapa teknik dapat
mengamplifikasi fragmen berukuran sampai 40 kb.PCR
biasanya terdiri atas 20 sampai 35 siklus.

45
 Kebanyakan PCR dilakukan dalam tiga tahap, yang
didahului satu suhu tetap untuk awal dan diikuti satu suhu lagi
untuk akhir.

Tahap-tahap tersebut yaitu:

1. Tahap Inisiasi.
Sebelum tahap inisiasi reaksi PCR sering dipanaskan
padasuhu 94-96°C (atau 98°C jika menggunakan
polimerase termostabil), selama 1-9 menit. Ini berguna
untuk menjamin banyak cetakan DNA dan primer
terdenaturasi yaitu putusnya ikatan hidrogen basa-basa
komplemen rantai DNA untuk menghasilkan rantai tunggal
DNA.
Beberapa polimerase PCR juga membutukan kondisi tahap i
ni untuk aktivasi (PCR awal-panas). Setelah itu, mulai
siklus dengan tahap satu pada 94-98°C selama 20-30 detik
(tahap denaturasi).
2. Tahap annealing.
Dalam tahap ini suhu diturunkan sehingga primerdapat
menempel pada cetakan DNA rantai tunggal. Gerakan
Brownian menyebabkan primer bergerak di ikatan hydrogen
DNA yang
secara konstan dibentuk dan diputuskan antara dan cetakan.
Ikatan stabilhanya terbentuk bila urutan primer sangat deng
an urutan cetakan. Bagian pendek rantai ganda ini
dikatalisis oleh polimerase untuk memulai sintesisDNA.
Pada tahap ini bergantung pada suhu primer dan biasanya
antara 50-64 °C selama 20-40 detik.
3. Tahap ekstensi/pemanjangan
Yaitu polimerase memperpanjang rantai DNA yang
komplemen dengan rantai cetakan. Suhu pada tahap
ini bergantung pada DNA polimerase yang digunakan.
Polimerase Taq mempunyai suhu optimum 70-74°C.
Umumnya reaksi ini menggunakan suhu 72°C.DNA
polimerase melakukan kondensasi 5'-fosfat dNTPdengan
gugus 5'-hidroksil ujung awal rantai DNA yang
komplemendengan cetakan dalam arah 5' ke 3'. Pemanjanga
n bergantung pada
46
 DNA polimerase dan panjang bagian DNA akan diamplifik
asi.
Tahap elongasi akhir selama 5-15 menit
(tergantung panjang cetakan DNA) setelah siklus
terakhir digunakan untuk menjamin DNA rantai tunggal
sisa diperpanjang seluruhnya. Akhirnya jaga suhu 4-15°C
selama waktu terbatas untuk penyimpanan singkat selama
reaksi misalnya jika reaksi dikerjakan semalam

ELEKTROFORESIS GEL AGAROSE

Elektroforesis adalah tekhnik laboratorium untuk
memisahkan molekul bermuatan. “Gel” merujuk pada matriks
yang digunakan untuk memisahkan molekulnya. Gel
Elektroforesis digunakan dalam forensik, biologi molekuler,
genetika, mikrobiologi dan biokimia. Elektroforesis gel
memisahkan asam deoksiribonukleat, asam ribonukleat, dan
protein melalui muatan listrik. Metode ini biasanya digunakan
untuk tujuan analitik, tetapi dapat digunakan sebagai tekhnik
preparasi untuk memurnikan molekul sebelum menggunakan
metode lain untuk karakterisasi lanjut seperti spektrometri
massa, PCR, kloning, pengurutan DNA atau imunobloting.
Prinsip dasar elektroforesis berhubungan dengan gaya
gerak listrik yang digunakan untuk mendorong atau menarik
molekul melalui matriks gel. Molekul bermuatan yang
ditempatkan di dalam “sumur” gel dan dialiri arus listrik akan
bergerak melalui matriks dengan kecepatan berbeda, menuju
anoda jika bermuatan negatif atau menuju katoda juka
bermuatan positif 9catatan bahwa elektroforesis gel bekerja
sebagai sel listrik; anoda bermuatan positif dan katoda
bermuatan negatif).

47
3. PROSEDUR KERJA
3.1 Alat dan bahan yang digunakan
1. Gotaq green master mix ( Buffer, dntps, mgCl2, Taq
Polymerase)
2. Primer
3. Nucleus Free water
4. DNA
5. Thermal Cycler

3.2 Cara Kerja

Pemeriksaan PCR angiotensin-converting enzyme (ACE)
gene

Cara kerja :
Untuk Volume 1 reaksi adalah 25 µl, yang terdiri dari:
1 reaksi PCR MIX
Komponen (µl) 10 reaksi 20 reaksi
(x10) (x20)
Go Taq Green 12,5 125 250
Master Mix
Primer upstream 0.5 5 10
Primer downstream 0.5 5 10
Nucleus Free water 9.5 95 190
Volume total PCR 23 230 460
Mix
DNA template 2 Diambil terlebih dahulu
Total Volume pada 25 sebanyak 23 µl dari Larutan
1 tabung reaksi PCR mix. Kemudian masing-
masing reaksi ditambahkan
dengan DNA template
sebanyak 2µl sehingga volume
akhir 1 reaksi tetap 25 µl.

LALU MASUKKAN KE DALAM ALAT PCR (THERMAL CYCLER) DAN

JALANKAN SESUAI PROSEDUR.
INITIAL DENATURATION 980C 2 MINUTES

48
31 CYCLES  STEPS: 980C 15 SECONDS, 580C 1 MINUTE, 750C 30
SECONDS
POST RUN 750C 5 MINUTES
POST HOLD 40C

CARA KERJA PEMBUATAN GEL ELEKTROFORESIS

1. Menyiapkan casting tray masing-masing. Pasang satu
“comb” (sisir) pada pertengahan “tray” (plat cetakan)
dan satu sisir lagi pada ujungnya.
2. 2 g agarose dimasukkan ke dalam erlenmeyer 250 ml
yang bersih. Tambahkan 100 ml larutan 1X TAE buffer
solution.
3. Tutup flask/beaker dengan foil aluminium untuk
mengurangi penguapan dan sisakan celah sedikit.
4. Aduk dan panaskan sampai mendidih dan larutan jernih.
5. Dinginkan sampai ~60˚ dan tambahkan 2,8μL larutan
Gel Red.
6. Tuangkan ke casting tray

Cara kerja alat elektroforesis:

1. Bila gel sudah beku, lepaskan comb secara hati-hati.
2. Letakkan gel di dalam elektroforesis tank yang sudah
berisi larutan 1X TAE. Tambahkan larutan 1X TAE
secukupnya sampai gel-gel terbenam seluruhnya.
3. Gunakan mikropipet untuk menghisap 7μL sampel DNA
dan secara hati-hati masukkan ke dalam “well”/sumur
tertentu. Pada saat memasukkannya, pastikan ujung dari
tip sudah sedikit masuk pada lubang well gel
elektroforesis. Catat posisi dan urutan sampel grup Anda
pada halaman hasil praktikum ini.
4. Siapkan plastik parafilm, teteskan 2μL loading dye di
atas plastic parafilm sebanyak 2 tetes. Pipetkan 5μL
larutan marker, teteskan di atas tetesan pertama,
kemudian dengan tip miropipet masih menempel pada
kedua campuran tetesan tersebut, pipet berulang kali
hingga homogen. Dengan menggunakan pipet yang
sama, hisap campuran tersebut dan masukkan campuran
49
 tersebut ke dalam well pertama dari kiri dan kanan gel
elektroforesis
5. Nyalakan mesin elektroforesis selama 45 menit dengan
tegangan 100V 150 mA. Sampel-sampelnya akan mulai
bergerak ke katode (DNA bermuatan negatif)
6. Matikan mesin elektroforesis secara sempurna.
7. Dengan sangat hati-hati keluarkan gel dan letakan pada
tray yang disediakan. Pindahkan ke alat “UV reader”
supaya hasilnya lebih jelas lagi. Foto hasilnya.

3.3 Hasil Pemngamatan

Gambar 1. Pita DNA gen angiotensin-converting enzyme (ACE)

4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul

50
 6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis
terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi

51
 DAFTAR PUSTAKA
1. Poedjiadi, A. (1994): Dasar-Dasar Biokimia, UI Press,
Jakarta.
2. Bagian Biokimia FKUI (1983), Penuntun Praktikum
Biokimia
3. Devlin, T.M. 1992. Textbook of Biochemistry with
clinical correlation 3rd. Ed. 3. New York: Wiley Liss
Publication
4. Muray, RK Granner, DK, Mayes PA, and Rodwell, VW.
1996. Harper’s Biochemistry 24th edition. Appleton &
Lange, Stamford, UK.
5. Stryer, L. (1995) Biochemistry (4th ed). W.H.Freeman
and Co., New York
6. D.L. Nelson and M.M.Cox. 2004 Lehninger: Principle of
Biochemistry 4th ed. Palgrave Macmillan. USA

52