Swiss-Prot

Swiss-Prot è una banca dati biologica contenente sequenze proteiche. Swiss-Prot è stata creata nel 1986 da Amos Bairoch nel corso del suo PhD e sviluppata dall'Istituto svizzero di bioinformatica (SIB) e dall'Istituto europeo di bioinformatica (EBI). L'obiettivo di Swiss-Prot è quello di fornire sequenze proteiche affidabili corredate di un buon numero di informazioni addizionali, come la funzione della proteina, i suoi domini funzionali, le modificazioni post-traduzionali ed eventuali varianti, una ridondanza minima ed un alto livello di integrazione con le altre banche dati bioinformatiche.

Swiss-Prot e UniProt

Nel 2002 è stato creato il consorzio UniProt. Si tratta di una collaborazione tra il SIB, l'EBI ed il Protein Information Resource (PIR), creato dai National Institutes of Health. UniProt è nato dunque dalla fusione tra Swiss-Prot, il suo supplemento TrEMBL ed il database della PIR. UniProt è attualmente la banca dati contenente il maggior numero di informazioni riguardanti proteine.

Il consorzio UniProt ha prodotto tre tipi diversi di banca dati, ognuna ottimizzata a seconda dell'uso richiesto. La UniProt Knowledgebase (UniProtKB) è costituita dall'unione di Swiss-Prot e TrEMBL. La UniProt Non-redundant Reference (UniRef) è in grado di combinare sequenze tra loro strettamente correlate in una singola entry, per velocizzare la ricerca. La UniProt Archive (UniParc) è un database completo delle sequenze proteiche, che riflette la storia di tutte le sequenze proteiche.

Bibliografia

• Bairoch A. Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times! Bioinformatics 2000;16:48-64. PDF. A historical account by Bairoch.
• The UniProt Consortium The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 [1] Nucl. Acids Res. 38: D142-D148 PDF.

Collegamenti esterni

• (EN) Swiss-Prot Protein Database (Swiss Institute of Bioinformatics)
• (EN) UniProt, su uniprot.org.