Elenco Microbiota Umano
Elenco Microbiota Umano
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org/wiki/List_of_human_microbiota
Cavità naturali
•Fusobacterium necrophorum
•Eubacterium
•Microbatterio
Pelle
Articolo principale: flora cutanea
Staphylococcus aureus
•Acinetobacter
•Bacillus
•candida albicans
•Parapsilosi da Candida
•Corynebacterium
•Corynebacterium parvum
•Cutibatterio acnes
•Demodex follicolorum
•Enterobacter cloacae
•Epidermophyton floccosum
•Micrococco
•Micrococco luteo
•Micobatterio
•Neisseria
•Peptostreptococcus
•Malassezia ovale
•Propionibacterium
•Pseudomonas aeruginosa
•Sarcina
•Staphylococcus aureus
•Staphylococcus epidermidis
•Staphylococcus haemolyticus
•Streptococco viridans
•Trichophyton
Follicoli piliferi
•Staphylococcus aureus
Orecchio esterno
•Corynebacterium
•Staphylococcus aureus
•Staphylococcus epidermidis
Membrane mucose
•Chlamydia trachomatis
•Emofilia influenzale
•Staphylococcus aureus
•Staphylococcus epidermidis
Occhio
•Chlamydophila pneumoniae
•Haemophilus aegyptius
•Haemophilus influenzae
•Moraxella spp
•Neisseria spp
•Staphylococcus aureus
•Staphylococcus epidermidis
•Streptococco viridans
Tratto gastrointestinale
Vie respiratorie
Ulteriori informazioni: microbioma polmonare
Micrografia elettronica a scansione a colori che mostra Salmonella typhimurium (rosso) che invade cellule umane in
coltura
Nome binomiale Posizione
Acinetobacter rinofaringe
Complesso di Burkholderia
Polmone
cepacia
Campylobacter espettorato rinofaringe
candida albicans Faringe
Cardiobatterio Naso
Chlamydophila pneumoniae Polmone
Citrobacter freundii Gola
Eikenella corrode Distribuzione generale
Nome binomiale Posizione
Haemophilus rinofaringe
Emofilo parainfluenzale Faringe
Haemophilus paraphrophilus Faringe
Kingella Tratto respiratorio superiore
Kingella Kingae Tratto respiratorio superiore
Moraxella rinofaringe
Moraxella catarrhalis rinofaringe
Micoplasma orale Orofaringe
Mycoplasma pneumoniae Epitelio respiratorio
Neisseria rinofaringe
Neisseria cinerea rinofaringe
Neisseria allungata Faringe
Neisseria gonorrhoeae Faringe [ citazione necessaria ]
Neisseria lattamica rinofaringe
Neisseria meningitidis rinofaringe
Neisseria mucosa rinofaringe
Neisseria secca rinofaringe
Peptococco Tratto respiratorio superiore
Peptostreptococcus Faringe
Pseudomonas aeruginosa Polmone
Selenomonas sputigena rinofaringe
Staphylococcus aureus Naso
Streptobacillus Gola, rinofaringe
Streptococco costellato Orofaringe
Streptococco intermedio Orofaringe
Streptococco mitis Distribuzione generale
Streptococcus pyogenes Tratto respiratorio superiore
Streptococco viridans Faringe
Tratto urogenitale
nascondereNome
Posizione
binomiale
Acinetobacter Uretra anteriore
Bacteroides Genitali esterni
Uretra anteriore, genitali
candida albicans
esterni
nascondereNome
Posizione
binomiale
Uretra anteriore, genitali
Corynebacterium
esterni
Uretra anteriore, genitali
Enterobatteriacee
esterni
Uretra anteriore, genitali
Streptococco viridans
esterni
Eikenella corrode Distribuzione generale
Streptococco anginosus Distribuzione generale
Staphylococcus aureus Perineo
Vagina
Ulteriori informazioni: Elenco delle specie di microbiota del tratto riproduttivo inferiore delle donne
Ulteriori informazioni: Elenco del microbiota della vaginosi batterica
Il microbiota vaginale in gravidanza varia notevolmente durante l'intero periodo della gestazione. Le
specie e la diversità dei microrganismi possono essere correlate ai vari livelli di ormoni durante la
gravidanza. [1]
Placenta
Ulteriori informazioni: microbioma placentare
Utero
È stato identificato il microbioma uterino sano e sono stati sequenziati oltre 278 generi. [2]
Follicolo ovarico
Il microbioma del follicolo ovarico è stato studiato utilizzando tecniche di coltura standard. È stato
associato ai risultati delle tecnologie di riproduzione assistita e ai risultati della nascita. Gli esiti positivi
sono correlati alla presenza di Lactobacilli spp mentre la presenza di Propionibacterium e
Actinomyces è stata correlata a esiti negativi. Il microbioma può variare da un'ovaia all'altra. Sono in
corso studi per l'ulteriore identificazione di quei batteri presenti. [2]
Flora cutanea
Molti di loro sono batteri di cui esistono circa 1.000 specie sulla pelle umana di diciannove
phyl. [1] [2] La maggior parte si trova negli strati superficiali dell'epidermide e nelle parti
superiori dei follicoli piliferi.
La flora cutanea è generalmente non patogena e può essere commensale (non è dannosa
per l'ospite) o mutualistica (offre un beneficio). I benefici che i batteri possono offrire
includono la prevenzione della colonizzazione della superficie della pelle da parte di
organismi patogeni transitori , sia competendo per i nutrienti, secernendo sostanze
chimiche contro di essi o stimolando il sistema immunitario della pelle . [3] Tuttavia, i microbi
residenti possono causare malattie della pelle ed entrare nel sistema sanguigno, creando
malattie pericolose per la vita, in particolare nelle persone immunosoppresse. [3]
Una delle principali flora cutanea non umana è il Batrachochytrium dendrobatidis, un fungo
zoosporico chitride e non ifale che causa la chitridiomicosi, una malattia infettiva ritenuta
responsabile del declino delle popolazioni di anfibi.
Varietà di specie
Batteri
Immagine al microscopio elettronico a scansione di Staphylococcus epidermidis , una delle circa mille specie
di batteri presenti sulla pelle umana . Sebbene di solito non sia patogeno, può causare infezioni della pelle e
persino malattie pericolose per la vita in coloro che sono immunocompromessi .
La stima del numero di specie presenti sui batteri della pelle è stata radicalmente modificata dall'uso
dell'RNA ribosomiale 16S per identificare le specie batteriche presenti sui campioni di pelle
direttamente dal loro materiale genetico. In precedenza tale identificazione era dipesa dalla coltura
microbiologica su cui molte varietà di batteri non crescevano e quindi erano nascoste alla scienza. [1]
Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus aureus sono stati ritenuti dominanti dalla ricerca basata
sulla cultura. Tuttavia, la ricerca sull'RNA ribosomiale 16S rileva che, sebbene comuni, queste specie
costituiscono solo il 5% dei batteri della pelle. [5] Tuttavia, la varietà della pelle fornisce un habitat ricco
e diversificato per i batteri . La maggior parte proviene da quattro phyla: Actinomycetota (51,8%),
Bacillota (24,4%), Pseudomonadota (16,5%) e Bacteroidota (6,3%). [citazione necessaria]
ecologia dei 20 siti sulla pelle studiati nel Progetto Microbioma Umano
Ci sono tre aree ecologiche principali: sebacea, umida e secca. Le specie propionibatteri e
stafilococchi erano le specie principali nelle aree sebacee. Nei luoghi umidi del corpo dominano i
corinebatteri insieme agli stafilococchi . Nelle zone aride esiste una miscela di specie, ma
predominano Betaproteobacteria e Flavobacteriales. Ecologicamente, le aree sebacee avevano una
maggiore ricchezza di specie rispetto a quelle umide e secche. Le aree con minore somiglianza tra
persone in specie erano gli spazi tra le dita, gli spazi tra le dita dei piedi, le ascelle e il cordone
ombelicale ceppo. In modo molto simile erano accanto alla narice, alle narici (all'interno della narice) e
sul dorso. [1]
Frequenza dei microbi della pelle meglio studiati [3]
Osserv
Organismo Patogenicità
azioni
Staphylococcus
Comune occasionalmente patogeno
epidermidis
Staphylococcus aureus Infrequente solitamente patogeno
Staphylococcus warneri Infrequente occasionalmente patogeno
Streptococcus pyogenes Infrequente solitamente patogeno
Streptococco mitis Frequente occasionalmente patogeno
Cutibatterio acnes Frequente occasionalmente patogeno
Corynebacterium spp. Frequente occasionalmente patogeno
Acinetobacter johnsonii Frequente occasionalmente patogeno
Pseudomonas aeruginosa Infrequente occasionalmente patogeno
Fungine
Uno studio dell'area tra le dita dei piedi in 100 giovani adulti ha rilevato 14 diversi generi di funghi.
Questi includono lieviti come Candida albicans, Rhodotorula rubra, Torulopsis e Trichosporon
cutaneum, dermatofiti (funghi che vivono sulla pelle) come Microsporum gypseum e Trichophyton
rubrume funghi non dermatofiti (funghi opportunisti che possono vivere nella pelle) come Rhizopus
stolonifer, Trichosporon cutaneum, Fusarium, Scopulariopsis brevicaulis, Curvularia,Specie Alternaria
alternata, Paecilomyces, Aspergillus flavus e Penicillium. [6]
Uno studio del National Human Genome Research Institute di Bethesda, nel Maryland, ha ricercato il
DNA dei funghi della pelle umana in 14 diverse posizioni del corpo. Questi erano il condotto uditivo, tra
le sopracciglia, la parte posteriore della testa, dietro l'orecchio, il tallone, le unghie dei piedi, tra le dita
dei piedi, l'avambraccio, la schiena, l'inguine, le narici, il torace, il palmo e l'incavo del gomito. Lo studio
ha mostrato una grande diversità fungina in tutto il corpo, l'habitat più ricco è il tallone, che ospita circa
80 specie di funghi. Al contrario, ci sono circa 60 specie nei ritagli delle unghie dei piedi e 40 tra le dita
dei piedi. Altre zone ricche sono il palmo, l'avambraccio e l'interno del gomito, con da 18 a 32 specie.
La testa e il tronco ne ospitavano da 2 a 10 ciascuno. [7]
Microbioma ombelicale
L'ombelico, o ombelico, è un'area del corpo che è raramente esposta a raggi UV, saponi o secrezioni
corporee [8] (l'ombelico non produce secrezioni o oli) [9] e perché è una comunità quasi indisturbata di
batteri [10] è una parte eccellente del microbioma cutaneo da studiare. [11] L'ombelico, o ombelico, è
un microbioma umido del corpo [12] (con umidità e temperature elevate), [13] che contiene una grande
quantità di batteri, [14] in particolare batteri che favoriscono condizioni umide come il Corynebacterium
[ 15] e Stafilococco. [13]
Il progetto Belly Button Biodiversity è iniziato presso la North Carolina State University all'inizio del 2011
con due gruppi iniziali di 35 e 25 volontari. [10] Ai volontari sono stati somministrati tamponi di cotone
sterili ed è stato chiesto di inserire i tamponi di cotone nell'ombelico, di girare il batuffolo di cotone circa
tre volte e quindi di restituirlo ai ricercatori in una fiala [16] che conteneva un 0,5 ml 10 % tampone
salino fosfato. [10] Ricercatori presso la North Carolina State University, guidati da Jiri Hulcr, [17]
quindi sono cresciuti i campioni in una coltura fino a quando le colonie batteriche non sono state
abbastanza grandi da poter essere fotografate e quindi queste immagini sono state pubblicate sul sito
Web del progetto sulla biodiversità dell'ombelico (ai volontari è stato assegnato un numero di campioni
in modo che potessero visualizzare i propri campioni online). [16] Questi campioni sono stati quindi
analizzati utilizzando librerie di rDNA 16S in modo da poter identificare ceppi che non crescevano bene
nelle colture. [10]
I ricercatori della North Carolina State University hanno scoperto che, sebbene fosse difficile prevedere
ogni ceppo di batteri nel microbioma dell'ombelico, potevano prevedere quali ceppi sarebbero stati
prevalenti e quali ceppi di batteri sarebbero stati piuttosto rari nel microbioma. [10] È stato riscontrato
che i microbiomi dell'ombelico contenevano solo alcuni tipi prevalenti di batteri
( Staphylococcus , Corynebacterium , Actinobacteria, Clostridiales e Bacilli) e molti diversi tipi di batteri
rari. [10] Altri tipi di organismi rari sono stati scoperti all'interno dell'ombelico dei volontari, inclusi tre tipi
di Archaea, due dei quali sono stati trovati in un volontario che sosteneva di non aver fatto il bagno o la
doccia per molti anni. [10]
Staphylococcus e Corynebacterium sono stati tra i tipi più comuni di batteri trovati negli ombelichi dei
volontari di questo progetto e questi tipi di batteri sono stati trovati come i tipi più comuni di batteri
trovati sulla pelle umana in studi più ampi sul microbioma cutaneo [18] (di cui fa parte il Belly Button
Biodiversity Project). [10] (In questi studi più ampi è stato scoperto che le femmine generalmente hanno
più Staphylococcus che vivono nei loro microbiomi cutanei [18] (di solito Staphylococcus
epidermidis ) [16] e che gli uomini hanno più Corynebacterium che vivono nei loro microbiomi
cutanei.) [18]
Secondo il Belly Button Biodiversity Project [10] presso la North Carolina State University, ci sono due
tipi di microrganismi trovati nell'ombelico e nelle aree circostanti. I batteri transitori (batteri che non si
riproducono) [12] costituiscono la maggior parte degli organismi presenti nell'ombelico e si stima che
siano stati trovati circa 1400 ceppi diversi nel 95% dei partecipanti allo studio. [19]
Il progetto Belly Button Biodiversity è in corso e ora ha prelevato tamponi da oltre 500 persone. [10] Il
progetto è stato concepito con l'obiettivo di contrastare quell'idea sbagliata che i batteri siano sempre
dannosi per l'uomo [20] e che gli esseri umani siano in guerra con i batteri. [21] In realtà, la maggior parte
dei ceppi di batteri sono innocui [13] se non benefici per il corpo umano. [22] Un altro degli obiettivi del
progetto è promuovere l'interesse del pubblico per la microbiologia. [17] Lavorando di concerto con il
progetto Human Microbiome, il Belly Button Biodiversity Project studia anche le connessioni tra i
microbiomi umani e i fattori di età, sesso, etnia, posizione [17] e salute generale.[23]
Acidità
Gli strati superficiali della pelle sono naturalmente acidi (pH 4-4,5) a causa dell'acido lattico nel sudore
e prodotto dai batteri della pelle. [30] A questo pH crescono flora mutualistica come Stafilococchi,
Micrococchi, Corynebacterium e Propionibacteria ma non batteri transitori come batteri Gram negativi
come Escherichia e Pseudomonas o Gram positivi come Staphylococcus aureus. [30] Un altro fattore
che influenza la crescita di batteri patologici è che le sostanze antimicrobiche secrete dalla pelle sono
potenziate in condizioni acide. [30] In condizioni alcaline, i batteri cessano di attaccarsi alla pelle e si
liberano più facilmente. È stato osservato che la pelle si gonfia anche in condizioni alcaline e si apre
consentendo il movimento batterico in superficie. [30]
Sistema immunitario
Se attivato, il sistema immunitario della pelle produce un'immunità cellulo-mediata contro i microbi
come i dermatofiti (funghi della pelle). [31] Una reazione consiste nell'aumentare il turnover dello strato
corneo e quindi eliminare il fungo dalla superficie della pelle. I funghi della pelle come il Trichophyton
rubrum si sono evoluti per creare sostanze che limitano la risposta immunitaria ad essi. [31] Lo
spargimento della pelle è un mezzo generale per controllare l'accumulo di flora sulla superficie della
pelle. [ citazione necessaria ]
Acne volgare
L'acne volgare è una condizione cutanea comune caratterizzata da un'eccessiva produzione di sebo da
parte dell'unità pilosebacea e da un'infiammazione della pelle. [37] Le aree colpite sono tipicamente
colonizzate da Propionibacterium acnes ; un membro del microbiota commensale anche in quelli senza
acne. [38] Alte popolazioni di P. acnes sono legate all'acne vulgaris sebbene solo alcuni ceppi siano
fortemente associati all'acne mentre altri con pelle sana. La popolazione relativa di P. acnes è simile tra
quelli con l'acne e quelli senza. [37] [38]
Il trattamento attuale comprende farmaci antibatterici topici e sistemici che determinano una
diminuzione della colonizzazione e/o dell'attività di P. acnes . [39] Il potenziale trattamento probiotico
include l'uso di Staphylococcus epidermidis per inibire la crescita di P. acnes . S.
epidermidis produce acido succinico che ha dimostrato di inibire la crescita di P. acnes . [40] È stato anche
dimostrato che il Lactobacillus plantarum agisce come antinfiammatorio e migliora le proprietà
antimicrobiche della pelle quando applicato localmente. È stato anche dimostrato che è efficace nel
ridurre le dimensioni della lesione dell'acne. [41]
Dermatite atopica
Gli individui con dermatite atopica hanno mostrato un aumento delle popolazioni di Staphylococcus
aureus sia nella pelle lesionata che in quella non lesionata. [38] Le riacutizzazioni della dermatite
atopica sono associate a una bassa diversità batterica dovuta alla colonizzazione da parte di S. aureus
e, dopo il trattamento standard, è stato osservato un aumento della diversità batterica. [ citazione
necessaria]
Psoriasi volgare
La psoriasi volgare colpisce tipicamente i siti cutanei più secchi come gomiti e ginocchia . Le aree
secche della pelle tendono ad avere un'elevata diversità microbica e un numero inferiore di popolazioni
rispetto ai siti sebacei. [39] Uno studio che utilizza tecniche di campionamento con tampone mostra che
aree ricche di Bacillota (principalmente Streptococcus e Staphylococcus )
e Actinomycetota (principalmente Corynebacterium e Propionibacterium ) sono associate alla
psoriasi. [44] Mentre un altro studio che utilizza biopsie associa livelli aumentati di Bacillota e
Actinomycetota a una pelle sana.[45] Tuttavia, la maggior parte degli studi mostra che gli individui affetti
da psoriasi hanno una minore diversità microbica nelle aree colpite.
I trattamenti per la psoriasi includono agenti topici, fototerapia e agenti sistemici. [46] La ricerca attuale
sul ruolo del microbiota cutaneo nella psoriasi è incoerente, quindi non ci sono potenziali trattamenti
probiotici.
Rosacea
La rosacea è tipicamente collegata ai siti sebacei della pelle. L' acaro della pelle Demodex
folliculorum produce lipasi che consentono loro di utilizzare il sebo come fonte di cibo quindi hanno
un'elevata affinità per le sedi cutanee sebacee. Sebbene faccia parte del microbiota cutaneo
commensale, i pazienti affetti da rosacea mostrano un aumento di D. folliculorum rispetto agli individui
sani, suggerendo una patogenicità . [47]
Bacillus oleronius , un microbo associato a Demodex , non si trova tipicamente nel microbiota cutaneo
commensale ma avvia percorsi infiammatori il cui meccanismo di avvio è simile ai pazienti con
rosacea. [38] Popolazioni di S. epidermidis sono state isolate anche da pustole di pazienti affetti da
rosacea. Tuttavia è possibile che siano stati spostati da Demodex in aree che favoriscono la crescita
poiché Demodex ha dimostrato di trasportare i batteri intorno al viso. [48]
I trattamenti attuali includono antibiotici topici e orali e terapia laser. [49] Poiché la ricerca attuale deve
ancora mostrare un chiaro meccanismo per l' influenza di Demodex nella rosacea, non ci sono
potenziali trattamenti probiotici.
Clinico
Dispositivi infetti
I microbi della pelle sono una potenziale fonte di dispositivi medici infetti come i cateteri . [50]
Igiene
È importante notare che la pelle umana ospita numerose specie batteriche e fungine, alcune delle quali
sono note per essere dannose, altre note per essere benefiche e la stragrande maggioranza non
ricercata. L'uso di saponi battericidi e fungicidi porterà inevitabilmente a popolazioni batteriche e
fungine resistenti alle sostanze chimiche impiegate (vedi farmacoresistenza ).
Contagio
La flora cutanea non passa facilmente tra le persone: 30 secondi di attrito moderato e contatto con le
mani asciutte determinano un trasferimento solo dello 0,07% della flora naturale delle mani dal nudo
con una percentuale maggiore dai guanti. [51]
Rimozione
Il lavaggio antimicrobico più efficace (riduzione dal 60 all'80%) è con etanolo, isopropanolo e n-
propanolo. I virus sono maggiormente colpiti da concentrazioni elevate (95%) di etanolo, mentre i
batteri sono più colpiti dall'n-propanolo. [52]
I saponi non medicati non sono molto efficaci come illustrato dai seguenti dati. Gli operatori sanitari si
sono lavati le mani una volta in sapone liquido non medicato per 30 secondi. Gli studenti/tecnici per 20
volte. [53]
Flora cutanea su due gruppi ospedalieri in unità formanti colonie per ml.
condizione della pelle del gruppo e delle mani non lavato lavato
Operatori sanitari sani 3.47 3.15
Danneggiati gli operatori sanitari 3.33 3.29
Studenti/tecnici sani 4.39 3.54
Studenti/tecnici danneggiati 4.58 4.43
Un uso importante del lavaggio delle mani è prevenire la trasmissione della flora cutanea resistente agli
antibiotici che causa infezioni nosocomiali come lo Staphylococcus aureus meticillino-
resistente . Sebbene tale flora sia diventata resistente agli antibiotici a causa degli antibiotici, non ci
sono prove che gli antisettici o i disinfettanti raccomandati selezionino organismi resistenti agli
antibiotici quando usati nel lavaggio delle mani. [54] Tuttavia, molti ceppi di organismi sono resistenti ad
alcune delle sostanze utilizzate nei saponi antibatterici come il triclosan . [54]
Un'indagine sui saponi da bar nelle cliniche dei dentisti ha rilevato che tutti avevano la propria flora e in
media da due a cinque diversi generi di microrganismi con quelli usati più probabilità di avere più
varietà di specie. [55] Un'altra indagine sui saponi da bar nei bagni pubblici ha trovato ancora più
flora. [56] Un altro studio ha scoperto che i saponi molto secchi non vengono infettati mentre tutti
riposano in pozze d'acqua. [57] Tuttavia, la ricerca sul sapone che è stato particolarmente infettato ha
scoperto che la flora del sapone non si trasmette alle mani. [58]
Pelle danneggiata
Il lavaggio ripetuto della pelle può danneggiare lo strato protettivo esterno e causare la perdita di acqua
transepidermica. Questo può essere visto in rugosità caratterizzata da desquamazione e secchezza,
prurito, dermatite provocata da microrganismi e allergeni che penetrano nello strato corneale e
arrossamento. Indossare i guanti può causare ulteriori problemi poiché produce un ambiente umido
favorendo la crescita dei microbi e contiene anche sostanze irritanti come lattice e talco . [59]
Il lavaggio delle mani può danneggiare la pelle perché lo strato superiore della pelle dello strato
corneo è costituito da 15-20 strati di dischi di cheratina , corneociti , ciascuno dei quali è circondato da
un sottile film di lipidi cutanei che può essere rimosso da alcoli e detergenti . [60]
È stato anche riscontrato che la pelle danneggiata definita da estese screpolature della superficie
cutanea, arrossamento diffuso o sanguinamento occasionale è stata colonizzata più frequentemente
da Staphylococcus hominis e questi erano più probabilmente resistenti alla meticillina . [59] Sebbene
non fosse correlato a una maggiore resistenza agli antibiotici, la pelle danneggiata era anche più simile
a essere colonizzata da Staphylococcus aureus , batteri gram-negativi , Enterococchi e Candida . [59]
Vedi anche
• Portale di biologia
Riferimenti
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