TESI

1.
INTRODUZIONE
1.1 Il sistema immunitario
Tutti i vertebrati possiedono un sistema immunitario che risulta

fondamentale per la sopravvivenza dell individuo, poiché
permette la difesa contro un gran numero di agenti infettivi:
batteri, virus, funghi e parassiti.
L immunità ha due caratteristiche principali: un alta specificità,

per esempio contro un particolare virus, e la capacità di
distinguere molecole estranee da molecole non estranee.
Quasi ogni macromolecola, se estranea per il ricevente, può

indurre una risposta immunitaria; ogni sostanza capace di
scatenare una risposta immunitaria viene definita antigene (da
antibody generator). Il sistema immunitario può distinguere
antigeni molto simili, come proteine che differiscono solo per un
amminoacido o due isomeri ottici della stessa molecola.
Esistono due ampie classi di risposte immunitarie:

- risposte anticorpali;
- risposte immunitarie mediate da cellule.
Le risposte anticorpali comportano la produzione di proteine
specifiche (immunoglobuline) con funzione di anticorpo; queste
circolano nel torrente ematico e permeano gli altri fluidi
corporei, dove si legano specificamente agli antigeni estranei che
hanno indotto la loro produzione. Il legame con gli anticorpi
inattiva i virus e le tossine batteriche bloccando la loro capacità
di interagire con recettori presenti nelle cellule dell ospite; inoltre
il legame rende i microrganismi invasori riconoscibili, in modo
che possano essere distrutti.
Le risposte immunitarie mediate da cellule coinvolgono la

produzione di cellule specializzate che reagiscono con gli
antigeni estranei localizzati sulla superficie di altre cellule dell
ospite (Alberts et al., 2004).
1.1.1 Le basi cellulari dell immunità
Le cellule responsabili della specificità immunitaria

appartengono ad una classe di globuli bianchi detti linfociti. Essi
si trovano in grande quantità nel sangue, nella linfa e negli organi
linfoidi, come il timo, i linfonodi, la milza e l appendice.
Durante gli anni 60 si scoprì che le due principali categorie di

risposte immunitarie sono mediate da classi differenti di linfociti:
- le cellule T, che si sviluppano nel timo, sono responsabili

dell immunità mediata da cellule.
- le cellule B, che nei mammiferi si sviluppano nel midollo

osseo
dell adulto e nel fegato fetale, producono anticorpi.
Cellule T e B non stimolate (a riposo) sono molto simili sia al
microscopio ottico che al microscopio elettronico: entrambe sono
piccole, appena più grandi dei globuli rossi del sangue e sono
quasi per intero occupate dal nucleo. Esse diventano
morfologicamente distinguibili solamente dopo essere state
stimolate da un antigene.
Le cellule B attivate si sviluppano in cellule che secernono

anticorpi, le più mature delle quali sono le plasmacellule, che
sono dotate di un esteso reticolo endoplasmatico rugoso. Al
contrario, le cellule T attivate contengono molto poco reticolo
endoplasmatico e non secernono anticorpi, ma secernono vari
mediatori detti linfochine, interleuchine o citochine (Alberts et
al., 2004).
1.1.2 Teoria della selezione clonale
La caratteristica più rilevante del sistema immunitario consiste

nel fatto che può rispondere a milioni di antigeni estranei
differenti in una maniera altamente specifica. Il modo in cui ciò
si verifica incominciò ad essere compreso negli anni 50 in
seguito alla formulazione della teoria della selezione clonale.
Secondo questa teoria, ogni animale dapprima genera

casualmente una notevole varietà di linfociti e, poi, quelle cellule
che reagiscono contro antigeni estranei che l animale incontra
realmente vengono specificamente selezionate perchè possano
svolgere la loro funzione. La teoria si basa sull assunto che nel
corso dello sviluppo ogni linfocita sia già indirizzato a reagire
con un determinato antigene ancora prima di essere stato esposto
ad esso. Ogni cellula manifesta questa predisposizione sotto
forma di proteine recettoriali della superficie cellulare che sono
complementari all antigene in maniera specifica. L interazione
dell antigene con i recettori attiva la cellula e fa sì che essa
proliferi e maturi. Quindi, un antigene estraneo stimola
selettivamente quelle cellule che esprimono recettori
complementari specifici per l antigene e che, quindi, sono già
indirizzate a rispondere all antigene stesso. Questo è ciò che

rende le risposte immunitarie specifiche per lantigene.
La maggior parte delle macromolecole, ivi comprese

praticamente tutte le proteine e molti polisaccaridi, può svolgere
funzioni di antigene. Quelle porzioni di un antigene che
interagiscono con il sito deputato al legame per l antigene stesso
presente su una molecola anticorpale o su un recettore
linfocitario sono dette determinanti antigenici o epitopi. Gli
antigeni possono avere vari determinanti antigenici che
stimolano la produzione di anticorpi o di risposte immunitarie da
parte delle cellule T. Alcuni determinanti sono più antigenici di
altri, così che la reazione contro di essi può dominare l intera
risposta, e vengono detti immunodominanti (Alberts et al., 2004).
1.1.3 La memoria immunologica
Il sistema immunitario, come il sistema nervoso, è dotato di

memoria. Questo è il motivo per cui nei vertebrati si sviluppa un
immunità nei confronti di molte malattie virali comuni, che dura
tutta la vita. Se un animale viene iniettato una volta con l
antigene A, la sua risposta immunitaria compare dopo un periodo
di latenza della durata di diversi giorni, aumenta rapidamente ed
esponenzialmente e, poi, più gradualmente, diminuisce di nuovo.
Questo è l andamento
caratteristico di una risposta immunitaria primaria, che avviene

in seguito ad una prima esposizione dell animale ad un antigene.
Se dopo alcune settimane, o mesi, o anche anni, l animale viene
reiniettato con l antigene A, esso genera di solito una risposta
immunitaria secondaria, che è molto differente dalla risposta
primaria: il periodo di latenza è più corto e la risposta è più
intensa. Quindi, la risposta secondaria rispecchia una memoria
immunologica specifica per l antigene A.
In un animale adulto, le cellule T e B degli organi linfoidi

secondari sono una miscela di cellule presenti in almeno tre stadi
di maturazione: cellule vergini, cellule della memoria e cellule
attivate. Quando le cellule vergini incontrano un antigene per la
prima volta, alcune di esse vengono stimolate a moltiplicarsi e
diventare cellule attivate. Queste sono cellule che sono
attivamente coinvolte nel realizzare una risposta. Altre cellule
vergini vengono, invece, stimolate a moltiplicarsi e a maturare in
cellule della memoria, cioè cellule che non producono esse stesse
una risposta, ma che vengono rapidamente indotte ad attivarsi in
seguito ad un incontro successivo con lo stesso antigene.
Pertanto, la memoria immunitaria viene generata durante la
risposta primaria in parte perchè la proliferazione delle cellule
vergini scatenata dall antigene crea molte cellule della memoria,
un processo noto come espansione clonale, e in parte perchè le
cellule vergini si differenziano in cellule della memoria che sono
in grado di rispondere più rapidamente all antigene rispetto alle
cellule vergini (Alberts et al., 2004).
1.1.4 I recettori per le cellule T
Le cellule T differiscono dalle cellule B per molti aspetti

importanti. Innanzitutto, agiscono soltanto a breve raggio, poiché
le cellule T interagiscono direttamente con un altra cellula dell
organismo che possono uccidere o con cui possono scambiare
segnali; al contrario le cellule B secernono anticorpi che possono
agire a distanza. Inoltre, le cellule T sono specializzate a
riconoscere un antigene estraneo soltanto quando è presente sulla
superficie di una cellula bersaglio. Per tale ragione, la forma dell
antigene riconosciuta dalle cellule T è differente da quella
riconosciuta dalle cellule B: mentre le cellule B riconoscono
antigeni interi, le cellule T riconoscono frammenti peptidici
appartenenti ad antigeni proteici che sono stati parzialmente
degradati all interno della cellula bersaglio e, poi, trasportati alla
superficie cellulare e qui presentati.
Esistono due classi principali di cellule T:

- le cellule T citotossiche, che uccidono direttamente le
cellule infettate da un virus o da qualche altro
microrganismo intracellulare;
- le cellule T helper, che contribuiscono a stimolare le

risposte di altre cellule.
Poiché le risposte delle cellule T dipendono dal contatto diretto
con una cellula bersaglio, i recettori per l antigene prodotti dalle
cellule T, diversamente dagli anticorpi prodotti dalle cellule B,
esistono solo in forma legata alla membrana e non vengono
secreti. Proprio per questa ragione, sono stati isolati con
difficoltà e non vennero identificati biochimicamente fino al
1983.
Sulle cellule T, sia citotossiche che helper, i recettori sono

composti da due catene polipeptidiche (dette e ) unite da ponti
disolfuro, ciascuna delle quali contiene due domini del tipo Ig
che condividono con gli anticorpi la proprietà di
possedere una regione amminoterminale variabile e una regione

carbossiterminale costante. Una piccola minoranza delle cellule
T, invece di produrre catene e , produce un tipo diverso di
recettore eterodimerico composto da catene e . Queste cellule
vengono generate in stadi di sviluppo precoce e si trovano
principalmente negli epiteli, laddove sono in grado di assicurare
una prima linea di difesa contro i microrganismi che cercano di
penetrare attraverso questi fogli di cellule (Alberts et al., 2004).
1.1.5 Le superfici epiteliali aiutano a prevenire le

infezioni
Nei vertebrati, la pelle e altre superfici epiteliali, comprese quelle

che rivestono polmoni e intestino, forniscono una barriera fisica
fra l interno del corpo e il mondo esterno. Giunzioni strette fra
cellule vicine impediscono un facile ingresso ai patogeni
potenziali. Le superfici epiteliali interne sono rivestite anche da
uno strato di muco che protegge queste superfici dagli insulti
microbici, meccanici e chimici; molti anfibi e pesci hanno uno
strato mucoso che ne riveste la pelle. Il rivestimento di muco
mucillaginoso è costituito soprattutto da mucina secreta e da altre
glicoproteine e aiuta fisicamente ad impedire ai patogeni di
aderire all epitelio, oltre a facilitare la loro eliminazione da parte
di ciglia battenti delle cellule epiteliali.
Lo strato di muco contiene anche sostanze che uccidono i

patogeni o ne inibiscono la crescita. Fra le più abbondanti vi
sono peptidi antimicrobici, chiamati difensine, che si trovano in
tutti gli animali e in tutti i vegetali. Essi sono
generalmente corti (15-50 amminoacidi), carichi positivamente e
hanno domini idrofobici o anfipatici nella loro struttura ripiegata.
Costituiscono una famiglia diversificata con un ampio spettro di
attività antimicrobica, compresa la capacità di uccidere o di
inattivare batteri Gram-negativi e Grampositivi, funghi
(compresi i lieviti), parassiti (compresi protozoi e nematodi) e
persino virus provvisti di involucro come l HIV. Le difensine
sono anche il tipo di proteina più abbondante nei neutrofili, che
le usano per uccidere i patogeni fagocitati.
Non è ancora chiaro il modo in cui le difensine uccidono i

patogeni. Una possibilità è che usino i loro domini
idrofobici o anfipatici per inserirsi nella membrana delle loro
vittime, distruggendo così l integrità della membrana. Una parte
della loro selettività per i patogeni rispetto alle cellule dell ospite
può derivare dalla loro preferenza per membrane che non
contengono colesterolo. Dopo aver distrutto la membrana del
patogeno, i peptidi carichi positivamente possono interagire
anche con vari bersagli carichi negativamente dentro il microbo,
compreso il DNA. A causa della natura relativamente non
specifica dell interazione fra le difensine e i microbi che
uccidono, è difficile per i microbi acquisire una resistenza alle
difensine. Così, in linea di principio, le difensine potrebbero
essere agenti terapeutici utili per combattere le infezioni, da sole
o in combinazione con farmaci più tradizionali.
1.1.6 Le cellule riconoscono caratteristiche conservate
dei patogeni
I microrganismi ogni tanto superano le barricate epiteliali, il

sistema immunitario innato e quello adattativo devono
riconoscerli e distruggerli, senza danneggiare l ospite. Di
conseguenza, i sistemi immunitari devono essere capaci di
distinguere ciò che è proprio da ciò che è estraneo. Il sistema
immunitario innato si basa sul riconoscimento di tipi particolari
di molecole che sono comuni a molti patogeni ma sono assenti
nell ospite.
Queste molecole associate ai patogeni (chiamate

immunostimolanti associati ai patogeni) stimolano due tipi di
risposte immunitarie innate:
- le risposte infiammatorie;
- la fagocitosi da parte di cellule come neutrofili e
macrofagi.
Gli immunostimolanti associati ai patogeni sono di vari tipi. L
inizio della traduzione nei procarioti differisce dall inizio della
traduzione negli eucarioti in quanto in genere si usa come primo
amminoacido la formilmetionina invece della normale metionina.
I peptidi che contengono formilmetionina all Nterminale saranno
tutti di origine batterica, e agiscono da potenti chemoattraenti per
i neutrofili, che migrano rapidamente verso la fonte di questi
peptidi e inglobano i batteri che li stanno producendo.
Inoltre, la superficie esterna di molti microrganismi è composta

da molecole che non esistono nei loro ospiti multicellulari e
anche queste molecole agiscono da immunostimolanti. Esse
comprendono la parete cellulare di peptidoglicano e i flagelli dei
batteri, oltre al lipopolisaccaride (LPS) sui batteri Gram-negativi
e gli acidi teicoici sui batteri Gram-positivi e comprendono anche
molecole delle pareti cellulari di funghi come zimosano, glucano
e chitina.
Anche brevi sequenze di DNA batterico possono agire da

immunostimolanti, come il motivo CpG che consiste in un
dinucleotide non metilato CpG fiancheggiato da due purine al 5 e
da due pirimidine al 3 , questa breve sequenza è almeno venti
volte meno comune nel DNA dei vertebrati rispetto a quello
batterico.
Le varie classi di immunostimolanti associati ai patogeni si

trovano spesso sulla superficie del patogeno in schemi ripetitivi.
Essi sono riconosciuti da parecchi tipi di recettori dedicati dell
ospite, che sono chiamati collettivamente recettori di
riconoscimenti di schemi.
Questi recettori comprendono recettori solubili nel sangue

(componenti del sistema del complemento) e recettori legati a
membrane sulla superficie delle cellule dell ospite (membri della
famiglia dei recettori Toll-like, TLR). I recettori di superficie
hanno due funzioni: iniziano la fagocitosi del patogeno e
stimolano un programma di espressione genica nella cellula dell
ospite per stimolare le risposte immunitarie innate. I recettori
solubili aiutano anch essi la fagocitosi e, in alcuni casi, l
uccisione diretta del patogeno.
1.1.7 Le cellule fagocitiche inglobano e distruggono i

patogeni
In tutti gli animali, invertebrati e vertebrati, il riconoscimento di

un invasore microbico è in genere seguito rapidamente dal suo
inglobamento da parte di una cellula fagocitica. I vegetali
mancano invece di questo tipo di risposta immunitaria innata.
Nei vertebrati, i macrofagi risiedono nei tessuti di tutto il corpo e
sono particolarmente abbondanti in aree in cui è probabile che si
verifichino infezioni, per esempio polmoni e intestino. Essi sono
presenti in gran numero nei tessuti connettivi, nel fegato e nella
milza. Queste cellule a lunga vita pattugliano i tessuti del corpo e
sono fra le prime cellule a incontrare i microbi invasori. La
seconda famiglia principale di cellule fagocitiche nei vertebrati, i
neutrofili, sono cellule a vita breve, abbondanti nel sangue ma
non presenti nei tessuti normali sani. Essi sono reclutati
rapidamente in corrispondenza dei siti di infezione sia da
macrofagi attivati da molecole, come peptidi che contengono
formilmetionina, rilasciate dagli stessi microbi.
I macrofagi e i neutrofili mostrano una varietà di recettori di
superficie, che li rendono in grado di riconoscere e di inglobare i
patogeni, fra i quali sono inclusi recettori di riconoscimento di
schemi come i TLR.
I TLR sono abbondanti sulla superficie di macrofagi e neutrofili,

oltre che sulle cellule epiteliali che rivestono polmoni e intestino.
Essi agiscono da sistema di allarme per avvisare sia il sistema
immunitario innato che quello adattativo che si sta formando un
infezione. Molecole correlate a Toll e ai TLR sono chiaramente
coinvolte nell immunità innata in tutti gli organismi
multicellulari. Nei vegetali, proteine con ripetizioni ricche di
leucina e con domini omologhi alla porzione citosolica dei TLR
sono necessari per la resistenza a patogeni fungini, batterici e
virali.
Così, almeno due componenti del sistema immunitario innato, le

defensine e i TLR, sembrano essere evolutivamente molto
antiche, forse antecedenti alla divisione fra animali e vegetali più
di un miliardo di anni fa. La loro conservazione durante l
evoluzione indica l importanza di queste risposte innate nella
difesa contro i patogeni microbici (Alberts et al., 2004).
1.1.8 I macrofagi attivati reclutano ulteriori cellule

fagocitiche nei siti di infezione
Quando un patogeno invade un tessuto, quasi sempre suscita una

risposta infiammatoria. Questa risposta è caratterizzata da dolore,
rossore, calore e gonfiore nel sito di infezione, tutti causati da
cambiamenti nei vasi sanguigni locali. I vasi sanguigni si
dilatano e diventano permeabili a fluido e proteine, portando a
rigonfiamento locale e a un accumulo di proteine nel sangue che
aiutano nella difesa, compresi i componenti della cascata del
complemento. Contemporaneamente, le cellule endoteliali che
rivestono i vasi sanguigni locali sono stimolate ad esprimere
proteine di adesione cellulare che facilitano l attacco e lo stravaso
di globuli bianchi, fra i quali neutrofili, linfociti e monociti.
La risposta infiammatoria è mediata da una molteplicità di

molecole di segnalazione. L attivazione dei TLR porta alla
produzione sia di molecole di segnalazione lipidiche, come le
prostaglandine, che di molecole di segnalazione proteiche come
le citochine, le quali contribuiscono tutte alla risposta
infiammatoria. Il rilascio proteolitico di frammenti del
complemento contribuisce anch esso alla risposta infiammatoria.
Alcune citochine prodotte dai macrofagi attivati sono
chemoattraenti (note come chemochine). Alcune di queste
attraggono neutrofili, che sono le prime cellule reclutate in gran
numero nel sito della nuova infezione. Altre attraggono più tardi
monociti e cellule dendritiche. Le cellule dendritiche raccolgono
antigeni dei patogeni invasori e li portano a linfonodi nelle
vicinanze, dove presentano gli antigeni ai linfociti per arruolare
le forze del sistema immunitario adattativo.
Altre citochine scatenano la febbre, un aumento della

temperatura corporea. La febbre aiuta di fatto il sistema
immunitario nella lotta contro l infezione, in quanto la maggior
parte dei patogeni batterici e virali cresce meglio a temperature
più basse, mentre le risposte immunitarie adattative sono più
potenti a temperature più alte (Alberts et al., 2004).
1.2 La scoperta dei Toll- like receptors
Molti recettori di riconoscimento di schemi della superficie

cellulare dei mammiferi, responsabili dell attivazione dell
espressione dei geni della cellula dell ospite in risposta ai
patogeni, sono membri della famiglia dei recettori Tolllike
(TLR).
Il Toll di Drosphila è una proteina transmembrana con un grosso

dominio
extracellulare che consiste in una serie di ripetizioni ricche di
leucina.
Questa venne identificata originariamente come una proteina
recettoriale della superficie cellulare che era coinvolta nella
determinazione della polarità dorsoventrale nelle giovani larve di
Drosophila melanogaster (Stein et al., 1991). Successivamente è
stato scoperto che essa giocava anche un ruolo cruciale nella
resistenza alle infezioni fungine nella mosca adulta, insieme ad
altri peptidi antimicrobici. La via intracellulare di trasduzione del
segnale attivata a valle di Toll, quando una mosca è esposta a un
fungo patogeno, porta alla traslocazione della proteina NF- B nel
nucleo, dove attiva la trascrizione di vari geni, compresi quelli
che codificano difensine antifungine (Lemaitre et al., 1996).
Il sequenziamento del genoma della Drosophila melanogaster ha
permesso di rivelare l esistenza di nove proteine che
appartengono tutte alla stessa famiglia Toll (Tauszig et al., 2000).
Si assunse che ogni membro della famiglia fosse coinvolto nella
difesa contro i patogeni, anche se tuttora la funzione immunitaria
è attribuita solo ad alcune proteine (un membro della famiglia è
attivato dall esposizione a batteri patogeni e porta alla produzione
di una difesa
antibatterica).
Negli anni novanta furono identificate le prime proteine dei
mammiferi correlate strutturalmente ai Toll della Drosophila che
sono attualmente chiamate recettori umani Toll-like 1 e 4 (TLR)
(Medzhitov et al., 1997; Nomura et al., 1994).
Fino ad oggi è stato dimostrato che 10 proteine trans-membrana

umane e 9 murine appartengono alla famiglia TLR dei
mammiferi (Akira et al., 2001; Zarember et Godowski, 2002)
(Tab. 1).
Tabella 1: TLR e suoi ligandi (Werling et al., 2003).
TLR ORIGINE DEI LIGANDI

LIGANDI
TLR Gram-positive bacteria Modulin, lipopeptides
1
TLR Gram-positive bacteria Lipoprotein, PGN, LTA,
2 Pseudomonas aeruginosa Mannuronic acid polymers
Staphylococcus Modulin
Mycobacteriae, Lipoprotein, Lipoarabinomannan,
Mycoplasmae lipopeptides
Listeria Heat-killed bacteria
Trypanosoma cruzei GPI anchored proteins LPS
Spirochetae
TLR Virus DsRNA
3
TLR Gram-negative bacteria LPS
4 Gram-positive bacteria Lipoteichoid acid, mannuronic acid
Plant polymers Taxol
Respiratory syncytial virus F protein
Host HSP60, HSP70, Fibronectin, EDA domain
TLR Gram-negative bacteria Flagellin
5 Gram-positive bacteria
TLR Gram-positive bacteria Modulin, soluble tuberculosis

6 Factor STF, Borrelia burgdorferi
Outer surface protein A
Lipoprotein (Ospa-L)
TLR Small antiviral compounds

7
TLR Small antiviral compounds
8
TLR Bacteria Unmethylated CpG-DNA
9
Le proteine della famiglia Toll e quelle della famiglia TLR sono
caratterizzate dalla condivisione di componenti di segnalazione
omologhe; infatti, presentano un dominio extracellulare con
ripetizioni ricche di leucina e una regione intracitoplasmatica
contenente un dominio del recettore Toll/interleukin-1, critico sia
nella segnalazione dei Toll della Drosophila che nei TLR dei
mammiferi. Per ciascun gradino di segnalazione sono state
descritte componenti omologhe nei due sistemi, il TLR di
mammifero ed il Toll della Drosophila, suggerendone la
conservazione filogenetica nel tempo (Horng e Medzhitov,
2001).
1.2.1 Il ruolo critico del TLR
L elemento chiave per l iniziazione della risposta immunitaria

innata è l identificazione di uno o più componenti dei patogeni
che non sono normalmente presenti nell ospite. Queste
componenti sono state definite Pathogen-Associated Molecular
Patterns (PAMP) (Medzhitov e Janeway, 1997). Al momento
dell infezione, le cellule che presentano antigeni, le cellule
macrofaghe e le cellule dendritiche, esprimendo il TLR sulla
propria superficie, legano i PAMP ed iniziano una sequenza di
segnalazione che stimola le difese dell ospite attraverso l
induzione di intermedi di ossigeno reattivo e azoto. Inoltre ha
inizio anche l immunità adattativa nel momento in cui vengono
attivate le cellule che presentano antigeni inducendo la
produzione di citochinine pro-infiammatorie e regolando al rialzo
le molecole co-stimolatorie. La segnalazione del TLR
stimola anche la maturazione e la migrazione delle cellule
dendritiche nei linfonodi in alcune specie, come i topi; nei
ruminanti questa migrazione sembra essere più importante, ma
può essere modulata (Haig et al., 1999). Nel topo e nell uomo il
traffico di cellule è mediato dai recettori
della chemochina espressi dalle cellule dendritiche che a loro
volta seguono la stimolazione del TLR (Rescigno et al., 1999,
2000; Sallusto et al., 1999). LPS, un tipico PAMP che
interagisce con i TLR, regola al ribasso l espressione dei recettori
della chemochina come CCR5 e, in concomitanza, regola al
rialzo l espressione di CCR7 sulle cellule dendritiche. Allo stesso
modo, la citosinafosfato-guanosina (CpG) induce il traffico delle
cellule nel linfonodo drenante (Uwiera et al., 2001). Negli organi
linfoidi secondari, le cellule dendritiche stimolano le cellule T,
attraverso la presentazione dei peptidi associati alle molecole
MHC, combinati con un segnale secondario trasmesso da
molecole costimolatorie come CD80/86. Le MHC sono proteine
codificate da un complesso di geni detti complesso maggiore d
istocompatibilità; hanno la funzione di legare i frammenti
peptidici, che vengono generati dalla
degradazione di antigeni proteici estranei all interno della cellula

bersaglio, e di trasportarli alla superficie.
Nei modelli murini, l infezione batterica attiva le cellule

dendritiche attraverso la stimolazione del TLR ed in via
preferenziale induce le citochine che inducono Th1, come IL-12.
Quindi, le cellule dendritiche, stimolate dai TLR, tendono a
portare alla differenziazione delle cellule T verso il tipo cellulare
Th1. Non è ancora abbastanza chiaro se le cellule
dendritiche inducano la differenziazione delle cellule Th2
attraverso la stimolazione dei TLR o attraverso altri recettori.
I topi con difetto di TLR4, se esposti ad un allergene, mostrano

riduzioni delle infiammazioni delle vie aeree accompagnate da
una ridotta risposta del Th2 (Dabbagh et al., 2002).
Il TLR4 può essere necessario per l induzione di una risposta

ottimale del Th2 all antigene che deriva da una fonte non
patogena. Ciò suggerisce che i ligandi del TLR, come LPS dei
batteri commensali, possono svolgere un ruolo fondamentale
nella maturazione del sistema immunitario innato, prima dell
esposizione al patogeno (Dabbagh et al., 2002).
In conclusione, i TLR risultano fondamentali non solo nella
prima fase dell infezione con la risposta immunitaria innata, ma
anche nel collegare all immunità innata quella adattativa
attraverso l intero sviluppo della risposta (Werling e Jungi,
2003).
Figura 1: Segnalazioni cellulari di Toll-like receptor Bos Taurus,
www.genome.jp.
1.2.2 TLR2
Il recettore TLR2 riconosce vari tipi di patogeni tra cui i batteri

Gram-positivi, che possono provocare risposte immuni simili a
quelle generate da LPS. La parete cellulare dei batteri
Gram-positivi contiene lipoproteine ad acidi lipoteici inseriti in
uno strato di peptidoglicano (PGN). Le analisi dei topi
TLR2deficienti o delle cellule derivate da questi animali hanno
dimostrato che il TLR2 è essenziale per la risposta al PGN, il
lipopeptide micoplasmatico attivante i macrofagi lipopeptide-2
(MALP-2) (Takeuchi et al., 1999, 2000, 2001) e anche per la
risposta al lipoarabinomammano, un glicolipide della parete
cellulare primaria derivato dal Mycobacterium tuberculosis
(Jones et al., 2001). Gli studi in vitro e di trasfezione
suggeriscono che gli acidi lipoteici e, in uno studio, l organismo
Gram-positivo Listeria monocytogenes, attivano le cellule via
TLR2. Secondo alcuni autori l abilità del TLR2 di legare una tale
varietà di ligandi è basata sulla sua capacità di formare
eterodimeri con altri TLR, principalmente con TLR6 e TLR1
(Ozinsky et al., 2000; Takeuchi et al., 2001).
1.2.3 TLR4
Il recettore TLR4 riconosce sia PAMP batterici sia PAMP virali;

il PAMP meglio descritto è LPS, un componente maggiore della
membrana esterna dei batteri Gram-negativi. LPS provoca varie
risposte immunostimolatorie, inclusa la produzione delle
citochine pro-infiammatorie come IL12 e delle sostanze effettrici
infiammatorie. È stata identificata una proteina denominata
CD14, specifica per il legame con LPS, espressa dai fagociti
mononucleari, ma che manca di una regione intracitoplasmatica.
Essendo incapace di trasdurre il segnale, potrebbero essere
necessarie altre proteine di membrana per la segnalazione di LPS
nei fagociti mononucleari (Ingalls et al., 1999). Alcuni studi
hanno messo in evidenza che un segnale LPS è trasmesso dal
TLR4
(Poltorak et al., 1998).
1.2.4 TLR6
Nell uomo la sequenza amminoacidica del TLR6 presenta una

similarità di sequenza con il TLR1 umano pari a circa il 69%
(Takeuchi et al., 1999). Studiando il dominio TIR in diverse
specie di vertebrati Beutler e Rehli (2002) hanno valutato che il
gene ancestrale di TLR1 e TLR6 si è duplicato
approssimativamente 130 milioni di anni fa dando origine ai due
geni, mentre il precursore del TLR10 si è diversificato dal
TLR1/TLR6 300 milioni di anni fa. Nel pollo sono stati
identificati due TLRs detti chTLR1 di tipo 1 e di tipo 2; questi
sono gli omologhi di TLR1 e TLR6 umani, ma non è possibile
determinare quali siano chTLR1 o chTLR6 (Yilmaz et al., 2005).
Questa omologia è in accordo con il fatto che il primo TLR
ancestrale duplicato nei mammiferi ha circa lo stesso tempo di
divergenza degli uccelli (300 milioni anni).
Nei mammiferi, TLR1, TLR6 e TLR10 sono presenti su un unico
cromosoma.
Figura 2: Struttura del gene: organizzazione del cluster

bovino per TLR6-TLR1-TLR10 (Opsal et al.,
2006).
1.2.5 I TLR bovini
Mentre i geni TLR dell uomo e del topo sono stati mappati con
successo, solo alcuni TLR nelle specie di interesse zootecnico
sono stati studiati; ad esempio solo il TLR2, il TLR4, il TLR6 ed
il TLR9 sono stati mappati nel genoma del maiale (Muneta et al.,
2003; Franceschi et al., 2004). Per gli omologhi bovini di tutti i
10 TLR umani sono disponibili sia le informazioni sulla sequenza
sia la mappatura, ossia la collocazione cromosomica. Tutte le
posizioni cromosomiche identificate sono in linea con le
aspettative della sintonia cromosomica tra l uomo e i mammiferi
allevati (McGuire et al., 2005). In Bos taurus, i TLR1, TLR6 e
TLR10 si raggruppano nel cromosoma 6, organizzazione simile a
quella osservata nel cromosoma umano 4 e che si ritiene derivi
da una duplicazione genica (Beutler e Rehli, 2002).
Similarmente, TLR7 e TLR8 sono localizzati sul cromosoma X
bovino così come nell uomo e nel topo. I TRL3 e TLR5 bovini si
trovano rispettivamente sul cromosoma 27 e sul cromosoma 16. I
TLR2 e TLR4 si trovano rispettivamente sull estremità prossimale
del cromosoma 17 e sull estremità distale del cromosoma 8
(White et al., 2003). Il TLR9 è stato mappato sull estremità
distale del coromosoma 22 (Goldammer et al., 2004).
Figura 3: Mappatura dei TLRs nei cromosomi bovini:

6, 8, 16, 17, 22, 27 e X (McGuire et al., 2005).
Le similarità a livello degli amminoacidi delle proteine TLR

bovine con quelle dell uomo e del topo sono, rispettivamente, del
77% e del 67% per il TLR2; del 72% e del 65% per il
TLR4; del 64% e del 55% per l MD2.
1.3 L Informazione genetica
Il genoma rappresenta il materiale genetico di un individuo e

contiene l informazione necessaria per la nascita, lo sviluppo e il
mantenimento degli organismi viventi. Costituente fondamentale
del genoma è il DNA (acido desossiribonucleico), costituito da
catene complementari di nucleotidi e organizzato in cromosomi,
che si presentano a coppie di omologhi e il cui numero varia a
seconda della specie. Durante la riproduzione i cromosomi
vengono trasmessi tramite le cellule germinali al nuovo
individuo; i cromatidi che compongono ciascuna coppia derivano
uno dall individuo maschile e l altro dall individuo femminile. Le
caratteristiche trasmesse da una generazione all altra sono
definite caratteristiche ereditarie (Mendel le chiamò caratteri)
e sono controllate da tratti di DNA chiamati geni (Mendel li
chiamò fattori). In un organismo, la costituzione
genetica rappresenta il genotipo e le caratteristiche visibili il
fenotipo, che è determinato dall interazione dei geni con l
ambiente.
1.3.1 Marcatori genetici
I marcatori genetici sono sequenze polimorfiche (presentano più

varianti alleliche) che si trovano in un locus specifico all interno
del cromosoma, si comportano in modo mendeliano e sono di
facile rilevazione. Identificano regioni cromosomiche nelle quali
possono essere localizzati geni importanti, la cui segregazione è
difficile da seguire.
I marcatori genetici, essendo polimorfici, possono essere
utilizzati per valutare la variabilità genetica presente in una
specie o in una popolazione, identificando le mutazioni che si
sono accumulate nel corso dell evoluzione.
I marcatori possono essere rilevati:

- a livello morfologico (caratteri mendeliani);
- a livello biochimico (isoenzimi, proteine,
gruppi sanguigni); - a livello molecolare
(analisi del DNA).
1.3.2 Marcatori molecolari
Lo studio della variabilità genetica di una specie all interno o tra

le comunità è molto importante sia per la conservazione che per l
utilizzo delle risorse genetiche.
Le moderne tecnologie molecolari permettono, grazie all uso di

marcatori molecolari, di analizzare i polimorfismi al livello del
DNA. Alcuni di questi marcatori di DNA non sono influenzati
dall ambiente, sono neutri, ovvero non producono nessun effetto
fenotipico apprezzabile, presentano assenza di epistasi e
pleiotropia e sono numerosi; ciò permette il loro utilizzo nello
stesso genoma o nella medesima popolazione segregante.
Possono essere usati su entrambi i sessi e a qualsiasi età, sono
generalmente codominanti, polimorfici, facili da monitorare ed
analizzabili con metodiche automatizzate. Marcatori distribuiti
uniformemente lungo il genoma possono essere usati per studiare
le differenze genetiche e la segregazione di piccole regioni
cromosomiche. Risultano, inoltre, essere uno strumento utile per
studiare la variabilità genetica a livello molecolare in quanto
permettono di valutare direttamente sul genoma
similitudini o differenze tra individui.
1.3.3 SNPs
Un marcatore genetico ideale per studi di popolazione e di

evoluzione deve essere abbondante e ampiamente distribuito nel
genoma; inoltre i dati devono essere facilmente confrontabili tra
laboratori che utilizzano metodiche e tecnologie diverse. Come
marcatori molecolari per lo studio di frequenze alleliche sono
stati molto utilizzati: DNA fingerprinting, sequenziamento del
DNA mitocondriale, RFLP (Restriction fragment length

polymorphism), AFLP (Amplified Fragment Lenght
Polymorphims) e microsatelliti. Gli SNPs (Single Nucleotide
Polymorphisms) sono variazioni di sequenza del DNA, dovute
all alterazione di un singolo nucleotide (A, T, C o G) nella
sequenza del genoma, che possono cadere sia in una regione
codificante (esone), sia in una regione non-codificante (introne)
del gene.
Nel caso in cui uno SNP cade in una sequenza codificante,
questo può modificare o meno la sequenza proteica; si possono
distinguere in base all effetto che provocano sulla proteina due
diversi tipi di SNPs:
- SNPs sinonimi che non determinano modificazioni nella

sequenza amminoacidica, perchè il codice genetico è
degenerato, ossia la terza base del codone può variare
senza determinare modifiche nell amminoacido;
- SNPs non sinonimi che determinano
invece la sostituzione
amminoacidica nella sequenza proteica.
Anche gli SNPs che cadono nella sequenza non codificante
(introne) possono modificare l espressione genica influenzando
ad esempio lo splicing o il legame del DNA ai fattori di
trascrizione.
I polimorfismi dei nucleotidi sembrano avere caratteristiche del

marcatore genetico ideale, essendo: abbondanti nel genoma
(costituiscono, infatti, il 90% di tutte le variazioni genetiche
umane), facilmente riproducibili in diversi laboratori, e semplici
da individuare. Gli SNPs, in generale, possono essere molto utili
per studi di genetica di popolazione e per individuare le tracce
della selezione: sono, infatti, molto frequenti nelle popolazioni e,
singolarmente, determinano piccoli effetti sul fenotipo di un
individuo. È ormai stabilito che gruppi di queste piccole
variazioni sommandosi causano la suscettibilità o la resistenza a
molte delle malattie umane più comuni (ad es. il diabete, il
cancro, l'arteriosclerosi, l'alzheimer).
1.4 Malattie
Nel seguente studio sono state prese in considerazione le malattie

bovine più diffuse nella provincia di Viterbo e nella provincia di
Roma. I soggetti malati presentano patologie sia di origine
batterica, sia di origine virale.
1.4.1 IBR
L IBR (Infectious Bovine Rhinotracheitis) è una delle

manifestazioni cliniche del BoHV-1 (Bovine Herpesvirus 1) che
rappresenta uno dei maggiori patogeni del bestiame. Le altre
manifestazioni cliniche sono: l aborto, un infezione sistemica nei
vitelli e l IPV (Infectious Pustular Vulvovaginitis).
Diversi paesi europei, tra cui l Italia, hanno iniziato dei piani di
eradicazione del virus a causa delle elevate perdite economiche
causate dalla malattia e dalle restrizioni commerciali che ne
derivano. L uso del vaccino contro il BoVH-1 e l abbattimento
dei capi infetti sono, per ora, le uniche due vie fondamentali da
seguire (Muylkens et al., 2007).
1.4.2 Mastite
La mastite è una delle malattie più importanti tra quelle che

determinano un elevata incidenza economica sulla produzione di
latte bovino. Consiste nell infiammazione della ghiandola
mammaria quasi sempre causata da batteri sia Gram-positivi sia
Gram-negativi, che colonizzano la ghiandola penetrando
attraverso il canale della mammella. I casi più studiati di mastite
sono quelli provocati dallo Stafilococcus aureus e dall
Escherichia coli. Le infezioni provocate da Escherichia coli
avvengono con elevata frequenza nelle vacche da latte nei
periodi in cui i meccanismi di difesa legati all immunità innata
sono indeboliti: in particolare durante il periodo precedente al
parto e durante la prima lattazione. Oggi la prevenzione della
mastite risulta essere più importante del trattamento post-
infezione (De Schepper et al., 2008).
1.4.3 Enterite
L enterite è una malattia dovuta all infiammazione acuta o

cronica della mucosa dell intestino, può presentare una
distribuzione segmentaria o diffusa, coinvolgendo anche altri
tratti del tubo digerente. Le forme acute sono solitamente
sostenute da infezioni virali, batteriche, micotiche o parassitarie.
Le forme croniche possono essere infettive, tossiche, dovute ad
allergia o intolleranza alimentare, a patologie immunitarie
oppure a patologie la cui origine non è stata ancora individuata
con certezza (morbo di Crohn nell uomo). I sintomi sono
costituiti da diarrea, febbre, disidratazione, astenia e dolori
addominali. Le enteriti spesso si associano a gastrite e a colite.
La terapia si basa sull uso di antibiotici sistemici e in alcuni casi

sono utili i cortisonici.
1.4.4 Para-tubercolosi
La paratubercolosi è una malattia infettiva e contagiosa

caratteristica dei ruminanti, descritta e studiata per la prima volta
nel 1895 da Johne e
Frothingham. L agente eziologico è stato recentemente

classificato come
Mycobacterium avium subsp. paratubercolosis (MAP), viste le
sue comunanze antigeniche con M. avium. La via più comune di
introduzione dell infezione in allevamento risiede nell acquisto di
animali infetti in forma subclinica, ma l infezione è possibile
anche attraverso la contaminazione dei pascoli, poiché è
dimostrata la presenza di MAP anche nei ruminanti selvatici.
La malattia compare generalmente in animali di 3-5 anni di età,
più frequentemente in prossimità del parto, i sintomi iniziali sono
generalmente vaghi (pelo ruvido opaco, cute secca e anelastica),
in seguito compare diarrea cronica o intermittente.
Le strategie di controllo si basano sull adozione contemporanea

di misure tendenti ad eliminare i soggetti infetti, evitare l
introduzione in allevamento di animali infetti e proteggere i
vitelli dall infezione. In Europa l interesse scientifico è elevato
anche a fronte delle ipotesi di coinvolgimento di MAP nel morbo
di Crohn dell uomo (Arrigoni, 2001).
2. SCOPO DELLA TESI
Numerosi studi sperimentali, effettuati sull uomo, hanno messo

in evidenza l importanza del TLR nella risposta immunitaria e
nella patogenesi delle malattie (Fig. 4) (Pandey et al., 2006).
Figura 4: Ruolo patofisiologico del TLR (SLE, sistemic lupus

erythematosus; LOAD, late onset Alzheimer's disease; IBD,
inflammatory bowel disease) (Saumya et al., 2006).
I polimorfismi nei TLR possono influenzare l efficienza dei
recettori nel riconoscimento delle molecole derivanti dagli agenti
patogeni. In particolare nel bestiame, la scoperta di una
variazione genetica in questi loci, associata ad una resistenza nei
confronti di una malattia, può essere utile per effettuare una
accurata selezione.
Il presente studio ha i seguenti scopi:

- Individuare eventuali SNPs che siano in qualche modo
correlati con le malattie più frequenti nel bovino, in modo da
sottolineare una possibile predisposizione genetica.
- Caratterizzare gli SNPs individuati analizzandone frequenza e

diversità genetica in popolazioni appartenenti a 16 razze
bovine europee.
- Verificare se alcune razze presentano peculiari polimorfismi

nei TLR e se questo possa essere associato alle caratteristiche
della razza.
3. MATERIALI E METODI
3.1 Campionamento
Per quanto riguarda l identificazione e l analisi di polimorfismi

nei geni TLR, sono stati presi in considerazione animali malati
provenienti sia dalla provincia di Roma che dalla provincia di
Viterbo; ad ogni malato è stato poi associato un campione sano,
proveniente dallo stesso allevamento, da utilizzare come
controllo (Tab. 2).
Tabella 2: Provenienza, razza e patologia degli animali

analizzati.
CAMPIONE PROVENIENZA RAZZA PATOLOGIA

1 Vulci Maremmana Attinomicosi
2 Tormancina Frisona Mastite
6 Tormancina Frisona Controllo Masti
7 Tormancina Frisona Controllo Masti
8 Castelporziano Maremmana Controllo Attino
9 Castelporziano Maremmana Controllo Attino
10 Tormancina Frisona Positiva para-tb
11 Tormancina Frisona Controllo para-tb
15 Tormancina Frisona Positiva para-tbc

22 Tuscania Chianina Controllo para-tb
23 Tuscania Chianina Positiva para-tbc
24 Tormancina Maremmana IBR
29 Tormancina Maremmana Controllo IBR
41 Viterbo Chianina Controllo Enterit
42 Viterbo Chianina Enterite
47 Viterbo Chianina Broncopolmonit
48 Viterbo Chianina Controllo Bronco
51 Viterbo Chianina Controllo Bronco
52 Viterbo Chianina Broncopolmonit
55 Tormancina Frisona Controllo Mastit
57 Tormancina Frisona Controllo Mastit
Per indagare la frequenza dei polimorfismi in varie razze bovine

europee, gli SNPs sono stati analizzati in 951 campioni (Tab. 3).
Gli individui erano stati precedentemente campionati nell ambito
del progetto europeo GemQual (Genetics of Meat Quality,
http://www.gemqual.org).
Tabella 3: Provenienza, razza e numero degli individui

analizzati.
CAMPIONE INDIVIDUI PROVENIENZA

Piemontese 67 Italia
Maremmana 91 Italia
Marchigiana 36 Italia
Limousine 72 Francia
Charolais 80 Francia
Jersey 50 Gran Bretagna
South Devon 43 Gran Bretagna
Aberdeen Angus 45 Gran Bretagna
Highlands 48 Gran Bretagna
Holstein 60 Danimarca
Danish Red 59 Danimarca
Simmental 30 Danimarca
Asturiana Valles 66 Spagna
Casina 66 Spagna
Avilena 65 Spagna
Pirenaica 73 Spagna
3.2 Estrazione del DNA
Per l estrazione del DNA da sangue si è utilizzato il kit Wizard

DNA genomic (Promega). Il protocollo di estrazione è il
seguente:
1. Aliquotare 300 µl di sangue in un tubo eppendorf da 1.5

ml e aggiungere 900 l di cell lysis solution. Mescolare
per inversione (5/6 volte). Lasciare 10 minuti a
temperatura ambiente invertendo ogni tanto.
2. Centrifugare 1 minuto a 14000 rpm. Scartare il

sovranatante e vortexare il pellet.
3. Aggiungere 300 l di Nuclei Lysis Solution, pipettare per

risospendere il pellet.
4. Unire 100 l di Protein Precipitation Solution vortexando

vigorosamente per 20 secondi.
5. Centrifugare per 4 minuti a 14000 rpm.

6. Trasferire il supernatante con il DNA in un nuovo tubo da
1.5 ml contenente 300 l di isopropanolo a 4°C, mescolare
per inversione.
7. Centrifugare a 14000 rpm per 3 minuti. Scartare il

sovranatante e aggiungere 300 l di etanolo al 70% per
lavare il pellet.
8. Centrifugare a 14000 rpm per 3 minuti e scartare il

sovranatante.
Asciugare a temperatura ambiente.
9. Reidratare il pellet di DNA con 50 l di TE (Tris 10 mM e
EDTA 1 mM pH 8).
10. I campioni vengono conservati a 4°C.
3.3 Elettroforesi su gel di agarosio
La concentrazione del DNA estratto viene verificata mediante

elettroforesi su gel d agarosio all 1% in presenza di bromuro di
etidio.
La corsa elettroforetica si effettua a 80 V per tre ore in tampone

TBE 1X
(Tris-HCl 0,45 M, acido borico 0,45 M, EDTA 2,5 mM); la
visualizzazione del DNA avviene tramite un transilluminatore
UV. La quantificazione viene fatta in base ad uno standard ( Dna
50 ng/ l) che viene caricato sul gel parallelamente ai campioni.
3.4 Disegno dei primers
I primers per i geni TLR sono stati progettati attraverso il

programma PolyPrimers (Valentini, 2006
http://www.unitus.it/SAG/primers.zip) partendo dalle sequenze
bovine presenti nelle banche dati con i seguenti accession
numbers (Tab. 4):
Tabella 4: Accession number dei geni utilizzati.
GENE ACCESSION NUMBER

TLR2 AY634629
TLR4 AY634630
TRL6 AJ618974
I primers sono stati disegnati in modo da riuscire ad avere il gene
TLR2 suddiviso in 6 frammenti, il gene TLR4 in 3 frammenti e il
gene TLR6 in 4 frammenti, ottenendo sequenze di lunghezza di
circa 500 - 700 paia di basi (Tab. 5).
Tabella 5: Sequenza primers Forward (Fw) e Reverse (Rw), temperatura
PCR e lunghezza amplificato in paia di basi (bp).
Sequenza (5 3 ) T.A. Amplificato

Locu
PCR (bp)
s
(°C)
TLR Fw: GTGGTAGTTTGAGCATTCTTAA 47 701
2
Rw: GTCTTGGCCCTCTCGATATTC
TLR Fw: CTGTCCAACAATGAGATCACCT 49 733
2
Rw: AATTCTGTCCAAACTGTATATTC
TLR Fw: CTGTCCAACAATGAGATCACCT 49 733
2
Rw: AATTCTGTCCAAACTCAGTGCT
TLR Fw: GTTCAGGTCCCTTTATGTCTTG 47 509
2
Rw: ATGGGTACAGTCATCAAACTCT
TLR Fw: ACTACCGCTGTGACTCTCCCTC 55 711
2
Rw: GACCACCACCAGACCAAGACT
TLR Fw: CTCCCTTTCTGAATGCCACA 47 754
2
Rw: AAAGTATTGGAGCTTCAGCA
TLR Fw: GTGTGGAGACCTAGATGACTGG 50 705
4
Rw: GTACGCTATCCGGAATTGTTCA
TLR Fw: CTACCAAGCCTTCAGTATCTAG 47 741
4
Rw: GGCATGTCCTCCATATCTAAAG
TLR Fw: TCAGGAACGCCACTTGTCAGCT 55 710
4
Rw: TGAACACGCCCTGCATCCATCT
TLR Fw: AAAGAATCTCCCATCAGAAGCT 46 515
6
Rw: GAAGGATACAACTTAGGTGCAA
TLR Fw: CTGCCCATCTGTAAGGAATTTG 47 739
6
Rw: GATAAGTGTCTCCAATCTAGCT
TLR Fw: TTGGAAACACTGGATGTTAGCT 49 710
6
Rw: ACTGGAGAGTTCTTTGGAGTTC
TLR Fw: CTGCCTGGGTGAAGAATGAATT 50 715
6
Rw: TGTAGTTGCACTTCCGGGCT
3.5 Polymerase chain reaction (PCR)
Le amplificazioni sono state condotte in un termociclatore PCR

express (Hybaid).
Condizioni di reazione (30 µl):
Acqua sterile 12,6 µl

5X PCR buffer 6 µl
dNTPs (2 mM) 3 µl
Oligonucleotide primer Fw 10 pM/ µl 2,4 µl

Oligonucleotide primer Rw 10 pM/ µl 2,4
µl Taq Polymerase 5 unità/µl 0.6 µl
DNA genomico (20 ng/ µl) 3 µl

Olio minerale
Le condizioni di PCR sono le seguenti:

Stage 1 95°C per 5 minuti (1 ciclo)
Stage 2 95°C per 30 secondi / TA + 7°C per 30 secondi /
72°C per 2 minuti
(14 cicli)
Stage 3 95°C per 30 secondi / TA per 30 secondi / 72°C per 2
minuti
(19 cicli)
Stage 4 72°C per 5 minuti (1 ciclo)
L amplificato è stato, poi, controllato mediante elettroforesi su

gel d agarosio al 2% in presenza di bromuro di etidio.
La corsa elettroforetica è stata effettuata a 90 V per un ora in

tampone TBE 1X (Tris-HCl 0,45 M, acido borico 0,45 M, EDTA
2,5 mM); la visualizzazione del
DNA avviene tramite un transilluminatore UV, controllando la

lunghezza delle
bande in base ad un marker (GeneRuler TM 50 bp Dna Ladder -
Fermentas)
caricato sul gel parallelamente ai campioni.
3.6 Purificazione dei prodotti PCR
I frammenti amplificati sono stati purificati mediante ExoSap-IT

(USB Corporation), per rimuovere i primers e i dNTPs residui. L
ExoSap, infatti, è composto da due enzimi idrolitici: l
Esonucleasi I che degrada i primers a singolo filamento ed altri
singoli filamenti prodotti dalla PCR, la SAP (Shrimp Alkaline
Phosphatase) che defosforila i dNTPs residui. Il protocollo di
purificazione è il seguente:
1. Unire 1 l di ExoSap-IT a 2,5 l di reazione PCR.

2. Incubare a 37°C per 15 minuti.
3. Incubare a 80°C per 15 minuti per inattivare gli enzimi.
controlli (41-45-50-53).
TLR 41 42+ 45 46+ 49+ 50 53 54
4_254 R A A R R R A A
4_2043 C Y C C C Y Y C
6_855 G G R G G G R A
6_2315 T T C T T T Y C
4_254 A+G R 4_254 A+R G
Tabella 16: Test di Fisher dati
Mal. 2 2 Mal. 4 0
Enterite
Cont. 2 2 Cont. 4 0 4_254 A R+G
TLR4_254.
Mal. 2 2
p-value = 0.7571 p-value = 1 p-value = 0.7571
Cont. 2 2
4_204 T+C Y 4_2043 T+Y C
Tabella 17: 3 Test di Fisher dati
Enterite Mal. 3 1 Mal. 1 3
TLR4_2043. Cont. 4_2043 T Y+C
2 2 Cont. 2 2
Mal. 0 4
p-value = 0.4999 p-value = 0.5000 p-value = 1
Cont. 0 4
Tabella 18: Test di Fisher dati Enterite TLR6_855.
6_855 A+G R 6_855 A+R G 6_855 A R+

Mal. 4 0 Mal. 1 3 Mal. 1
Cont. 2 2 Cont. 2 2 Cont. 0
p-value = 0.2142 p-value = 0.5000 p-value = 0.5000
6_231 T+C Y 6_2315 T+Y C

Tabella 19: 5 Test di Fisher dati
Enterite Mal. Mal. 3 1 TLR6_2315.
4 0
Cont. 3 1
p-value = Cont. 3 1 0.5000 p-value =
0.7857 p-value = 0.4999
6_2315 T Y+C
Mal. 3 1
I dati, come fatto precedentemente, sono stati sottoposti ad analisi
Cont. 2 2
statistica mediante il test di Fisher. In tutti i casi non si hanno
valori di p-value inferiori a 0,05, quindi, le variazioni su singole basi possono
essere definite casuali dal punto di vista statistico.
Inoltre nel locus 4_254 si osserva un assenza di G/G sia nei sani
che nei malati e nel locus 4_2043 si osserva un assenza di T/T sia
nei sani che nei malati.
4.2.4 Analisi campioni con malattie batteriche
Un analisi è stata eseguita considerando tutti i dati relativi alle

malattie batteriche: mastite, enterite, para-tubercolosi, polmonite
e attinomicosi. Lo scopo è quello di evidenziare
relazioni tra la suscettibilità alle malattie batteriche e i
polimorfismi riscontrati.
Dall analisi effettuata su 21 campioni, di cui 11 malati e 10 sani,

si sono ottenuti i seguenti risultati (Tab. 20):
+ + + + + +
Tabella 20: SNPs identificati in individui affetti da malattie batteriche (1 -2 -3 -4 -5 -10 -
+ + + + +
12 -15 -47 -52 -56 ) e controlli (6-7-9-11-13-14-48-51-55-57) (* non analizzato).
TLR 2_591 2_738 2_767 4_254 4_167 4_204 6_855 6_231

8 3 5
1+ G G A G C T A T
2+ G G A G C C G T
3+ R R G G C C R Y
4+ A A G G Y C A C
5+ G G A G C C R Y
6 G G A A T C A C
7 G G A A C Y G T
9 R G G G C T G T
10+ G G A A C C R C
11 G A G G C Y R Y
12+ G G G G T C R C
13 G G R G T C G Y
14 G R A G C C R Y
15+ G G A G C C G T
47+ * * * A T C A C
48 G G G A C C G T
51 G G G R Y C R Y
52+ * * * R Y C R Y
55 G G G G C C R Y
56+ G A G G C C A C
57 G G G G C C A C
Tabella 21: 2_591 A + G R Test 2_591 A+R G

di Fisher dati
malattie Mal. 8 1 Mal. 2 7
batteriche Cont. 2_591 A R+G
9 1 Cont. 1 9
TLR2.
2_738 A+G R 2_738 A+R G Mal. 1 8
p-value = 0.7368
Cont. 0 10
p-value Mal. 8 1= Mal. 3 6
0.4582 p- 2_738 A R
2_767 A R++G
G
value = 0.4736 Cont. 9 1 Cont. 2 8
2_767 A + G R 2_767 A+R G Mal.

Mal. 2
5 7
4
Mal. 9 0 Mal. 5 4 Cont.
Cont. 1
3 9
7
Cont. 9 1 Cont. 4 6
Tabella 22:
4_254 A+G R 4_254 A+R G
Mal. 10 1 Mal. 3 8 4_254 A R+G
Test di
Cont. 9 1 Cont. 4 6 Mal. 2 9
Cont. 3 7
Fisher dati malattie batteriche TLR4.
4_1678 T Y+C
4_167 T+C Y 4_1678 T+Y C Mal. 2 9

p-value = 8 0.7380 p-
value = 0.4380 Cont. 2 8
Mal. 9 2 Mal. 4 7
p-
value = 0.4502 Cont. 9 1 Cont. 3 7

4_204 T+C Y 4_2043 T+Y C
3
4_2043 T Y+C
Mal. 11 0 Mal. 1 10
p-value =
0.2142 Cont. 8 2 Cont. 3 7 Mal. 1 10
p-
value = 0.2556 p-value = 0.7380 Cont. 1 9
Tabella 23: Test

6_2 A+G R 6_2 A+R G 6_2 A R+G
di Fisher Mal. 6 5 dati Mal. 9 2 Mal. 4 7

Cont. 6 4 Cont. 6 4 Cont. 2 8
malattie batteriche TLR6. 6_4 T Y+C
Mal. 3 8
6_4 T+C Y 6_4 T+Y C
p-value = 0.5750 Cont. 3 7
p-value Mal. 8 3= Mal. 6 5
0.2678 p-value =
0.3673 Cont. 5 5 Cont. 8 2

I dati sono stati sottoposti all analisi statistica mediante test di Fisher
considerando gli SNPs dei geni TLR2, TLR4 e TLR6, tutti coinvolti nella
risposta immunitaria antibatterica. I risultati del test non evidenziano relazioni
tra patologia e carattere genetico. Tutti i polimorfismi individuati possono, al
momento, essere definiti casuali.
4.3 Frequenza dei polimorfismi in razze bovine

europee
Gli otto SNPs individuati (Tab. 6) sono stati analizzati in 951

individui di 16 razze bovine europee sia da latte, Jersey e Holstein;
sia da carne: South Devon, Aberdeen Angus, Highlands, Danish
Red, Simmental, Asturiana Valles, Casina, Avilena, Pirenaica,
Piemontese, Marchigiana, Maremmana, Limousine e Charolais.
Figura 5: Distribuzione degli alleli G/G, G/A e A/A per lo SNP
TLR2_767.
La tipizzazione degli individui è stata commissionata alla ditta
KBiosciences (Herts, UK, http://www.kbioscience.co.uk)
che per l analisi

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1.

1.1 Il sistema immunitario

Tutti i vertebrati possiedono un sistema immunitario che risulta

L immunità ha due caratteristiche principali: un alta specificità,

Quasi ogni macromolecola, se estranea per il ricevente, può

Esistono due ampie classi di risposte immunitarie:

Le risposte immunitarie mediate da cellule coinvolgono la

1.1.1 Le basi cellulari dell immunità

Le cellule responsabili della specificità immunitaria

Durante gli anni 60 si scoprì che le due principali categorie di

- le cellule T, che si sviluppano nel timo, sono responsabili

- le cellule B, che nei mammiferi si sviluppano nel midollo

Le cellule B attivate si sviluppano in cellule che secernono

1.1.2 Teoria della selezione clonale

La caratteristica più rilevante del sistema immunitario consiste

Secondo questa teoria, ogni animale dapprima genera

indirizzate a rispondere all antigene stesso. Questo è ciò che

La maggior parte delle macromolecole, ivi comprese

1.1.3 La memoria immunologica

Il sistema immunitario, come il sistema nervoso, è dotato di

caratteristico di una risposta immunitaria primaria, che avviene

In un animale adulto, le cellule T e B degli organi linfoidi

1.1.4 I recettori per le cellule T

Le cellule T differiscono dalle cellule B per molti aspetti

Esistono due classi principali di cellule T:

- le cellule T helper, che contribuiscono a stimolare le

Sulle cellule T, sia citotossiche che helper, i recettori sono

possedere una regione amminoterminale variabile e una regione

1.1.5 Le superfici epiteliali aiutano a prevenire le

Nei vertebrati, la pelle e altre superfici epiteliali, comprese quelle

Lo strato di muco contiene anche sostanze che uccidono i

Non è ancora chiaro il modo in cui le difensine uccidono i

I microrganismi ogni tanto superano le barricate epiteliali, il

Queste molecole associate ai patogeni (chiamate

Inoltre, la superficie esterna di molti microrganismi è composta

Anche brevi sequenze di DNA batterico possono agire da

Le varie classi di immunostimolanti associati ai patogeni si

Questi recettori comprendono recettori solubili nel sangue

1.1.7 Le cellule fagocitiche inglobano e distruggono i

In tutti gli animali, invertebrati e vertebrati, il riconoscimento di

I TLR sono abbondanti sulla superficie di macrofagi e neutrofili,

Così, almeno due componenti del sistema immunitario innato, le

1.1.8 I macrofagi attivati reclutano ulteriori cellule

Quando un patogeno invade un tessuto, quasi sempre suscita una

La risposta infiammatoria è mediata da una molteplicità di

Altre citochine scatenano la febbre, un aumento della

Molti recettori di riconoscimento di schemi della superficie

Il Toll di Drosphila è una proteina transmembrana con un grosso

Fino ad oggi è stato dimostrato che 10 proteine trans-membrana

Tabella 1: TLR e suoi ligandi (Werling et al., 2003).

TLR ORIGINE DEI LIGANDI

TLR Gram-positive bacteria Modulin, soluble tuberculosis

TLR Small antiviral compounds

L elemento chiave per l iniziazione della risposta immunitaria

degradazione di antigeni proteici estranei all interno della cellula

Nei modelli murini, l infezione batterica attiva le cellule

I topi con difetto di TLR4, se esposti ad un allergene, mostrano

Il TLR4 può essere necessario per l induzione di una risposta

Il recettore TLR2 riconosce vari tipi di patogeni tra cui i batteri

Il recettore TLR4 riconosce sia PAMP batterici sia PAMP virali;