Omoto-kyo er en japansk ny religion, en såkaldt shinshukyo. Omoto har baggrund i shinto.
Omoto-kyo blev grundlagt i 1892 af Nao Deguchi (1836-1918). Den blev gjort populær af hendes svigersøn Onisaburo Deguchi (1871-1948). Religionen forkynder Jordens undergang, åbenbaret Nao Deguchi af shinto-guden Ushitora no Konjin, som også forkyndte, at der ville komme en messiansk frelser.
Omoto-kyo blev forfulgt i perioden 1920-1945, for ikke at indordne sig under kejserideologien, og er en lille religion med angiveligt 170.000 tilhængere (2020). Omoto-kyo er moderreligion for flere nye religioner i Japan, blandt andet Seicho-no-ie.