Gert Miltzow tilhørte prestearistokratiet i Bergens stift. Faren var rik, selv var han formuende, han var gift med datter av sin biskop, og han hadde et av de rikeste kallene i stiftet – som han endog arvet etter faren. Han kunne derfor bygge en karriere som svarte til de idealer samtiden satte for en prest og teolog.
Miltzow ble student 1648, og han brukte lang tid på å skaffe seg lærdom både i København og i utlandet. Han sier at han var “in Belgio, Prussia ac Germania”. Det betyr i det minste opphold i Wittenberg, for der utgav han 1656 to bøker med latinske versifiseringer av fortellingene om Jesu lidelse og oppstandelse etter Johannesevangeliet. Samme år utgav han også noen sørgevers på latin over en legehustru i København. Året etter utkom en disputas som brakte ham magistergraden.
1658 vendte han tilbake til Voss som farens kapellan med suksesjonsrett. Suksesjonen skjedde ved farens død 1666, og 1669 ble han også valgt til prost i Hardanger prosti. Om hans embetsførsel er lite kjent, men han var et barmhjertig forbilde da han 1678 overførte mye jordegods til et fattighus på Vossevangen som faren 1649 hadde opprettet for egne midler.
Mer vet vi om Miltzows virksomhet som lærd og som forfatter av oppbyggelige skrifter. Han var en av de norske prestene som tidlig var påvirket av “den engelske preken”. 1662 utkom hans oversettelse via tysk av de to første deler av den engelske presten Josua Henshaws bok Horæ succesivæ. 1682 skrev han forordet til og oversatte – igjen via tysk – en engelsk oppbyggelsesbok som ble hetende Forskrifft Til en Christen Omgængelse. Felles for disse bøkene er et språk rikt på talende bilder og en ganske pågående prekentone. Dette viser antakelig også hvordan Miltzows egne prekener var. En samtidig, Corfitz Braem, som hadde hørt ham preke, beskrev ham som “en vakker lærd mand”. Miltzow skal også ha utgitt noen åndelige sanger. De nevnes i skiftet etter en av hans døtre, men er ellers ikke kjent.
Som en typisk 1600-tallslærd samlet Miltzow på gamle dokumenter, og han skaffet seg kjennskap til gammelnorsk og runeskrift. I hans eie fantes for eksempel en rekke norrøne saga- og lovtekster, jordebøker og Absalon Beyers “dagbok”. Miltzow etterlot seg manuskripter om gammelnorsk språk, en beskrivelse over Hardanger og en prestehistorie for Bergens stift. Flere av samtidens forfattere har kjent disse arbeidene, og viser til dem, men manuskriptene er senere gått tapt. Det eneste han fikk trykt av historiske skrifter var en presbyterologi (prestehistorie) for Voss prestegjeld og Hardanger prosti, som utkom 1679. Den ble oversatt til dansk i 1750-årene og var et viktig forbilde for senere fremstillinger av geistlig historie. Miltzow kan ha fått inspirasjon fra sin biskop, Niels Randulff, som arbeidet med en prestehistorie for Bergens stift, og fra sin svoger, konrektor Edvard Edvardsen.
Gert Miltzows lærde forfatterskap ble “oppdaget” av 1800-tallets nasjonale historikere, som så ham som et lyspunkt i en ellers mager tid for “norsk” historieskrivning. Ikke minst ble han stående i et mytisk lys gjennom alt som senere var forsvunnet av hans arbeider. For samtiden var Miltzow imidlertid en klassisk lærd, som brukte sine kunnskaper i kirkens og teologiens tjeneste.