Modulo 5 em PDF

Curso
Análise de dados para a vigilância

em saúde – Curso Básico
Módulo 5 - Análises básicas de dados

para vigilância em saúde - Parte II
UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA CATARINA
Reitor Irineu Manoel de Souza

Vice-Reitora Joana Célia dos Passos
Pró-Reitora de Pós-graduação Werner Kraus
Pró-Reitor de Pesquisa e Inovação Jacques Mick
Pró-Reitor de Extensão Olga Regina Zigelli Garcia
CENTRO DE CIÊNCIAS DA SAÚDE
Diretor Fabrício de Souza Neves

Vice-Diretora Ricardo de Souza Magini
DEPARTAMENTO DE SAÚDE PÚBLICA
Chefe do Departamento Rodrigo Otávio Moretti Pires

Subchefe do Departamento Sheila Rúbia Lindner
Coordenadora do Curso Alexandra Crispim Boing
INSTITUTO TODOS PELA SAÚDE (ITPS)
Diretor presidente Jorge Kalil (Professor titular da Faculdade de Medicina da

Universidade de São Paulo; Diretor do Laboratório de Imunologia do Incor)
ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DE SAÚDE COLETIVA (ABRASCO)
Presidente Rosana Teresa Onocko Campos
EQUIPE DE PRODUÇÃO
Denis de Oliveira Rodrigues

Kamila de Oliveira Belo
Marcelo Eduardo Borges
Oswaldo Gonçalves Cruz
Alexandra Crispim Boing
Antonio Fernando Boing
2
Módulo 5 - Análises básicas de dados

para vigilância em saúde - Parte II
Curso

3
Dados Internacionais de Catalogação-na-Publicação (CIP)
A532 Análises básicas de dados para vigilância em saúde – Parte II/ Denis de Oliveira Ro-
drigues, Kamila de Oliveira Belo, Oswaldo Gonçalves Cruz, Marcelo Eduardo Bor-
ges . – Santa Catarina ; São Paulo ; Rio de Janeiro : UFSC ; ITPS ; Abrasco; 2022.
72p. (Análise de dados para a vigilância em saúde – Curso Básico; Módulo 5).
Publicação Online
10.52582/curso-analise-dados-vigilancia-modulo4-p2
1. Vigilância em saúde 2. Análise de dados I. Título
4
Sumário
Análises básicas de dados para vigilância em saúde...................................................................06
1. Calculando indicadores de saúde com software R...................................................................07
2. Indicadores de morbidade......................................................................................................................09
2.1 Incidência...................................................................................................................................................10
2.2 Prevalência................................................................................................................................................17
3. Indicadores de Mortalidade...................................................................................................................27
3.1 Taxa bruta de mortalidade ou taxa geral de mortalidade...............................................32
3.2 Taxas específicas de mortalidade por idade e sexo............................................................36
3.3 Mortalidade proporcional por grupo de causas....................................................................40
3.4 Taxa de mortalidade infantil............................................................................................................42
3.5 Taxa de mortalidade materna........................................................................................................44
4. Análises de variáveis categóricas........................................................................................................47

4.1 Associações entre variáveis (Teste qui-quadrado)...............................................................49
5. Medidas de associação..............................................................................................................................57
5.1 Risco Relativo - RR..................................................................................................................................57
5.2 Odds ratio - OR........................................................................................................................................65
5
Análises básicas de dados para

vigilância em saúde
Nesse momento do curso você já conhece as ferramentas básicas para uso do software R
e RStudio e as principais métricas para análise exploratória de dados fundamentais tam-
bém para o planejamento, monitoramento e avaliação das ações de vigilância em saúde.
Neste Módulo 5 aprofundaremos estas análises aprendendo a calcular alguns dos princi-
pais indicadores de saúde, apoiando o serviço de vigilância a realizar suas ações de manei-
ra oportuna, com rapidez e segurança.
Ao final deste módulo, você será capaz de:

1. realizar cálculos de incidência e de prevalência de doenças ou agravos;
2. calcular as principais taxas para o estudo das mortalidades em saúde;
3. construir tabelas para calcular a presença ou não de uma doença e/ou agravo de saúde.
6
1. Calculando indicadores de saúde com software R
A análise de situação de saúde é uma atividade essencial para acompanhamento de

eventos que causam ou podem causar danos à saúde da população. Mensurar esses
eventos, acompanhar e construir parâmetros para avaliação são objetos centrais para
tomada de decisão da vigilância em saúde, sendo seu conhecimento pré-requisito para
profissionais que atuam nesta área.
Esta é a primeira etapa de um diagnóstico de saúde populacional. Conhecer como um

agravo acomete a população, possibilita a caracterização de seu risco à saúde e embasa
as ações de intervenção, de controle e de manejo de risco. Neste sentido, definimos ris-
co como a probabilidade de ocorrência de um evento em uma população em um dado
intervalo de tempo.
Usualmente, na Saúde Pública, essas medidas também são chamadas de indicadores e

são amplamente utilizadas em diagnósticos de saúde, além de integrarem diversos pai-
néis de monitoramento.
São exemplos de indicadores mais utilizados na rotina da área da saúde:
 Demográficos: fecundidade, natalidade e expectativa de vida;
 Socioeconômico: escolaridade e acesso ao saneamento;
 Epidemiológicos: morbidade e mortalidade.
Ao definirmos um indicador é importante lembrar que para ser considerado um bom

indicador ele deve ser preciso e confiável. Além disso, os indicadores devem ser disponi-
bilizados com regularidade, permitindo comparações temporais e/ou territoriais, carac-
terísticas chaves para a rotina da vigilância em saúde.
7
Os indicadores podem ser expressos de duas maneiras: em valores absolutos ou em

valores relativos. Veja na tabela abaixo as diferenças entre esses dois tipos:
Figura 1: Tabela de diferenças entre indicadores com valores absolutos e relativos
Indicador Descrição Exemplo
Valores Representam uma contagem do número

absolutos de eventos. Expressam a magnitude de um
problema ou seu comportamento em curto prazo Número total de
na população. São úteis para planejamento e óbitos; Número de
gestão de saúde. Não permitem comparações casos novos de uma
entre populações ou na mesma população em determinada doença;
diferentes momentos do tempo. Na vigilância em Número total de
saúde são utilizados para monitorar o andamento pessoas residentes em
de uma campanha de vacinação ou visualizar a uma região geográfica
magnitude de um surto, por exemplo.
Valores Realizam o ajuste entre o número de eventos

relativos conforme o tamanho da população. Caso existam
mais pessoas residindo em um município,
possivelmente haverá mais eventos, assim existirá
a necessidade de expressar uma relação por meio
de taxa (também chamada de coeficiente) ou
razão:
Razão entre o número
de casos de aids no
 Razão: É a medida de frequência de um sexo masculino e o
grupo de eventos relativa à frequência de número de casos de
outro grupo de eventos. É um tipo de fração aids no sexo feminino;
em que o numerador e denominador são de incidência de dengue
origens distintas. por 100 mil habitantes,
em um município, num
 Taxa: É a relação entre o número de eventos determinado ano
que ocorreram em relação à uma população
sob risco, em um determinado período e
em uma determinada área geográfica, nos
quais foi observada a frequência do evento.
Informa quanto ao “risco” de ocorrência de
um evento.
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Neste módulo utilizaremos o software R para construir scripts com cálculo dos indicado-
res de saúde epidemiológicos que registram a frequência da morbidade e mortalidade.
Estes são os mais utilizados no dia a dia para realização da análise de situação de saúde.
Acompanhe o script abaixo e não se preocupe com os pacotes que você ainda não conhe-
ce, eles serão explicados de forma detalhada no momento de aplicação neste módulo,
replique-os em seu RStudio :
# carregando os pacotes necessários para o cálculo de indicadores epidemiológicos
if(!require(tidyverse)) install.packages("tidyverse");library(tidyverse)
if(!require(foreign)) install.packages("foreign");library(foreign)
if(!require(lubridate)) install.packages("lubridate");library(lubridate)
if(!require(epitools)) install.packages("epitools");library(epitools)
if(!require(summarytools)) install.packages("summarytools");library(summarytools)
if(!require(gtsummary)) install.packages("gtsummary");library(gtsummary)
2. Indicadores de morbidade
Os indicadores de morbidade apoiam o estudo da relação entre o aparecimento de do-

enças em uma determinada região. A morbidade frequentemente é avaliada a partir de
quatro indicadores básicos: a incidência, a prevalência, a taxa de ataque e a distribui-
ção proporcional.
Atenção
Lembre-se que um bom indicador é aquele que:
 possui uma fonte de dados confiável,
 possui um parâmetro para análise comparativa, e
 suas limitações ou vieses são conhecidos.
9
2.1 Incidência
O uso da incidência é muito frequente na vigilância em saúde, pois expressa o número de

casos novos de uma determinada doença durante um período que se deseja estudar em
uma população sob o risco de desenvolver a doença, no mesmo período.
Seu cálculo favorece a medição da velocidade da ocorrência de uma doença na popu-

lação. Quando obtemos esta medida, sua interpretação se dá como risco de adoecimen-
to por um determinado agravo na população. Assim, altos valores de incidências podem
ser compreendidos como um alto risco coletivo de adoecimento.
Para esse indicador, a expressão matemática do cálculo da incidência será:
número de casos novos em um determinado período

Incidência= ×100 mil
número de pessoas sob risco no mesmo período
Ao realizar este cálculo, é importante especificar o período de tempo (ano ou mês, por
exemplo) analisado. Dessa forma, tanto os casos novos quanto as pessoas que já estão
sob risco devem se referir ao mesmo período de tempo estudado. Além disso, o nume-
rador do cálculo da incidência (casos novos) deve fazer parte da população que estaria
exposta ao risco (denominador).
Atenção
A expressão matemática para o cálculo da incidência usualmente en-
volve a multiplicação por 100 mil, ou seja, expressamos a incidência
comparando-a a 100.000 (100 mil) habitantes. A escolha dessa uni-
dade de referência é arbitrária, podendo ser modificada por valores
como 1.000 (1 mil) ou 10.000 (10 mil). Entretanto, essa transformação
é utilizada para comparação entre municípios pequenos e grandes re-
giões que foram padronizados para a mesma base decimal!
10
Nesta subseção destacaremos os cálculos da incidência utilizando o banco de dados

{ NINDINET.dbf }, que é resultado do preenchimento da Ficha Individual de Notificação
(FIN) do Estado de Rosas, exportada por meio do Sinan Net - Sistema de Informação de
Agravos de Notificação. Acompanhe os exemplos, pratique no seu RStudio e vamos jun-
tos entender como calcular.
Lembre-se que todos os bancos de dados que serão utilizados neste

módulo se encontram no menu lateral “Arquivos”, no módulo. Você
deve fazer o download do material do curso diretamente da platafor-
ma moodle.
Observe o script abaixo. Nele iremos calcular a incidência das hepatites virais por etiologia
desconhecida (CID10 = B19) por município, apenas durante o ano de 2012, no Estado de
Rosas. Para isto, acompanhe o passo a passo:
1. Primeiro vamos importar o banco de dados { NINDINET.dbf }, disponível no menu

lateral “Arquivos”, no módulo.
2. Segundo, criaremos o numerador de casos novos: utilizaremos as funções filter()

para selecionar somente o CID B19 referente às hepatites virais notificadas no
Sinan Net e também selecionar o ano de 2012 (o uso da função year() do pacote
lubridate foi detalhado no Módulo 3). Também utilizamos a função group_by()
para realizarmos a contagem dos casos por município de residência com a função
n() dentro da summarise().
11
Acompanhe e pratique os comandos executados no script abaixo:
# criando objeto do tipo dataframe (tabela) {`Dados`} com o banco de dados {`NINDINET.dbf`}
dados <- read.dbf(file = 'Dados/NINDINET.dbf')
# Criando um novo objeto a partir da tabela {`Dados`}
tabela_inc_hepatite <- dados |>
# Utilizando a função filter() para diversos critérios de filtragem de dados
filter(
# Filtrando os agravos de hepatites virais (código "B19")
ID_AGRAVO == "B19",
# Filtrando apenas casos com ano de primeiros sintomas igual a 2012
year(DT_SIN_PRI) == 2012) |>
# Removendo as categorias (levels) ausentes na coluna ID_AGRAVO filtrada pelo

# uso da função droplevels()
mutate(ID_AGRAVO = droplevels(ID_AGRAVO)) |>
# Agrupando por município de residência
group_by(ID_MN_RESI) |>
# Contanto o número de casos novos por município de residência
summarise(N_CASOS_NOVOS = n())
# Visualizando a tabela resultante

tabela_inc_hepatite
12
#> # A tibble: 14 × 2
#> ID_MN_RESI N_CASOS_NOVOS
#> <int> <int>
#> 1 610045 2
#> 2 610170 7
#> 3 610213 72
#> 4 610260 1
#> 5 610270 1
#> 6 610285 1
#> 7 610320 1
#> 8 610330 3
#> 9 610350 5
#> 10 610414 1
#> 11 610490 3
#> 12 610510 4
#> 13 610520 1
#> 14 610580 1
Observe o output: como resultado, você verá uma tabela com duas colunas. A pri-
meira coluna ( ID_MN_RESI ) indica o código de cada município e a segunda coluna
( N_CASOS_NOVOS ) indica o número de casos em cada município.
3. No terceiro passo vamos utilizar a população dos municípios do Estado de Rosas

como nosso denominador para que possamos calcular a incidência de hepatites
virais de etiologia desconhecida. Para isso, importaremos a tabela de população por
município, disponível no menu lateral “Arquivos”, no módulo.
Acompanhe o script abaixo e replique em seu RStudio :
# Criando a tabela "tabela_populacao" (dataframe) a partir do arquivo

# "tabela.csv", que contém o tamanho populacional por município de Rosas
tabela_populacao <- read_csv2("Dados/tabela.csv")
# Visualizando a tabela carregada

tabela_populacao
13
#> # A tibble: 14 × 2
#> cod_mun POPULACAO
#> <dbl> <dbl>
#> 1 610045 15009
#> 2 610170 69189
#> 3 610213 201452
#> 4 610260 30205
#> 5 610270 19688
#> 6 610285 20448
#> 7 610320 6713
#> 8 610330 17559
#> 9 610350 10018
#> 10 610414 4164
#> 11 610490 79524
#> 12 610510 32042
#> 13 610520 43143
#> 14 610580 3434
Observe que na primeira coluna desta tabela ( cod_mun ), você verá novamente o código
de cada município. Já na segunda coluna ( POPULACAO ) temos os valores referentes ao nú-
mero de habitantes em cada município de Rosas.
Lembre-se de que é uma boa prática ao usar uma linguagem de progra-

mação ir criando novos objetos e salvando suas tabelas de análises!
Cada objeto criado armazenará seus dados e permitirá que estes

sejam acessados no momento que desejar e inclusive podendo ser
reutilizáveis, tornando sua análise mais rápida e segura. Caso tenha
dúvida em como criar objetos acesse o Módulo 2 deste curso.
4. No quarto passo, vamos agregar a população para o cálculo utilizando a função

left_join(). Isto porque, para o cálculo da incidência, precisaremos unir a tabela
de casos novos e a tabela de população. Para isso utilizaremos como chave única para
cruzamento o código do município, variável comum às duas tabelas. Para isto, no ar-
gumento by dentro da função left_join() incluímos as variáveis "ID_MN_RESI" e
"cod_mun" .
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Veja abaixo como deve ser feito o script e replique no seu RStudio :
# Unindo a tabela "tabela_inc_hepatite" com "tabela_populacao", pela coluna com

# o código do município em cada uma
tabela_inc_hepatite |>
# unindo a tabala de casos de hepatites virais com a tabela de população

# utilizando os códigos do municípios de cada tabela
left_join(tabela_populacao, by = c("ID_MN_RESI" = "cod_mun")) |>
# Criando uma nova coluna com a incidência de casos por 100000 habitantes com
# a função mutate()
mutate(INCIDENCIA = N_CASOS_NOVOS / POPULACAO * 100000)
#> # A tibble: 14 × 4
#> ID_MN_RESI N_CASOS_NOVOS POPULACAO INCIDENCIA
#> <dbl> <int> <dbl> <dbl>
#> 1 610045 2 15009 13.3
#> 2 610170 7 69189 10.1
#> 3 610213 72 201452 35.7
#> 4 610260 1 30205 3.31
#> 5 610270 1 19688 5.08
#> 6 610285 1 20448 4.89
#> 7 610320 1 6713 14.9
#> 8 610330 3 17559 17.1
#> 9 610350 5 10018 49.9
#> 10 610414 1 4164 24.0
#> 11 610490 3 79524 3.77
#> 12 610510 4 32042 12.5
#> 13 610520 1 43143 2.32
#> 14 610580 1 3434 29.1
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Observe no output que a nova tabela criada possui quatro colunas:
 ID_MN_RESI indica o código do município,

 N_CASOS_NOVOS demonstra o total de casos novos,
 POPULACAO contém o tamanho populacional e
 INCIDENCIA apresenta o índice que queremos: a incidência de casos a cada 100 mil
habitantes.
Na avaliação dos municípios do Estado de Rosas é possível verificar também que o mu-
nicípio 610350 (Flor de Lis) possui a maior incidência, 35,7 casos por 100 mil habitantes,
enquanto o município 610520 (Lótus) possui a menor incidência, com 2,3 por 100 mil
habitantes no Estado.
Observe também os municípios 610330 (Glicínia) e o 610490 (Zínia) possuem o mesmo

número de casos: três casos, porém suas valores de incidência bastante distintas (17,1 e
3,77 por 100 mil habitantes, respectivamente), isto ocorre pois o tamanho de suas popu-
lações é distinto!
Perceba que utilizamos sempre o operador pipe (|>) para indicar

uma sequência de ações. Caso encontre erros para executar seu
código, faça revisão de toda a escrita desde a ortografia, até a es-
crita de pontos e inclusão de símbolos. Lembre-se sempre que o
comando somente será executado corretamente se o script for es-
crito da maneira correta.
Para buscar ajuda, cole o erro ou o warning no seu navegador da in-

ternet (consulte o google ou o Stack Overflow).
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2.2 Prevalência
A prevalência é o indicador mais utilizado para mensurar a frequência de doenças crô-

nicas de longa duração. Isto porque seu numerador se refere ao total de pessoas que se
apresentam doentes no período analisado. Na prevalência são somados os casos novos
e os casos já conhecidos. A sua interpretação não se refere a risco de adoecer, e sim o
quanto uma doença persiste numa população.
Para calcular esse indicador, a expressão matemática do cálculo da prevalência é:
número de casos existentes em um determinado período

Prevalência= ×100 mil
número total de pessoas no mesmo período
Atenção
A expressão matemática para o cálculo da prevalência usualmente en-
volve a multiplicação por 100 mil, ou seja, expressamos a prevalência
comparando por 100.000 (100 mil) habitantes. A escolha dessa uni-
dade de referência é arbitrária, podendo ser modificada por valores
como 1.000 (1 mil) ou 10.000 (10 mil). Entretanto, essa transformação
é utilizada para comparação entre municípios pequenos e grandes re-
giões que foram padronizados para a mesma base decimal!!
Agora vamos praticar o cálculo deste indicador utilizando os dados referentes à preva-
lência de hanseníase no Estado do Acre durante o ano de 2021. Este banco de dados se
encontra no menu lateral “Arquivos” no módulo!
17
A prevalência de hanseníase estima a magnitude da endemia no Acre. Ela deve ser estu-
dada com base na totalidade de casos em tratamento no momento em que realizamos a
sua avaliação. Uma alta prevalência (valores acima de 5 casos por 10 mil habitantes) pode
indicar um cenário de baixo desenvolvimento socioeconômico e falta de ações efetivas
do município para o controle da doença. Por outro lado, a baixa prevalência (valores me-
nores que 1 caso por 10 mil habitantes) pode indicar que a hanseníase não deve conside-
rada um problema de saúde pública.
Nesta análise, o profissional de vigilância necessitará importar o arquivo {base_hans_ac.

dbf} no formato “.dbf” dos casos de hanseníase no Acre, disponível no menu lateral “Ar-
quivos”, no módulo. Lembre-se que a importação de arquivos nesse formato é feita pela
função read.dbf() do pacote foreign.
Acompanhe abaixo o script e replique o código em seu RStudio:
# criando objeto do tipo data.frame {`base_hans`} que armazenará o banco

# de dados de hanseníase do Estado do Acre
base_hans <- read.dbf(file = 'Dados/base_hans_ac.dbf')
Como vamos avaliar o ano de 2021, vamos selecionar um recorte de dois anos anteriores
(2019 e 2020) e, assim, incluir os casos em tratamento que podem ter iniciado o esquema
terapêutico nesses anos, mas se mantêm em andamento no ano de avaliação. Dessa
forma, vamos filtrar os casos abertos diagnosticados entre 2019 e 2021. Acompanhe os
passos:
1. Primeiro, vamos criar uma nova variável, extraindo o ano da data de diagnóstico
utilizando a função year() do pacote lubridate dentro da função mutate().
2. Em seguida, vamos filtrar os casos diagnosticados entre 2019 e 2021 e, simultanea-

mente, vamos selecionar os casos que ainda estão em tratamento, ou seja, aqueles
cuja variável tipo de saída ( TPALTA_N ) ainda não foi preenchida (está nula ou em
branco). Para filtrar os casos abertos, vamos utilizar a função is.na() para selecio-
nar os registros com a variável TPALTA_N em branco, dentro da função filter().
3. Por fim, vamos contar os casos confirmados de hanseníase com a função count().
Mas não vamos indicar nenhuma variável dentro da função, pois queremos a con-
tagem total do filtro realizado antes.
18
Acompanhe o código abaixo e reproduza no seu RStudio:
base_hans |>
# Criando uma nova coluna com o ano de diagnóstico com a função mutate() e year()
mutate(ano_diag = year(DT_DIAG)) |>
# Filtrando os casos diagnosticados entre 2019 e 2021 e "tipo de saída"

# (TPALTA_N) com valores em branco
filter(ano_diag >= 2019, ano_diag <= 2021, is.na(TPALTA_N)) |>
# Contanto o número de casos por ano de diagnóstico com a função count()

count()
#> n
#> 1 171
Visualize que obtivemos um output apenas com um único valor, indicando o total de ca-
sos em branco neste conjunto de dados ( n ), ou seja, temos 171 casos que ainda estão em
tratamento no Estado do Acre em 2021.
4. Mas para o cálculo da prevalência precisamos da população estimada do Estado do

Acre no mesmo ano. Conseguimos essa população fazendo a tabulação no site do Da-
tasus e você pode importá-la por meio do arquivo { pop_ac_09_21.csv }. Lembre-se de
copiar o caminho do arquivo localizado no menu lateral “Arquivos”, do módulo.
Acompanhe os comandos escritos no script abaixo e replique:
# Criando o objeto {`pop_ac`} com a população estimada para o Acre

# O argumento `col_types = list("character")` indica que todas as
# colunas serão lidas como strings de texto (character)
pop_ac <- read_csv2('Dados/pop_ac_09_21.csv', col_types = list("character"))
19
Perceba que para a construção do código executado no script acima incluímos o argu-
mento chamado col_types . Ele foi necessário para garantir que a primeira coluna do
arquivo, chamada “Codigo”, mantenha-se no formato original do tipo character.
Agora vamos visualizar como ficou a tabela que criamos para armazenar a população
por ano da estimativa segundo município do Acre. Digite o script abaixo e replique em
seu RStudio :
# Visualizando as linhas e colunas do dataframe {`pop_ac`}

glimpse(pop_ac)
#> Rows: 22
#> Columns: 15
#> $ Codigo <chr> "120001", "120005", "120010", "120013", "120017", "120020", …
#> $ Municipio <chr> "Acrelândia", "Assis Brasil", "Brasiléia", "Bujari", "Capixa…
#> $ `2009` <dbl> 12769, 6180, 21758, 8633, 8812, 80978, 15373, 33678, 6653, 1…
#> $ `2010` <dbl> 13081, 6335, 22325, 8838, 9179, 81907, 15754, 33816, 6862, 1…
#> $ `2011` <dbl> 13327, 6457, 22771, 8999, 9468, 82638, 16054, 33925, 7026, 1…
#> $ `2012` <dbl> 13579, 6583, 23231, 9165, 9764, 83389, 16363, 34037, 7195, 1…
#> $ `2013` <dbl> 13821, 6703, 23670, 9324, 10048, 84109, 16658, 34144, 7357, …
#> $ `2014` <dbl> 14069, 6826, 24120, 9486, 10339, 84845, 16960, 34254, 7523, …
#> $ `2015` <dbl> 14318, 6951, 24574, 9650, 10632, 85587, 17265, 34364, 7690, …
#> $ `2016` <dbl> 14551, 7067, 24996, 9803, 10905, 86279, 17550, 34467, 7845, …
#> $ `2017` <dbl> 14781, 7181, 25414, 9954, 11175, 86963, 17830, 34569, 7999, …
#> $ `2018` <dbl> 15020, 7300, 25848, 10111, 11456, 87673, 18122, 34675, 8159,…
#> $ `2019` <dbl> 15256, 7417, 26278, 10266, 11733, 88376, 18411, 34780, 8317,…
#> $ `2020` <dbl> 15490, 7534, 26702, 10420, 12008, 89072, 18696, 34884, 8473,…
#> $ `2021` <dbl> 15721, 7649, 27123, 10572, 12280, 89760, 18979, 34986, 8628,…
Nesta tabela, você verá na primeira linha o código do município, na segunda linha o nome
do município, e a partir da terceira linha as estimativas populacionais para cada um dos
municípios por ano entre 2009 e 2021.
5. Como vamos precisar apenas do ano de 2021, do estado todo, vamos utilizar a fun-
ção summarise() para resumir e somar toda a população dos municípios usando a
função sum(). Perceba que nas colunas da tabela { pop_ac } os anos da população
estimada estão organizados em colunas. Para somar somente o ano de 2021, va-
mos nos referenciar à coluna utilizando crases (assim: `2021`). Isso é necessário
para que o R possa entender que estamos nos referindo a uma coluna de um da-
taframe e não um valor numérico (o título da coluna é 2021). Abaixo vamos criar a
coluna com a população total de 2021. Replique o script abaixo em seu RStudio :
20
pop_ac |>
# Criando a coluna com a população total do Estado do Acre em

# 2021 com a função summarise() e sum()
summarise(pop_total_ac_2021 = sum(`2021`))
#> # A tibble: 1 × 1
#> pop_total_ac_2021
#> <dbl>
#> 1 906876
Você deve observar que a população do Acre, portanto, é de 906.876 habitantes em 2021.
6. Por fim, calcularemos a prevalência de hanseníase no Acre em 2021 por 10 mil habitan-
tes. Para isto, iremos substituir os valores na expressão matemática a seguir, veja:
171
Prevalência= 906876 ×10.000
Observe como fazemos agora no R, escreva conforme script abaixo a operação matemá-
tica no seu RStudio.
# Divisão do número de casos pela população do Acre, seguida da multiplicação com 10000
(171 / 906876) * 10000
#> [1] 1.885594
O resultado desta operação é o valor de 1.885594. Desta forma, a prevalência dos casos
em tratamento no Estado do Acre em 2021 é de 1,89 pessoas a cada 10 mil habitantes.
7. Agora, vamos calcular este indicador para todos os municípios do estado. Para tal,
vamos repetir o comando utilizado anteriormente, mas indicando dentro da função
count() o município de residência atual ( MUNIRESAT ). Para fins de reprodutibilida-
de, iremos salvar o resultado da contagem por municípios em um novo objeto, que
chamaremos de { casos_hans_ac_21 }. Veja o script abaixo e repita em seu RStudio:
21
# Criando uma tabela (dataframe) com o nome casos_hans_ac_21

casos_hans_ac_21 <- base_hans |>
# Filtrando os casos na coluna "tipo de saída" (TPALTA_N) com valores em branco

filter(is.na(TPALTA_N)) |>
# Contando o número de casos com valores em branco por município

count(MUNIRESAT)
casos_hans_ac_21
#> MUNIRESAT n
#> 1 120001 2
#> 2 120005 3
#> 3 120010 8
#> 4 120013 3
#> 5 120017 3
#> 6 120020 12
#> 7 120025 9
#> 8 120030 6
#> 9 120032 1
#> 10 120033 2
#> 11 120035 1
#> 12 120038 3
#> 13 120039 5
#> 14 120040 70
#> 15 120042 2
#> 16 120043 1
#> 17 120045 6
#> 18 120050 7
#> 19 120060 11
#> 20 120070 10
#> 21 120080 5
#> 22 <NA> 1
22
A tabela resultante apresentará na primeira coluna o código do município de residência atual,

enquanto a segunda coluna irá indicar o total de casos em cada um destes municípios.
Para seguir nesta etapa precisamos da população de cada município para o cálculo da
prevalência. Então, seguiremos os passos abaixo:
1. Primeiro, utilizaremos novamente o objeto { pop_ac } criado para armazenar a popu-

lação estimada para o Acre.
2. Segundo, iremos unir a tabelas população e a tabela de casos em tratamento utili-

zando a função left_join(); para uni-las, precisamos indicar qual coluna será cha-
ve de ligação entre as duas tabelas utilizando o argumento by, ou seja, incluímos a
variável MUNIRESAT na tabela de casos e a variável Codigo da tabela de população.
Acompanhe o script abaixo e repita em seu RStudio:
# Criando uma tabela (dataframe) com o nome {`prev_casos_ac`}

prev_casos_ac <- casos_hans_ac_21 |>
# Juntando a tabela casos_hans_ac_21 com pop_ac, pelas colunas com os códigos de município de cada uma
left_join(pop_ac, by = c("MUNIRESAT" = "Codigo"))
prev_casos_ac
23
#> MUNIRESAT n Municipio 2009 2010 2011 2012 2013 2014

#> 1 120001 2 Acrelândia 12769 13081 13327 13579 13821 14069
#> 2 120005 3 Assis Brasil 6180 6335 6457 6583 6703 6826
#> 3 120010 8 Brasiléia 21758 22325 22771 23231 23670 24120
#> 4 120013 3 Bujari 8633 8838 8999 9165 9324 9486
#> 5 120017 3 Capixaba 8812 9179 9468 9764 10048 10339
#> 6 120020 12 Cruzeiro do Sul 80978 81907 82638 83389 84109 84845
#> 7 120025 9 Epitaciolândia 15373 15754 16054 16363 16658 16960
#> 8 120030 6 Feijó 33678 33816 33925 34037 34144 34254
#> 9 120032 1 Jordão 6653 6862 7026 7195 7357 7523
#> 10 120033 2 Mâncio Lima 15417 15864 16216 16577 16924 17277
#> 11 120035 1 Marechal Thaumaturgo 14265 14843 15298 15765 16213 16670
#> 12 120038 3 Plácido de Castro 17695 17954 18158 18368 18569 18774
#> 13 120039 5 Porto Walter 9227 9573 9845 10125 10393 10667
#> 14 120040 70 Rio Branco 342445 350589 356998 363589 369899 376348
#> 15 120042 2 Rodrigues Alves 14450 15012 15455 15910 16345 16791
#> 16 120043 1 Santa Rosa do Purus 4658 4894 5080 5271 5454 5642
#> 17 120045 6 Senador Guiomard 20770 21053 21276 21505 21724 21948
#> 18 120050 7 Sena Madureira 38790 39676 40373 41090 41777 42478
#> 19 120060 11 Tarauacá 36351 37131 37745 38377 38981 39599
#> 20 120070 10 Xapuri 16424 16788 17074 17369 17651 17939
#> 21 120080 5 Porto Acre 15096 15524 15861 16207 16538 16877
#> 22 <NA> 1 <NA> NA NA NA NA NA NA
#> 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021
#> 1 14318 14551 14781 15020 15256 15490 15721
#> 2 6951 7067 7181 7300 7417 7534 7649
#> 3 24574 24996 25414 25848 26278 26702 27123
#> 4 9650 9803 9954 10111 10266 10420 10572
#> 5 10632 10905 11175 11456 11733 12008 12280
#> 6 85587 86279 86963 87673 88376 89072 89760
#> 7 17265 17550 17830 18122 18411 18696 18979
#> 8 34364 34467 34569 34675 34780 34884 34986
#> 9 7690 7845 7999 8159 8317 8473 8628
#> 10 17635 17968 18297 18638 18977 19311 19643
#> 11 17132 17563 17988 18430 18867 19299 19727
#> 12 18982 19175 19366 19565 19761 19955 20147
#> 13 10944 11201 11456 11720 11982 12241 12497
#> 14 382864 388932 394924 401155 407319 413418 419452
#> 15 17241 17660 18074 18504 18930 19351 19767
#> 16 5831 6007 6181 6362 6540 6717 6893
#> 17 22174 22385 22593 22810 23024 23236 23446
#> 18 43187 43847 44499 45177 45848 46511 47168
#> 19 40224 40805 41379 41976 42567 43151 43730
#> 20 18230 18501 18769 19048 19323 19596 19866
#> 21 17219 17538 17853 18180 18504 18824 19141
#> 22 NA NA NA NA NA NA NA
24
Perceba que a tabela resultante irá conter, além do código do município de residência
atual e o número de casos por município, uma nova coluna indicando o nome do muni-
cípio, e diversas colunas indicando a estimativa do tamanho populacional destes municí-
pios para diferentes anos.
3. O terceiro passo será calcular a prevalência da hanseníase por município do Estado

do Acre, criando uma nova coluna com o resultado do cálculo utilizando a função
mutate().
4. Iremos selecionar somente as variáveis que nos importam nesta tabela ( MUNIRESAT,
Municipio, prevalencia_2021 ). Acompanhe o script abaixo e replique-o em seu
RStudio :
prev_casos_ac |>
# Criando uma coluna com o cálculo de prevalência da população por 10 mil

# habitantes em 2021 com a função mutate()
mutate(prevalencia_2021 = (n / `2021`) * 10000) |>
# Selecionando apenas as colunas MUNIRESAT, Municipio e prevalencia_2021 com

# a função select()
select(MUNIRESAT, Municipio, prevalencia_2021)
25
#> MUNIRESAT Municipio prevalencia_2021

#> 1 120001 Acrelândia 1.2721837
#> 2 120005 Assis Brasil 3.9220813
#> 3 120010 Brasiléia 2.9495262
#> 4 120013 Bujari 2.8376844
#> 5 120017 Capixaba 2.4429967
#> 6 120020 Cruzeiro do Sul 1.3368984
#> 7 120025 Epitaciolândia 4.7420834
#> 8 120030 Feijó 1.7149717
#> 9 120032 Jordão 1.1590172
#> 10 120033 Mâncio Lima 1.0181744
#> 11 120035 Marechal Thaumaturgo 0.5069195
#> 12 120038 Plácido de Castro 1.4890554
#> 13 120039 Porto Walter 4.0009602
#> 14 120040 Rio Branco 1.6688441
#> 15 120042 Rodrigues Alves 1.0117873
#> 16 120043 Santa Rosa do Purus 1.4507471
#> 17 120045 Senador Guiomard 2.5590719
#> 18 120050 Sena Madureira 1.4840570
#> 19 120060 Tarauacá 2.5154356
#> 20 120070 Xapuri 5.0337260
#> 21 120080 Porto Acre 2.6121937
#> 22 <NA> <NA> NA
Observe que a tabela resultante irá apresentar, além das informações com o código e
nome do município, os valores de prevalência para cada um deles no ano de 2021. Ob-
serve no output acima que a prevalência da hanseníase no Estado do Acre varia de 0,5 por
10 mil habitantes no município de Marechal Thaumaturgo até 5 por 10 mil habitantes no
município de Xapuri.
Agora, vamos avançar um pouco mais e aprender a calcular com o software R alguns indi-
cadores de mortalidade!
26
3. Indicadores de Mortalidade
Os indicadores de mortalidade são amplamente utilizados na vigilância em saúde e em

diversas outras áreas para além da saúde. O Sistema de Informação de Mortalidade (SIM)
é um dos sistemas de informações no SUS focado na melhoria das ações em saúde. É um
sistema com boa cobertura, preenchimento e completitude. Algumas de suas principais
vantagens são:
 ter seus dados regularmente coletados;

 possuir pontos de coleta, ou seja, capilaridade em todo país;
 ter um padrão de preenchimento nacional, e
 possuir uma longa série histórica de coleta de dados.
Desta forma, existem vários indicadores de mortalidade que integram as análises de saú-
de. Nesta subseção vamos revisar alguns deles: taxa bruta de mortalidade, taxas es-
pecíficas de mortalidade por idade e sexo, mortalidade proporcional por grupo de
causas, taxa de mortalidade infantil e taxa de mortalidade materna. Todos serão
calculados utilizando os dados de óbitos entre 2015 e 2020 do Estado do Acre.
Vamos lá! Comece importando o arquivo { do_ac.dbf } para o R utilizando a função

read.dbf(). Também importaremos vários arquivos necessários para os cálculos dos in-
dicadores, são eles:
 Banco de dados { CID-10-GRUPOS.CSV } que contém variáveis sobre classificação

internacional de doenças por grupos de causas (capítulos);
 Banco de dados { pop_ac_09_21.csv } que contém a estimativas da população
total do Estado do Acre de 2009 a 2021;
 Banco de dados { pop_ac_sexo_idade_20.csv } que contém a população do
Estado do Acre em 2020 estratificada por sexo e faixa etária e;
 Banco de dados { nv_ac_15_20.csv }, com dados de nascidos vivos no Estado do
Acre entre 2015 e 2020.
27
Todos os dados foram importados do repositório do Datasus e estão disponíveis localiza-

do no menu lateral “Arquivos”, do módulo.
# Importando diferentes banco de dados para o R

base_obito_ac <- read.dbf(file = 'Dados/do_ac.dbf')
grupos_causas <- read_csv2(file = 'Dados/CID-10-GRUPOS.csv')
pop_ac <- read_csv2(file = 'Dados/pop_ac_09_21.csv', col_types = list("character"))
pop_ac_sexo_idade <- read_csv2(file = 'Dados/pop_ac_sexo_idade_20.csv')
nv_ac <- read_csv2(file = 'Dados/nv_ac_15_20.csv')
Atenção
Fique atento ao caminho escolhido para armazenar os bancos de da-
dos em seu computador. Caso tenha colocado-as em outro diretório
ou pasta, escreva o caminho deste arquivo para que o R possa impor-
tá-lo para sua análise.
Para os cálculos de indicadores de mortalidade, devido a várias características dos mé-

todos de cálculos, algumas transformações do banco de dados são oportunas e devem
serem feitas de imediato. Isso é para facilitar a manipulação sempre que forem realizar
alguma análise com bancos de dados. Uma das tarefas mais importante é criar um con-
junto de novas variáveis.
28
Acompanhe a tabela abaixo que apresenta as variáveis que serão criadas e a descrição de
cada uma delas, com as alterações que realizaremos para facilitar nossas análises:
Figura 2: Tabela com as alterações realizadas no banco de dados de óbitos.
Variável Descrição da alteração efetuada

CAUSA_BASICA_3C Nova variável com a causa básica do óbito com três caracteres
DTOBITO Variável DTOBITO transformada para formato Date
ANO_OBITO Nova variável com apenas o ano do óbito
DTNASC Variável DTNASC transformada para formato Date
SEXO Variável SEXO decodificada
RACACOR Variável RACACOR decodificada
UNIDADE_IDADE Nova variável indicada qual unidade de idade (se anos, meses, dias)
IDADE_NUM Nova variável com idade no formato Numeric
FX_ETARIA_11C Nova variável com categorização da idade em 11 classes
FAIXA_ETARIA_M1ANO Nova variável com categorização de menores 1 ano
LOCOCOR Variável LOCOCOR decodificada
Observe que realizaremos de uma só vez todas essas alterações apontadas, escrevendo
diversas linhas de código. Caso sinta-se mais seguro, você poderá realizar as mesmas
alterações variável por variável, de forma mais confortável, construindo seu estilo de tra-
balho. Entretanto, isso implicará em um maior tempo de escrita do seu script.
Agora observe no passo a passo abaixo como colocaremos em prática estas transformações:
1. São utilizados no código as funções mutate(), str_sub(), dmy(), year(), case_when()

e factor(). Lembre-se que na função case_when(), quando nenhum dos critérios é
atendido, usamos TRUE ~ NA_character_ para indicar que estes valores devem ser
convertidos em NA. Caso tenha mais alguma dúvida, consulte os módulos anteriores
do curso.
Veja o script abaixo com muita atenção, leia os comentários explicando cada parte e
replique-o no seu RStudio :
29
# Criando uma tabela (dataframe) com o nome base_obito_ac

base_obito_ac <- base_obito_ac |>
# Criando novas colunas com a função mutate()

mutate(
# Criando coluna com extração de apenas os 3 primeiros caracteres

# da coluna CAUSABAS pelo uso da função str_sub()
CAUSA_BASICA_3C = str_sub(CAUSABAS, 1, 3),
# Convertendo as informações na coluna DTOBITO para o formato de

# data (DD-MM-YYYY) com a função dmy()
DTOBITO = dmy(DTOBITO),
# Obtendo apenas o ano de óbito a partir da coluna DTOBITO com a função year()
ANO_OBITO = year(DTOBITO),
# Convertendo as informações na coluna DTNASC para o formato de

# data (DD-MM-YYYY) com a função dmy()
DTNASC = dmy(DTNASC),
# Transformando os códigos de sexo nos nomes correspondentes com a

# função case_when()
SEXO = case_when(
SEXO == "1" ~ "masculino",
SEXO == "2" ~ "feminino",
TRUE ~ NA_character_
),
# Convertendo a coluna SEXO em uma variável do tipo factor

SEXO = factor(SEXO, levels = c("masculino", "feminino")),
# Transformando os códigos de raça/cor nos nomes correspondentes com a

# função case_when()
RACACOR = case_when(
RACACOR == "1" ~ "Branca",
RACACOR == "2" ~ "Preta",
RACACOR == "3" ~ "Amarela",
RACACOR == "4" ~ "Parda",
RACACOR == "5" ~ "Indígena",
),
30
# Transformando os códigos de unidade da idade nos nomes correspondentes com a

# função case_when(). A classificação utiliza apenas o primeiro caractere da
# coluna IDADE, com uso da função str_sub()
UNIDADE_IDADE = case_when(
(str_sub(IDADE, 1, 1) == "5") ~ "anos+",
(str_sub(IDADE, 1, 1) == "4") ~ "anos",
(str_sub(IDADE, 1, 1) == "3") ~ "meses",
(str_sub(IDADE, 1, 1) == "2") ~ "dias",
(str_sub(IDADE, 1, 1) == "1") ~ "horas",
(str_sub(IDADE, 1, 1) == "0") ~ "minutos"
),
# Extraindo os dois últimos dígitos da idade com a função str_sub() e

# convertendo para número utilizando a função as.numeric()
IDADE_NUM = as.numeric(str_sub(IDADE, 2, 3)),
# Criando uma classificação de faixa etária por intervalos utilizando

# as variáveis criadas acima
FX_ETARIA_11C = case_when(
(UNIDADE_IDADE == "anos" & between(IDADE_NUM, 0, 4)) ~ "0 a 4",
((UNIDADE_IDADE == "anos" & IDADE_NUM >= 80) | UNIDADE_IDADE ==
"anos+") ~ "80 e mais",
),
# Convertendo a coluna FX_ETARIA_11C em uma variável do tipo factor
FX_ETARIA_11C = factor(
FX_ETARIA_11C,
levels = c(
"0 a 4" , "5 a 9" , "10 a 14", "15 a 19", "20 a 29", "30 a 39",
"40 a 49", "50 a 59", "60 a 69", "70 a 79", "80 e mais"
)
),
31
# Reclassificando variáveis da coluna FX_ETARIA_M1ANO para os casos em que

# a idade seja menor do que 1 ano
FX_ETARIA_M1ANO = case_when(
(UNIDADE_IDADE == "anos" & IDADE_NUM < 1) ~ "< 1 ano",
(UNIDADE_IDADE == "dias") ~ "< 1 ano",
(UNIDADE_IDADE == "meses") ~ "< 1 ano",
(UNIDADE_IDADE == "horas") ~ "< 1 ano",
(UNIDADE_IDADE == "minutos") ~ "< 1 ano",
),
# Transformando os códigos de local de ocorrência nos nomes correspondentes

# com a função case_when()
LOCOCOR = case_when(
LOCOCOR == "1" ~ "Hospital",
LOCOCOR == "2" ~ "Outros estab saude",
LOCOCOR == "3" ~ "Domicilio",
LOCOCOR == "4" ~ "Via publica",
LOCOCOR == "5" ~ "Outros",
)
) |>
# Unindo a tabela resultante com a tabela grupos_causas pelas colunas com os
# códigos de causa básica em cada uma
left_join(grupos_causas, by = c("CAUSA_BASICA_3C" = "CAT"))
Agora que já preparamos nosso banco de dados de análise, estamos prontos para reali-
zar o cálculo dos indicadores de mortalidade. Vamos em frente!
3.1 Taxa bruta de mortalidade ou taxa geral de mortalidade
Esse indicador representa o número total de óbitos, por mil (1.000) habitantes, na popu-
lação residente em determinado local e ano considerado. Ele expressa a intensidade
que a mortalidade atinge uma população. É um indicador muito usado na demografia,
e exige cuidado ao se utilizar para comparações entre populações distintas.
Número total de óbitos de residentes

Taxa bruta de mortalidade= ×100mil
População total residente
32
Para a contagem do número total de óbitos, considere agrupar os dados por ano do óbi-
to. Para isto, utilizaremos a função count() para contar o número de óbitos em cada ano.
Vamos guardar os dados resultantes desse comando em um objeto novo: ob_geral_

ac_15_20 , para que possamos utilizá-lo em seguida.
# Criando uma tabela (dataframe) com o nome ob_geral_ac_15_20

ob_geral_ac_15_20 <- base_obito_ac |>
# Contando o número de casos por ano de óbito (ANO_OBITO) com o uso

# da função count()
count(ANO_OBITO)

ob_geral_ac_15_20
#> ANO_OBITO n
#> 1 2015 3517
#> 2 2016 3763
#> 3 2017 3832
#> 4 2018 4094
#> 5 2019 4098
#> 6 2020 4860
A tabela gerada apresentará duas colunas: a ANO_OBITO , contendo o ano de ocorrência

de cada óbito, e a coluna n , que por sua vez contém o total de óbitos registrados em cada
um dos anos.
Para o cálculo da taxa bruta de mortalidade, siga o passo a passo abaixo:
1. Utilizando a função summarise() vamos resumir os dados de população do Acre,

somando as estimativas para cada município e ano.
2. Além disso, vamos estruturar a tabela para ficar na mesma estrutura dos dados de
mortalidade. Para isso, vamos utilizar a função pivot_longer() do pacote dplyr
para transformar os dados do formato largo para longo, conforme vimos no Mó-
dulo 3. Esta etapa é importante para que criemos as variáveis necessárias para o
cálculo da taxa bruta de mortalidade.
33
Veja o script abaixo e escreva em seu RStudio :
# Criando uma tabela (dataframe) com o nome pop_ac_15_20

pop_ac_15_20 <- pop_ac |>
# Calculando o número de casos por ano com a função summarise()

summarise(
pop_2015 = sum(`2015`),
pop_2016 = sum(`2016`),
pop_2017 = sum(`2017`),
pop_2018 = sum(`2018`),
pop_2019 = sum(`2019`),
pop_2020 = sum(`2020`)
) |>
# Transformando os dados do formato largo para o formato longo

pivot_longer(cols = pop_2015:pop_2020,
values_to = "pop_ac")

pop_ac_15_20
#> # A tibble: 6 × 2
#> name pop_ac
#> <chr> <dbl>
#> 1 pop_2015 831665
#> 2 pop_2016 844137
#> 3 pop_2017 856457
#> 4 pop_2018 869265
#> 5 pop_2019 881935
#> 6 pop_2020 894470
A tabela resultante irá apresentar em sua primeira coluna ( name ) informações sobre o ano, e
na segunda coluna ( pop_ac) a população estimada para o Acre para cada ano corresponden-
te. Observe que os bancos de dados de óbito e de população possuem a mesma dimensão
(2 colunas, 6 linhas) e se referem à mesma unidade de tempo nas linhas: o ano.
34
3. No terceiro passo utilizaremos a função bind_cols() do pacote dplyr para unir as ta-
belas de óbitos e população para calcular a taxa bruta de mortalidade. Vamos execu-
tar juntos os códigos do script abaixo, e replique-o em seu RStudio :
# Unindo as duas tabelas com a função bind_cols()

bind_cols(ob_geral_ac_15_20, pop_ac_15_20)
#> ANO_OBITO n name pop_ac

#> 1 2015 3517 pop_2015 831665
#> 2 2016 3763 pop_2016 844137
#> 3 2017 3832 pop_2017 856457
#> 4 2018 4094 pop_2018 869265
#> 5 2019 4098 pop_2019 881935
#> 6 2020 4860 pop_2020 894470
Veja como foi simples unir as duas tabelas utilizando a função bind_cols() !
4. Agora podemos criar uma nova coluna contendo a taxa geral de mortalidade usan-
do a função mutate(). Vamos lá, acompanhe o script abaixo e replique-o no seu
computador:
# Unindo as duas tabelas com a função bind_cols()

bind_cols(ob_geral_ac_15_20, pop_ac_15_20) |>
# Criando uma nova coluna com a taxa geral de mortalidade com a função mutate()
mutate(tx_bruta_ac = (n / pop_ac) * 1000)
35
#> ANO_OBITO n name pop_ac tx_bruta_ac

#> 1 2015 3517 pop_2015 831665 4.228866
#> 2 2016 3763 pop_2016 844137 4.457807
#> 3 2017 3832 pop_2017 856457 4.474247
#> 4 2018 4094 pop_2018 869265 4.709726
#> 5 2019 4098 pop_2019 881935 4.646601
#> 6 2020 4860 pop_2020 894470 5.433385
Você deverá encontrar esta tabela acima resultante da união de tabelas que foram ge-
radas nos passos anteriores. Esta nova tabela possui a adição de uma coluna nova: a
tx_bruta_ac que indica a taxa bruta de mortalidade para todo o Estado do Acre, nos anos
entre 2015 e 2020. Observe no output que a taxa bruta de mortalidade ou taxa geral de
mortalidade do Estado do Acre variou entre 4,23 e 5,43 por mil habitantes, nestes anos.
Atenção
Unir tabelas com a função bind_cols() do pacote dplyr será possível
apenas quando ambas as tabelas possuírem a mesma dimensão (nú-
mero de linhas) e lógica de armazenamento de dados. Nestes casos,
os argumentos da função são as tabelas a serem conectadas!!!
3.2 Taxas específicas de mortalidade por idade e sexo
Também podemos calcular se há diferenças entre sexo e idade por uma mesma doença
nos óbitos. Para isto, utilizamos a taxa específica de mortalidade por idade e sexo, calcu-
lamos o número de óbitos por uma causa de morte específica e a comparamos por 100
mil habitantes residentes em mesmo local e ano determinado.
36
Observe abaixo, no script que selecionamos para análise, os óbitos por causas externas
no ano de 2020. Lembre-se que permanecemos utilizando o banco de dados de óbitos
do Estado do Acre.
Para a construção do script que nos retornará taxas específicas de mortalidade por idade
e sexo seguiremos os seguintes passos:
1. filtraremos os seguintes critérios:
a. registros em que o ano do óbito ( ANO_OBITO ) é igual a 2020;
b. registros em que as variáveis faixa etária ( FX_ETARIA_11C ) e sexo ( SEXO ) não

estão em branco (lembre-se de que o operador ! tem significado de “NÃO”, e
irá inverter os Verdadeiro e Falso da operação lógica);
c. registros cuja causa de morte pertence ao grupo de causas externas de óbito.
2. relizaremos a contagem dos óbitos por faixa etária e sexo;
3. transformaremos a variável SEXO de linha para coluna, usando a função pivot_wider();
4. uniremos a tabela de população por sexo e idade { pop_ac_sexo_idade }, importada

anteriormente;
5. criaremos as variáveis com as taxas usando a função mutate();
6. por fim, selecionaremos as variáveis necessárias para o cálculo da taxa.
Agora, veja com atenção como ficam todos estes passos no código abaixo. Replique a
escrita deste script em seu RStudio :
37
base_obito_ac |>
# Filtrando registros utilizando a função filter()

filter(
#Filtrando os dados por óbitos ocorridos em 2020 com a

ANO_OBITO == 2020,
# Filtrando os dados e removendo aqueles com valores ausentes para a faixa

# etária
!(is.na(FX_ETARIA_11C)),
# Filtrando os dados e removendo aqueles com valores ausentes para sexo

!(is.na(SEXO)),
# Filtrando os dados por óbitos ocorridos por "Causas externas"

GRUPOS == "Causas externas") |>
# Contando o número de casos por faixa etária e sexo com a função count()
count(FX_ETARIA_11C, SEXO) |>
# Transformando a tabela do formato longo para o formato largo com a função pivot_wider()
pivot_wider(names_from = SEXO,
values_from = n) |>
# Unindo a tabela resultante com a tabela pop_ac_sexo_idade com a função bind_cols()

bind_cols(pop_ac_sexo_idade) |>
# Criando colunas de taxa específica para homens e mulheres com a função mutate()
mutate(
taxa_especifica_homem = masculino / Pop_Masculino * 100000,
taxa_especifica_mulher = feminino / Pop_Feminino * 100000
) |>
# Selecionando apenas as colunas Faixa Etaria 1, taxa_especifica_homem e

# taxa_especifica_mulher com a função select()
select("Faixa Etaria 1",
taxa_especifica_homem,
taxa_especifica_mulher)
38
#> # A tibble: 11 × 3
#> `Faixa Etaria 1` taxa_especifica_homem taxa_especifica_mulher
#> <chr> <dbl> <dbl>
#> 1 0 a 4 anos 11.8 2.47
#> 2 5 a 9 anos 11.5 7.23
#> 3 10 a 14 anos 22.0 6.83
#> 4 15 a 19 anos 179. 35.1
#> 5 20 a 29 anos 177. 22.0
#> 6 30 a 39 anos 172. 18.9
#> 7 40 a 49 anos 121. 16.9
#> 8 50 a 59 anos 110. 14.4
#> 9 60 a 69 anos 94.7 14.3
#> 10 70 a 79 anos 111. 18.1
#> 11 80 anos e mais 169. 39.4
Observe no output que, para o ano de 2020 no Estado do Acre, a taxa de mortalidade por
causas externas em homens é muito superior à taxa de mortalidade por causas externas
em mulheres. A faixa etária mais acometida é a de 15 a 19 anos em homens e 80 anos e
mais em mulheres.
39
3.3 Mortalidade proporcional por grupo de causas
Um importante indicador é o de mortalidade proporcional. Ele representa a distribuição

percentual ( % ) de óbitos e pode ser analisada com foco em grupos de causas de óbito.
Lembre-se que sempre deverá analisar uma mesma população residente em um mesmo
espaço geográfico (local) e no tempo (dias, meses ou anos).
Este indicador é importante para medir a carga de cada grupo de causa no total de
óbitos da região geográfica analisada. Pode ser calculado matematicamente da se-
guinte forma:
Mortalidade
proporcional por
Números de óbitos de residentes por grupos de causas
grupos de causas= ×100
Número total de óbitos de residentes
Para todo cálculo que representar uma proporção pode-se utilizar cál-
culos simples para a porcentagem, ou seja, multiplicado por 100.
Para o cálculo deste indicador no R , você deverá criar uma tabela com frequência abso-
luta e frequência relativa, cuja coluna de frequência relativa representará o resultado do
cálculo da mortalidade proporcional. Para esta etapa, siga o passo a passo abaixo:
1. Primeiro, selecionaremos apenas os dados por óbitos ocorridos em 2020 com a

função filter().
2. Depois iremos realizar o cálculo da frequência absoluta de óbitos por grupos com a
função count().
3. E por fim, utilizamos a função mutate() para calcular a frequência relativa de óbitos
para cada grupo.
40
Agora, observe o script abaixo e replique em seu RStudio .
base_obito_ac |>
# Filtrando os dados por óbitos ocorridos em 2020 com a função filter()

filter(ANO_OBITO == 2020) |>
# Contando o número de casos por grupos com a função count()

count(GRUPOS) |>
# Calculando o número de mortes proporcionais em cada grupo pelo número

# total com a função mutate()
mutate(mort_proporcional = (n / sum(n)) * 100)
#> GRUPOS n mort_proporcional

#> 1 Algumas afecções originadas no período perinatal 125 2.5720165
#> 2 Causas externas 596 12.2633745
#> 3 Causas Mal Definidas 662 13.6213992
#> 4 Causas Maternas 5 0.1028807
#> 5 Doenças do aparelho circulatório 771 15.8641975
#> 6 Doenças do aparelho respiratório 488 10.0411523
#> 7 Doenças infecciosas e parasitárias 1006 20.6995885
#> 8 Neoplasias 539 11.0905350
#> 9 Outros grupos 668 13.7448560
Assim, ao observar o output do código executado podemos concluir que o maior grupo
de causa de morte no Acre é o de Doenças infecciosas e parasitárias, com 20,69% de to-
das as mortes ocorridas no Estado. Essa informação é muito importante para a vigilância,
pois o serviço precisa conhecer as principais causas de mortalidade e desencadear ações
de saúde e intersetoriais.
41
3.4 Taxa de mortalidade infantil
A taxa de mortalidade infantil representa o número de óbitos ocorridos em crianças me-

nores de um ano de idade por mil nascidos vivos no mesmo período. Este indicador é
muito importante por permitir avaliar as condições de vida e de saúde de uma dada
população. Com o cálculo da sua taxa, é possível estimar o risco de uma criança morrer
antes de chegar a um ano de vida, sendo consideradas como altas (50 ou mais), médias
(20-49) e baixas (menos de 20).
As taxas de mortalidade infantil, em especial a mortalidade pós-neonatal, quando

elevadas refletem as precárias condições de vida e saúde e valores abaixo do
nível de desenvolvimento social e econômico. Já taxas reduzidas podem sinalizar
bons indicadores sanitários e sociais, mas também podem encobrir más condições de
vida em segmentos sociais específicos.
No caso do cálculo da mortalidade infantil e de seus componentes, o denominador é o

número de nascidos vivos de mães residentes do local. Observe como é possível calcular
este indicador matematicamente pela seguinte expressão:
Número de óbitos de residentes

menores de um ano de idade
Taxa de Mortalidade Infantil= ×1000
Número de nascidos vivos
de mães residentes
42
Agora, vamos escrever o script que corresponderá à fórmula matemática e que permite
que seu cálculo possa ser realizado de maneira automatizada. Observe abaixo e replique
no seu RStudio :
base_obito_ac |>
# Filtrando os dados por registros de casos com menos de 1 ano com a função
# filter()
filter(FX_ETARIA_M1ANO == "< 1 ano") |>
# Contando o número de casos por ano de óbito com a função count()

count(ANO_OBITO) |>
# Unindo a tabela resultante com a tabela nv_ac com a função bind_cols()

bind_cols(nv_ac) |>
# Calculando a taxa de mortalidade infantil com a função mutate()

mutate(tx_mortalidade_infantil = (n / n_nascidos_vivos) * 1000)
#> ANO_OBITO n Ano do nascimento n_nascidos_vivos tx_mortalidade_infantil

#> 1 2015 291 2015 16980 17.13781
#> 2 2016 239 2016 15773 15.15248
#> 3 2017 223 2017 16358 13.63247
#> 4 2018 273 2018 16543 16.50245
#> 5 2019 259 2019 16280 15.90909
#> 6 2020 243 2020 15142 16.04808
A taxa de mortalidade infantil por mil nascidos vivos no Acre chegou a diminuir de 17,13
em 2015 para 13,63 em 2017, mas voltou a aumentar e chegou a 16,04 em 2020.
43
3.5 Taxa de mortalidade materna
A taxa de mortalidade materna é calculada a partir do número de óbitos maternos ocor-

ridos a cada 100 mil nascidos vivos de mães residentes. Esta taxa é definida como a
morte durante a gravidez ou no prazo de 42 dias após o final da gestação. A taxa
de mortalidade materna é um indicador muito utilizado para entender e comparar um
importante problema de saúde pública global: a condições de saúde das mulheres, o
desenvolvimento econômico e as desigualdades sociais dos países.
Observe abaixo como é possível calcular a taxa de mortalidade materna matematicamente:
Número de óbitos de mulheres residentes

(por causas de morte materna)
Taxa de Mortalidade Materna= ×100 mil
Número de nascidos
vivos de mães residentes
44
Agora, vamos escrever o script que corresponderá à fórmula matemática e permitirá que
seu cálculo possa ser realizado de maneira automatizada, replique o código abaixo em
seu RStudio :
base_obito_ac |>
# Utilizando a função filter() para diversos critérios de filtragem de dados

filter(
# Filtrando os dados por registros de casos do sexo feminino

SEXO == "feminino",
# Filtrando os registros com casos nas faixas etárias entre 10 e 49 anos

FX_ETARIA_11C %in% c("10 a 14", "15 a 19",
"20 a 29", "30 a 39",
"40 a 49"),
# Filtrando os registros de óbitos por causas maternas

GRUPOS == "Causas Maternas"
) |>
# Contando o número de casos por ano de óbito com a função count()

count(ANO_OBITO) |>
# Unindo a tabela resultante com a tabela nv_ac com a função bind_cols()

bind_cols(nv_ac) |>
# Calculando a taxa de mortalidade materna com a função mutate()

mutate(razao_mort_materna = (n / n_nascidos_vivos) * 100000)
45
#> ANO_OBITO n Ano do nascimento n_nascidos_vivos razao_mort_materna

#> 1 2015 11 2015 16980 64.78210
#> 2 2016 9 2016 15773 57.05953
#> 3 2017 8 2017 16358 48.90573
#> 4 2018 9 2018 16543 54.40368
#> 5 2019 8 2019 16280 49.14005
#> 6 2020 5 2020 15142 33.02074
Observe que o nosso output informa para cada ano o total de óbitos maternos (coluna n ), o
número de nascidos vivos (coluna n_nascidos_vivos ), e o valor da razão de mortalidade
materna (coluna razao_mort_materna ).
Ao analisarmos a tabela construída, é possível observar melhora na taxa de mortalidade
materna ao longo desses 6 anos, o que pode indicar esforços do Estado do Acre para
interferir sobre o indicador. Lembre-se dos vieses que influenciam este indicador como a
subnotificação do denominador (número de nascidos vivos) e problemas de investigação
do óbito materno (número de óbitos por causas de morte materna).
Para tornar sua análise ainda mais aprofundada sugere-se que você análise além da cau-
sa específica da morte materna, também a idade da mulher ao morrer, o estado marital,
o número de filhos tidos e os ainda vivos, a paridade, o intervalo entre gestações, consul-
tas no pré-natal, hábito de fumar, de beber e outras. Algumas destas variáveis, não são
obtidas a partir dos atestados de óbito, necessitando análises do SINASC, e-SUS AB PEC
ou outros bancos de dados disponíveis em seu município.
Lembre-se que todo e qualquer indicador de saúde deve prezar pela

simplicidade para que as informações sejam transmitidas de forma
clara e sem inconsistências.
Caso não tenha compreendido os dados ou valores, retorne ao seu
cálculo e refaça. Torne-o simples!
Para consultar mais indicadores de saúde, visite o site das fichas de
qualificação de indicadores da Ripsa.
http://fichas.ripsa.org.br/2012/.
Com base nos códigos até agora descritos você já pode expandir suas análises para di-
ferentes doenças e agravos, locais, anos, faixas etárias, etc. Mas vamos adiante. Há mais
possibilidades à frente.
46
4. Análises de variáveis categóricas
Na análise exploratória em saúde, quando avaliamos duas variáveis categóricas, ou seja,

variáveis qualitativas categorizadas em classes (por exemplo: variável sexo, categoria: fe-
minino e masculino), o resumo dos dados se dá por meio da contagem de indivíduos que
pertencem às categorias de ambas as variáveis, simultaneamente.
Para isto, costumamos montar tabelas de análises chamadas de tabelas 2x2 ou tabelas
de contingência. Muito utilizadas quando calculamos taxa de ataque, uma espécie de
coeficiente ou taxa de incidência que analisa uma determinada doença comparando um
grupo de pessoas expostas ao mesmo risco limitadas a uma área bem definida. O cálculo
da taxa de ataque é muito útil para investigar e analisar surtos de doenças ou agravos à
saúde em locais delimitados.
Na representação abaixo utilizaremos um exemplo em que iremos verificar se um grupo

de pessoas em um município possui maior chance de adoecer e após ter frequentado um
restaurante com suspeita de contaminação nos alimentos. Desta forma, temos duas vari-
áveis (“estado de saúde” e “restaurante”), e duas categorias em cada uma (saudável/doen-
te, e frequentou/não frequentou, respectivamente). Em cada célula, temos as contagens
de indivíduos que pertencem às respectivas categorias das variáveis cruzadas (a, b, c, d) :
47
Figura 3: Tabela de contingência (tabela 2x2) de exemplo.
Estado de Saúde
Restaurante Saudável Doente Total
Não frequentou a b a+b
Frequentou c d c+d
Total a+c b+d a+b+c+d
Convencionalmente, as colunas da tabela 2x2 representam a presença ou ausência de

um evento ou doença e as linhas a presença ou ausência de exposição a este evento. Da
seguinte forma:
 A célula “a” representa os indivíduos que permaneceram saudáveis e não frequen-

taram o restaurante suspeito.
 A célula “b” representa indivíduos que adoeceram e não frequentaram o restauran-
te suspeito.
 A célula “c” representa os indivíduos saudáveis e que frequentaram o restaurante
suspeito.
 A célula “d” representa os indivíduos que adoeceram e frequentaram o restaurante
suspeito.
 Nas marginais da tabela, há os totais, somando linhas e colunas.
Agora, vamos acompanhar algumas análises em que as tabelas 2x2 serão úteis na rotina
de trabalho da vigilância em saúde. Vamos lá!
48
4.1 Associações entre variáveis (Teste qui-quadrado)
Algumas vezes, durante a rotina de análise, precisamos saber se a frequência de uma

determinada variável muda quando outra variável está presente e, assim, saber se algu-
ma evidência de associação entre elas ou seria somente uma relação ao acaso. Para isso,
podemos utilizar a tabela de contingência (tabela 2x2) e o teste estatístico qui-quadrado.
Definimos a existência de uma associação quando a probabilidade de

ocorrência de um evento ou doença se altera quando alguma caracte-
rística ou outro evento está presente.
Isto acontece com frequência na vigilância, quando estudamos a ocor-
rência de doença em determinados locais ou testamos hipóteses a
partir da investigação de um surto. Dessa forma, estudamos se há
possível associação entre uma exposição (fator de risco) e um efeito
(doença).
Vamos lá, agora é hora de praticar com exemplos!
Considere que o profissional de vigilância em saúde necessita verificar se a classificação

final de dengue no Estado de Rosas possui associação com alguma característica regional
como, por exemplo, o local onde o paciente mora. Ou seja, o profissional deve investigar
se a frequência de casos prováveis de dengue é diferente entre os municípios de
residência dos casos.
Essa investigação é oportuna quando há suspeita de que municípios localizados mais

próximos à Capital, por exemplo, poderiam ter mais acesso a estruturas melhores de
saúde. Por outro lado, municípios localizados muito distantes das regiões centrais, po-
dem apresentar desigualdades que impactam em muitos aspectos da saúde púbica, in-
clusive, nas ações contra à dengue. Perceba que essa mesma comparação poderia ser fa-
cilmente feita intramunicipal, verificando a diferença entre bairros mais próximos e mais
afastados do centro.
49
Para investigar essa situação, vamos utilizar o agravo dengue da base de notificação do
Estado de Rosas. Acompanhe o passo a passo a seguir:
1. Utilize o banco de dados { NINDINET.dbf } importado anteriormente;

2. Filtre os registre para os casos notificados de Dengue;
3. Categorize o município de residência ( ID_MN_RESI ) considerando o seguinte:
 Registros de casos que residem no município Prímula do Estado de Rosas (có-
digo 610213) serão categorizados como da região da “Capital”;
 Registros de casos que residem nos demais municípios do Estado de Rosas
serão categorizados como da região do “Interior”.
4. Categorize a classificação final de dengue ( CLASSI_FIN ) da seguinte forma:
 Registros de casos notificados como “1”, “2”, “3”, “4” e “8”, serão categorizados
como “Caso provável”;
 Registros de casos notificados como “5”, serão categorizados como “Caso
descartado”.
Acompanhe e replique o script abaixo em seu RStudio , que demonstra as etapas de 1 a
4, indicadas anteriormente:
# Criando um novo dataframe com a tabela {`Dados`}

dados_classificados <- dados |>
# Filtrando os agravos de dengue (código "A90") com a função filter()

filter(ID_AGRAVO == "A90") |>
# Criando novas colunas com a função mutate()

mutate(
# Classificando o município de residência do paciente em Prímula (código 610213)

# como "Capital" e os demais como "Interior" com uso da função if_else().
# Ou seja, se o município for igual a 610213 será classificado como Capital e, se não, será
# classificado como Interior. Caso houver registros em branco (NA),
#estes continuarão como (NA)
regiao = if_else(ID_MN_RESI == "610213", "Capital", "Interior",
NA_character_),
# Classificando os casos em diagnósticos de "casos prováveis" e "descartado"

# com a função case_when()
classificacao = case_when(
CLASSI_FIN %in% c("1", "2", "3", "4", "8") ~ "Casos prováveis",
CLASSI_FIN == "5" ~ "Casos descartados",
)
)
50
5. No quinto passo, vamos cruzar os dados em que realizamos a classificação da região

de residência e do diagnóstico de dengue utilizando a função tbl_cross() do paco-
te gtsummary . Para isso, Iremos utilizar os seguintes argumentos:
 row : indicação de uma variável categórica na linha;
 col : indicação de uma variável categórica na coluna;
 percent: definição se a porcentagem será calculada por colunas ou linhas (co-

lumn ou row);
 missing: definição se os valores em branco serão incluídos na tabela.
Agora veja como o passo 5 pode ser escrito em um script abaixo e replique em seu RStudio:
# Criando uma tabela no formato do pacote gtsummary com o nome tabela

tabela_resid_diag_dengue <- dados_classificados |>
# Criando uma tabela de resumo do cruzamento de informações sobre região e tipo de diagnóstico
tbl_cross(
row = regiao,
col = classificacao,
percent = "row",
missing = "no"
)
Agora, vamos visualizar a tabela criada, para isso digite apenas seu nome { tabela_re-
sid_diag_dengue } e clique no botão “Run”. Fique atento pois a tabela será mostrada no
painel Viewer do RStudio e não no Painel Console !
Vamos lá, acompanhe o script, replique no seu RStudio :
# visualizando a tabela "tabela"

tabela_resid_diag_dengue
51
classificacao
Casos descartados Casos prováveis Total
regiao
Capital 442 (3.6%) 11,672 (96%) 12,114 (100%)
Interior 13 (4.0%) 314 (96%) 327 (100%)
Total 455 (3.7%) 11,986 (96%) 12,441 (100%)
Atenção
Você pode ter observado que o R emiteu um aviso informando que

as observações em branco não foram incluídas na análise. Este tipo
de alerta é muito importante para nos apoiar na interpretação do que
está sendo analisado.
Atente-se sempre às mensagens no output do R !
Observe que tanto a região da Capital quanto o do Interior do Estado de Rosas possuem
porcentagens semelhantes de casos prováveis e de casos descartados. Avaliando a últi-
ma linha da tabela gerada no output do código, perceberemos que independente da
região, 96% dos casos notificados são casos prováveis.
Podemos pensar que, se as variáveis cruzadas não fossem relacionadas, observaríamos

as porcentagens muito próximas em cada região. Isso de fato acontece! Portanto, parece
não haver associação entre elas. Veja como é importante este relacionamento.
Agora, vamos explorar a presença de significância estatística aplicando o teste qui-quadrado.
52
Para construir o teste qui-quadrado precisamos admitir:
1. A hipótese de que a região de residência não tem associação com a classifica-

ção final do caso (nesse caso será nossa hipótese nula, como é chamada em esta-
tística, e será a hipótese que vamos testar).
2. A hipótese de que as variáveis possuem alguma associação será definida como al-
ternativa;
3. Vamos definir que o nível de significância estatística deve ser menor que 0,05 para
rejeitarmos a hipótese nula, ou seja, de que não existe associação da região de
residência com a classificação final.
Pronto, agora vamos realizar o teste qui-quadrado para verificar se esta associação é
somente devido ao acaso. Podemos fazer isso através da função add_p() do pacote
gtsummary. Ao adicionarmos esta função, as células da tabela são verificadas e o teste
estatístico adequado é realizado.
Acompanhe o script abaixo e digite estes comandos em seu RStudio :
# Adicionado o teste estatítico com a função add_p()

tabela_resid_diag_dengue |> add_p()
classificacao
Casos descartados Casos prováveis Total p-value1
regiao 0.8
Capital 442 (3.6%) 11,672 (96%) 12,114 (100%)
Interior 13 (4.0%) 314 (96%) 327 (100%)
Total 455 (3.7%) 11,986 (96%) 12,441 (100%)

1
Pearson's Chi-squared test
Observe que o resultado do valor do p foi 0,8. O que isso significa? Como 0,8 é maior que
0,05, não podemos rejeitar a hipótese nula que definimos anteriormente. Assim, temos
evidência que não há associação entre a região de residência e a classificação final
de Dengue. 53
Interessante, não é mesmo? Isso faz sentido, pois a dengue está muito espalhada pelo
território, sem distinção de local de residência. O mosquito Aedes aegypti não reconhece
as barreiras ou fronteiras geográficas.
O teste qui-quadrado χ2 também pode ser executado utilizando a função

chisq.test(), nativa da linguagem R . O argumento essencial dessa fun-
ção é um dataframe contendo os dados da tabela 2x2. Observe o script
abaixo, no qual criamos o dataframe e usamos o pipe ( |> ) para executar-
mos diretamente a função chisq.test .
A tabela foi montada conforme o script abaixo. Digite os comandos a se-

guir em seu RStudio :
#Inserindo os dados para construir a tabela (dataframe) 2x2

#Capital = c(casos prováveis, casos descartados),
#Interior = c(casos prováveis, casos descartados)
data.frame(Capital = c(11672, 442),
Interior = c(314, 13)) |>
#calculando agora o teste qui-quadrado
chisq.test()
#>
#> Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity
correction
#>
#> data: data.frame(Capital = c(11672, 442), Interior =
c(314, 13))
#> X-squared = 0.026064, df = 1, p-value = 0.8717
Percebeu que o valor do p é bem próximo? O pacote gtsummary utliza

essa mesma função para realizar os cálculos. Escolha o que achar mais
fácil de usar.
54
Atenção
O teste qui-quadrado possui limitações nos cálculos quando o total de

pessoas a serem avaliadas é pequeno.
Não há uma definição clara do número, mas valores menores que 30
pessoas ou células da tabela 2x2 com menos de 5 observações são indi-
cativos que um teste estatístico mais apropriado deve ser escolhido, por
exemplo, o teste exato de Fisher.
Vamos praticar! Imagine agora que temos apenas 3 casos prováveis na
Capital e 2 descartados, e no Interior 2 casos prováveis e 3 descartados,
criaremos um data.frame com a estrutura de tabela 2x2 usando a função
fisher.test() do R . Iremos considerar as seguintes hipoteses:
Ho: proporção de casos prováveis na “Capital” é igual a proporção de ca-

sos prováveis na “Interior”.
H1: proporção de casos prováveis na “Capital” é maior que a proporção de
casos prováveis na “Interior”.
Acompanhe o script abaixo e reproduza em seu RStudio :
#Inserindo os dados para construir a tabela (dataframe) 2x2

data.frame(Capital = c(3, 2),
Interior = c(2, 3)) |>
# O teste exato de Fisher é feito usando a função `fisher.test()`

fisher.test(dataframe,
# argumento `alternative`indica a hipótese alternativa do teste
alternative = "greater",
# argumento `conf.int` indica que o intervalo de confiança deve ser construído
conf.int = TRUE,
# argumento `conf.level` indica o nível de confiança a ser utilizado para a construção do intervalo
conf.level= 0.95
)
55
#>
#> Fisher's Exact Test for Count Data
#>
#> data: data.frame(Capital = c(3, 2), Interior = c(2,
3))
#> p-value = 0.5
#> alternative hypothesis: true odds ratio is greater
than 1
#> 95 percent confidence interval:
#> 0.1541449 Inf
#> sample estimates:
#> odds ratio
#> 2.069959
Observe que no output serão apresentados o seguintes retornos:
 p-valor do teste,
 a hipótese alternativa em consideração,
 o intervalo de confiança construído baseado na hipótese alternativa, e
 a estimativa da razão de chances com base na tabela de contingência.
Com o teste podemos concluir que não há evidências para rejeitar Ho

(p=0,50), ou seja, não há evidências de que na Capital os casos prováveis
é maior que o número de casos provavéis no população do Interior.
Para o aprofundamento no tema, livros de bioestatística devem ser

consultados.
56
5. Medidas de associação
Sempre quando estiver realizando uma análise epidemiológica e a associação entre va-
riáveis estiver presente é possível quantificar a magnitude da diferença de chance ou de
risco. Para isto, em epidemiologia, usamos duas medidas para nos apoiar nesta análise:
 O Risco Relativo (RR) e

 O Odds Ratio (OR).
Nas subseções logo abaixo iremos rever os conceitos e aprender a aplicá-los no dia a dia,
dando robustez às análises realizadas e qualificando ainda mais a rotina de análise dos
serviços de vigilância em saúde municipais.
5.1 Risco Relativo - RR
O Risco Relativo é uma razão de incidências que estima a magnitude das diferenças de
incidência entre os grupos expostos e não expostos a um fator e a ocorrência da doença.
Em poucas palavras, calcular o valor do RR expressa quantas vezes é maior (ou menor)
o RISCO de desenvolver a doença no grupo que foi exposto a um determinado fator
em comparação a um grupo que não foi exposto. Expressa uma comparação mate-
mática da incidência entre os grupos. Veja seu cálculo matemático:
Incidência no grupo exposto

Risco Relativo (RR)=
Incidência no grupo não exposto
57
 Quando o resultado dessa comparação é igual a 1: indica que a incidência da do-

ença no grupo exposto é igual à do grupo não exposto, portanto não há associação
entre exposição e doença.
 Quando o resultado é maior que 1: indica associação positiva ou risco aumentado
entre os expostos ao fator estudado (potencial fator de risco).
 Quando o resultado é menor que 1: indica um risco diminuído entre os expostos
ao fator estudado (potencial fator de proteção).
Para analisar esta situação, observe a tabela abaixo que faz uma simulação de grupos
expostos e não expostos (na linha) e se houve ou não a doença (na coluna). As letras ex-
pressam as seguintes interseções:
 Pessoa que foi exposta e ficou doente: letra “ a ”;

 Pessoa que foi foi exposta e não ficou doente: letra “ b ”;
 Pessoa que não foi exposta e ficou doente: letra “ c ”;
 Pessoa que não foi exposta e não ficou doente: letra “ d ”.
Logo, a incidência da doença em quem foi exposto é representada por a/a+b e a incidên-
cia da doença em quem não foi exposto é representada por c/c+d .
Figura 4: Tabela 2x2 para avaliação do Risco Relativo.
Grupo Doente Não doente Total Incidência
Exposto a b a+b a/a+b
Não exposto c d c+d c/c+d
A partir da tabela acima o cálculo do Risco Relativo seria o seguinte:
a
Incidência no grupo exposto a+b
Risco Relativo (RR)= =
Incidência no grupo não exposto c
c+d
58
Agora, vamos praticar no R utilizando um exemplo comum na rotina de vigilância em saúde!
Considere que você foi chamado para participar da investigação de um surto de gastro-
enterite (DTA) entre pessoas que participaram de uma festa de casamento. Ao total, 80
pessoas estiveram presentes no jantar que ocorreu em uma igreja no dia 18 de abril. O
jantar foi realizado das 18 às 23 horas. Durante este período, os alimentos ficaram expos-
tos em uma mesa e disponíveis aos convidados.
A equipe da Vigilância Epidemiológica de Rosas conseguiu entrevistar 75 pessoas, sendo

coletados os seguintes dados:
 alimentos que foram consumidos pelas pessoas;

 se a pessoa ficou doente (considerando a definição de caso prevista para o surto);
 a hora do jantar;
 o dia e hora do início dos sintomas;
 a idade e o sexo das pessoas.
Os dados coletados foram tabulados e enviados ao seu e-mail no formato texto ( .csv ).
Agora você deverá seguir o passo a passo abaixo para analisá-los:
1. Importaremos o banco de dados { base_surto.csv }, localizada no menu lateral “Ar-

quivos”, do módulo. Agora iremos analisá-lo com auxílio do R , replique o script abai-
xo em seu RStudio :
# Carregando o banco de dados do surto e criando uma tabela (dataframe) com o nome base_surto
base_surto_18_04 <- read_csv("Dados/base_surto.csv")
#> Rows: 75 Columns: 21

#> ── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
#> Delimiter: ","
#> chr (17): sexo, doente, data_inicio_sintomas, presunto, espinafre, pure_bat...
#> dbl (2): id, idade
#> time (2): hora_jantar, hora_inicio_sintomas
#>
#> ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
#> ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
59
Como já deve ser de seu conhecimento, a investigação de surto pela vigilância visa cons-
tatar a causa do surto, suas características quanto ao local, pessoa e tempo e quais ações
necessárias para seu término. Considere também que a análise pode determinar se exis-
te alguma associação entre consumo de algum alimento e a ocorrência da doença. Por-
tanto, vamos construir as tabelas 2x2 para cada um dos supostos fatores de risco.
2. Como recurso estético, vamos deixar a tabela um pouco mais compacta, execu-
tando a função theme_gtsummary_compact(), considerando que a tabela pode ficar
grande e de difícil visualização.
3. Vamos retirar as variáveis que não vamos utilizar neste momento utilizando a fun-
ção select(). Note que estamos utilizando o símbolo de menos ( - ) para retirar as
variáveis de identificação ( id ), data e hora de início de sintomas e hora do jantar.
4. Em seguida, utilizaremos a função tbl_summary() do pacote gtsummary apresen-
tada anteriormente. Faremos um cruzamento entre as variáveis sobre alimentos
ingeridos e a variável com status da doença.
5. E como último passo aplicaremos a função add_p() para o cálculo do teste estatísti-
co adequado para verificar se há associação entre os fatores e o status dos doentes.
Executaremos agora juntos os passos 2 a 5, escrevendo-os no script abaixo:
# Utilizando a função theme_gtsummary_compact() para facilitar a visualização da tabela que será gerada
theme_gtsummary_compact()
base_surto_18_04 |>
# Removendo as colunas id, data_inicio_sintomas, hora_inicio_sintomas e hora_jantar com a função select()

select(-id,
-data_inicio_sintomas,
-hora_inicio_sintomas,
-hora_jantar) |>
# Criando uma tabela com resumo das informações de acordo com a coluna "doente"
tbl_summary(by = doente, missing = "no") |>
# Adicionado o p-valor com a função add_p()

add_p()
60
Characteristic Nao, N = 291 Sim, N = 461 p-value2

idade 35 (14, 50) 38 (17, 59) 0.3
sexo 0.15
F 14 (48%) 30 (65%)
M 15 (52%) 16 (35%)
presunto 0.7
Nao 12 (41%) 17 (37%)
Sim 17 (59%) 29 (63%)
espinafre 0.9
Nao 12 (41%) 20 (43%)
Sim 17 (59%) 26 (57%)
pure_batata >0.9
Nao 14 (50%) 23 (50%)
Sim 14 (50%) 23 (50%)
salada_repolho 0.7
Nao 19 (66%) 28 (61%)
Sim 10 (34%) 18 (39%)
gelatina 0.3
Nao 22 (76%) 30 (65%)
Sim 7 (24%) 16 (35%)
paozinho 0.4
Nao 13 (45%) 25 (54%)
Sim 16 (55%) 21 (46%)
pao_centeio 0.5
Nao 20 (69%) 28 (61%)
Sim 9 (31%) 18 (39%)
leite 0.6
Nao 27 (93%) 44 (96%)
Sim 2 (6.9%) 2 (4.3%)
cafe >0.9
Nao 17 (59%) 27 (59%)
Sim 12 (41%) 19 (41%)
agua 0.4
Nao 18 (62%) 33 (72%)
Sim 11 (38%) 13 (28%)
bolo 0.2
Nao 16 (55%) 19 (41%)
Sim 13 (45%) 27 (59%)
sorvete_creme <0.001
Nao 18 (62%) 3 (6.5%)
Sim 11 (38%) 43 (93%)
sorvete_chocolate 0.076
Nao 7 (24%) 20 (44%)
Sim 22 (76%) 25 (56%)
salada_frutas >0.9
Nao 27 (93%) 42 (91%)
Sim 2 (6.9%) 4 (8.7%)
1
Median (IQR); n (%)
2
Wilcoxon rank sum test; Pearson's Chi-squared test; Fisher's exact test
61
Pronto, verifique se os seguintes resultados para os que ficaram doente foi o seguinte:
 65% eram mulheres e com 38 anos de idade mediana.

 Alguns alimentos não foram muito consumidos por este grupo como salada de re-
polho (61%), pão de centeio (61%), gelatina (65%), água (72%), salada de frutas (91%)
e leite (96%).
 Por outro lado, a maioria das pessoas que consumiram o sorvete de creme desen-
volveram gastroenterite (93%).
Nessa situação, perceba que o sorvete de creme é o único alimento que as pessoas foram
“expostas” e que apresentou valor de p menor que 0,05 no teste estatístico de associação.
Temos, portanto, nosso principal suspeito. Perceba também que, agora, será preciso
comparar quem foi exposto ou não ao fator de risco (sorvete de creme) e que desenvol-
veram a doença (gastroenterite) ou não. Vamos calcular o Risco Relativo (RR)!
6. Para calcular o RR, vamos precisar do pacote epitools , muito útil para cálculo de
medidas de associação e já carregado no início do módulo.
7. Para o cálculo do Risco Relativo vamos utilizar a função riskratio() do pacote
epitools . Essa função possui três argumentos principais:
 x : vetor contendo os números da tabela 2x2;

 method : método para calcular o Risco Relativo. Usaremos o método de Wald;
 rev : ordem das linhas e colunas que serão realizados os cálculos. Usare-
mos “both”.
O argumento conf.level define o nível de confiança das estimativas. Por padrão ele já
é preenchido como 0,95 (95%). Assim, não é necessário inseri-lo na função. Caso queira
alterar, basta definir na função com o valor correspondente.
Vejamos como implementamos o cálculo do RR para o sorvete de creme. Vamos inserir

o vetor com os dados do sorvete de creme na função riskratio() , com os argumentos
citados acima. Vamos salvar o resultado em um objeto chamado resultado_rr .
62
Acompanhe o script abaixo e replique-o em seu RStudio:
# Calculando o risco relativo com a função riskratio() e criando um objeto do

# com o nome resultado_rr_surto
resultado_rr_surto <- riskratio(x = c(43, 11, 3, 18),
method = "wald",
rev = "both")
8. O objeto resultado_rr que retorna da função é um objeto do tipo lista composta

por quatro itens: os dados (data), o cálculo do risco relativo com intervalo de con-
fiança (measure), o p valor (p.value) e correção (correction), ou seja, se houve correção
estatística. Você os estudará de forma detalhada mais a adiante. Agora, escreva os
comandos abaixo em seu RStudio :
# Visualizando os nomes do objeto resultado_rr_surto

resultado_rr_surto
#> $data
#> Outcome
#> Predictor Disease2 Disease1 Total
#> Exposed2 18 3 21
#> Exposed1 11 43 54
#> Total 29 46 75
#>
#> $measure
#> risk ratio with 95% C.I.
#> Predictor estimate lower upper
#> Exposed2 1.000000 NA NA
#> Exposed1 5.574074 1.93834 16.02934
#>
#> $p.value
#> two-sided
#> Predictor midp.exact fisher.exact chi.square
#> Exposed2 NA NA NA
#> Exposed1 2.698215e-07 2.597451e-07 1.813314e-07
#>
#> $correction
#> [1] FALSE
#>
#> attr(,"method")
#> [1] "Unconditional MLE & normal approximation (Wald) CI"
63
Observe que os itens principais, visualizados, são:
- `data`: contém a matriz com os dados utilizados.

- `measure`: matriz com o resultado dos cálculos do risco relativo
com intervalo de confiança.
- `p.value`: matriz com resultados dos valores de p dos testes
estatísticos realizados.
9. Como vamos precisar apenas dos cálculos do Risco Relativo (RR), vamos utilizar so-
mente o segundo elemento da lista, chamado “measure”. Veja no script abaixo como
o acessamos e replique-o em seu computador:
# Selecionando o objeto "measure" da lista resultado_rr_surto

resultado_rr_surto[["measure"]]
#> risk ratio with 95% C.I.

#> Exposed1 5.574074 1.93834 16.02934
Agora podemos interpretá-lo. Considerando os padrões da tabela 2x2, a primeira linha

foi a referência considerada para o cálculo dos expostos.
Assim, uma forte associação entre consumo de sorvete de creme e gastroenterite

foi constatado, pois o valor do RR é maior que 1. Ou seja, pessoas que consumiram
sorvete de creme apresentaram 5,57 vezes o risco de desenvolver gastroenterite,
em comparação a quem não consumiu o sorvete.
Ufa! Conseguimos calcular o RR com sucesso. Agora vamos aprender a calcular o Odds Ratio!!
64
5.2 Odds ratio - OR
Odds ratio (OR) é uma razão que estima quantas vezes é maior (ou menor) a CHANCE
de exposição a um determinado fator no grupo que já manifestou a doença em
relação a um grupo não doente. Ou seja, odds ratio identifica a associação entre a ex-
posição e doença entre pessoas que já desenvolveram a doença.
O termo odds se refere à probabilidade em português, mas alguns autores traduzem

como “chance” e tem como sinônimos “razão de chances”, “razão de produtos cruzados”
ou simplesmente “OR”, quando há a divisão das chances.
Remetendo a tabela 2x2, vamos novamente simular uma situação de exposição a um

fator de risco e manifestação da doença. Observe abaixo como se apresentam as inter-
seções:
 Pessoas que manifestaram a doença e foram expostas ao fator de risco: letra “ a ”;

 Pessoas que não manifestaram a doença e foram expostas ao fator de risco: letra “ b ”;
 Pessoas que manifestaram a doença e não foram expostas ao fator de risco: letra “ c ”;
 Pessoas que não manifestaram a doença e não foram expostas ao fator de risco: letra “ d ”.
Logo, a chance de ter sido exposto dado que manifestou a doença é representada por
a / c e a chance de ter sido exposto dado que não manifestou a doença é representada
por b / d .
Figura 5: Tabela 2x2 para avaliação do Odds Ratio.
Grupo Doente Não doente

Exposto a b
Não exposto c d
Odds a/c b/d
65
A partir da tabela acima, o cálculo da OR, envolvendo as odds, pode ser expresso mate-
maticamente da seguinte forma:
a
a×d
Odds Ratio= c =
b b×c
d
Quando o resultado dos cálculos da OR for igual a 1, indicará a ausência de associação

entre exposição e doença,
Quando a exposição ao fator de investigação aumenta a chance de se apresentar a doen-

ça, a OR será maior que 1, e
Quando a exposição ao fator age negativamente na doença, comportando-se como um

possível fator de proteção, a OR será menor que 1.
Vamos praticar! Considere que enquanto profissional de vigilância, você precisará ava-
liar a situação da coinfecção entre tuberculose e HIV em casos do Estado do Acre!
O adoecimento de tuberculose em pessoas vivendo com HIV (PVHIV) pode ser maior do
que quando comparamos com outras pessoas não infectadas pelo vírus do HIV, princi-
palmente pela influência da imunossupressão tornando esse grupo um dos mais vulne-
ráveis, dentre os casos de tuberculose.
Levando em consideração esta premissa, você deverá analisar se há associação entre as

pessoas com diagnóstico de tuberculose que vivem com HIV e o classificação do encerra-
mento dos casos (desfecho). Para isso, imagine que você exportou o banco de dados de
tuberculose do Sinan Net contendo todos os casos notificados entre anos de 2006 e 2020
no Acre. Este banco foi exportada no formato de arquivo “.dbf ”.
Nesta situação, as pessoas já apresentaram a doença. Afinal, a notificação de casos de

tuberculose se dá a partir da confirmação e não da suspeita. Dessa forma, precisamos
identificar uma associação entre pessoas que manifestaram a tuberculose (doença) e
estiveram ou não expostos ao fator de risco (HIV). Conduziremos os cálculos para com o
apoio da medida de associação odds ratio.
Acompanhe o passo a passo da construção desta análise no script abaixo e replique-o no

seu RStudio :
66
1. Primeiro, iremos importar os dados { base_tb_ac.dbf } que serão analisados para o

ambiente do RStudio . Estes estão no menu lateral “Arquivos”, do módulo. Observe o
script abaixo e replique o código em seu RStudio :
# Importando os dados {`base_tb_ac.dbf`} e armazenando

# no objeto (dataframe) de nome {`base_tb`}
base_tb <- read.dbf(file = 'Dados/base_tb_ac.dbf')
2. Para facilitar nossa análise, selecione apenas as variáveis relacionadas ao objetivo.

Utilize, portanto, a função select() do pacote dplyr para selecionar estas variáveis.
Consultando o dicionário de dados do Sinan Net, serão necessárias para esta análi-
se as variáveis:
 SITUA_ENCE , que corresponde à situação do caso no momento do encerramento do

caso e;
 HIV , que se refere ao resultado da sorologia para o vírus da imunodeficiência adqui-
rida.
Acompanhe o código abaixo, e replique-o em seu RStudio :
# Selecionando apenas as colunas HIV e SITUA_ENCE

base_tb <- base_tb |> select(HIV, SITUA_ENCE)
3. Agora, para comparar os grupos categorize as variáveis selecionadas. No dicionário

de dados da tuberculose, percebe-se que a variável SITUA_ENCE possui 10 catego-
rias codificadas conforme a tabela abaixo. Dessa forma, categorize em 2 grupos
considerando o seguinte:
 Registros de casos codificados como “1” serão categorizados como Desfecho

favorável e;
 Registros de casos codificados como “2”, “3”, “7”, “9” e “10” serão categorizados
como Desfecho desfavorável.
 Registros de casos com as demais evoluções não serão consideradas por não
estarem relacionadas diretamente à tuberculose.
67
Observe na Figura 6 como ficou a categorização da variável SITUA_ENCE em formato de

tabela, a partir das definições pactuadas acima. Observe a transformação do número dos
códigos para as suas respectivas categorias:
Figura 6: Tabela de categorização da variável SITUA_ENCE .
Código Descrição Categorização
1 Cura Desfecho favorável
2 Abandono Desfecho desfavorável
3 Óbito por TB Desfecho desfavorável
4 Óbitos por outras causas -
5 Transferência -
6 Mudança de diagnóstico -
7 TB-DR (multiresistente) Desfecho desfavorável
8 Mudança de esquema -
9 Falência Desfecho desfavorável
10 Abandono primário Desfecho desfavorável
4. Agora, vamos categorizar também a variável HIV , conforme tabela abaixo (Figura 7).
Observe que iremos descartar as variáveis que não revelam o resultado da sorolo-
gia. Pos estamos fazendo uma avaliação dos desfechos que aconteceram logo os
casos em brancos não serão utilizados.
68
Figura 7: Tabela de categorização da variável HIV .
Código Descrição Categorização
1 Positivo Positivo
2 Negativo Negativo
3 Em andamento -
4 Não realizado -
5. Utilizaremos a função case_when() dentro da função mutate() para ambas catego-

rizações.
6. Perceba que, na sequência, também faremos a transformação das variáveis para
fatores com seus respectivos níveis (levels).
Acompanhe com atenção o código abaixo referente ao passos de 1 a 6 e reproduza este

script no seu RStudio :
# Atualizando o objeto base_tb com as alterações que serão feitas

base_tb <- base_tb |>
# Utilizando a função mutate() para criar novas colunas

mutate(
# Transformando os códigos de situação de encerramento nos nomes correspondentes com a função case_when()
SITUA_ENCE = case_when(
SITUA_ENCE == "1" ~ "Favorável",
SITUA_ENCE %in% c("2", "3", "7", "9", "10") ~ "Desfavorável",
),
# Transformando os códigos de resultado de HIV nos nomes correspondentes com a função case_when()
HIV = case_when(HIV == "1" ~ "Positivo",
HIV == "2" ~ "Negativo",
TRUE ~ NA_character_),
# Convertendo as colunas SITUA_ENCE e HIV em variáveis do tipo factor

SITUA_ENCE = factor(SITUA_ENCE, levels = c("Desfavorável",
"Favorável")),
HIV = factor(HIV, levels = c("Positivo", "Negativo"))
)
69
7. Agora, avalie a associação entre as variáveis por meio do teste estatístico qui-qua-
drado numa tabela 2x2:
 Definindo hipótese nula como não associação entre Sorologia de HIV e situação do
encerramento e o nível de significância do teste estatístico em 0,05.
Acompanhe os scripts abaixo e replique-os em seu RStudio
base_tb |>
# Criando uma tabela de resumo do cruzamento de informações sobre

# resultado para HIV e situação de encerramento
tbl_cross(
row = HIV,
col = SITUA_ENCE,
percent = "row",
missing = "no"
) |>
# Adicionado o p-valor com a função add_p()

add_p()
#> FALSE observations with missing data have been removed.
SITUA_ENCE
Desfavorável Favorável Total p-value1
HIV <0.001
Positivo 16 (15%) 92 (85%) 108 (100%)
Negativo 251 (6.0%) 3,907 (94%) 4,158 (100%)
Total 267 (6.3%) 3,999 (94%) 4,266 (100%)

1
Pearson's Chi-squared test
70
Pronto! Terminamos a primeira etapa do estudo de Odds Ratio. Agora vamos lá respon-
der à pergunta: Existe associação entre pessoas com diagnóstico de tuberculose e
vivem com HIV e a situação do caso no encerramento?
Analisando a tabela, é possível notar que na última linha, a porcentagem de desfechos

desfavoráveis é de 6,3% mas, quando a sorologia de HIV é positiva (ou seja, a pessoa foi
exposta ao fator de risco), esse valor vai para 15%. Analisando por outro lado, o desfecho
favorável para tuberculose, que é a Cura, diminui quando a sorologia da pessoa é positiva
para HIV. Constatamos assim, que há diferença entre os grupos avaliados.
Nota-se ainda que o valor de p foi menor que 0,05, evidenciando que a hipótese nula
pode ser rejeitada. Isso significa que há evidência para associação entre desfecho desfa-
vorável para pessoas com tuberculose e quando expostas ao vírus HIV.
8. Seguindo a análise, precisaremos mensurar a magnitude dessa associação. Para o

cálculo da odds ratio vamos utilizar a função oddsratio() do pacote epitools . Essa
função é muito parecida com a função apresentada anteriormente e possui os mes-
mos argumentos principais:
 x : vetor contendo os números da tabela 2x2;

 method : método para calcular a odds ratio. Usaremos o método de Wald;
 rev : ordem das linhas e colunas que serão realizados os cálculos. Usare-
mos “both”.
Vamos inserir o vetor com os dados da tabela 2x2 acima, sem os totais. Vamos salvar o
resultado em um objeto chamado resultado_or_tb .
Replique o script abaixo em seu RStudio :
# Calculando o oddsratio com a função oddsratio()

resultado_or_tb <- oddsratio(x = c(16, 92, 251, 3907),
method = "wald",
rev = "both")
71
9. Agora vamos visualizar os resultados do cálculo da odds ratio:
# Selecionando o objeto "measure" da lista resultado_or_tb

resultado_or_tb[["measure"]]
#> odds ratio with 95% C.I.

#> Exposed1 2.707085 1.568086 4.673409
Considerando os padrões da tabela 2x2, a primeira linha foi a referência considerada

para o cálculo dos expostos. Assim, os cálculos nos levam a concluir que parece haver
uma forte associação entre pessoas com tuberculose vivendo com HIV e desfecho
desfavorável de tuberculose, pois o valor da OR é maior que 1. Ou seja, pessoas que
vivem com HIV apresentaram 2,7 vezes a chance de terem desfechos desfavoráveis de
tuberculose em comparação àqueles que não foram expostos ao vírus.
Próximos cursos
Pronto, chegamos ao final do último módulo deste curso! Agora você já
conhece as principais ações para automatizar suas análises de dados do
dia a dia com o apoio da linguagem de programação R . Quer seguir a
diante no aprendizado? Você encontrará outras etapas para aprofunda-
mento das análises de dados em vigilância em saúde nos outros cursos.
Aproveite e já faça sua inscrição nos cursos abaixo clicando nos links:
 Visualização de dados de interesse para a vigilância em saúde.

 Produção automatizada de relatórios na vigilância em saúde.
 Construção de diagramas de controle na vigilância em saúde.
 Linkage de bases de dados de saúde.
 Análise espacial de dados para a vigilância em saúde.
 Construção de paineis (dashboards) para monitoramento de indica-
dores de saúde.
72

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Curso

Análise de dados para a vigilância

Módulo 5 - Análises básicas de dados

UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA CATARINA

Reitor Irineu Manoel de Souza

CENTRO DE CIÊNCIAS DA SAÚDE

Diretor Fabrício de Souza Neves

DEPARTAMENTO DE SAÚDE PÚBLICA

Chefe do Departamento Rodrigo Otávio Moretti Pires

INSTITUTO TODOS PELA SAÚDE (ITPS)

Diretor presidente Jorge Kalil (Professor titular da Faculdade de Medicina da

ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DE SAÚDE COLETIVA (ABRASCO)

Presidente Rosana Teresa Onocko Campos

Denis de Oliveira Rodrigues

Módulo 5 - Análises básicas de dados

Análise de dados para a vigilância

Dados Internacionais de Catalogação-na-Publicação (CIP)

1. Vigilância em saúde 2. Análise de dados I. Título

Análises básicas de dados para vigilância em saúde...................................................................06

1. Calculando indicadores de saúde com software R...................................................................07

4. Análises de variáveis categóricas........................................................................................................47

Análises básicas de dados para

Ao final deste módulo, você será capaz de:

1. Calculando indicadores de saúde com software R

A análise de situação de saúde é uma atividade essencial para acompanhamento de

Esta é a primeira etapa de um diagnóstico de saúde populacional. Conhecer como um

Usualmente, na Saúde Pública, essas medidas também são chamadas de indicadores e

São exemplos de indicadores mais utilizados na rotina da área da saúde:

 Demográficos: fecundidade, natalidade e expectativa de vida;

 Socioeconômico: escolaridade e acesso ao saneamento;

 Epidemiológicos: morbidade e mortalidade.

Ao definirmos um indicador é importante lembrar que para ser considerado um bom

Os indicadores podem ser expressos de duas maneiras: em valores absolutos ou em

Figura 1: Tabela de diferenças entre indicadores com valores absolutos e relativos

Indicador Descrição Exemplo

Valores Representam uma contagem do número

Valores Realizam o ajuste entre o número de eventos

# carregando os pacotes necessários para o cálculo de indicadores epidemiológicos

Os indicadores de morbidade apoiam o estudo da relação entre o aparecimento de do-

O uso da incidência é muito frequente na vigilância em saúde, pois expressa o número de

Seu cálculo favorece a medição da velocidade da ocorrência de uma doença na popu-

Para esse indicador, a expressão matemática do cálculo da incidência será:

número de casos novos em um determinado período

Nesta subseção destacaremos os cálculos da incidência utilizando o banco de dados

Lembre-se que todos os bancos de dados que serão utilizados neste

1. Primeiro vamos importar o banco de dados { NINDINET.dbf }, disponível no menu

2. Segundo, criaremos o numerador de casos novos: utilizaremos as funções filter()

Acompanhe e pratique os comandos executados no script abaixo:

dados <- read.dbf(file = 'Dados/NINDINET.dbf')

# Criando um novo objeto a partir da tabela {`Dados`}

tabela_inc_hepatite <- dados |>

# Utilizando a função filter() para diversos critérios de filtragem de dados

# Filtrando os agravos de hepatites virais (código "B19")

# Filtrando apenas casos com ano de primeiros sintomas igual a 2012

year(DT_SIN_PRI) == 2012) |>

# Removendo as categorias (levels) ausentes na coluna ID_AGRAVO filtrada pelo

mutate(ID_AGRAVO = droplevels(ID_AGRAVO)) |>

# Agrupando por município de residência

# Contanto o número de casos novos por município de residência