Tunisia kan grovt sett deles i fire naturgeografiske soner; det fjellrike området i nord, det ekstensive steppeplatået i landets sentrale deler, og lenger sør, området med avløpsfrie sumper og saltsjøer. Ytterligere mot sør strekker landet seg inn i ørkenen Sahara.
Den nordlige delen domineres av Atlasfjellene som deles i Tell-Atlas og Saharaatlas av den fruktbare Medjerdadalen, som er landets rikeste jordbruksdistrikt. ligger lengst i nord, og er bygd opp av krystallinske massiver, med kalk- og sandsteinstopper som står steilt i været. Saharaatlas er en fortsettelse av Høye Atlas (Marokko), og er i sin helhet bygd opp av kalk- og sandstein. Høyeste punkt ligger i Jebel Chambi (1544 moh.), nær grensen mot Algerie. Kystlandet i øst er et bakkeland av kalkbergarter fra jura og kritt. Halvøya Cap Bon stikker ut i Middelhavet mot nordøst. Herfra er det kun 140 km over til Sicilia (Italia).
De sentrale deler av landet består av et steppeplatå, som er høyest i vest, med en gjennomsnittshøyde over 500 moh. Den østlige delen ligger mellom 180–500 moh. Sør for steppeplatået ligger et område som går tvers gjennom landet og karakteriseres av avløpsfrie sumper og saltsjøer (chotts), og omfatter bl.a. saltsjøen Chott al- Djerid.
Sørligste del av Tunisia tilhører ørkenen Sahara, som består delvis av sandørken og delvis av steinørken. I Sahara ligger en del oaser basert på kunstige vannkilder.
I Gabèsbukta eller Lille Syrte, ligger øyene Djerba og Kerkenna. Lengste elv er Medjerda, som kommer fra Algeria og munner ut i Middelhavet nord for Tunis, 450 km lang.