Slovakia strekker seg ca. 400 km i øst–vestlig retning, omtrent tilsvarende de for det meste skogkledde ryggene i Karpatene. Fjelltoppen Gerlachovka i Høye Tatrafjellene i nord er med sine 2655 moh. den høyeste i Karpatene. Andre viktige fjellgrupper er Fatra-fjellene og Slovenské rudohorie, 'De slovakiske malmfjellene', i det sentrale Slovakia, Biele Karpaty, 'De hvite Karpatene' og Malé Karpaty, 'De små Karpatene', i vest, Bukovské Vrchy, 'Bøkefjellene', og Vihorlat i øst.
Fjellenes høyde avtar gradvis i sørlig retning. I sørvest og sørøst åpner landskapet seg for den fruktbare Donau–Tisza-sletta. Viktigste elver er, i tillegg til Donau, Váh, Nitra, Hron, Ipel, Hornád, Slaná og Bodrog mot sør og Poprad mot nord. De tallrike elvene har skapt dalfører som gir gunstige forhold for bosetning og kommunikasjon.
Elvene Donau og Ipel utgjør en naturlig grense mot Ungarn i sørvest og sør. Mange mineralvannskilder som benyttes på kurbadbehandling og som drikkevann.