I Kongobekkenet er det eldre, foldede og til dels omvandlede og granittgjennomtrengte bergarter i de høytliggende randområdene. De eldste prekambriske bergartene er krystallinske skifere og granitter. Yngre prekambriske avleiringer er mektige sedimentære lagrekker med morenekonglomerater (tillitter). Også de yngste prekambriske avleiringer inneholder morenekonglomerater. I provinsen Katanga (tidl. Shaba) i det sørlige Kongo, finnes rike kobberforekomster i lag av denne aldersgruppe. I midten av bekkenet ligger yngre, flattliggende avleiringer.
Tilsvarende Karroo-lagene i Sør-Afrika er en lagrekke av alder karbon til jura med morenekonglomerater og kullag i den nedre delen. De aller yngste lagene er sandavleiringer av alder kritt til resent. Forekomst av istidsavleiringer fra tre forskjellige geologiske perioder i et tropisk område, slik som her, er av stor geologisk interesse.
Kongo faller så å si sammen med Kongobekkenet, som har sine laveste områder, ca. 300 moh., nær innsjøen Mai-Ndombe (Leopold 2s sjø). Bekkenet består for en stor del av brede elver, sumpmarker og ekvatoriale regnskoger. Bekkenet er omgitt av høydedrag og fjellkjeder, i vest og nord nesten 1000 m høye, men i øst opptil 5000 moh.
Kongofloden med sine tilførselselver er dermed et av DR Kongos (og Afrikas) mest fremtredenede geografiske fenomen. Størstedelen av bekkenet er dekket av frodig, mer eller mindre ugjennomtrengelig regnskog. Foruten regnskogen i Brasil er dermed regnskogen i DR Kongo viktig for jordens klima og for bevaring av et rikholdig dyre- og plante-liv. Vannføringen i Kongfloden overgås bare av Amazonas.
Fjellandskapet i øst hører til den vestligste delen av Rift Valley. Nær grensen mot Rwanda ligger flere vulkaner, bl.a. den aktive Nyamuragira (3053 moh.). Langs grenseområdet i øst ligger en rekke sjøer (fra nord mot sør): Albertsjøen (tidl. Mobutu Sese Seko-sjøen), Edwardsjøen, Kivusjøen, Tanganyika og Mwerusjøen.
Fra terskelen i vest synker landet ned mot en liten kystslette; ca. 50 km lang. Elven Kongo bryter igjennom denne terskelen i en kløft med mektige stryk. Sammen med bielven Oubangui danner elven grensen mellom de to Kongo-statene og mot Sentralafrikanske republikk.
Les mer om Planteliv i DR Kongo og Dyreliv i DR Kongo.
Klima
DR Kongo har ekvatorialt klima, men store deler av Kongobekkenet er skjermet av den høye platåkanten, og nedbøren er derfor mindre i innlandet enn ved kysten. Det ekvatoriale regnbeltet og landets sentrale beliggenhet på kontinentet påvirker ellers klimaet. Årstemperaturen i lavere områder er 23–25 °C, med liten forskjell på varmeste og kjøligste måned. I nivå ca. 1000 moh. er middeltemperaturen ca. 21–ca. 23 °C og i 1500 moh. er den 18–20 °C.
Områdene i nord har nedbørminimum, men ingen egentlig tørketid, desember–februar. I sør faller det minst regn juni–august, da regnbeltet har sin nordligste posisjon. De aller sørligste områdene har årsnedbør på 800–1200 mm og tørketid mai–september. På grunn av sin geografiske beliggenhet på begge sider av ekvator, innebærer dette at Kongobekkenet, og dermed Kongofloden, får tilførsel av vann gjennom nedbør fra regntid i både sommer- og vinterhalv-året.