Det lavere dyreliv ved Danmarks kyster er betydelig artsfattigere enn ved Norges. Av økonomisk betydning kan nevnes bløtdyrene blåskjell og østers, blant krepsdyrene hummer og strandreke (roskildereken, Palaemon fabricii). Østersen, som i steinalderen var alminnelig i nesten alle danske fjorder og belter og gikk helt inn i Østersjøen til Kielbukta, finnes nå bare i det nordvestlige Kattegat og i Limfjorden; på det siste stedet er leveforholdene så gunstige at det drives østersoppdrett og fiske i stor stil (Limfjordøsters).
Mer enn 170 fiskearter forekommer i danske farvann, av disse er ca. 40 ferskvannsfisk. Bare noen få arter har økonomisk betydning, viktigst er fisket etter sild, torsk, rødspette og ål.
Danmark har 14 amfibiearter (mot 5 i Norge) og 6 krypdyrarter (5 i Norge). Europeisk sumpskilpadde (kjerrskilpadde) fantes i Danmark i steinalderen, men har nå sin nordgrense i Nord-Tyskland.
Mer enn 180 fuglearter hekker årlig i Danmark. Ytterligere ca. 200 arter er observert. Noen av disse er vintergjester, andre raster her under trekket og et betydelig antall er sjeldne gjester (sett 1–10 ganger). Fuglelivet er spesielt rikt på Jyllands vestkyst under vår- og høsttrekket når tusenvis av gjess, ender og vadere raster her. Tipperne ved Ringkøbings Fjord og Blåvandshuk vest for Esbjerg er berømte fuglelokaliteter. Græsholm ved Bornholm har Danmarks eneste lomvi- og alkekoloni. En del fuglearter har minket sterkt i antall i vårt århundre, blant annet stork og store rovfugler.
Danmarks pattedyrfauna omfatter 12 arter flaggermus, 5 insektetere, 2 haredyr (kanin og sørhare), 15 gnagere, 9 landrovdyr og 2 hjortedyr (hjort og rådyr). Steinkobbe, eller fjordsel, og havert forekommer ved kysten. Flere hvalarter påtreffes i danske farvann, men bare nisen er alminnelig. Svartrotta som nå bare finnes i København, innvandret i middelalderen, mens den alminnelige brunrotta innvandret senere, på 1700-tallet. Dådyret ble innført i middelalderen og har ikke levd vilt i Danmark etter istiden. De villsvin som nå holdes i dyreparkene, er også innført, men villsvin fantes viltlevende til ca. år 1800.
Danmarks nåværende fauna har for størstedelen innvandret etter istiden. Sin rikeste utforming nådde dyrelivet i steinalderen (littorina- eller tapestiden). Den store forandringen i arealbruk, først og fremst reduksjon av skogsarealer, har redusert den opprinnelige ville landfaunaen. Særlig gjelder dette arter typiske for nordiske barskogsområder. F.eks. er knokler av bjørn, gaupe, ulv, elg, bever og storfugl funnet på gamle boplasser.
Les mer om Danmarks geografi og Planteliv i Danmark.