Jernej Kopitar (1780–1844) er en slovensk språkforsker. Han er en av grunnleggerne av den vitenskapelige slavistikken, det vil si vitenskapen om slaviske språk.
Kopitar ble født i landsbyen Repnje i Krain. Etter å ha fullført gymnasiet i Ljubljana, dro han til Wien, der han studerte jus og slaviske språk. Fra 1810 virket han som sensor for slaviske og greske bøker i Wiens Hofbibliotek.
Hovedverket til Kopitar er Grammatik der slavischen Sprache in Krain, Kärnthen und Steyermark fra 1809. Dette er den første vitenskapelige slovenske grammatikken, selv om ordet slovensk ikke er nevnt i tittelen.
I 1836 ga han ut det viktige håndskriftet Glagolita Clozianus, skrevet med glagolittisk skrift på språket gammelkirkeslavisk. Gammelkirkeslavisk er det eldste slaviske skriftspråket.
Kopitar hevdet på sviktende grunnlag at gammelkirkeslavisk hadde sitt opphav i det slovenske eller pannonske området i Sentral-Europa, mens det nå er vel etablert at gammelkirkeslavisk stammer fra de sørvestlige områdene av Balkan, ved byen Thessaloniki.
Jernej Kopitar ble i 1842 tildelt den prøyssiske orden Pour le mérite for sin vitenskapelige innsats.