Magisterium er et begrep i alkymi som opprinnelig sto for en metode for omvandling av stoffer, men som med tiden også kom til å bety det middel som hjalp til med å gjennomføre omvandlingen. Det store magisterium betegnet derfor både (den tenkte) omvandlingen av uedle metaller til gull og det middel, de vises sten, som fikk til denne omvandling.
Magisterium er også et begrep i den katolske kirke.