Kontaminasjon er i språkvitenskapen det at to ord blandes sammen fordi de betydningsmessig står hverandre nær. Et eksempel er konstantere, som skyldes sammenblanding av ordene konstatere 'fastslå' og konstant 'stabil, fast, uforanderlig'.
I tekstkritikken innebærer kontaminasjon at et tekstvitne inneholder lesemåter fra to eller flere forelegg.
Ordet brukes også blant annet innen mikrobiologien i betydningen forurensning.