Tsjekkia er et åpent sletteland, omgitt av høye, bratte fjell, Šumava (Böhmerwald) i sørvest, Krušné Hory (Erzgebirge) i nordvest og Krkonoše (Riesengebirge) i nordøst. Bare i sørøst er det lavere åser og hauger som danner vannskille og grense mot Morava.
Det tsjekkiske massiv hører til den hercynske fjellkjedefoldning som skjedde i karbon. Berggrunnen består av grunnfjell og yngre bergarter som gneis, glimmerskifer og fyllitt, dessuten felter av eruptive bergarter, særlig granitt. Fjellkjedefoldningen skjedde samtidig med Alpenes foldning. Senere er fjellene erodert ned, og deretter dekket av marine sedimenter, avsatt i de perioder hav skyllet over kontinentet. Vulkansk aktivitet i tertiær løftet randfjellene opp langs parallelle bruddlinjer, og basaltlag ble liggende langs fjellrøttene. Mineraler som sølv, bly og tinn ble dannet i denne perioden og gav navnet til Krušné Hory, «Malmfjellene». Sørvest fra området ved Praha strekker det seg et belte med svakt foldede, fossilførende sedimenter, som kan dateres til perioden kambrium-devon. Over store strekninger i nord er de eldre bergartene dekket av flattliggende krittlag. Berggrunnen er gjennomsatt av sprekker og forkastninger.
De moraviske fjellområdene (Bílé Karpaty, Javorníky og Beskydy) ved grensen mot Slovakia er en del av Vestkarpatene, tilhører den alpine fjellkjedefoldningen, og er bygd opp av sterkt foldede mesozoiske og tertiære sedimenter. De tsjekkiske grensefjellene når opp i 1200–1600 moh. Landets høyeste fjell er Sněžka i Krkonoše (Riesengebirge) med 1602 moh., men storparten av Čechy (Böhmen) ligger mellom 200–600 moh. Hele landsdelen har avløp til Labe (Elben), som opptar Vltava (Moldau) fra sør og Ohře (Eger) fra vest, bryter gjennom Krušné Hory (Erzgebirge) i en trang kløft nedenfor Děčín (Tetschen) og renner inn i Tyskland og Nordsjøen.
Morava (Mähren) dreneres hovedsakelig av elven Morava og dens bielv Dyje. Morava har avløp til Donau og Svartehavet. Landskapet Slezsko (Schlesien) derimot dreneres av Odra (Oder), som renner gjennom den Mähriske port inn i polsk Śląsk (Schlesien) og Østersjøen.