Pattedyrfaunaen i Kroatia omfatter 76 arter, blant annet villsvin, rådyr, gullsjakal, rev og mange mårdyr. Bjørn, ulv og gemse forekommer i avsidesliggende strøk.
224 av de mer enn 370 fugleartene som er registrert, hekker. Langs adriaterhavskysten forekommer blant annet dvergskarv, sju hegrearter, bronseibis og hvitøyeand. Rovfuglfaunaen omfatter havørn, slangeørn, kongeørn, gåsegribb, åtselgribb og mange falker. Fargerike arter som bieter, isfugl, steintrost, pirol, stillits og svarthodespurv er vanlige.
Kroatia har 34 reptil-, 10 amfibie- og 112 fiskearter.