eISSN 2337-330X eBiomedik.

2021;9(1):77-86
Terakreditasi Nasional: SK Dirjen Penguatan Riset dan Pengembangan DOI: https://doi.org/10.35790/ebm.9.1.2021.31899
KemenRistekdikti RI No. 30/E/KPT/2019 Available from: https://ejournal.unsrat.ac.id/index.php/ebiomedik

Diagnostik Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) dengan Pemeriksaan

Laboratorium Mikrobiologi Klinik

Natasya Y. Damo,1 John P. Porotu’o,2 Glady I. Rambert,2 Fredine E.S Rares2

¹Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi

Manado, Indonesia
2
Bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi Manado, Indonesia
Email: natasyadamo27@gmail.com

Abstract: The world is in fear of the pandemic Coronavirus Disease (COVID-19) which is so
deadly, the World Health Organization (WHO) declared the world a global health emergency.
The number of confirmed cases is still very high until now, even in Indonesia this pandemic is
still not over. The transmission is so fast and wide, plus the current clinical manifestations of
COVID-19 have varied, ranging from asymptomatic to severe. This literature review aims to
determine the Diagnostic of COVID-19 with the most appropriate Clinical Microbiology
Laboratory Examination and to find out the importance of Clinical Microbiology Laboratory
examinations in COVID-19 Diagnostics. The method used is in the form of literature studies
from several scientific sources that are accurate and valid regarding the Diagnostic of COVID-
19 with Clinical Microbiology Laboratory Examination. The results showed that Polymerase
Chain Reaction (PCR) is the gold standard in detecting COVID-19 although there are several
factors that can affect the results of the PCR examination which then cause false negatives /
positives. Conclusion Clinical Microbiology Laboratory Examination is very important and
very helpful. Diagnostic COVID-19 in the Microbiology Laboratory can be done by using
Rapid Diagnostic Test (RDT) Antigen, RDT Antibody, PCR, and Virus Culture. Diagnostic
COVID-19 with the recommended Clinical Microbiology Laboratory Examination and the
gold standard is PCR examination. However, there are also several factors that can affect the
results of the PCR examination.
Keywords: diagnostic, COVID-19, Clinical Microbiology Laboratory

Abstrak: Dunia sedang dalam ketakutan dengan pandemi Coronavirus Disease (COVID-19)
yang begitu mematikan, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menyatakan dunia sebagai
darurat kesehatan global. Jumlah kasus yang terkonfirmasi masih sangat tinggi hingga saat ini,
bahkan di Indonesia pandemi ini masih belum berakhir. Penularannya begitu cepat dan luas,
sertta manifestasi klinis COVID-19 yang bervariasi, mulai dari asimtomatik hingga parah.
Tinjauan pustaka ini bertujuan untuk mengetahui Diagnostik COVID-19 dengan Pemeriksaan
Laboratorium Mikrobiologi Klinik yang paling sesuai dan untuk mengetahui pentingnya
pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi Klinik dalam Diagnostik COVID-19. Metode yang
digunakan berupa studi pustaka dari beberapa sumber ilmiah yang akurat dan valid mengenai
Diagnostik COVID-19 dengan Pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi Klinik. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan gold standard
dalam mendeteksi COVID-19 meskipun terdapat beberapa faktor yang dapat mempengaruhi
hasil pemeriksaan PCR yang kemudian menimbulkan false negatif/positif. Kesimpulan
Pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi Klinik sangat penting dan sangat membantu.
Diagnostik COVID-19 di Laboratorium Mikrobiologi dapat dilakukan dengan menggunakan
Antigen Rapid Diagnostic Test (RDT), Antibodi RDT, PCR, dan Kultur Virus. Diagnostik
COVID-19 dengan Pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi Klinik yang direkomendasikan
dan menjadi gold standard adalah PCR. Namun, ada juga beberapa faktor yang dapat
mempengaruhi hasil pemeriksaan PCR.
Kata Kunci: diagnostik, COVID-19, Laboratorium Mikrobiologi Klinik

77
78 eBiomedik, Volume 9, Nomor 1, Januari-Juni 2021, hlm.77-86

PENDAHULUAN Menimbulkan Wabah dan Upaya

Pandemi coronavirus disease 2019 Penanggulangan. Dalam rangka upaya
(COVID-19) telah menimbulkan kekuatiran penanggulangan dini wabah COVID-19,
secara global. Worid Health Organization Menteri Kesehatan Republik Indonesia
(WHO) telah menyatakannya sebagai telah mengeluarkan Keputusan Menteri
darurat kesehatan global pada 30 Januari Kesehatan Nomor HK.01.07/MENKES/
2020.1,2,3,4,5 Pada 22 Januari 2020, total 571 104/2020 tentang Penetapan Infeksi Novel
kasus virus corona baru 2019 (COVID-19) Coronavirus (Infeksi 2019-nCoV) sebagai
dilaporkan di 25 provinsi (kabupaten dan Jenis Penyakit Yang Dapat Menimbulkan
kota) di China.3,4 China National Health Wabah dan Upaya Penanggulangannya.
Commission melaporkan rincian 17 Penetapan didasari atas pertimbangan
kematian pertama hingga 22 Januari 2020. bahwa Infeksi Novel Coronavirus (Infeksi
Pada 25 Januari 2020, total 1975 kasus 2019-nCoV) telah dinyatakan WHO
dipastikan terinfeksi COVID-19 di daratan sebagai Kedaruratan Kesehatan Masyarakat
China dengan total 56 kematian.3,5 Laporan yang Meresahkan Dunia (KKMMD)/Public
lain pada 24 Januari 2020 memperkirakan Health Emergency of International
insiden kumulatif di Cina menjadi 5502 Concern (PHEIC).9
kasus.3,6 Pada 30 Januari 2020, 7734 kasus Dalam penelitian terbaru, tingkat
telah dikonfirmasi di China dan 90 kasus keparahan beberapa kasus COVID-19
lainnya juga telah dilaporkan dari sejumlah mirip dengan severe acute respiratory
negara termasuk Taiwan, Thailand, syndrome coronavirus (SARS-CoV).
Vietnam, Malaysia, Nepal, Sri Lanka, Mortalitas diperkirakan berkisar 2% - 3%.10
Kamboja, Jepang, Singapura, Republik Mudahnya penyebaran virus ini membuat
Korea, Uni Emirat Arab, Amerika Serikat, masyarakat harus menggunakan masker,
Filipina, India, Australia, Kanada, sarung tangan dan hand sanitizer setiap
Finlandia, Prancis, dan Jerman.3,7 hari sebagai cara untuk mencegah
Selanjutnya, kasus penularan COVID-19 di penyebaran yang mengakibatkan timbulnya
Amerika Serikat pertama dilaporkan pada limbah medis dalam jumlah besar di
30 Januari 2020. Sebuah laporan yang lingkungan. Jutaan orang telah diisolasi
diterbitkan di Nature mengungkapkan untuk mengurangi penularan virus.
bahwa otoritas kesehatan Tiongkok Pandemi ini juga telah mengubah gaya
menyimpulkan bahwa pada 7 Februari hidup masyarakat; menyebabkan hilangnya
2019, ada 31.161 orang yang tertular pekerjaan dan mengancam kelangsungan
infeksi di Tiongkok, dan lebih dari 630 hidup jutaan orang, karena bisnis ditutup
orang telah meninggal.3 untuk mengendalikan penyebaran virus. Di
Secara global, pada 24 September seluruh dunia, penerbangan telah dibatal-
2020, ada 31.664.104 kasus COVID-19 kan dan sistem transportasi telah ditutup.
yang dikonfirmasi, termasuk 972.221 Secara keseluruhan, kegiatan ekonomi telah
kematian dilaporkan WHO.8 Di Indonesia dihentikan dan pasar saham turun.1
sendiri sesuai dengan data WHO tertanggal Ketersediaan pengujian secara luas, akurat
24 September 2020 ada 257.388 kasus dan cepat sangat berharga dalam
konfirmasi, 55.792 kasus aktif, 100.000 mengungkap dinamika kompleks yang ada
kasus suspek dan 9.977 kasus meninggal.8 dalam SARS-CoV-2.11 Untuk tujuan ini,
Indonesia memiliki Undang-Undang laboratorium, universitas, dan perusahaan
Nomor 4 Tahun 1984 tentang Wabah di seluruh dunia telah berlomba-lomba
Penyakit Menular, Peraturan Pemerintah untuk mengembangkan dan memproduksi
Nomor 40 Tahun 1991 tentang alat tes yang sangat dibutuhkan.11
Penangulangan Wabah Penyakit Menular, Salah satu dari banyak tantangan untuk
dan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor mencegah penyebaran COVID-19 adalah
1501/Menkes/Per/X/2010 tentang Jenis kemampuan untuk mengidentifikasi kasus
Penyakit Menular Tertentu Yang Dapat asimtomatik yang mengakibatkan
 Damo, Porotu’o, Rambert, Rares: Diagnostik coronavirus disease 2019…79

penyebaran virus ke kontak dekat. METODE PENELITIAN

Berdasarkan sebuah studi tentang Penelitian ini adalah penelitian yang
penumpang di kapal Diamond Princess berbentuk literature review yang dilakukan
Cruise, jumlah aktual individu yang dengan cara identifikasi, evaluasi dan
terinfeksi SARS-CoV-2 mungkin jauh interpretasi terhadap semua hasil penelitian
lebih tinggi daripada yang diperkirakan saat tertentu, topik tertentu atau fenomena yang
ini berdasarkan hasil tes positif. Memiliki menjadi perhatian. Literature Review
prosedur pengujian yang akurat, mudah dan adalah metode penelitian yang merangkum
cepat dapat membantu menghilangkan hasil-hasil penelitian primer untuk
penyebaran COVID-19 oleh orang dengan menyajikan fakta yang lebih komprehensif
kasus asimtomatik. Untuk menghindari dan berimbang. Proses penelusuran
karantina yang tidak perlu pada individu literatur dilakukan pada beberapa database
negatif dan penyebaran infeksi oleh baik nasional maupun internasional seperti
individu positif. Diagnosis dini Elsevier, PubMed, ProQuest dan
memungkinkan dokter untuk memberikan ScienceDirect, serta jurnal-jurnal nasional
intervensi segera bagi pasien yang berisiko dengan kombinasi kata kunci sebagai
lebih tinggi, agar tidak berkembang berikut yaitu, diagnostic AND Coronavirus
komplikasi yang lebih serius dari COVID- disease 2019 (COVID-19) AND Clinical
19.11 Sampai saat ini, situasi COVID-19 di Microbiology Laboratory
tingkat global maupun nasional masih
dalam risiko sangat tinggi. Selama HASIL PENELITIAN
pengembangan vaksin masih dalam proses, Setelah melalui tahap seleksi studi,
dunia dihadapkan pada kenyataan untuk didapatkan 22 literatur yang memenuhi
mempersiapkan diri hidup berdampingan kriteria inklusi dan eksklusi.
dengan COVID-19.9 Population/Problem dalam dua puluh dua
Jawaban terhadap terus berkembang- literatur tersebut adalah Coronavirus
nya pandemi dan kurangnya kapasitas serta Disease (COVID-19). Dengan outcomes
reagen untuk tes laboratorium molekuler yang sama yakni Clinial Microbiology
COVID-19, berbagai produsen tes Laboratory Testing for COVID-19.
diagnostik telah mengembangkan dan
menjual berbagai alat tes cepat yang mudah BAHASAN
digunakan untuk memfasilitasi pelaksanaan Berdasarkan hasil penelitian dari
tes di luar laboratorium. Jenis-jenis tes literatur-literatur yang direview, menunjuk-
sederhana ini didasarkan pada deteksi kan bahwa penegakkan diagnostik COVID-
protein virus COVID-19 pada sampel dari 19 dalam pemeriksaan laboratorium
saluran pernapasan (seperti sputum dan mikrobiologi klinik adalah dengan
apusan tenggorokan) atau deteksi antibodi Polymerase Chain Reaction (PCR).
di dalam darah atau serum manusia yang Penelitian Smithgall et al tahun 2020 di
dihasilkan sebagai respons terhadap infeksi. kota New York menunjukkan bahwa
Oleh karena itu, menjadi sangat penting pemeriksaan molekuler yang sering
untuk dapat mengetahui diagnostik klinik digunakan adalah RT-PCR yang mana
maupun diagnostik laboratorium COVID- teknik ini sering dilakukan di laboratorium
19 yang tepat. Berdasarkan latar belakang mikrobiologi untuk mendeteksi RNA yang
tersebut, peneliti tertarik untuk melakukan spesifik terhadap virus patogen di saluran
penelitian literature review untuk mem- napas.12 Sejalan dengan penelitian Uhteg K
bahas dan menelaah berbagai informasi et al tahun 2020 memaparkan bahwa salah
ilmiah mengenai diagnostik COVID–19 satu acuan utama dalam pemeriksaan
dengan pemeriksaan laboratorium mikro- SARS-CoV-2 dengan signifikan meng-
biologi klinik. gantikan metode tradisional dan membantu
dalam hal tracing epidemiologi untuk
penanganan wabah itu sendiri.13
80 eBiomedik, Volume 9, Nomor 1, Januari-Juni 2021, hlm.77-86

Tabel 1. Hasil penelusuran literatur dengan kombinasi kata kunci: diagnostic AND
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) AND Clinical Microbiology Laboratory

No Judul Peneliti Tahun Hasil

1 Laboratory Testing of Smithgall MC, 2020 Pengujian sangat penting untuk memahami dan
Severe Acute Whittier S, mengelola pandemi SARS-CoV-2. Meskipun tes
Respiratory Virus Fernandes H molekuler dan serologis memberikan data yang berarti
Coronavirus 2 untuk pengobatan pasien SARS-CoV-2, setiap metode
memiliki kegunaan klinis yang berbeda.
2 Coronavirus Detection Uhteg K, 2020 Wabah virus yang cepat, menghadirkan tantangan besar
in the Clinical Carroll KC, bagi laboratorium klinis yang dengan segera perlu untuk
Microbiology Mostafa HH melakukan tes dengan sensitivitas dan spesifisitas tinggi,
Laboratory Are We mendiagnosis serta mengendalikan infeksi. Metode
Ready For Identifying molekuler telah menggantikan metode tradisional dan
and Diagnosing a membantu laboratorium dalam pengawasan epidemiologi
Novel Virus? terhadap wabah.
3 Laboratory Diagnosis Tang YW, 2020 Wabah COVID-19 yang belum pernah terjadi sebelumnya
of COVID-19: Current Schmitz JE, di dunia menyoroti pentingnya diagnosis laboratorium
Issues and Challenges Persing DH, virus corona manusia untuk membatasi penyebarannya
Stratton CW dan dengan tepat merawat pasien yang terinfeksi parah.
4 Low performance Scohy A, 2020 Viral load yang lebih tinggi dikaitkan dengan tingkat
of rapid antigen Anantharajah A, deteksi antigen yang lebih baik. Sayangnya, sensitivitas
detection test as Bodéus M, keseluruhan dari COVID-19 AgRespi-Strip buruk,
frontline testing for Kabamba- sehingga tidak dapat digunakan sendiri sebagai frontline
COVID-19 diagnosis Mukadi B, testing untuk diagnosis COVID-19.
Verroken A,
Rodriguez-
Villalobos H
5 Real-time RT-PCR in Tahamtan A, 2020 Hasil tes real time RT-PCR harus iinterpretasikan dengan
COVID-19 detection: Ardebili A hati-hati. Dalam kasus hasil real-time RT-PCR negatif
issues affecting the dengan dicurigai adanya gejala klinis COVID-19.
results
6 Rapid establishment of Konrad R, 2020 Tes SARS-CoV-2 dari Corman et al. ini dapat digunakan
laboratory diagnostics Eberle U, dengan sistem SuperScript, tetapi perlu pengoptimalan
for the novel corona- Dangel A, lebih lanjut dari uji gen E, terutama untuk meningkatkan
virus SARS-CoV-2 in Treis B, sensitivitas.
Bavaria, Germany, Berger A,
February 2020 Bengs K, et al
7 How many are we Thwe PM, 2020 Secara retrospektif menganalisis hasil komparatif dari
missing with ID NOW Ren P 182 swab nasofaring dengan metode real time RT-PCR.
COVID-19 assay Sementara kesepakatan keseluruhan adalah 96.2%,
using direct naso- ditemukan bahwa di antara 15 sampel yang positif dengan
pharyngeal swabs RT-PCR, 7 tidak ditemukan dengan ID NOW, dan tingkat
negatif palsu adalah 47%.
8 Laboratory testing for Lai CKC, 2020 Diagnosis COVID-19 sangat penting untuk manajemen
the diagnosis of Lam W klinis infeksi SARS-CoV-2 dan untuk menghadapi
COVID-19 pandemi yang sedang berlangsung. Standar emas saat ini
untuk mendeteksi COVID-19 melalui NAAT. Pengguna
antigen, tes antibodi, dan POCT harus menyadari
keterbatasannya. Ada kebutuhan mendesak akan teknologi
diagnostik baru dengan persyaratan waktu penyelesaian
yang cepat, dan kinerja yang baik untuk membantu
mengendalikan pandemi atau dari mitigasi epidemi hingga
kemajuan baru sebelum ketersediaan dan peluncuran
vaksin yang efektif.
 Damo, Porotu’o, Rambert, Rares: Diagnostik coronavirus disease 2019…81

9 Implementation and Williams E, 2020 Dibandingkan dengan gold standard lab rujukan, uji
evaluation of a novel Bond K, sensitivitas terhadap SARS-CoV2 adalah 100%,
real-time multiplex Chong B, spesifisitas 99.8%, nilai prediksi positif 98.1%, dan nilai
assay for SARS-CoV- Giltrap D, prediksi negatif 100%.
2: in-field learnings Eaton M,
from a clinical micro- Kyriakou P,
biology laboratory et al
10 Swabbing Thoroughly Chirumbolo S 2020 Beberapa pertanyaan dasar tentang pengujian RT-qPCR
People for COVID-19 harus diperdebatkan lebih lanjut. 1.) Bias pra-analisis
Positivity. Insights on sering terjadi. Praktik laboratorium yang baik dihentikan
the Main Bio- karena proses yang tergesa-gesa, pencemaran lingkungan
analytical and terutama disebabkan oleh knalpot mesin, tetapi juga
Microbiology Bias and reagen kimia yang digunakan dalam pengujian, performa
Concerns yang tidak terlalu lengkap dan mini-lab portabel dengan
jaminan yang buruk. 2.) Prosedur yang buruk akan sangat
mempengaruhi kinerja analitik tes RT-qPCR, terutama
bila dilakukan pada subjek tanpa gejala
11 Comparison of Iglói Z, 2020 Di sini, kami memberikan perbandingan langsung dari
commercial realtime Leven M, karakteristik kinerja utama kit RT-PCR komersial untuk
reverse transcription Abdel-arem mendeteksi SARS-CoV-2. Hanya satu uji silang yang
PCR assays for the Abou-Nouar Z, bereaksi dengan virus corona manusia lainnya (yakni
detection of SARS- Weller B, MERS) sedangkan uji lainnya tidak terjadi reksi silang.
CoV-2 Matheeussen V,
Coppens J, et al
12 Laboratory Mancini F, 2020 Pemurnian/purifikasi RNA adalah standar emas untuk
management for Barbanti F, mendeteksi SARS-CoV-2 dalam sampel swab, tetapi
SARS-CoV-2 Scaturro M, tergantung pada ketersediaan reagen kimia. Dalam studi
detection: a user- Errico G, ini, kami mengevaluasi RNA tanpa ekstraksi sebagai
friendly combination Iacobino A, pilihan untuk purifikasi asam nukleat.
of the heat treatment Bella A, et al
approach and rt-Real-
time PCR testing
13 Judul : To KKW, 2020 Deteksi antibodi dianjurkan untuk memastikan infeksi
False-positive SARS- Chua GT, SARS-CoV-2 sebelumnya pada pasien yang IgG positif
CoV-2 serology in 3 Kwok KL, tetapi hasil PCR negatif.
children with Wong JS,
Kawasaki disease Au DCY,
Lam YY, et al
14 Diagnostic testing for Boodman C, 2020 Sensitivitas pengujian bergantung pada waktu
SARS-CoV-2 Lagacé-Wiens P, pengambilan sampel, bervariasi menurut jenis spesimen
Bullard J dan tingkat keparahan penyakit, tes positif tidak selalu
berarti ada infectivity.
15 Rate of re-positive Habibzadeh P, 2020 Di antara 13 pasien, ada 9 tes RT-PCR positif, median
RT-PCR test among Sajadi MM, gejala pasien ini benar-benar hilang selama 18 hari, dan
patients recovered Emami A, 70% di antaranya memiliki angka positif yang sangat
from COVID-19 Karimi MH, tinggi. Mengingat sensitivitas RT-PCR yang rendah untuk
Yadollahie M, mendeteksi COVID-19 dalam sampel nasofaring (tingkat
Kucheki M, negatif palsu yang tinggi).
et al
16 Diagnostic strategies Caruana G, 2020 RT-PCR masih menjadi metode referensi untuk
for SARS-CoV-2 Croxatto A, mendiagnosis infeksi SARS-CoV-2. Di sisi lain, meskipun
infection and inter- Coste AT, sensitivitasnya bervariasi sesuai dengan waktu infeksi,
pretation of micro- Opota O, serologi merupakan aset yang valid (a) untuk mencoba
biological results Lamoth F, menyelesaikan kemungkinan perbedaan antara presentasi
Jaton K, et al klinis dan radiologis yang sangat sugestif dan RT-PCR
negatif, (b) untuk mengatasi perbedaan antara uji PCR
yang berbeda dan (c) untuk tujuan epidemiologis.
82 eBiomedik, Volume 9, Nomor 1, Januari-Juni 2021, hlm. 77-86

17 Preparedness of Matheeussen V, 2020 Hambatan implementasi utama pengenalan uji molekuler

European diagnostic Loens K, SARS-CoV-2 di laboratorium diagnostic Eropa adalah
microbiology labs for Lammens C, ketersediaan kontrol positif dan spesifisitas panel.
detection of SARS- Vilken T,
CoV-2, March 2020 Koopmans M,
Goossens H,
18 Laboratory diagnosis Sidiq Z, 2020 Deteksi molekuler berdasarkan real-time RT-PCR masih
of novel corona virus Hanif M, menjadi pilihan pertama untuk diagnosis SARS-CoV-2,
(2019-nCoV)-present Dwivedi KK, dan deteksi serologis diperkenalkan sebagai alat
and the future Chopra KK tambahan. Terakhir, ada kebutuhan mendesak untuk
meningkatkan kemampuan diagnostik dengan memper-
kenalkan tes perawatan lapangan yang andal dan akurat,
yang akan membantu mengendalikan wabah ini secara
efektif.
19 Detection and Alteri C, 2020 Ini memberikan hasil awal, membuktikan bahwa ddPCR
quantification of Cento V, adalah alat diagnostik molekuler menjanjikan untuk
SARS-CoV-2 by Antonello M, mendeteksi SARS-CoV-2 RNA tingkat rendah. Ini
droplet digital PCR in Colagrossi L, memiliki semua fitur utama dan dapat digunakan untuk
real-time PCR negative Merli M, meningkatkan dan mempercepat diagnosis COVID-19
nasopharyngeal Ughi N, et al dalam sampel klinis. Karena penggunaannya dapat
swabs from suspected diprediksi dalam praktik klinis rutin, konfirmasi lebih
COVID-19 patients lanjut diperlukan untuk lebih memastikan sensitivitas,
spesifisitas, dan keandalannya.
20 Sensitivity evaluation Zhou Y, 2020 Munculnya deteksi sampel campuran menantang
of 2019 novel Pei F, sensitivitas detektor asam nukleat. Kami berspekulasi
coronavirus (SARS- Ji M, bahwa menggunakan kit sensitivitas tinggi, pengujian
CoV-2) RT-PCR Wang L, sampel campuran hanya cocok untuk populasi berisiko
detection kits and Zhao H, rendah. Tes antibodi dan asam nukleat harus saling
strategy to reduce false Li H, et al melengkapi untuk meningkatkan diagnosis, terutama
negative menyaring pasien asimtomatik dengan lebih baik dan
mengurangi negatif palsu dari pasien pra-morbid dengan
latensi virus rendah.
21 A Novel Multiplex Petrillo S, 2020 Kami menemukan bahwa deteksi multipleks qRT-PCR
qRT-PCR Assay to Carrà G, dapat secara efektif mendeteksi infeksi SARS-Cov-2 pada
Detect SARS-CoV-2 Bottino P, spesimen manusia dengan sensitivitas 100%.
Infection: High Zanotto E,
Sensitivity and De Santis MC,
Increased Testing Margaria JP,
Capacity et al
22 The Microbiology of Zafar H 2020 SARS-CoV-2 termasuk dalam beta coronavirus.
Coronaviruses Viabilitas virus pada permukaan yang berbeda berkisar
antara 3 hingga 72 jam. PCR adalah tes pilihan. Jika tidak
ada obat dan vaksin antivirus, penerapan tindakan
pencegahan membantu memerangi hasil spesifik yang
mengancam jiwa.

Penelitian Tang YW et al tahun 2020 pada definitif dalam hal mendeteksi virus
tahap analitik untuk pemeriksaan SARS- termasuk SARS-CoV-2 yang merupakan
CoV-2, metode yang menjadi pilihan utama penyebab COVID-19.15 Penelitian Lai
adalah metode molekular dengan real time CKC dan Lam W tahun 2020 memaparkan
reverse transcription (RT-PCR).14 bahwa standar emas saat ini untuk
Penelitian Tahamtan A et al tahun 2020 mendeteksi COVID-19 aktif tetap deteksi
mendapatkan bahwa pemeriksaan dengan virus oleh nucleic acid amplification test
metode real time RT-PCR saat ini diakui (NAAT) dalam spesimen pernapasan.16
sebagai “gold standard” atau pemeriksaan Penelitian Chirumbolo S tahun 2020
 Damo, Porotu’o, Rambert, Rares: Diagnostik coronavirus disease 2019…83

standar emas yang diakui saat ini adalah dikarenakan sensitivitas dan spesifisitas
purifikasi RNA untuk kasus COVID-19.17 yang tinggi dari pemeriksaan PCR, sejalan
Penelitian Mancini F et al tahun 2020 dengan penelitian Uhteg K et al tahun 2020
menjelaskan bahwa purification / metode deteksi asam nukleat lebih spesifik
pemurnian / purifikasi RNA standar emas dalam penegakkan diagnosis dibandingkan
untuk deteksi SARS-CoV-2.18 Penelitian metode tradisional termasuk kultur sel.13
Boodman C et al tahun 2020 mendapati Penelitian Tang YW et al tahun 2020
bahwa pengujian untuk SARSCoV-2 mendapatkan PCR menjadi pilihan utama
bergantung pada reaksi berantai polimerase karena memiliki keunggulan dalam
transkripsi terbalik (RT-PCR).19 Penelitian pemeriksaan amplifikasi dan analisisnya.14
Habibzadeh P et al tahun 2020 menjelaskan Penelitian Tahamtan A et al tahun 2020
bahwa uji RT-PCR adalah uji laboratorium pemeriksaan ini mengungguli pemeriksaan
terpenting yang saat ini kami andalkan lainnya karena memiliki sensitivitas dan
untuk diagnosis penyakit Coronavirus 2019 spesifisitas yang tinggi.15 Penelitian Iglói Z
(COVID-19).20 Penelitian Caruana G et al et al tahun 2020 menunjukan bahwa semua
tahun 2020 metode nucleic acid kit RT-PCR yang disertakan dalam
amplification tests (NAATs) tetap menjadi penelitian ini menunjukan efisiensi PCR
standard diagnosis COVID-19 karena 90%, sementara sebagian besar tes
memiliki sensitivitas yang tinggi pada menunjukkan sensitivitas yang baik untuk
tahap awal penyakit.21 Penelitian Sidiq Z et setidaknya satu dari target yang
al tahun 2020 pemeriksaan secara dimasukkan.27 Sejalan dengan itu penelitian
molekuler yang bisa lebih diandalkan Sidiq Z et al tahun 2020 bahwa metode ini
dalam mendiagnosis COVID-19 yakni memiliki keuntungan yaitu dapat
dengan real time RT-PCR.22 Penelitian menganalisis dan amplifikasi sampel dalam
Alteri C et al tahun 2020 mendapatkan sistem yang tertutup secara bersamaan
bahwa metode molecular dengan RT-PCR sehingga menurunkan angka positif palsu
merupakan pemeriksaan yang paling yang dapat timbul karena kontaminasi dari
dianjurkan untuk mendeteksi SARS-CoV- amplifikasi.22 Penelitian Petrillo S et al
2.23 Penelitian Zhou Y et al tahun 2020 tahun 2020 memaparkan bahwa
pemeriksaan dengan RT-PCR masih pemeriksaan ini sering digunakan karena
dianggap merupakan standar baku deteksi sensitivitas yang tinggi.25
virus secara molekuler.24 Penelitian Petrillo Di sisi lain, dalam beberapa literatur-
S et al tahun 2020 menjeleskan bahwa literatur yang direview menyebutkan
Quantitative real-time reverse bahwa negatif palsu ataupun positif palsu
transcription-polymerase chain reaction pada pemeriksaan PCR dapat terjadi,
(qRT-PCR) merupakan metode dikarenakan oleh beberapa faktor, sejalan
pemeriksaaan laboratorium yang paling dengan penelitian Tahamtan A et al tahun
banyak digunakan diseluruh dunia dalam 2020 mendapatkan bahwa pemeriksaan
rangka untuk mendeteksi SARS-CoV-2.25 dengan metode PCR dapat menimbulkan
Hal ini juga sejalan dengan penelitian Zafar hasil positif palsu dan negatif palsu.
H tahun 2020 diantara beberapa Banyak kasus yang dilaporkan sebagai
pemeriksaan yang ada untuk diagnostik, suspek COVID-19 dengan gejala klinis
pemeriksaan secara molekuler yaitu teknik yang khas dan CT-Scan yang spesifik tapi
polymerase chain reaction (PCR) yang tidak didiagnosis sebagai COVID-19.
paling banyak digunakan dan bisa Beberapa faktor berpengaruh terhadap
diandalkan.26 tidak konsistennya hasil real time RT-PCR,
Sesuai dengan penelitian literatur- pengambilan spesimen dari tempat yang
literatur yang direview, pemeriksaan PCR salah dan waktu yang tidak tepat juga
direkomendasikan dan dijadikan sebagai berpengaruh terhadap hasil negatif palsu
“gold standard” dalam mendiagnostik pada pemeriksaan ini. Begitu juga dengan
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) cara pengambilan sampel dan transportasi
84 eBiomedik, Volume 9, Nomor 1, Januari-Juni 2021, hlm. 77-86

sampai ke laboratorium juga cara utama terjadinya bias dalam pemeriksaan

pengerjaan spesimen dalam laboratorium RT-PCR ini.23 Penelitian Petrillo S et al
yang memiliki teknik dan cara tertentu tahun 2020 menjelaskan bahwa meskipun
dapat menentukan hasil akhir dari tes. pemeriksaan ini sering digunakan karena
Menjalankan standar laboratorium sesuai sensitivitas yang tinggi, namun hasil
protokol dan keselamatan, pengambilan negatif palsu juga banyak timbul terutama
spesimen bukan hanya di satu bagian tubuh pada pasien dengan tingkat virulensi yang
namun lebih dari satu, tidak hanya pada rendah.25 Penelitian Zafar H tahun 2020
saluran napas atas tapi juga saluran napas mendapati bahwa meskipun demikian
bawah. Sedangkan untuk menghindari dalam pemeriksaan PCR dapat terjadi hasil
terjadinya positif palsu, yang sering yang meragukan karena adanya
berhubungan dengan kontaminasi sampel kemungkinan positif palsu dan negatif
spesimen maka laboratorium tetap palsu. Sehingga perlu dilakukan tes
menjalankan standar protokol tes sesuai sebanyak minimal 2x yang berjarak 1
dengan alur pemeriksaan yang ada. Proses minggu untuk pemeriksaan molekular
pemeriksaan spesimen yang sesuai berupa PCR maupun pemeriksaan
prosedur, standard laboratorium yang baik, serologis. Penyimpanan spesimen juga
kualitas kit real time RT-PCR dapat berpengaruh terhadap hasil dari
mempengaruhi dan menurunkan ketidak- pemeriksaan, dimana spesimen harus
akuratan yang dapat ditimbulkan.15 disimpan dalam suhu beku -70 ℃ atau lebih
Penelitian Lai CKC dan Lam W et al tahun untuk menjaga viabilitas dari isolasi
2020 kinerja RT-PCR berdasarkan waktu virus.26
sejak onset gejala atau paparan, perkiraan
tingkat hasil negatif palsu adalah 100% SIMPULAN
pada hari paparan, 38% pada hari ke 5 Diagnostik Covid-19 di Laboratorium
(estimated as the first day of symptoms / Mikrobiologi dapat dilakukan dengan RDT
perkiraan sebagai gejala hari pertama), Antigen, RDT Antibodi, PCR, dan Kultur.
20% pada hari ke-8, dan 66% pada hari ke- Diagnostik Coronavirus Disease (COVID-
21.16 Penelitian Chirumbolo S tahun 2020 19) dengan Pemeriksaan Laboratorium
menjelaskan dari subjek asimtomatik, Mikrobiologi Klinik yang
menunjukkan tingkat kegagalan yang jelas direkomendasikan dan menjadi gold
tinggi, karena banyak terkait bias dan standar ialah Pemeriksaan PCR
kesalahan analitis.17 Penelitian Habibzadeh (Polymerase Chain Reaction). Namun ada
P et al tahun 2020 mengingat sensitivitas juga beberapa faktor yang dapat
rendah (tingkat negatif palsu yang tinggi) mempengaruhi hasil pemeriksaan PCR dan
dari tes RT-PCR untuk diagnosis COVID- menyebabkan negatif palsu maupun positif
19 dalam sampel nasofaring.20 Penelitian palsu terhadap hasil. Pemeriksaan
Caruana G et al tahun 2020 mendapati Laboratorium Mikrobiologi Klinik sangat
bahwa hasil negatif palsu dapat terjadi penting dalam mendiagnostik COVID-19
karena beberapa faktor seperti tidak karena sangat membantu dalam berbagai
adekuatnya sampel yang diambil melalui aspek.
hidung, tingkat virulensi yang rendah,
waktu pengambilan sampel, tipe spesimen Konflik Kepentingan
(NP swab, OP swab, feses, sputum), dan Penulis menyatakan tidak terdapat
transportasi (suhu, container).21 Penelitian konflik kepentingan dalam studi ini.
Alteri C et al tahun 2020 tetapi
pemeriksaan ini belum optimal dalam DAFTAR PUSTAKA
deteksi virus penyebab COVID-19 karena 1. Saadat S, Rawtani D, Hussain CM.
adanya angka negatif palsu yang cukup Environmental perspective of
tinggi yaitu 20-30% dengan tingkat COVID-19. Science of the Total
virulensi rendah merupakan penyebab Environment. 2020;728:1-2
 Damo, Porotu’o, Rambert, Rares: Diagnostik coronavirus disease 2019…85

2. Park C, Lee J, Hassan ZU, Ku KB, Kim 11. Carter LJ, Garner L V., Smoot JW, Li
SJ, Kim HG, et al. Robust and Y, Zhou Q, Saveson CJ, et al.
sensitive detection of SARS-CoV- Assay Techniques and Test
2 using PCR based methods. Development for COVID-19
bioRxiv. 2020:7. Diagnosis. ACS Central Science.
doi: https://doi.org/10.1101/2020.0 2020;6(5):591
7.03.186304 12. Smithgall MC, Whittier S, Fernandes H.
3. Rothan HA, Byrareddy SN. The Laboratory Testing of Severe
epidemiology and pathogenesis of Acute Respiratory Virus
coronavirus disease (COVID-19) Coronavirus 2. Advances in
outbreak. Journal of Molecular Pathology. 2020;3:14.
Autoimmunity. 2020;109:1-3 Available from: https://doi.org/
4. Lu H. Drug treatment options for the 10.1016/j.yamp.2020.07.002
2019-new coronavirus (2019- 13. Uhteg K, Carroll KC, Mostafa HH.
nCoV). Bioscience Trends. Coronavirus Detection in the
2020;14(1):69-71 Clinical Microbiology Laboratory:
5. Wang W, Tang J, Wei F. Updated Are We Ready for Identifying and
understanding of the outbreak of Diagnosing a Novel Virus? Clin
2019 novel coronavirus (2019- Lab Med. 2020; 40(4):469,462-
nCoV) in Wuhan, China. Journal 463
of Medical Virology. 2020; 14. Tang YW, Schmitz JE, Persing DH,
92:441-2 Stratton CW. Laboratory diagnosis
6. Nishiura H, Jung S, Linton NM, of COVID-19: Current issues and
Kinoshita R, Yang Y, Hayashi K, challenges. Journal of Clinical
et al. The Extent of Transmission Microbiology. 2020; 58(6):1,4
of Novel Coronavirus in Wuhan, 15. Tahamtan A, Ardebili A. Real-time RT-
China, 2020. Journal of Clinical PCR in COVID-19 detection:
Medicine. 2020; 9:1 issues affecting the results. Expert
7. Bassetti M, Vena A, Giacobbe DR. The Review of Molecular Diagnostics.
novel Chinese coronavirus (2019- 2020; 20(5):1-2
nCoV) infections: Challenges for 16. Lai CKC, Lam W. Laboratory testing
fighting the storm. European for the diagnosis of COVID-19.
Journal of Clinical Investigation. Biochemical and Biophysical
2020;50(3):1 Research Communications. 2020;
8. WHO. COVID-19-global-data. Available 538: 227-228.
from: https://covid19.who.int/ 17. Chirumbolo S. Swabbing Thoroughly
WHO-COVID-19-global-table- People for COVID-19 Positivity.
data.csv Insights on the Main Bio-
9. Kesehatan Kesehatan RI. Pedoman analytical and Microbiology Bias
Pencegahan dan Pengendalian and Concerns. Curr Microbiol.
Coronavirus Disease (COVID-19). 2020; 77(11): 3680-3684
Kementerian Kesehatan. 2020. 18. Mancini F, Barbanti F, Scaturro M,
Available from: https://covid19. Errico G, Iacobino A, Bella A, et
go.id/storage/app/media/Protokol/ al. Laboratory management for
2020/Juli/REV-05_Pedoman_P2_ SARS-CoV-2 detection: a user-
COVID-19_13_Juli_2020.pdf friendly combination of the heat
10. Singhal T. A Review of Coronavirus treatment approach and rt-Real-
Disease-2019 (COVID-19). The time PCR testing. Emerging
Indian Journal of Pediatri. Microbes and Infections. 2020;
2020;87(4):283 9(1):1393
86 eBiomedik, Volume 9, Nomor 1, Januari-Juni 2021, hlm. 77-86

19. Boodman C, Lagacé-Wiens P, Bullard nasopharyngeal swabs from

J. Diagnostic testing for SARS- suspected COVID-19 patients.
CoV-2. CMAJ. 2020; 192(26): PLoS One. 2020;15(9):8,2-7
E713 24. Zhou Y, Pei F, Ji M, Wang L, Zhao H,
20. Habibzadeh P, Sajadi MM, Emami A, Li H, et al. Sensitivity evaluation
Karimi MH, Yadollahie M, of 2019 novel coronavirus (SARS-
Kucheki M, et al. Rate of re- CoV-2) RT-PCR detection kits
positive RT-PCR test among and strategy to reduce false
patients recovered from COVID- negative. PLoS One. 2020;15
19. Biochemia Medica. 2020; (11):1
30(3):1-2 25. Petrillo S, Carrà G, Bottino P, Zanotto
21. Caruana G, Croxatto A, Coste AT, E, De Santis MC, Margaria JP, et
Opota O, Lamoth F, Jaton K, et al. al. A novel multiplex qrt-pcr assay
Diagnostic strategies for SARS- to detect sars-cov-2 infection:
CoV-2 infection and interpretation High sensitivity and increased
of microbiological results. Clinical testing capacity. Microorganisms.
Microbiology and Infection. 2020; 2020; 8(7):1-10
26(9):1179 26. Zafar H. The microbiology of
22. Sidiq Z, Hanif M, Dwivedi KK, Chopra coronaviruses. Journal of Pakistan
KK. Laboratory diagnosis of novel Medical Association. 2020; 70
corona virus (2019-nCoV)-present (Suppl 3):S46
and the future. Indian Journal of 27. Iglói Z, leven M, Abdel-Karem Abou-
Tuberculosis. 2020;67(4):S130. Nouar Z, Weller B, Matheeussen
23. Alteri C, Cento V, Antonello M, V, Coppens J, et al. Comparison of
Colagrossi L, Merli M, Ughi N, et commercial realtime reverse
al. Detection and quantification of transcription PCR assays for the
SARS-CoV-2 by droplet digital detection of SARS-CoV-2. J Clin
PCR in real-time PCR negative Virol. 2020;129:1-2