Tak slets av hus, fönster blåstes ut, träd vräktes omkull och bilar slungades runt i luften då tromben drog fram med vindstyrkor på drygt 330 kilometer i timmen.
Enligt AFP ska ett ålderdomshem och ett zoo ha tagit ordentligt skada efter att ha träffats av hagel lika stora som tennisbollar.
"Det är ett rent helvete", utbrast regionens guvernör Jan Grolich om de omfattade skadorna som tromben orsakat.
Av de 63 skadade uppges tillståndet vara allvarligt för tio stycken. Siffran över skadade väntas stiga.
Enligt inrikesminister Jan Hamacek har mer än 1 000 hushåll skadats i stormen.
Oklarheter kring antalet skadade
En talesperson för den lokala räddningstjänsten kunde inte uppge några exakta siffror på antalet döda eller skadade till nyhetsbyrån AFP natten till fredagen, men hon hade ändå en mer optimistisk bedömning än vad som framförts av myndigheter tidigare.
Hedvika Kropáčková trodde att de skadade kunde räknas i tio- inte hundratal, medan dödsoffren förmodligen skulle vara under tio. Hon tillade ändå att räddningsarbetet fortsätter och att det sannolikt ligger människor inklämda under rasmassor.
Sjukhuset i småstaden Hodonín, intill gränsen mot Slovakien, uppgav ändå redan på torsdag kväll att man vårdat uppemot 200 skadade.
De drabbade orterna ligger alltså i gränstrakterna mot Österrike och Slovakien. De här grannländerna har skickat räddningsarbetare, tiotals ambulanser och åtmintone två räddningshelikoptrar för att hjälpa till i räddningsarbetet.
Enligt lokala myndigheter har åtminstone sju orter drabbats illa av tromben och lidit stora materiella skador.
Borgmästaren i byn Hrušky, Marek Babisz, berättade att halva byn hade jämnats med marken och att exempelvis kyrkan där nu saknar både tak och torn.
Också i byn Moravská Nová Ves uppges hundratals hus ha förstörts.
Enligt meteorologer kan tromben ha varit den kraftigaste i Tjeckien i modern tid. Senast som landet drabbades av en var år 2004. Då skadades 50 hus i den östliga staden Litovel.
Kl.08.45 uppdaterades texten med att minst tre människor omkommit. Kl. 16.18 uppdaterades artikeln med nya dödstal, skadade och kommentarer av myndighetspersoner.
Källor: AFP, Reuters, TT, SR