Under nattens lopp uppges inalles sju personer ha skadats på något sätt, bland dem finns poliser.
Enligt polisen skottskadades två demonstranter allvarligt och fördes till sjukhus för vård. Polisen meddelade på lördagen att man nu undersöker om skadorna orsakades av polisens skott.
51 personer greps i samband med kvällens händelser.
Hundratals människor som är arga på coronarestriktioner hade samlats i stadens centrum vid åttatiden på fredagskvällen.
Först gick allt lugnt till, men enligt polisens tweet började demonstranter av någon anledning antända bränder, avfyra fyrverkeripjäser och kasta sten - åtminstone en polisbil och flera elsparkcyklar antändes.
Enligt polisen tvingades man ingripa i protesterna efter att de förvandlats till rena rama kravaller - eller "en våldsorgie" såsom stadens borgmästare Ahmed Aboutaleb beskrev saken.
Varningsskotten hade inte effekt
Polisen säger sig först ha skjutit flera varningsskott och använt vattenkanoner mot härjande demonstranter.
Polisen fick läget att lugna sig efter att ha skjutit skott mot människor och därefter dirigerade polisen bort människor från platsen. Resten av natten patrullerade polisen gatorna i området.
Protesterna väntas fortsätta i Rotterdam under lördagen, trots att de lokala myndigheterna aktiverat nödlägesparagrafen som gör det möjligt att förbjuda människor att samlas i området.
Också i Amsterdam och Breda väntas tusentals människor samlas i dag för att visa sitt missnöje mot regeringens coronaåtgärder.
Kan bli restaurangförbud för ovaccinerade
Partiell coronanedstängning råder i Nederländerna på grund av skenande coronasiffror. Sjukhusen är hårt belastade av det stora antalet covidpatienter. Och i går rapporterades det om 21 000 nya fall av smitta.
Restriktioner införde för en vecka sedan och ska pågå i ytterligare två veckor - det är det första västeuropeiska landet som återinför samhälleliga restriktioner den här hösten.
Regeringen funderar som bäst på att framöver neka ovaccinerade tillträde till barer och restauranger.
Under den tre veckor långa partiella nedstängningen ska barer, restauranger, kaféer och supermarketar stänga sina dörrar klockan 20 och icke nödvändiga affärer ska stänga redan klockan 18.
Rekommendation om distansarbete gäller och olika evenemang har ställts in. Till exempel fotbollsmatcher spelas utan publik.
Stämningen i landet sjönk ytterligare i går då regeringen meddelade att städerna ställer in nyårsfirandet med fyrverkerier - också försäljningen av fyrverkeripjäser till privatpersoner förbjuds i ett försök att minska på antalet sjukhuspatienter.
Artikeln uppdaterades klockan 20:18 med information om antalet gripna och skadade.