Bayern gick redan under den första halvleken upp i en 2–0-ledning efter fullträffar av Thomas Müller och Leroy Sané. Då Benfica samtidigt ledde sin hemmamatch mot Dynamo Kiev var Barcelonas chanser att avancera i praktiken förstörda redan då.
Jamal Musiala fastställde slutresultatet 3–0 med sitt mål efter en dryg timmes spel. Bayern München tog maximala 18 poäng och vann gruppen före Benfica som avslutade med en 2–0-seger över Dynamo.
Barcelona, som bara tog sju poäng på sina sex matcher i Champions League, blir trea i gruppen och får nöja sig med spel i Europa League under våren.
Snöfallet i Bergamo flyttade fram avgörandet
I F-gruppen flyttades matchen mellan Atalanta och Sevilla fram till torsdag på grund av ett häftigt snöfall som gjorde att man inte kunde genomföra matchen. Atalanta och Villareal avgör, i en match som inleds klockan 20, den andra avancemangsplatsen i gruppen bakom Manchester United.
Manchester United avslutade gruppspelet med 1–1 mot Young Boys och vinner gruppen.
För Villareal, som har en poäng mera än Atalanta, räcker oavgjort i kväll för avancemang.
Chelsea tappade gruppsegern till Juventus
Chelsea lyckades inte säkra gruppsegern efter att man endast klarat oavgjort 3–3 mot Zenit i S:t Petersburg efter att Zenits Magomed Ozdojev kvitterade matchen på tilläggstid.
Juventus, som besegrade Malmö med 1–0, vann därmed gruppen före Chelsea.
I G-gruppen hade alla fyra lag chanser att avancera före avslutningsomgången. Franska Lille säkrade gruppsegern med en 3–1-seger över Wolfsburg.
Salzburg besegrade Sevilla med 1–0 och knep den andra platsen i gruppen.
Lottningen om de kommande matchparen görs på måndag.
Champions League, onsdag:
Grupp E:
Bayern München–Barcelona 3–0
Benfica–Dynamo Kiev 2–0
Bayern och Benfica avancerar, Barcelona till Europa League.
Grupp F:
Manchester United–Young Boys 1–1
Atalanta–Villareal på torsdag
Manchester United avancerar.
Grupp G:
Wolfsburg–Lille 1–3
Salzburg–Sevilla 1–0
Lille och Salzburg avancerar, Sevilla till Europa League.
Grupp H:
Juventus–Malmö FF 1–0
Zenit–Chelsea 3-3
Juventus och Chelsea avancerar, Zenit till Europa League.