Folketingets ledamöters röster föll 98 mot 18.
Det är första gången på 30 år som en ledamot utesluts ur Folketinget. Støjberg dömdes förra veckans måndag till 60 dagars fängelse.
Hon dömdes för att hon under sin tid som minister år 2016 gav instruktioner om att skilja åt asylsökande par om den ena parten var minderårig. Enligt Støjberg var hennes avsikt att förhindra barnäktenskap.
Dansk ex-minister döms till fängelse i riksrätt
En granskningskommission har tidigare konstaterat att instruktionen Støjberg gav danska Utlänningsstyrelsen var olaglig.
– Jag röstas hellre ut ur Folketinget av mina kolleger för att jag har försökt skydda några tjejer, än att jag skulle röstas bort för att jag blundat för det, säger Støjberg.
Totalt separerades 23 par innan instruktionen stoppades. I de flesta fall hade parterna ungefär samma ålder, men det fanns enstaka fall där ålderskillnaden var större.
Källor: AFP, Danmarks Radio