Polisen uppger att det är oklart vem som står bakom vandalismen.
Det är oklart när stenen har målats. Ekstra Bladet rapporterar att tidningen fått tillgång till bilder av statyn som tagits klockan 7 lokal tid i morse.
Sjöjungfrun är ett känt landmärke i Köpenhamn och populär bland turisterna som besöker staden. Edvard Eriksen skapade skulpturen efter H.C. Andersens saga Den lilla sjöjungfrun.
Statyn har också vandaliserats flera gånger tidigare, bland annat har en del av statyn täckts av blå färg och ett hakkors.
Källor: Reuters, Danmarks radio, Eksta Bladet