Den avgående partiledaren Nicola Sturgeon ansågs också stöda Yousaf även om hon aldrig direkt tog ställning för någon av de tre kandidaterna.
Yousaf besegrade sin starkaste utmanare Kate Forbes i valets andra omgång. I den första omgången slogs den tredje kandidaten Ash Regan ut. Drygt 50 000 av partiets 72 000 medlemmar röstade i ledarvalet.
På tisdagen ska det skotska lokalparlamentet välja Yousaf till ny försteminister.
Splittrat parti
Valkampen inför valet har varit hård och har avslöjat sprickor i SNP, ett parti som hittills varit skicklig på att visa upp en enad front. Kandidaterna ägnade en stor del av kampanjen åt hårda attacker mot varandra.
De stora tvistefrågorna har kretsat kring självständighetsfrågan och sociala reformer ‒ bland annat bättre rättigheter för könsminoriteter.
I sitt segertal lovade Yousaf att ena partiet.
‒ Vi måste hela den splittring som finns och vi måste göra det snabbt eftersom vi har ett jobb att genomföra som ett parti och vi är starkast då vi står enade, sa Yousaf.
Bakslag för självständighetsdrömmen
Men SNP:s stora politiska mål ‒ självständigheten från Storbritannien ‒ har hamnat i en återvändsgränd.
Om Nicola Sturgeon hade fått som hon velat skulle skottarna ha folkomröstat om självständighet den 19 oktober i år. Men den brittiska regeringen sa nej och Storbritanniens högsta domstol slog fast att Skottlands självstyre inte har rätt att arrangera en sådan omröstning utan grönt ljus från London.
SNP måste nu försöka hitta en annan väg för att hålla sina självständighetskrav levande. Partiledarkandidaten Ash Regan var en av dem som under den senaste tiden riktat hårt kritik mot sitt parti.
‒ SNP har gått vilse. Trots att vi har haft de sämsta brittiska regeringarna någonsin så har det inte skett några framsteg för självständighet under de senaste åren, sa hon.
Den andra förlorande kandidaten Kate Forbes var inne på samma linje.
‒ Vi har i för många år omvandlats till ett parti för folkomröstning i stället för att vara ett parti för självständighet, sa Forbes.
I sitt segertal lovade Yousaf att fortsätta kämpa för självständighet.
‒ Vi kommer att bli generationen som förverkligar självständighet för Skottland, sa han.
Källor: BBC, Reuters, AFP