Enligt kommunen hade någon tagit ner flaggorna och bränt upp dem samma kväll.
Det är första gången prideveckan uppmärksammas i Masku.
Enligt kommundirektör Miira Raiskila ska nya prideflaggor hissas upp under tisdagen.
– På ett eller annat sätt kommer vi att få upp flaggorna igen, säger Raiskila till Yle Turku.
På sociala medier sprids nu videoinnehåll från händelsen. På videon kan man se en förstörd prideflagga och ett citat från Bibeln.
Kommunen meddelar på Instagram att händelsen utreds och att man jobbar med att hitta de skyldiga.