Lagret började brinna på morgonen vid niotiden, rapporterar den lokala nättidningen Fontanka som också visar dramatiska videobilder från branden.
Omkring 1 600 anställda befann sig i byggnaden när branden bröt ut. Lokalen ligger i en förort strax söder om Petersburg.
Personalen har enligt företaget evakuerats och ingen ska ha skadats i branden.
Wildberries är ett av Rysslands största e-handelsföretag som säljer allt från elektronik till kosmetika, husgeråd och kläder.
Myndigheterna klassade branden direkt som kategori 5, den allvarligaste sorten.
Tre hundra brandmän och flera helikoptrar bekämpade branden, som täcker ett område på 70 000 kvadratmeter.
Den massiva byggnaden kollapsade delvis, men brandmännen lyckades begränsa branden.
Enligt ryska myndigheter är den preliminära brandorsaken felaktigheter i elsystemet.
Det senaste året har flera storbränder brutit ut i Ryssland. Flera har haft kopplingar till Rysslands anfallskrig i Ukraina.
Källor: AP, AFP, Reuters