Bärgningsfartyget Kommuna uppges vara specialutrustad för djuphavsarbete, bland annat för att bärga ubåtar och sjunken last.
Enligt den ukrainska flottans talesperson Dmytro Pletentjuk kan fartyget inte längre utföra sina uppgifter.
– Det här kommer att fortsätta ske tills ryssarna får slut på fartyg eller lämnar Krim, sade han. Pletentjuk meddelade nyligen att Ukraina har satt ur spel ungefär en tredjedel av den ryska flottan sedan kriget började för över två år sedan.
Guvernören i Sevastopol, Michail Razvozjajev – som Ryssland har utnämnt – meddelade tidigare på söndagen att den ryska militären har avvärjt en attack mot ett fartyg i hamnen. Han sa att nedfallna fragment orsakade en mindre brand som omedelbart släcktes.
Det är oklart var attacken ägde rum, men bilder från sociala medier som sägs ha filmats i hamnen i Sevastopol på Krim visar ett fartyg i lågor.
I ett inlägg på den ukrainska militärens Telegramkanal sägs det att fartyget är ett av de äldsta som opererats av den ryska flottan och att det tagits i bruk 1913.
Krim beslagtogs och annekterades av Ryssland år 2014.
Källor: AFP, Reuters