Orsaken till beslutet var att gränskontrollerna på den ryska sidan i Ivangorod plötsligt började ta mycket längre tid än normalt.
– Av någon orsak är ryssarna mycket långsamma med att låta folk komma över till deras sida. Vi kan inte veta om det här görs avsiktligt eller inte men det är kanske inte så viktigt just nu, sa inrikesminister Lauri Läänemets till public servicebolaget ERR.
Gränsstoppet gäller endast resenärer som ska till Ryssland. Det är fortfarande tillåtet att återvända till Estland.
Det har sedan februari endast varit tillåtet att passera gränsen till fots. Tidigare kunde man resa med bil och direkt buss mellan Tallinn och Sankt Petersburg.
Då den finsk-ryska gränsen varit stängd har Narva-Ivangorod varit den närmaste gränsövergången för passagerartrafik mellan Finland och Ryssland.