Utnämningsfrågorna hade skjutits fram till en av de sista punkterna på agendan då EU-ländernas ledare samlades till toppmöte i Bryssel.
Men beskedet kom ändå före midnatt att António Costa valdes till Europeiska rådets ordförande, och att man föreslår ett nytt mandat för kommissionsordförande Ursula von der Leyen medan Kaja Kallas föreslås bli EU:s utrikeschef.
De två senare nämnda behöver ännu godkännas av Europaparlamentet.
Efter den italienska premiärministern Giorgia Melonis arga protest mot att ha blivit förbisedd i förhandlingarna passade flera EU-ledare på att inta en försonlig ton då toppmötet inleddes på torsdagen i Bryssel.
Den polske premiärministern Donald Tusk försökte släta över dispyten med att säga att ingen respekterar Giorgia Meloni och Italien mera än vad han gör.
– Den enda orsaken till att vi har lagt fram denna gemensamma ståndpunkt är för att underlätta processen, menade han.
Ingen enhällig omröstning
Det tycks ändå inte ha blidkat Meloni som röstade mot Kallas och Costa, och lade ner sin röst när det gällde von der Leyen.
Efteråt konstaterade Meloni att hon tycker att det oklart vilken politik von der Leyen kommer att föra, och att det gäller också för Kallas och Costa.
Statsminister Petteri Orpo tolkade den italienska ledarens röstningsbeteende som att hon ändå vill samarbeta med von der Leyen också i fortsättningen.
Ungerns premiärminister Viktor Orbán var den andra regeringschefen som inte heller stödde de nominerade.
Han röstade mot Ursula von der Leyen och lade ner sin röst beträffande Kallas.
Men Ursula von der Leyen verkade synbart lättad vid presskonferensen när toppmötet var över.
– Jag vill rätt och slätt uttrycka min tacksamhet till ledarna som stödde min nominering för ett andra mandat, sa hon och konstaterade att följande steg för henne blir att inför Europaparlamentet presentera de politiska riktlinjerna för de kommande fem åren.
Costa leder EU:s toppmöten
Portugals António Costa får posten som Europeiska rådets ordförande för att han representerar den näst största socialdemokratiska gruppen och har gjort sig känd som en god förhandlare som kommer överens med alla.
Det är viktigt då man ska leda toppmöten med 27 regerings- och statschefer som kan dra åt separata håll.
Och det är betydelsefullt inte minst för att relationen mellan von der Leyen och den avgående ordförande för Europeiska rådet Charles Michel har varit så frostig att det anses ha haft effekter på deras samarbete.
– Att bygga enighet kommer att vara min främsta prioritering när jag inleder mitt jobb i december, sa Costa i sitt tacktal via videolänk från hemlandet.
Till Costas barlast hör att han utreds i anslutning till den korruptionsskandal som fick hans regering på fall förra året. Den förre premiärministern har ändå inte åtalats för något brott.
Järnladyn från Estland
Den liberala Renew-gruppen hörde till EU-valets stora förlorare men får ändå två toppjobb, eftersom valet av Mark Rutte till nästa Natochef ingår i den stora bilden.
Kaja Kallas fanns själv tidigare med i förhandsspekulationerna som Jens Stoltenbergs efterträdare, och om hon nu godkänns för posten som EU:s utrikesrepresentant också av Europaparlamentet är det Estlands första toppjobb inom unionen.
Kallas är känd som en outtröttlig försvarare av Ukraina och en förespråkare av en benhård politik mot Kreml. Numera finns hon också på Rysslands lista över efterlysta personer.
Men i rollen som Josep Borrells efterträdare kommer hon att få utvidga arbetsfältet till betydligt flera krishärdar på flera kontinenter.
– Mitt mål kommer definitivt vara att arbeta för Europas enighet, skydda europeiska intressen och värderingar, lovade hon efter omröstningen.
Inte heller Kallas är politisk fläckfri efter att det hade uppdagats att hennes man hade gjort affärer med Ryssland ännu efter det ryska anfallskriget i Ukraina.
von der Leyens nästa prövning
Det fanns aldrig någon verklig utmanare till von der Leyen för posten som EU:s kommissionsordförande.
Armbrytningen handlade snarast om ett större politiskt köpslående
Följande steg för henne är att säkerställa minst 361 röster av 720 i det nya Europaparlamentet och där kan hon eventuellt behöva stöd från den kränkta ECR-gruppen.
Den prövningen kan ske tidigast i mitten av juli då det nya Europaparlamentet sammanträder i Strasbourg.