Al Jazeera uppger att tungt beväpnade och maskerade israeliska soldater kom in i byggnaden på den ockuperade Västbanken tidigt på morgonen och gav order om att redaktionen skulle stängas.
– Vi har ett domstolsbeslut om att stänga ner Al Jazeera i 45 dagar, sa en israelisk soldat till Al Jazeeras västbankschef Walid al-Omari, som tog emot beskedet.
Någon orsak ska inte ha angetts.
– Jag ber er att ta alla kameror och lämna kontoret omedelbart, sa soldaten.
Soldaterna belagtog dokument och utrustning på redaktionen och ska ha använt tårgas. Enligt nyhetsbyrån AP hördes också skott.
I våras förbjöds tidigare kanalen att verka inne i Israel. Al Jazeera finansieras av Qatar.
Al Jazeera-korrespondenten Nida Ibrahim sa att stängningen inte kom som någon överraskning efter det tidigare förbudet att rapportera inifrån Israel.
– Vi har hört israeliska tjänstemän hota att stänga ner kontoret, sa hon.
– Men vi hade inte väntat oss att det skulle ske i dag.
Samtidigt har den libanesiska Hizbollahrörelsens raketangrepp mot Israel fortsatt. Tidigt på söndagen sköt Hizbollah över hundra raketer mot norra Israel. En del av dem slog ner nära staden Haifa.
Sirenerna ljöd runt om i norra Israel och tusentals människor sökte tvingades ta skydd. Enligt den israeliska militären hade raketer skjutits mot civila områden.
Källor: AFP, AP