Åtta israeliska gisslan frigavs tidigare på torsdagen av Hamas och 110 palestinier ska ännu överlämnas av Israel.
Dagens fångutväxling är den tredje i enlighet med avtalet om vapenvila mellan Israel och Hamas.
Frigivningen av palestinierna fördröjdes efter att Israels premiärminister Benjamin Netanyahu krävde säkerhetsgarantier för de israeliska gisslan som släpps i framtiden, efter dagens överlämnande som skedde under kaotiska former.
Stor trängsel fördröjde processen
De israeliska fångarna skulle överlämnas till Röda korsets personal i staden Khan Yunis, men processen drog ut på tiden efter att stora mängder palestinier samlats runt gisslan och de fordon som skulle föra israelerna vidare.
Beväpnad milis fick bilda en ring runt gisslan och eskortera dem när trängseln blev för påtaglig.
Netanyahu fördömde händelsen i ett uttalande strax efter att gisslan överförts till den israeliska militären.
– Jag ser med största allvar på de chockerande scenerna under frigivningen av våra gisslan, sa Netanyahu.
Han sa också att han ”kräver att medlarna säkerställer att sådana fruktansvärda scener inte upprepas och att de garanterar säkerheten för våra gisslan.”
Senare under eftermiddagen meddelade Netanyahu att han fått tillräckliga garantier för att låta utväxlingen fortsätta som planerat.
I skrivande stund verkar frisläppandet av de palestinska fångarna av Israel ha påbörjats då Röda korsets bussar setts lämna fängelset på den ockuperade Västbanken. De kommer att föras till Gaza där deras familjer väntar.
Gisslanutväxlingen följdes med spänning i Israel
Utanför konstmuseet i Tel Aviv samlades människor och firade efter att nyheterna om att de återstående i gisslan har släppts nådde dem. Området har blivit en samlingsplats för familj, vänner och anhängare till de israeler som hålls fångna i Gaza.
Bland de som släpptes i dag fanns Arbel Yehoud som skulle ha släppts redan förra helgen. Problemen med hennes utväxling höll på att äventyra Israels beslut att låta palestinierna återvända till sina hem i norra Gaza.
Även soldaten Agam Berger släpptes tidigare i dag. Tjugoåriga Berger var en av fem unga kvinnliga soldater som kidnappades när militanta styrkor övermannade militärbasen Nahal Oz i den Hamasledda attacken den 7 oktober 2023, där över 60 soldater dödades. De andra fyra släpptes i lördags.
Dessutom släpptes fem thailändska jordbrukare av totalt sex som kidnappades i samband med attacken 2023. Israel har i dagsläget kring 38 000 thailändska gästarbetare som mestadels arbetar inom jordbruket.