Säkerhetspådraget var stort kring det omstridda Tempelberget i det Israelockuperade östra Jerusalem på fredagen.
Genast efter fredagsbönen dödades åtminstone en palestinier och tiotals andra skadades i sammandrabbningar med israeliska säkerhetsstyrkor utanför murarna till Gamla staden i Jerusalem. Oroligheterna spreds också till Västbanken.
Senare under dagen dödades ytterligare två palestinier, skriver BBC.
Palestinierna protesterar mot att Israel installerat metalldetektorer vid ingångarna till det heliga Tempelberget.
Den ökade spänningen bottnar i en långvarig tvist om de religiösa rättigheterna till platsen.
Tempelberget är heligt både för judar och muslimer och inrymmer två av islams heligaste byggnader al-Aqsamoskén och Klippmoskén.
Sedan sexdagarskriget 1967 då Israel ockuperade östra Jerusalem har det rått en status quo-överenskommelse om att både judar och muslimer har tillträde till platsen, men judar får inte be där.
Administrationen av Tempelberget sköts av Jordanien via Jerusalems islamska myndighet Waqf. Säkerhetsarrangemangen sköts av Israel.
Då Israel installerade metalldetektorer vid ingångarna till Tempelberget förra veckan efter ett väpnat överfall och mord på två israeliska polismän i närheten blev det en katalysator för muslimskt missnöje.
Palestinska och muslimska religiösa ledare protesterade mot detektorerna och betecknade dem som ett brott mot status quo-överenskommelsen.
De uppmanade palestinierna att inte finna sig i detektorerna och inte gå in på området till den heliga al-Aqsamoskén för att förrätta fredagsbönen.
Bönen förrättades i stället utanför där de bedjande hårdbevakades av israeliska säkerhetsstyrkor.
Politiska bedömare ser metalldetektorerna som en symbolisk politisk gest av premiärminister Benjamin Netanyahu för att tillfredsställa dem som kräver hårdare tag mot palestinierna.
Enligt israeliska pressuppgifter har säkerhetstjänsten Shin Bet försökt övertala Netanyahu att ta bort metalldetektorerna i rädsla för att de kommer att provocera fram våldsamheter.
Den israeliska regeringen beslöt dock på fredagsmorgonen att detektorerna hålls kvar.